비자경 농지의 도시개발구역 편입은 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 경우에 해당하지 않으므로 여전히 비사업용토지에 해당함

사 건 2016구합8378 양도소득세부과처분취소 원 고 이OO 피 고 강남세무서장 변 론 종 결

2017. 6. 16. 판 결 선 고

2017. 7. 14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 1,061,383,370원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 OO시 OO동 000-0 답 1,051㎡, 같은 동 364-2 답 1,782㎡, 같은 동364-4 답 2,645㎡, 같은 동 365-4 답 297㎡, 같은 동 365-10 답 21㎡, 같은 동 365-5 전 11,320㎡(이하 통칭하여 ‘쟁점 토지’라 한다)를 1978. 6. 9. 매매를 원인으로 소유권 취득하여 보유하다가 2014. 11. 28. 사단법인 △△△(이하 ‘△△△’라 한다)에 91억 8,000만 원에 매도하였다.
• 나. 원고는 쟁점 토지가 소득세법 제104조의3 제2항, 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 의 ‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당하여 비사업용 토지가 아니라는 이유로 장기보유 특별공제액 2,564,936,447원(10년 이상 보유시 공제율 30%를 적용)을 차감한 금액을 양도소득금액으로 하여 2015. 1. 31. 피고에게 2014년 귀속 양도소득세 2,253,893,649원을 신고·납부하였다.
• 다. 그러나 피고는 쟁점 토지가 본래 용도인 농지로 사용하는 것까지 제한된다고 볼 수 없어 부득이한 사유로 비사업용 토지로 보지 않는 경우에 해당하지 않는다는 이유로 장기보유 특별공제를 부인하고 2015. 12. 1. 원고에 대하여 2014년 귀속 양도소득세 1,061,383,370원(가산세 포함)을 추가로 경정·고지하였다.
• 라. 이에 불복하여 원고가 2016. 2. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2016. 9. 28. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 6호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부 판단

• 가. 원고 주장의 요지 다음과 같은 이유로 쟁점 토지는 비사업용 토지에 해당하지 않으므로 장기보유 특별공제의 적용대상에 해당함에도 이를 부인한 이 사건 처분은 위법하다.

1. 원고가 쟁점 토지를 취득한 이후 발생한 도시개발사업 실시계획 인가 및 세부 목록 고시 등에 따라 쟁점 토지는 농지뿐만 아니라 다른 용도로도 사용할 수 없게 되었는바, 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 에서 정한 ‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당한다.

2. 원고가 쟁점 토지를 OO지구 도시개발사업의 시행대행자인 △△△에 매도하였는바, 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호 에서 정한 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ’토지보상법‘이라 한다) 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 취득일이 사업인정 고시일부터 2년 이전인 토지’에 해당한다.

• 나. 관련 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. OO도지사는 2009. 2. 10. 쟁점 토지 일대를 OO지구 도시개발구역으로 지정하고, 지형도면을 고시하였다. 따라서 도시개발법 제9조 제2항 에 따라 쟁점 토지는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역과 지구단위계획구역으로 결정·고시된 것으로 의제되었다.

2. OO도지사는 2009. 7. 3. OO지구 도시개발구역 개발계획을 수립하여 고시하였는데, 그 시행방법은 환지방식이었다.

3. OO지구 도시개발사업조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)은 2009. 12. 21. 설립인가를 받았고, 2010. 1. 14. OO지구 도시개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 사업시행자로 지정되었다. 한편 이 사건 조합은 △△△를 이 사건 사업의 시행대행자로 선정하였다.

4. OO도지사는 2010. 11. 24. 이 사건 조합을 사업시행자로 하여 이 사건 사업실시계획을 인가하고, 지형도면을 고시하였는데, 쟁점 토지는 제2종 일반주거지역으로 결정되었다. [인정근거] 갑 1호증의 1 내지 6, 제2호증의 1 내지 6의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항, 제2항에 의하면, 일정한 자산을 3년 이상 보유한 후 양도한 경우 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제하여 양도소득금액을 산정하도록 하면서, 구 소득세법 제104조의3 에 따른 비사업용 토지는 장기보유 특별공제의 적용대상에서 제외하고 있는바, 쟁점 토지가 구 소득세법 제104조의3 에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 살펴본다.

2. 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 경우에 해당하는지 여부

• 가) 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 (가)목, (나)목, 구 소득세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의8 제2항, 제3항, 제4항, 제5항에 의하면, ‘소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지’ 또는 ‘도시지역에 있는 농지’는 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하되, 도시지역에 있는 농지의 경우에도 소유자가 ‘농지 소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지’의 경우에는 도시지역에 편입된 날로부터 2년간은 비사업용 토지로 보지 않는다. 그리고 구 소득세법 제104조의3 제2항, 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 에 의하면, 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한되는 부득이한 사유가 있어 당해 토지가 비사업용 토지에 해당하게 되는 경우에는 비사업용 토지로 보지 않을 수 있다. 여기서 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미하고, 여기에는 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 사용이 금지 또는 제한되는 토지뿐만 아니라 행정청이 행정작용의 일환으로 건축허가 등을 일률적으로 통제함에 따라 현실적으로 사용이 금지 또는 제한되는 토지도 포함된다고 봄이 타당하다. 그리고 이 때 ‘토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 경우’에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하여, 토지의 취득 목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 10. 24. 선고 2010두18543 판결).
• 나) 위와 같은 법리에 비추어 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 인정한 사실, 을 제1, 3, 4, 6호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 또는 영상 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합할 때, 쟁점 토지는 그 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 금지 또는 제한되었다고 볼 수 없으므로, 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당한다고 볼 수 없는바, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

① 원고는 2009년 쟁점 토지가 도시개발구역으로 지정되어 도시지역으로 편입될 때까지 농지인 쟁점 토지를 약 31년간 장기 보유하면서도 그 소재지에 거주하거나 스스로 경작한 사실이 없는바 쟁점 토지는 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 (가)목에 따라 비사업용 토지에 해당하고, 쟁점 토지는 도시지역으로 편입된 이후에도 여전히 도시지역에 있는 농지로서 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 (나)목에 따라 비사업용 토지에 해당한다. 따라서 쟁점 토지가 도시지역으로 편입됨으로써 비로소 비사업용 토지에 해당하게 되는 경우에 해당하지 않는다. 그럼에도 쟁점 토지가 도시개발구역으로 지정되어 도시지역으로 편입되었다는 이유로 오히려 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 보는 것은 실제 경작할 의사 없이 재산증식 수단으로 농지를 보유하다가 양도하는 경우 비사업용 토지로 보아 농지에 대한 투기수요를 억제하려는 제도의 취지에 반한다.

② 쟁점 토지의 지목은 답 또는 전으로 농지이고, 원고는 다른 관리자를 통해 쟁점 토지를 농지로 경작해왔고, 항공사진에 의하더라도 쟁점 토지를 포함한 주변 토지의 본래 용도는 농지로 보인다. 그런데 도시개발법 제19조 제1항 제8호 에 의할 때 이 사건 사업의 실시계획이 인가·고시되어 농지법 제34조 에 따른 농지전용의 허가, 제35조에 따른 농지의 전용신고 및 제40조에 따른 용도변경의 승인이 있는 것으로 의제된다 하더라도 이는 도시개발사업의 원활한 추진을 위한 것에 불과할 뿐, 원고가 쟁점 토지를 본래 용도인 농지로 계속 사용하는 것을 금지하거나 제한하는 효력이 있다고 볼 수 없다. 더욱이 도시개발법 제9조 제6항 제2호, 도시개발법 시행령 제16조 제3항 에 의하면 도시개발구역에서도 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 간이공작물의 설치, 경작을 위한 토지의 형질변경 등의 개발행위는 허가 없이도 가능하다. 또한 원고가 쟁점 토지를 본래 용도인 농지로 계속 사용하는 것이 사실상 금지되거나 제한되었다고 인정할 증거도 없다.

③ 원고는 쟁점 토지를 다른 관리자를 통해 농지로 경작할 목적으로 취득하였고, 실제 농지의 용도로 사용해왔으며, 농지인 쟁점 토지를 장기간 보유하다가 매도할 때까지 그 형질을 변경하거나 그 위에 건축물을 신축하려는 어떠한 시도나 노력을 하였다고 인정할 증거가 없는바, 본래 용도의 변경가능성도 인정하기 어렵다. 반면에 도시개발법 제9조 제5항, 도시개발법 시행령 제16조 제2항 에 의하면 도시개발구역에서는 앞서 허가 없이도 가능한 범위를 초과하는 개발행위를 하기 위해서는 시장의 허가가 필요하고, 이 때 시장은 허가 여부를 결정하기에 앞서 사업시행자의 의견을 청취하여야 한다는 사정만으로 본래 용도의 변경가능성과 장래 불허가 가능성을 가정하여 쟁점 토지에 관한 개발행위가 원천적으로 봉쇄되었다고 인정할 수 없다.

2. 협의매수 또는 수용되는 토지에 해당하는지 여부

• 가) 구 소득세법 제104조의3 제2항, 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 에 의하면 토지보상법 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 취득일이 사업인정고시일부터 2년 이전인 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다(이하 통칭하여 ‘쟁점 조항’이라 한다). 그런데 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다.
• 나) 위와 같은 법리에 비추어 앞서 인정한 사실, 갑 제1호증의 2 내지 6, 갑 제3호증, 을 제5호증의 1 내지 5의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합할 때, 원고가 쟁점 토지를 △△△에 매도한 것은 사인 간의 매매에 불과할 뿐 토지보상법 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용된 경우로 볼 수 없는바, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

① 쟁점 조항은 공익사업 등의 원활한 추진을 지원하기 위하여 비사업용 토지임에도 예외적으로 비사업용 토지로 보지 않는 특별한 세제상 혜택을 부여한 것이므로 엄격히 해석해야 하는바, 토지보상법이나 도시개발법에 따른 협의매수 또는 수용의 주체는 사업시행자에 국한되고, 도시개발법 제12조 제2항, 제5항에 의하면 시행업무나 토지 매수 업무를 위탁할 수 있는 대상을 공공기관 등이나 지정권자의 승인을 받은 신탁업자로 제한하고 있다. 따라서 비록 이 사건 조합이 △△△를 시행대행자로 선정하였다 하더라도 △△△를 이 사건 사업의 사업시행자나 도시개발법상 시행업무나 토지 매수 업무를 위탁받은 자로 볼 수 없다.

② 쟁점 조항은 토지소유자의 입장에서 자신의 의사와 상관없이 공익사업 등의 용도로 토지가 수용되는 불이익을 감수할 수 밖에 없다는 점을 감안하여 비사업용 토지로 보지 않는 부득이한 사유를 인정한 것인데, 이 사건 사업은 도시개발법상 환지방식을 통해 사업시행이 이루어지므로, 원고로서는 쟁점 토지를 매도할 필요 없이 사업이 종료되면 환지를 배정받거나 이를 대신하여 청산금을 받을 수 있음에도 사업종료 때까지 오랫동안 기다려 환지나 청산금을 받는 대신에 공시지가 보다 상당히 높은 가액으로 쟁점 토지를 매도하는 것을 선택한 것에 불과하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.