법원 조정으로 인하여 공사의 공급가액이 차감되는 금액이 발생하였으므로 수정세금계산서 발급이 가능함

사 건 2016구합52187 부가가치세부과처분취소 원 고 해AAAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2016. 7. 22. 판 결 선 고

2016. 9. 9.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2015. 7. 20. 원고에 대하여 한 2010년 제1기 부가가치세 195,893,190원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 건축물의 분양․임대업을 영위하는 원고는 시행사로 2007. 10. 18. 시공사인 ○○종합건설과 ○○ 건물신축공사에 관하여 도급계약을 체결하였다.
• 나. ○○종합건설은 공사대금에 대하여 세금계산서를 발행하였다.
• 다. ○○종합건설은 2008. 11. 28. 공사를 완료하고도 일부 공사대금을 지급받지 못하였다고 주장하며 원고를 상대로 공사대금 지급 청구 소송을 제기하였고, 2010. 5. 18. 공사대금으로 1,040,000,000원을 지급함으로써 모든 공사대금을 지급한 것으로 보고, 합의로 인하여 소멸되는 채권, 채무에 대하여 마이너스 세금계산서를 발행하여 정산하기로 한다는 내용을 포함한 조정이 성립하였다.
• 라. ○○종합건설은 2010. 5. 19. 조정으로 감액된 1,122,017,155원에 대한 부의 수정세금계산서를 발행하고, 2010. 7. 26. 2010년 제1기 부가가치세 확정신고를 하였다.
• 마. □□세무서장은 2014. 7. 2. ○○종합건설에 건설용역의 제공이 완료 된 후 법원의 조정으로 지급받지 못한 공사대금은 부가가치세 과세표준에서 공제될 수 없고, 수정세금계산서 발행대상이 아닌 것으로 보아, 2010년 제1기 부가가치세 182,878,550원을 경정․고지하였다.
• 바. ○○종합건설은 2014. 12. 15. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 조정에서 감액된 공사대금 금액을 부가가치세 표준에서 공제할 수 있다는 이유로 2015. 7. 15. 위 부가가치세 부과처분을 취소하는 결정을 하였다.
• 사. 피고는 2015. 7. 20. 원고에 위 조세심판원 결정에 따라 이 사건 금액을 매입세액 불공제하여 2010년 제1기 부가가치세 195,893,190원(가산세 포함)을 경정․고지하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5호증 내지 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 부가가치세 부과처분에 대하여 앞서 본 사실 및 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되거나 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정에 비추어 보면, 이 사건 조정으로 인하여 이 사건 공사의 공급가액에 차감되는 금액이 발생하였으므로, 감액된 부분에 대하여 수정세금계산서 발급이 가능하다고 봄이 타당하다.

① 이 사건 조정조서에 ‘합의로 인하여 소멸되는 채권, 채무에 대하여 마이너스 세금계산서를 발행하여 정산하기로 한다’는 내용이 포함되어 있다, 수정세금계산서를 발행할 것을 전제로 하고 있고, 문언상 원고가 주장하는 것과 같이 수정세금계산서 발행이 부가가치세법상 적합한 경우에 발행한다는 조건부 발행의 취지가 포함되어 있지 않으므로, 당사자 사이에 이 사건 공사계약에 관하여 공사계약의 변경 등 수정세금계산서 발행이 가능하도록 하는 사실관계에 대한 합의도 있었다고 보는 것이 자연스럽다.

② 또한, 이 사건 조정조서에는 ‘공사대금으로 1,040,000,000원을 지급함으로써 모든 공사대금을 지급한 것으로 본다’는 내용도 포함되어 있다. 공사대금 중 일부만 지급받고 나머지 공사대금 채무를 면제해주는 것이 아니라 공사계약상의 공사대금 액수 자체가 감액되었다는 취지로 해석될 수 있고, 앞서 본 수정세금계산서를 발행하기로 한 당사자 사이의 합의에 비추어 보면 더욱 그러하다.

③ 이 사건 공사계약서에는 공사규모와 관련하여 면적이 ‘약 6,858.24㎡’로 특정이 되어 있고, 도급금액과 관련하여 ‘도급금액은 ㎡의 증감에 따라 ㎡ 단가로 계산하기로 한다’라는 내용이 포함되어 있다. 이 사건 공사가 준공되었더라도, 위 공사계약상의 공급조건이 변동이 있었을 경우에는 그 공급가액에 변동이 있을 수 있다.

④ 이 사건 조정에서 감액된 금액은 1,122,017,155원으로. 지급하기로 한 1,040,000, 000원 보다 큰 금액이다. 그 액수에 비추어 공급조건 등에 아무런 변동이 없음에도 공사대금 채무를 임의로 면제해주었다고 보기 어렵다.

• 나. 가산세 부과처분에 대하여 앞서 본 사실 및 증거와 갑 제10호증, 을 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되거나 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정에 비추어 보면, 원고에게 2010년 제1기 부가가치세 수정 신고․납부의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

① 원고는 이 사건 조정절차에 직접 참여하여 감액되는 공사대금 부분에 관하여 수정세금계산서를 발행하기로 합의하였다. ○○종합건설은 그에 따른 의무를 이행한 반면, 원고는 이를 이행하지 않았다.

② ○○종합건설이 이 사건 조정 관련 수정세금계산서 발행이 가능한지 국세청에 질의하였고, 국세청은 2010. 8. 13. ‘세금계산서를 교부한 후 당초의 공급가액이 차감되는 금액이 발생한 경우에는 법원의 확정 또는 조정판결을 받은 때에 세금계산서를 수정 교부할 수 있는 것임’이라고 하여 수정세금계산서 발행이 가능하다는 취지로 회신하였다.

③ 원고는 2001. 1. 5.자 국세청 질의회신서(갑 제10호증)를 제출하면서 이를 신뢰하였다는 취지로 주장하나, 위 회신 일자와 회신내용에 비추어 이 사건 공사 및 조정과 직접적인 관련이 있다고 보기 어려우므로, 원고가 이를 믿고 부가가치세를 수정신고하지 않은 것이 정당하다고 볼 수는 없다.

④ 수정세금계산서 발행 대상인지는 법령에 따라 원고가 판단할 사항이고, 이를 잘못 판단한 것을 법령의 오인에 불과하다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.