주식 및 경영권을 양도함으로써 법인과 대표자 겸 주주간의 특수관계가 소멸됨

사 건 서울행정법원 2015구합80154 종합소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2016.05.13 판 결 선 고 2016.06.15

1. 피고가 2014. 5. 8. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 종합소득세 000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 주식회사 BB(주식회사 CC가 2005. 8. PP를 포괄적 주식교환을 통해 완전자회사로 편입한 후 2006. 00. 00. ‘PP’로 상호를 변경하였고, 2008. 00. 00. 다시 ‘주식회사 BB’로 상호 변경, 이하 ‘이 사건 회사’라 한다)은 199×. 00. 00. ○○ 수출입 및 제작 판매업 등을 목적으로 설립된 법인으로서 200×. 00. 00. 코스닥시장에 상장되었고, 원고는 2005. 00. 00.부터 2008. 00. 00.까지 이 사건 회사의 이사로, 위 기간 중 2005. 00. 00.부터 2006. 00. 00.까지는 이 사건 회사의 대표이사로 재직하였다.
• 나. 서울지방국세청장은 2011. 4.부터 같은 해 6.까지 이 사건 회사에 대한 법인제세 통합조사를 실시하여 원고가 이 사건 회사의 ○대 주주이자 대표이사로 재직하였던 2005. 00. 00. ~ 2006. 00. 00. 단기대여금 및 선급금(전도금) 명목으로 인출하여 개인적 용도로 사용한 회사자금 중 000원 및 단기대여금에 대한 2006. 12. 31.~2007. 12. 31. 발생분 미회수이자 000원 합계 000원(이하 ‘이 사건 미회수채권’이라 한다)이 원고와 이 사건 회사간의 특수관계가 소멸된 2009. 1. 00.까지 상환되지 않은 것으로 보고, 이를 이 사건 회사의 2009 사업연도(2009. 1. 1. ~ 2009. 12. 31.)의 익금에 산입하는 한편 원고에 대한 상여로 소득처분하는 과세자료를 피고에게 통보하였다.
• 다. 피고는 이에 따라 2014. 5. 8. 원고에 대하여 2009년 귀속 종합소득세 000원(가산세 포함)을 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 2014. 8. 4. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 조세심판원은 2015. 8. 28. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 5 내지 9호증, 을 제1, 2, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 이 사건 회사에 대한 채무는 2008. 10. 00. 경영권양도합의로 소멸하였고, 원고와 이 사건 회사간의 특수관계는 2008년 원고의 주식 양도 및 이사직 사임에 따라 이미 소멸하였으며, 2009년도에 원고는 이 사건 회사의 임원 또는 사용인이 아니었으므로 이와 다른 전제에서 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 원고에게 2009년 귀속 종합소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 법인세법상 이 사건 미회수채권을 원고에 대한 ‘상여‘로 소득처분하기 위해서는 위 채권이 ’익금에 산입한 금액‘으로 인정되어야 하는바, 피고는 이 사건 처분의 법적 근거로 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제11조 제9호의2 가목 및 법인세법 기본통칙 4-0…6을 들고 있으나 위 시행령 규정은 모법의 위임범위를 벗어난 것으로서 조세법률주의에 위반되고, 이와 유사한 내용을 담고 있는 위 기본통칙 역시 조세법률주의에 위반된다. 또한, 이 사건 회사가 이 사건 미회수채권을 포기하거나 채무를 면제하여 그 금액 상당의 이익을 원고에게 분여함으로써 조세부담을 회피하였다고 볼 수 없으므로 피고가 주장하는 구 법인세법(2009. 1. 30. 법률 제9346호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수도 없다. 따라서 이 사건 처분은 정당한 법적 근거를 결여한 것으로서 위법하다.

별지 기재와 같다.

• 가. 인정사실

1. 원고는 2005. 1. 00.경부터 2006. 6. 00.경 사이에 이 사건 회사로부터 차용한 000원 중에서 이 사건 미회수채권 상당액을 변제하지 않은 상태로 있던 중 2008. 8. 00. 원고가 보유하고 있던 이 사건 회사의 주식 000주 전부(지분율 17.6%)를 EE와 ㈜DD(이하 ‘DD’라 한다)에게 000원에 양도하는 계약(이하 ‘2008. 8. 00.자 주식양도계약’이라 한다)을 체결하였다.

2. 원고는 위 주식양도계약에 따른 양도대금 중 000원은 계약 당일 수령하였고, 잔금 000원은 위 양수인들이 2008. 9. 00. 이 사건 회사에 이 사건 미회수채권을 상환하는 방식으로 지급하기로 약정하였다.

3. 위 양수인들은 원고뿐만 아니라 이 사건 회사의 최대주주인 FF 및 주요주주인 GG와도 주식양수도계약을 체결하였는데, 2008. 9. 00.까지 약정한 양수대금을 지급하지 못하였고, 이에 따라 이 사건 회사는 2008. 9. 00. 금융감독원의 전자공시시스템을 통해 위 양수인들과 원고, FF 및 GG 사이에 체결된 주식양수도계약이 2008. 9. 00.자로 해지되었음을 공시하였다.

4. 이후 2008. 10. 00. 원고와 이 사건 회사 및 ㈜HH(이하 ‘HH’라 한다)은 ‘경영권양도 합의서’(이하 ‘2008. 10. 00.자 경영권양도 합의서’라 한다)를 작성하여 HH에게 경영권을 양도하기로 하면서, 이 사건 미회수채권에 갈음하여 원고가 JJ(2008. 8. 00.자 주식양도계약의 양수인측 대리인), EE, DD에게 가지는 손해배상채권을 이 사건 회사에 양도하기로 합의하였다.

5. HH는 2008. 11. 00.경 FF의 보유지분 전부를 인수하여 이 사건 회사의 최대주주가 되었고, 이 사건 회사는 2008. 12. 00. 상호를 ‘주식회사 BB’로 변경한 후 2009. 1. 00. HH를 흡수합병하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 9호증, 을 제7, 10, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 나. 이 사건 처분의 적법 여부

1. 피고는, 원고가 HH와 이 사건 회사의 합병일인 2009. 1. 00.까지 이 사건 회사의 대주주이자 사실상 영향력을 행사하는 자로서 특수관계에 있었고, 이 사건 회사는 위 2009. 1. 00.까지 이 사건 미회수채권을 회수하지 않았으며, 회수할 수 없는 정당한 사유도 존재하지 않았다는 이유로 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 이 사건 처분을 하였는바, 위 처분사유의 적법 여부에 관하여 본다.

2. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다)은 제52조(부당행위계산의 부인) 제1항에서 “ 납세지 관할세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다”고 규정하고, 제67조(소득처분)에서 “제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여･배당･기타 사외유출･사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다”고 규정하고 있다. 또한 구 법인세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’이라 한다)은, 제87조(특수관계자의 범위) 제1항 제1 내지 3호에서 “법 제52조 제1항에서 ‘대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자’라 함은 법인과 ‘임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2 제1항 의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족’(제1호), ‘주주 등(소액주주를 제외한다.)과 그 친족’(제2호) 또는 ‘법인의 임원･사용인 또는 주주등의 사용인이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족(제3호)’의 관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’라 한다)를 말한다”고 규정하고 있다. 위 각 규정에 의하면, 법인세법상의 부당행위계산이 성립하기 위해서는 ① 법인과 특수관계자와의 거래일 것, ② 법인의 부당한 행위 또는 소득금액의 계산이 있을 것, ③ 그 행위 또는 소득금액의 계산이 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 감소시킬 것 등의 요건을 갖추어야 한다.

3. 위 ① 요건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 피고는 원고와 이 사건 회사간의 특수관계가 2009. 1. 00. 소멸되었다고 보아 원고에게 2009년 귀속 종합소득세를 부과하는 이 사건 처분을 하였는바, 이에 대하여 원고는 2008년도에 이 사건 회사의 주식을 모두 양도하고 임원의 지위에서도 사임하였으므로 원고와 이 사건 회사간의 특수관계는 2008. 12. 31. 현재 모두 소멸한 상태였다고 주장하는 반면, 피고는 2008. 8. 00.자 주식양도계약은 해지되었으므로 원고는 여전히 이 사건 회사 발행주식의 17.6%를 보유하는 대주주에 해당하고, 원고는 이 사건 회사의 이사 직위에서 사임한 이후에도 이 사건 회사의 경영에 사실상 영향력을 행사하였으므로, 원고와 이 사건 회사간의 특수관계는 이 사건 회사와 HH가 합병한 2009. 1. 00.에 이르러 소멸되었다고 주장한다.

• 가) 먼저 위 2009. 1. 00.까지 원고가 이 사건 회사의 주주의 지위에 있었는지 여부에 관하여 보면. 갑 제4, 13, 14, 17호증, 을 제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 회사의 2008 사업연도(2008. 1. 1. ~ 2008. 12. 31.)에 대한 감사보고서상, 원고는 2007 사업연도말 기준으로 이 사건 회사의 주식 000주를 보유하고 있었으나, 2008 사업연도말에는 이 사건 회사의 주식을 전혀 보유하고 있지 않은 것으로 기재되어 있는 점, ② 2008. 10. 00. 금융감독원의 전자공시시스템에 공시된 이 사건 회사의 합병신고서상 원고는 2008. 8. 00. 보유주식 전량을 장외매도하였다고 기재되어 있고, 그 매수인인 EE, DD는 원고로부터 매수한 이 사건 회사의 주식(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)을 코스닥시장에서 모두 매도한 것으로 보이는 점, ③ 위 매수인들의 잔금 지급의무 불이행으로 2008. 8. 00.자 주식양도계약이 해지되었음은 앞서 본 바와 같으나, 이에 따라 위와 같이 이미 매도된 이 사건 주식이 원고에게 반환되었음을 인정할 자료는 없고, 원고는 원상회복에 갈음하여 위 매수인들에 대한 손해배상채권을 취득한 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 세무대리인을 통해 KK세무서장에게 제출한 이 사건 주식 관련 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서(을 제3, 15호증)에 그 양도일자가 ‘2009. 6. 00.’로 기재되어 있다는 사실만으로는 원고가 2008. 12. 31. 이후에도 이 사건 회사의 주주의 지위에 있었음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
• 나) 다음으로 원고가 2009. 1. 00.까지 ‘임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자’로서 특수관계자의 지위에 있었는지 여부에 관하여 보건대, 을 제5 내지 9호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 회사가 원고를 2010. 1. 00. 업무상횡령죄 등으로 고소한 사건에서 고소인인 LL(당시 이 사건 회사의 대표이사)의 대리인으로서 ○○지방경찰청에 출석한 MM이 “원고는 이 사건 회사의 대표이사를 맡고 있을 당시 주로 ○○사업부를 전담하였고, 회사 자금운용도 원고가 담당하였다. 이 사건 회사의 법인등기부상 원고는 2006. 3. 00. 및 2008. 7. 00. 각각 대표이사 및 이사의 직위에서 퇴임한 것으로 기재되어 있으나 HH에서 경영권을 인수하기 전까지 실질적인 경영자 역할을 하고 있었다. 이 사건 회사와 HH의 합병 과정에서 원고가 향후 이 사건 회사가 기존 사업을 원활히 운영할 수 있도록 전폭적인 도움을 주기로 확약하였다”고 진술한 사실, 위와 같은 고소에 따라 진행된 원고에 대한 형사사건(서울○○지방법원 2011고합000호)에서, 원고가 2006. 7. 00.까지 이 사건 회사의 대표이사 또는 실경영권자로 위 회사의 영업 및 자금 관리 업무를 총괄하면서 이 사건 회사의 자금 합계 000원을 개인적인 용도로 사용하여 횡령하였다는 범죄사실이 인정되어 원고에게 징역 1년 6월, 집행유예 2년이 선고된 사실, 금융감독원의 전자공시시스템에 공시된 이 사건 회사의 2008. 11. 00.자 분기보고서 및 2008. 10. 00.자 합병신고서상 원고가 2008. 9. 00. 및 2008. 10. 00. 현재 이 사건 회사의 ‘사장(상근)’ 직명의 임원(미등기임원)으로서 ○○사업 총괄업무를 담당하는 것으로 기재되어 있는 사실은 인정된다. 그러나, 앞서 든 증거들 및 갑 제2호증의 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 위 MM은 위와 같은 진술을 하면서 HH가 2008. 10. 00.자 경영권양도 합의서에 따라 그날로 이 사건 회사의 경영권을 인수하였고, 원고는 ‘HH에서 경영권을 인수하기 전까지’ 실질적 경영자 역할을 하였다고 진술한 점, ② 위 형사사건은 원고가 2006. 2. 00.부터 2006. 6. 00.까지 이 사건 회사의 자금을 개인적인 용도로 사용한 것이 업무상횡령에 해당하는지 여부를 판단하면서 원고가 2006. 7. 00.까지 이 사건 회사를 실질적으로 경영하였다는 사실을 인정한 것에 불과한 점, ③ 위 분기보고서 및 합병신고서의 기준일은 모두 위 합의서 작성일 이전이고, 그 이후에도 원고가 이 사건 회사의 임원으로 재직하였음을 인정할 자료는 없는 점, ④ 2008. 10. 00.자 경영권양도 합의서상 원고와 이 사건 회사의 의무사항으로 ‘2008. 12. 00. 임시주주총회에서 HH가 지정하는 자가 이사, 감사로 선임되는 건과 정관변경의 건이 통과될 수 있도록 하여 실질적으로 경영권이 HH에게 이전되도록 하고, 위 합의일로부터 3일 이내에 기존 임원들의 사임서와 사임등기에 필요한 제반서류 일체를 HH에게 교부하며, HH가 지정하는 NN을 합병등기일까지 고문으로 위촉하고, NN의 지시와 동의를 얻어 업무 및 경영계획을 처리한다’는 내용이 기재되어 있으며, 이에 따라 실제 2008. 12. 00.자로 이 사건 회사의 기존 대표이사, 이사, 감사 등이 사임하고 새로운 임원들이 취임하였으며, 같은 날짜에 이 사건 회사의 상호 역시 ‘주식회사 BB’로 변경된 점. ⑤ 원고가 2006. 3. 00. 및 2008. 7. 00. 각각 이 사건 회사의 대표이사 및 이사의 직위에서 퇴임하였음은 앞서 본 바와 같고, 이후 원고는 2008. 10. 00. QQ(2008. 8. 00. ○○프로그램 제작, ○○제작 및 ○○수입 등을 사업목적으로 하여 설립된 회사로서 2009. 2. 00. PP로 상호 변경)의 대표이사로 취임한 점 등을 종합해보면, 앞서 인정한 사실만으로는 원고가 2008. 10. 00.자 경영권양도 합의서에 따라 HH에 경영권을 양도한 이후에도 2009. 1. 00.까지 이 사건 회사의 경영에 사실상 영향력을 행사하였다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

4. 따라서, 원고의 이 사건 회사에 대한 특수관계자로서의 지위는 2008년 원고의 이 사건 주식 양도 및 경영권 양도에 따라 소멸하였다고 봄이 상당하고, 피고의 주장과 같이 원고와 이 사건 회사간의 특수관계가 2009. 1. 00.까지 유지되었다고 보기 어려운 이상, 이와 다른 전제에서 원고에게 2009년 귀속 종합소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다(원고의 이 부분 주장을 받아들여 이 사건 처분을 취소하는 이상, 원고의 나머지 주장에 대하여는 더 나아가 판단하지 아니한다).

원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.