사실과 다른 세금계산서에 해당하는지, 원고가 선의·무과실에 해당하는지 여부

사 건 2015구합74661 부가가치세등부과처분취소 원 고 주식회사 A 피 고 역삼세무서장 변 론 종 결

2016. 11. 25. 판 결 선 고

2017. 1. 20.

1. 피고가 2014. 3. 3. 원고에 대하여 한 2012년 제2기 부가가치세 372,251,990원(가산세 포함)의 부과처분 중 16,307,950원을 초과하는 부분 및 2012 사업연도 법인세(가산세) 41,489,690원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2010. 5. 3. 설립되어 2012년 하반기에 폐동(구리 스크랩) 및 고철(생철) 도매업을 영위하였고, 위 사업과 관련한 매출세액 290,415,974원에서 매입세액 442,329,676원을 공제하여 2012년 제2기 부가가치세를 신고하고 151,921,102원을 환급받았다(= 위 290,415,974원 - 위 442,329,676원 - 전자세금계산서발급세액공제액 7,400원).
• 나. 피고는 아래 <표> 기재와 같이 ① 원고가 주식회사 B, 주식회사 C, 주식회사 D에 발급한 공급가액 합계 461,296,950원의 매출세금계산서 20장에 관한 거래를 실물 거래가 없는 가공매출로, ② 주식회사 E으로부터 수취한 공급가액 합계 443,430,800원의 매입세금계산서 26장에 관한 생철 거래를 실물 거래가 없는 가공매입으로, ③ D, E, F, G, H, I, J로부터 수취한 공급가액 합계 2,517,915,580원의 매입세금계산서 18장(이하 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)에 관한 구리 스크랩 거래를 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 위장매입으로 보아 위 ①과 관련한 부가가치세 매출세액을 감액하고, 위 ②, ③과 관련한 부가가치세 매입세액을 불공제한 후 부당과소신고가산세 82,264,745원, 납부불성실가산세 2,741,122원, 가공․위장세금계산서가산세 59,584,250원을 가산하여 2014. 3. 3. 원고에 대하여 2012년 제2기 부가가치세 372,251,990원(가산세 포함)을 경정․고지하고(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다), 2012 사업연도 법인세(재화를 공급받고 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에 대한 가산세이다, 이하 ‘증빙불비가산세’라 한다) 41,489,690원을 경정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 법인세 증빙불비가산세 부과처분’이라 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분과 이 사건 법인세 증빙불비가산세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2, 3, 10호증(해당 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 이 사건 각 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’인지 여부 및 증빙불비가산세 부과 요건 충족 여부

1. 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제2호는 세금계산서의 기재사항이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득?수익?계산?행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조). 또 부가가치세의 과세에 있어, 어느 거래가 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 에 따라 매입세액의 공제가 부인되는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청에 있다.

2. 원고가 2012년 제2기에 이 사건 각 세금계산서에 기재된 수량과 공급가액만큼의 구리 스크랩을 공급받은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 그런데 을 제3 내지 11호증(해당 가지번호 포함)의 각 기재와 피고가 주장하는 사정들만으로는 원고가 D, E, F, G, H, I, J(이하 통틀어 ‘이 사건 매입처들’이라 한다)로부터 구리 스크랩을 공급받은 것이 아니어서 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 단정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 각 세금계산서상의 매입세액은 모두 2012년 제2기 매출세액에서 공제되어야 한다.

3. 이 사건 각 세금계산서를 ‘사실과 다른 세금계산서’로 볼 수 없는 이상 원고가 2012 사업연도에 재화인 구리 스크랩을 공급받고 사실과 다른 세금계산서를 받았음을 전제로 원고에 대하여 구 법인세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제76조 제5항, 제116조 제2항 제3호에 의한 증빙불비가산세를 부과할 수 없다.

• 나. 명의위장 사실에 대한 선의․무과실 인정 여부 및 가산세를 면제할 정당한 사유의 존부

1. 사업자가 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서를 교부받은 경우에는 원칙적으로 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으나, 사업자가 그러한 세금계산서를 교부받았다고 하더라도 그 명의위장사실을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데에 과실이 없는 등의 특별한 사정이 있다면 그 매입세액을 매출세액에서 공제 내지 환급받을 수 있다(대법원 2013. 7. 25. 선고 2013두6527 판결 참조).

2. 설령 이 사건 각 세금계산서가 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 달라서 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 하더라도, 갑 제3 내지 35호증(해당 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 등을 고려하면, 원고는 이 사건 각 세금계산서를 발급한 이 사건 매입처들의 명의위장 사실을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데에 과실이 없다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 각 세금계산서상의 매입세액은 모두 2012년 제2기 매출세액에서 공제되어야 한다.

• 가) 원고는 구리 스크랩을 매입하기 전에 이 사건 매입처들로부터 사업자등록증 및 사업자등록증과 동일한 명의로 개설된 은행통장의 사본을 제공받았다.
• 나) K 주식회사가 운영하는 창고로 원고가 매입한 구리 스크랩이 도달하면, K의 직원이 입고된 구리 스크랩을 계량한 후 운송차량번호, 계근 시간, 계근량, 반품 여부, 계량 직원의 서명 등이 기재된 계량증명서를 발행하여 원고에게 교부하였다. 이 때 원고의 직원인 갑과 을이 계량 과정에 참여하여 구리 스크랩을 검수하였고, 구리 스크랩 납품업체들로부터 출고 당시 운송차량의 사진, 차량 운전기사의 서명이 기재된 확인서 등을 교부받았다. 그런데 K가 발행한 계량증명서에 기재된 운송차량의 번호와 출고 당시 운송차량의 사진에 드러난 운송차량의 번호가 일치하고, K가 발행한 계량증명서에 기재된 내용이 나중에 조작되었다고 의심할 만한 정황도 확인되지 않는다.
• 다) 원고는 이 사건 각 세금계산서와 관련한 구리 스크랩의 매입단가를 런던금속거래소 결정 가격의 95%~99% 정도로 정하여 구리 스크랩을 매입하였는데, 이러한 매입단가는 구리 스크랩의 시세에 비하여 현저히 낮다고 보기 어렵다.
• 라) 원고의 모회사인 주식회사 L의 통제 하에 이 사건 각 세금계산서의 발행과 매입한 구리 스크랩에 대한 대금 결제가 이루어졌다.
• 마) 원고가 이 사건 매입처들로부터 구리 스크랩 매매대금을 되돌려 받았다고 볼 만한 자료가 없다.

3. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재이다. 이와 같은 제재는 납세자에게 그 의무의 이행을 도저히 기대할 수 없다고 평가되는 사정이 있을 때와 같이 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2008두2330 판결, 대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두16622 판결 등 참조). 앞서 본 사정을 종합하면, 원고에게는 이 사건 각 세금계산서를 수취하는 과정에서 세법상 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 인정되므로, 이 사건 각 세금계산서가 공급자의 기재가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 하더라도 2012 사업연도 증빙불비가산세는 면제되어야 한다.

• 다. 취소 범위

1. 이 사건 법인세 증빙불비가산세 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2. 이 사건 부가가치세 부과처분 중 이 사건 각 세금계산서에 관한 매입세액공제를 부인한 부분과 2012년 제2기 매출세액이 공제가 인정되는 매입세액을 초과함을 전제로 한 부당과소신고가산세 및 납부불성실가산세 부분은 위법하다. 이를 고려하여 산정한 2012년 제2기 부가가치세(가산세 포함)의 정당세액은 별지 정당세액 계산표 기재와 같이 16,300,550원(= 가공세금계산서가산세 18,094,555원 - 부가가치세 본세 추가 환급세액 1,794,005원)이다. 그런데 원고는 이 사건 부가가치세 부과처분 중 16,307,950원을 초과하는 부분의 취소를 구하고 있으므로, 취소되어야 할 세액 범위 내에서 원고가 구하는 바에 따라 이 사건 부가가치세 부과처분 중 16,307,950원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하고 소송비용은 패소자인 피고가 부담하도록 하여 주문과 같이 판결한다.