한일 조세조약상 제한세율 적용을 위한 의결권 주식 소유비율 계산 시 자기주식 제외여부(국패)

사 건 2016구합69970 법인세징수처분취소등 원고 00증권 외1 피고 00세무서장 제1심 판 결 국패 변 론 종 결 2016.12.15. 판 결 선 고 2017.01.20. 서 울 행 정 법 원 제 2 행 정 부 판 결 사 건 2016구합69970 법인세징수처분취소등 원고, 00증권 외1 소송대리인 법무법인 피고, 00세무서장 소송수행자 변 론 종 결 2016. 12. 15. 판 결 선 고 2017. 01. 20.

1. 피고가 2015. 7. 16. 원고 삼성증권 주식회사에 대하여 한 2006 사업연도 법인세 681,555,463원, 2007 사업연도 법인세 766,749,899원, 2008 사업연도 법인세 899,013,808원, 2009 사업연도 법인세 937,138,300원, 2010 사업연도 법인세 979,735,491원의 각 징수처분을 모두 취소한다.

2. 피고가 2016. 6. 29. 원고 세콤 주식회사에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 1,064,823,400원, 2013 사업연도 법인세 1,064,397,430원의 각 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다

• 가. 원고 삼성증권 주식회사(이하 ‘원고 삼성증권’이라 한다)는 주식회사 에스원(이하‘에스원’이라 한다)이 주주인 일본 법인 원고 세콤 주식회사(이하 ‘원고 세콤’이라 한다)에게 지급한 배당소득(이하 ‘이 사건 배당소득’이라 한다)에 대한 원천징수의무자이다.
• 나. 에스원은 자기주식을 보유하고 있었는데 원고 세콤이 사업연도별로 소유하는 에스원의 의결권 주식 지분율은 다음과 같다.
• 다. 원고 삼성증권은 2006년부터 2010년까지 원고 세콤에게 지급한 이 사건 배당소득에 관하여 대한민국과 일본국 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약(이하 ‘한일 조세조약’이라 한다) 제10조 제2항 가목에 의한 제한세율 5퍼센트를 적용하여 피고에게 원천징수분 법인세를 납부하였다.
• 라. 피고는 2010. 11.경 ‘이 사건 배당소득에 대하여 한일 조세조약 제10조 제2항나목의 15퍼센트 세율이 적용되어야 한다’고 결정한 후 2006년부터 2010년까지 원고 세콤에게 지급된 배당금에 관하여 15퍼센트 제한세율과 이미 원천징수하여 납부한 5퍼센트 제한세율의 차액을 원천징수의무자인 원고 삼성증권에게 징수할 것을 결정하였다. 이에 원고 삼성증권은 2010. 11. 23. 대한민국 국세청에, 원고 세콤은 2010. 12. 24. 일본 국세청에 각 상호합의절차 개시신청을 하였고 2011. 2. 22. 원고 세콤에게 지급한 배당소득에 적용된 제한세율에 대하여 대한민국, 일본에서 상호합의절차가 개시되었으나 2014. 12. 10. 대한민국과 일본 사이에 의견이 일치하지 않은 채 위 절차가 종결되었다.
• 마. 그 후 피고는 2015. 7. 16. 원고 삼성증권에 대하여 다음 표와 같이 2006 ~2010 사업연도 법인세 합계 4,690,612,260원(가산세 포함)의 징수처분을 하였다(이하 피고가 2015. 7. 16. 원고에 대하여 한 징수처분 중 아래에서 보는 바와 같이 조세심판원에 의하여 가산세 부분이 취소되고 남은 본세 부분을 ‘이 사건 징수처분’이라 한다).
• 바. 원고 삼성증권은 2011년 이후 지급하는 이 사건 배당소득에 대하여 한일 조세조약 제10조 제2항 나목에 의한 15퍼센트 제한세율(지방세 포함)을 적용하여 원천징수세액을 납부하기로 결정하여 2012, 2013 각 사업연도의 배당소득을 원고 세콤에게 지급하면서 다음과 같이 15퍼센트 제한세율을 적용한 법인세를 원천징수하여 피고에게 납부하였다.
• 사. 원고 세콤은 2015. 12. 29. 피고에게 한일 조세조약 제10조 제2항 가목의 5퍼센트 제한세율을 적용한다고 보아 2012 사업연도 법인세 원천징수세액 1,597,820,800원을 532,997,400원으로 감액경정하여 그 차액에 해당하는 1,064,823,400원을, 2013 사업연도 법인세 원천징수세액 1,597,394,830원을 532,997,400원으로 감액경정하여 그 차액에 해당하는 1,064,397,430원을 각 환급하라는 경정청구를 하였으나, 피고는 법인세법 제98조의6 제5항 이 규정하는 ‘제한세율 적용을 위한 경정청구’의 처리시한 6월이 경과한 2016. 6. 29.까지 과세표준 및 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 통지하지 않았고, 이로 인하여 피고는 원고 세콤의 경정청구를 거부한 것으로 간주되었다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 하고, 이 사건 징수처분과 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
• 아. 원고 삼성증권은 2015. 10. 13. 당초 징수처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2016. 4. 25. 원고 삼성증권에게 원천징수의무를 이행하지아니한 데에 정당한 사유가 있다는 이유로 ‘당초 징수처분 중 원천징수불이행가산세합계 426,419,290원을 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다’는 결정을 하였다. 한편, 원고 세콤은 2016. 7. 8. 이 사건 거부처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였다가 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 7 내지 13호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고들의 주장 자기주식은 의결권이 없으므로 한일 조세조약 제10조 제2항 가목의 ‘의결권 주식’에 대한 25퍼센트 소유 요건은 자기주식을 제외하고 판단하여야 하는데, 원고 세콤이 2006 내지 2010 사업연도에 에스원에 대하여 가지는 의결권 주식 지분율은 자기주식을 제외하면 25퍼센트를 초과하므로 이 사건 배당소득에 대한 제한세율은 한일 조세조약 제10조 제2항 가목의 5퍼센트가 된다. 따라서 이 사건에서 적용되어야 할 제한세율이 한일 조세조약 제10조 제2항 나목의 15퍼센트임을 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 일본국 시부야 세무서장의 2006. 10. 31.자 원고 세콤에 대한 경정통지서에 의하면, 시부야 세무서장은 원고 세콤이 에스원의 2014 사업연도 종료일에 앞선 6개월 기간 동안 에스원의 의결권 있는 주식 중 적어도 25퍼센트를 소유하는 법인이므로, 원고 세콤이 2005. 3. 25. 에스원으로부터 받은 배당소득 584,014,134엔에 대하여는 한일 조세조약 제10조 제2항 가목에 의하여 5퍼센트의 제한세율이 적용되어야 한다고 판단하였다.

2. 원고 세콤은 2006. 6. 12. 원고 삼성증권에게 2003년부터 2006년까지 지급된 배당소득에 대하여 적용세율을 15퍼센트에서 5퍼센트로 정정해 줄 것을 요청하였고, 원고 삼성증권은 일본 과세관청의 해석과 원고 세콤의 위 요청에 따라 2006. 6.경 2003년부터2006년까지 지급된 배당금에 대한 원천징수 세율을 한일 조세조약 제10조 제2항 가목 소정의 5퍼센트로 수정하여 신고하였다. 위 수정신고에 따라 원고 삼성증권은 2006. 6. 22. 위 4년치 배당금에 대한 원천징수영수증을 수정하여 발행하였고, 15퍼센트 제한세율과 5퍼센트 제한세율의 차액인 1,780,562,730원(= 법인세 1,619,375,729원 + 지방세161,187,001원)을 원고 세콤에게 환급하여 주었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 살피건대, 위 인정사실에다가 앞서 본 각 증거 및 갑 제14호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 여러 사정들에 비추어 보면, 자기주식은 한일조세조약 제10조 제2항 가목의 ‘의결권 주식’에 대한 25퍼센트 소유 요건 산정시 제외되어야 함이 상당하므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다.

① 한일 조세조약에는 의결권 주식 이라는 용어에 관한 정의 규정이 없는데, 조세조약상 정의되어 있지 아니한 용어에 대하여 한일 조세조약 제3조 제2항은 일방체약국이 이 협약을 적용함에 있어서 이 협약에 정의되어 있지 아니한 용어는, 문맥에 따라 달리 해석되지 아니하는 한, 이 협약이 적용되는 조세의 목적상 동 체약국의 당시 법이 정하는 의미와, 그 체약국의 다른 법상의 용어에 주어진 의미보다 우월한 동 체약국의 적용가능한 세법에서의 의미를 가진다 라고 규정하고 있다. 따라서 한일 조세조약상 정의되지 아니한 의결권 주식 이라는 용어는 당해 체약국의 국내 법률이 정의하는 의미를 따르는 것이 원칙이고, 그 체약국 내에서 세법상 정의와 다른 일반적 법률의 정의가 상충되는 경우 세법상 의미를 우선하여 해석해야 한다.

② 한편, 대한민국의 세법에는 ‘의결권 주식’에 관한 명확한 정의 규정이 없다. 그런데 상법 제368조 제3항 은 ‘총회의 결의에 관하여 특별한 이해관계가 있는 자는 의결권을 행사하지 못한다’고 규정하고 있고, 상법 제369조 제2항 은 회사가 가진 자기주식은 의결권이 없다‘고 규정하고 있어, 상법은 ’의결권이 없는 주식과 의결권의 행사가 제한된‘ 주식을 구분하고 있고, 자기주식은 이 중 의결권이 없는 주식에 해당한다.

③ 또한, 상법 제368조 제1항 은 ‘총회의 결의는 이 법 또는 정관에 다른 정함이 있는 경우를 제외하고는 출석한 주주의 의결권의 과반수와 발행주식총수의 4분의 1 이상의 수로써 하여야 한다’고 규정하고 있고, 상법 제371조 제1항 은 총회의 결의에 관하여는 제369조 제2항의 의결권 없는 주식의 수는 발행주식총수에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다. 이와 같이 상법은 주주총회의 정족수 계산시에 자기주식을 발행주식총수에 산입하지 않는 반면 상법 제368조 제3항 소정의 총회의 결의에 관하여 특별한 이해관계가 있는 자 의 주식은 발행주식총수에는 산입하되 상법 제371조 제2항 에 의하여 출석한 주주의 의결권의 수에 산입하지는 않게 된다. 위와 같이 상법상 자기주식을 의결권 없는 주식으로 규정하고 있으므로 한일 조세조약 제10조 제2항 가목의 의결권 주식을 해석함에도 자기주식은 포함되지 않는 것으로 봄이 상당하다.

④ 한일 조세조약 제10조 제2항 가목의 ‘의결권 주식’은 위 조약의 영문본에서는 보팀세어, 일문본에는 의결권이 있는 주식에 해당하는데, 위 영문본 및 일문본에서의 용어는 ‘의결권이 있는 주식’을 의미하는 것으로 해석되고, 일본 시부야 세무서장은 ‘자기주식은 의결권이 없으므로 한일 조세조약 제10조 제2항의 의결권 주식 25퍼센트의 계산에서 제외되어야 한다’고 해석하였다.

⑤ 한편, 일본과 미국이 1971년에 체결한 조세조약(이하 ‘구 미일 조세조약’이라한다) 제12조 제2항은 배당소득의 제한세율 적용의 요건으로 법인의 의결권 있는 주식의 적어도 10퍼센트를 소유하고 있는 것 을 규정하고 있고, 이 부분 일문은 법인의 의결권 있는 주식의 적어도 10퍼센트를 소유하고 있는 것 이라고 규정하고 있는데, ‘구 미일 조세조약 조문별 해설서’에서 위 조약 소정의 ‘의결권이 있는 주식’에는 ‘자기주식이 제외된다’는 내용이 포함되어 있고, 그 취지에 대해서는 ‘여기서 자기주식을 제외하는 것은 법인이 발행하는 주식에는 의결권부주식과 의결권이 없는 주식이 있는바, 통상적으로 지배관계는 의결권의 행사를 통해 행하여지므로, 본 조항에서는 의결권이 있는 주식의 보유 비율에 따라 모자관계 여부를 판정하는 것이고 나아가 자기주식은 의결권이 있는 것이어도 이것을 행사할 수는 없으므로 이를 제외하는 것이다’라고 해설하고 있다. 위와 같은 해석론은 한일 조세조약 제10조 제2항 가목의 ‘의결권 주식’을 해석함에 있어서도 시사점을 준다고 할 것이다.

⑥ 한일 조세조약 제10조 제2항 가목의 취지는 배당소득에 대하여 거주지국 과세및 원천지국 과세를 모두 허용하되, 다만 이중과세를 최소화하고 국제투자를 촉진하기 위하여 제한세율의 한도 내에서만 원천지국 과세를 인정하며, 특히 배당의 수익적 소유자가 배당을 지급하는 법인이 발행한 의결권 있는 주식을 25퍼센트 이상 소유하고 있는 법인인 경우에는 그와 같은 필요성이 크다고 보아 일반적인 경우보다 낮은 세율, 즉 5퍼센트의 제한세율을 적용하도록 하고 있는 것으로 볼 수 있다(대법원 2013. 5. 24. 선고 2012두24573 판결 등 참조). 또한 위와 같이 배당 지급 법인이 발행한 의결권 있는 주식을 25퍼센트 이상 소유하고 있는 법인은 위 배당 지급 법인을 지배하고 있으므로 낮은 제한세율을 통하여 이중과세 문제를 해결하려는 것인바, 한일 조세조약 제10조 제2항 가목 소정의 ‘의결권 주식’을 산정함에 있어 자기주식을 포함하는 것으로 해석하는 경우 일본 법인이 국내 법인을 사실상 지배함에도 불구하고 낮은 제한세율의 혜택을 받지 못하는 결과를 초래할 수 있어 이중과세 방지라는 취지에 부합하지 않게 될 가능성이 있다.

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.