증축으로 인해 5배율 이내의 주택부수토지로 되는 토지의 장기보유특별공제율 적용

사 건 서울행정법원 2016구단23250 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2017.08.30. 판 결 선 고 2017.10.25.

1. 피고가 2015. 11. 2. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 67,246,900원(가산 세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 서울 00구 00동 00-00 대 697.5㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 지상 주택을 1980. 8. 26. 취득하였다가, 2015. 5. 18. 19억 5,000만 원에 양도하였다.
• 나. 원고는 2015. 7. 4. 관할 과세관청에 고가주택인 이 사건 토지 및 지상 주택의 양도에 따른 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서, 구 소득세법(2015. 7. 24. 법률 제13426호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항, 제3항, 구 소득세법 시행령(2015. 6. 1. 대통령령 제26302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제160조 제1항에 따라 양도차익과 장기보유 특별공제액을 산정하였고, 특히 이 사건 토지에 대한 장기보유 특별공제액을 산정함에 있어서는 구 소득세법 제95조 제2항 표2(이하 ‘표2’라고 하고, 한편 같은 항 표1은 ‘표1’이라고만 한다)가 정한 1세대 1주택의 보유기간 10년 이상 공제율 80%를 적용하여 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 다. 그런데 피고는, 원고가 2013. 8. 23.에 이르러 이 사건 토지 위에 기존의 지상 2층, 지하 1층 주택(정착면적 91.8㎡, 이하 ‘제1주택‘이라 한다) 외에 새로이 단층 주택(정착면적 64.86㎡, 이하 '제2주택’이라 한다)을 건축하여 취득하였다고 보고, 이 사건 토지에 대한 장기보유 특별공제액을 산정함에 있어 이 사건 토지를 제1주택과 제2주택의 정착면적 비율에 따라 제1주택의 부수토지와 제2주택의 부수토지로 구분하여 제1주택 부수토지에 대하여는 표2가 정한 1세대 1주택의 보유기간 10년 이상 공제율 80%를, 제2주택 부수토지에 대하여는 표1이 정한 1세대 1주택 외의 보유기간 10년 이상 공제율 30%를 적용하여, 2015. 11. 2. 원고에 대하여 2015년 귀속 양도소득세 67,246,900원(가산세 포함)을 경정․고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2016. 1. 28. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2016. 6. 7. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼이 없음, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 6, 7호증(가지번호 포함)의 각 기 재 및 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 토지 위에는 원래 제1주택 외에 별채로 구 주택이 존재하였다. 원고는 구 주택이 노후화되자 구 주택을 헐고 새로이 제2주택을 증축하였고 제1주택과 제2주택 모두 직접 사용하였다. 결국 이 사건 토지의 양도는 1세대 1주택의 부속 토지를 양도한 것임이 명백함에도 피고는 아무런 근거 없이 이 사건 토지를 제1주택의 부수토지 및 제2주택의 부수토지로 구분하여 제2주택의 부수토지에 대하여는 1세대 1주택 외의 부동산을 양도한 것과 같이 장기보유 특별공제액을 산정하였다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다고 보아야 한다.
• 나. 판단

1. 갑 제5, 6호증, 을 제4호증의 각 기재 또는 영상 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 종로구청장 명의의 2013. 5. 10.자 ‘착공신고서 처리 알림(00동 15-46)’에는 ‘신고내용(설계변경): 부속동 지상 1층 단독주택 64.66㎡ 추인 증축’이라고 기재되어 있는 점, 원고가 00구청 건축과에 제출한 것으로 보이는 건축도면에는 ‘부속건축물1층(추인) ; 연면적 64.86㎡, 창고1층(증축); 연면적 16.30㎡’이라고 기재되어 있는 한편, 건축 전 상태를 나타내는 도면에는 이 사건 토지 위에 이미 2동의 건물이 존재하는 것으로 표시되어 있는 점, 나아가 건축도면에 첨부된 사진에는 이 사건 토지 위에 제1주택 외에 건물 1동이 추가로 존재하는 것으로 나타나는 점을 고려하여 보면, 이 사건 토지 위에는 원래 제1주택 외에 무허가 건물(정착면적64.86㎡)이 있었다가 무허가 건물이 제2주택으로 개축되고 동시에 창고(정착면적 16.30㎡)가 증축된 것으로 보인다. 한편 원고가 제2주택을 개축한 이래 이 사건 토지와 함께 양도할 당시 제2주택을 별도의 세대로 하여금 사용하게 하였다는 정황이 전혀 나타나지 아니하는 이상, 이 사건 토지는 원래부터 하나의 주택의 부수토지로 보아야 하고, 결국 이 사건 토지 및 주택의 양도는 1세대 1주택의 양도에 해당한다 할 것이므로, 이 사건 토지에 대한 장기보유 특별공제를 산정함에 있어 표2가 정한 1세대 1주택의 보유기간 10년 이상 공제율 80%를 적용함이 상당하다고 할 것이다. 따라서 원고의 주장은 이유 있다.

2. 피고는, 하나의 토지 위에 다수의 주택이 설치되어 있는 경우 구 소득세법 제95조 제3항, 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항, 제166조 제6항, 부가가치세법 시행령 제64조 를 유추적용하거나, 대법원 1994. 9. 30. 선고 94누1654 판결, 대법원 2012. 1. 26. 선고 2010두21402 판결, 대법원 2014. 5. 29. 선고 2014두3785 사건의 판시에 비추어, 각 주택의 정착면적 비율에 따라 각 주택의 부수토지를 구분하고, 토지 전체의 보유기간에 따른 표1의 공제율과 주택 부수토지로서의 보유기간에 따른 표2의 공제율 중 큰 공제율을 적용해야 한다는 취지로 주장하나, 각 해당 법조는 주택 과 토지의 보유기간이 다른 경우의 장기보유 특별공제액을 정하는 규정에 불과하고, 각 대법원 판결 역시 이 사건과는 전혀 다른 사안에 관한 것이며, 무엇보다도 피고는 하나의 토지 위에 다수의 주택이 존재하는 경우로서 다수의 주택 중 일부가 신축되었거나 1세대에 의해 사용되지 아니하는 경우를 전제로 하는데, 앞서 본 바와 같이 이 사건은 하나의 토지 위에 제1주택 외에 무허가 주택이 개축되고 1세대에 의해 계속하여 사용되어 왔던 주택이 있는 경우로서 피고의 전제와는 다른 사안이므로, 피고의 주장은 이유 없다.

3. 또한 피고는 구 소득세법 제104조의3 제1항 제5호, 구 소득세법 시행령 제168조의12 제1호 에 따라 이 사건 토지 중 제1주택의 정착면적의 5배를 초과하는 238.5㎡는 원래 비사업용 토지로서 장기보유 특별공제액의 공제를 할 수 없는 토지인데, 제2주택이 2013. 5. 13. 착공되고 2015. 5. 18. 양도됨으로써 양도 당시에는 소득세법 제104조의3, 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 나목이 정한 비사업용 토지의 기간기준인 ‘양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간’에 해당하지 않게 되어 사업용 토지로 볼 수 있게 되었는바, 그렇다면 대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두28025 판결의 취지, 즉 장기보유 특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 자산이 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없다고 판시한 취지에 비추어, 제2주택의 부수토지가 1세대 1주택으로 평가될 수 있는 기간은 제2주택이 제1주택의 등기부등본 표제부에 표시된 2013. 8. 23.부터 기산하여야 하고 여기서부터 이 사건 토지의 양도일까지는 3년이 되지 아니하므로, 제2주택의 부수토지에 대하여 장기보유 특별공제액을 산정함에 있어 표2를 적용할 수 없어 표1을 적용하였다는 취지로 주장하나, 앞서 본 바와 같이 제2주택은 원래 무허가 건물을 개축한 것으로서 소득세법 제88조 제7호 가 주택을 허가 여부에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물로 정하고 있는 이상, 원래 무허가 건물의 정착면적도 주택부수토지 중 비사업용 토지의 범위를 정하는데 고려되어야 할 것으로 보이므로, 이 사건 토지 중 238.5㎡가 원래부터 비사업용 토지에 해당한다고 볼 수 없고, 설령 그렇지 않더라도, 이 사건 토지 중 238.5㎡는 구 소득세법 제104조의3, 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 나목에 따른 비사업용 토지의 기간기준에 해당하지 않게 되어 비사업용 토지로 볼 수 없게 되는 결과, 여기에 장기보유 특별공제가 허용되는 것이므로, 이를 두고 앞서의 대법원 판례에서 말하는 ‘자산이 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우’에 해당한다고 볼 수도 없을 뿐만 아니라, 무엇보다도 이 사건 토지는 원래부터 하나의 주택의 부수토지로서 제1주택의 부수토지와 제2주택의 부수토지로 구분할 만한 아무런 이유가 없음은 앞서 본 바와 같으므로, 피고의 주장은 이유 없다.

• 라. 소결론 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.