대법원 판결은 국세기본법상 후발적 경정청구사유에 해당되지 아니함

사 건 서울행정법원2016-구단-53466 (2016. 08. 19) 원 고 유 피 고 세무서장 변 론 종 결

2016. 07. 11. 판 결 선 고

2016. 08. 19. 서 울 행 정 법 원 판 결 사 건 2016-구단-53466 양도소득세경정거부처분취소 원 고 유 피 고 세무서장 변 론 종 결 2016. 07. 11. 판 결 선 고 2016. 08. 19.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2015. 3. 5. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1983. 12. 서울 강남 소재 토지 지상에 건물(이하 ‘이 사건 종전주택’이라 한다)을 신축하였다가 이 사건 종전주택이 재개발되어 다세대주택(이하 ‘이 사건 신축주택’이라 한다)을 신축하여 2002. 4. 17. 사용승인을 취득한 후 2002. 5. 15. 이 사건 신축주택에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 2006. 4. 21. 이 사건 신축주택을 양도하면서 이 사건 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내의 양도라는 이유로 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제99조의3 제1항에 따라 양도소득세 전액을 감면세액으로 하여 2006년 귀속 양도소득세를 신고하였다.
• 다. 그런데 피고는 이 사건 신축주택의 보유기간에 대한 양도소득금액만이 감면대상이라고 보아 2012. 4. 19. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 3**원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 양도소득세부과처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2012. 11. 심판청구를 제기하였으나, 위 심판청구는 2013. 1. 기각되었다.
• 마. 구 조세특례제한법에 제99조의3 제1항 본문 전단의 신축주택의 취득일부터 5년 이내의 양도인 경우에는 기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득과 신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득을 구분할 필요 없어 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다는 취지의 대법원 판결(2014. 12. 11. 선고 2013두12690 판결, 이하 ‘이 사건 대법원판결’이라 한다)이 선고되자 원고는 피고가 이 사건 양도소득세부과처분 당시 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문 전단을 잘못 해석하여 적용한 위법이 있다는 이유로 2015. 2. 피고에 대하여 2006년 귀속 양도소득세 3**원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 바. 피고는 2015. 3. 원고에게, 원고가 경정청구 가능한 기한이 경과하여 경정청구를 하였고, 부과제척기간도 경과하였다는 이유로 양도소득세 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2015. 9. 조세심판원장에게 심판청구를 제기하였으나, 위 심판청구는 2015. 12. 29. 기각되었다.

• 가. 원고의 주장 이 사건 양도소득세부과처분은 이 사건 대법원판결로 위법함이 확인되었다. 이 사건 대법원판결은 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조 제2항 제1호에서 말하는 “그에 관한 소송에 대한 판결”로 볼 수 있으므로 이 사건 양도소득세부과처분에 관한 후발적 경정청구 사유가 존재한다. 따라서 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다고 본 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단 피고가 세법을 해석․적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 하고(국세기본법 제18조 제1항), 이러한 세법 해석의 기준을 적용함에 있어 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 조세법률주의 원칙에 따른 한계를 따라야 할 것이다. 또한 국세기본법 제45조의2 제2항 에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는데, 여기서 말하는 후발적 경정청구 사유 중 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에서 정한 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’란 최초 신고․결정 또는 경정이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 것으로 확정됨으로써 최초 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 참조). 이 사건으로 돌아와 보건대, 이 사건 대법원판결이 원고의 이 사건 신축주택 양도 관련 분쟁에 관한 소송에서 선고된 판결이 아닌 점은 앞에서 보거나 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서 이 사건 대법원판결이 선고된 사정만으로 이 사건 양도소득세부과 처분에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로, 원고 주장과 같이 이 사건 대법원판결로써 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에서 정한 후발적 경정청구 사유가 존재한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.