주식매수 선택권 보전비용은 인건비에 해당하여 손금산입 하여야 한다(국패)

사 건 2015-구합-70812 경정거부처분취소소송 원고, 피항소인 00은행 피고, 항소인 00세무서장 제1심 판결 국패 변 론 종 결 2017.06.21. 판 결 선 고 2017.07.12.

1. 피고가 원고에게 한 2009 사업연도 법인세 1,000,000원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 A국법인인 S1이 100% 지분을 소유한 한국S2 주식회사의 자회사이다(이하 S1과 S2 및 그 자회사들을 통틀어 ’S그룹‘이라 한다).
• 나. 원고의 임직원들은 S그룹의 주식보상제도에 따라 S1로부터 차액보상형 주식매수선택권(이하 ‘이 사건 주식매수선택권’이라 한다)을 부여받았고, 2009 사업연도에 이를 행사하였다(이하 ‘이 사건 주식매수선택권 행사’라 한다). A국법인인 S3(S1이 100% 직접 소유하는 A국 법인이다,)가 임직원들에 대한 주식매수선택권 행사차액 10,000,000원(이하 ’이 사건 금액‘이라 한다)을 원고에게 송금하여 원고가 이를 임직원들에게 지급하였다.
• 다. 원고는 2012. 8. 10. S4에 이 사건 금액을 상환하기로 약정하였고, 2012. 12.10. S4에 이 사건 금액을 지급함으로써 위 비용을 보전하였다(이하 위 보전액을 ‘이사건 보전액’이라 한다).
• 라. 한편, 원고는 최종거래일로부터 일정기간(신탁계좌의 경우 10년, 신탁계좌 외 예 금의 경우 5년)이 경과한 아래 예금을 2009 사업연도 법인세 과세표준 계산상 익금산 입하였다.
• 마. 원고는 2013. 3. 29. 피고에게 2009 사업연도 법인세와 관련하여 이 사건 보전액 은 손금산입 대상에 해당하고, 위 각 예금은 소멸시효가 완성되지 않아 익금불산입 대 상이라는 이유로 해당 법인세 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2013. 5. 31. 원고의 경정청구를 거부하였다(피고의 경정거부처분 중 이 사건 소로 당 초 취소를 구한 세액은 아래 표 기재와 같고, 이 부분을 이하 ‘이 사건 경정거부처분’ 이라 한다).
• 바. 피고는 2016년 8월경 위 라.항의 표 중 ‘이자지급예금’ 5,000000원(이하 ‘이사건 예금’이라 한다)을 소멸시효가 완성된 예금으로 보더라도 채무면제이익으로 이월결손금에 보전하여 익금불산입 대상에 해당한다는 원고의 주장을 받아들여 위 마.항의표 중 ‘소멸시효 완성예금 관련’ 세액 3,000,000원을 원고에게 환급하였다(이하 이사건 경정거부처분 중 환급세액을 제외한 부분에 관한 거부처분을 '이 사건 처분'이라한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 7호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 관계법령 기재와 같다.

• 가. 이 사건 보전액 손금 산입 여부

1. 원고의 주장 원고가 S4에 보전한 이 사건 보전액은 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’이라 한다) 제19조 제3호가 정한 ‘인건비’에 해당하고, 그렇지 않더라도 같은 조 제19조 제19호의 요건도 충족하므로, 이 사건 보전액은 손금에 산입되어야 한다.

2. 인정사실

• 가) 원고는 2005년경 S그룹에 편입된 후 S그룹이 전세계 S그룹 소속 임직원을 대상으로 한 주식기준보상제도(ISS, RSS 및 PSP, 이하 ‘S그룹 보상제도’라 한다) 를 적용해왔다. S그룹 보상제도는 S그룹이 보상액을 청구법인에 송금하고 청구법인 은 각각의 임직원에게 보상액을 지급하며, S그룹은 주식보상비용을 청구법인에 청구하고 이후 청구법인은 이를 S그룹에 보전하는 구조로 되어 있다.
• 나) 원고는 2005. 4. 18. 전국 00산업 노동조합 00지부와 합의서를 작성하면서, 2005년 내에 기존에 계획하고 있던 우리사주종업원 제도를 S4가 현재 운영하고 있는 ISS(International Sharesave Scheme) 및 RSS(Resticted Share Scheme) 제도로 대체할 것이라고 정하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 본 증거 및 갑 제1, 8, 9호증의 각 기재, 변론 전체 의 취지

3. 판단

• 가) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제19조는 제1항에서 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.”라고 정하면서, 제2항에서 “제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”라고 하고 있다. 구 시행령 제19조는 손비의 범위에 관하여 제3호에서 ‘인건비’를 규정하고 있다.
• 나) 앞서 본 사실 및 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정과 위 각 규정의 내용 및 취지에 비추어 보면, 원고가 사전약정에 따라 S4에 보전한 이 사건 보전액은 사업상 수익활동을 하기 위하여 업무와 관련하여 지출한 구 시행령 제19조 제3호가 규정한 ‘인건비’에 해당한다고 봄이 타당하다.

① 법인이 그 임직원들에게 부여하는 주식매수청구권은 통상 근로 제공에 대한 대가로서 법인의 수익창출에 기여한다. 이 사건 주식매수청구권이 이러한 통상적인 의미를 벗어나는 특별한 사정이 있다고 보이지 아니한다.

② 행사비용 보전에 관한 원고와 S4 사이의 명시적인 합의서가 2012. 8. 10. 작성되기는 하였지만, 원고가 S그룹에 편입되어 S그룹 보상제도를 도입‧실시하면서 그룹 차원의 행사비용 보전 약정을 하였다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 주식매수선택권의 부여시 또는 적어도 주식매수선택권 행사 이전에는 비용 보전에 관한 약정이 이루어졌으므로, 이 사건 보전액 상당의 금액이 결국은 비용 보전으로 원고의 부담으로 귀속될 것이 2009 사업연도에 이미 예정되어 있었다.

③ 구 시행령 제19조 제19호에서 “임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액” 을 손금으로 보는 명문의 규정이 신설되었으나, 이는 자회사가 업무와 관련하여 지출한 인건비 성격의 비용에 대하여 손비가 인정됨을 명확히 하기 위한 주의적 규정으로 볼 수 있다(기획재정부에서 발간한 ‘2008 간추린개정세법’도 위 규정의 개정이유를 손비가 인정됨을 명확화하기 위한 것이라고 설명하였다).

④ 구 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호, 구 시행령 제43조 제1항이 일정한 성과급을 제외하고 ‘잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액’ 또는 ‘법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금‘을 원칙적으로 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있는데, 여기서 말하는 이익처분이란 이익잉여금처분계산서에 처분항목으로 기재되어 주주총회의 승인을 얻어 지급되는 것을 의미한다. 원고의 임직원들이 S그룹의 주식보상제도에 따라 지급받은 이 사건 금액이 위 이익처분에 의한 상여금에 해당한다고 볼 자료가 제출된 것이 없다.

• 다) 따라서 이 사건 보전액은 구 시행령 제19조 제3호가 정하는 ‘인건비’에 해당하여 손금으로 산입되어야 하므로, 이와 다른 전제에서 내려진 이 사건 처분은 위법하다. 구 시행령 제19조 제19호 해당 여부에 관하여는 더 나아가 살피지 아니한다.
• 나. 소멸시효 완성예금 손금 산입 여부

1. 과세처분에 관한 불복절차과정에서 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우에는 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 법 취지에 비추어 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수는 없다. 따라서 과세관청이 과세처분에 대한 이의신청절차에서 납세자의 이의신청 사유가 옳다고 인정하여 과세처분을 직권으로 취소하였음에도, 특별한 사유 없이 이를 번복하고 종전 처분을 되풀이하여서 한 과세처분은 위법하다(대법원 2014. 7. 24. 선고 2011두14227 판결 참조).

2. 이 법원이 2016. 6. 1. 피고의 경정거부처분을 취소하는 내용의 조정권고결정을 하였고, 그 후 피고가 2016년 8월경 이 사건 예금을 소멸시효완성예금으로 보더라도 채무면제이익으로 이월결손금에 보전하여 익금불산입 대상에 해당한다는 원고의 불복사유를 인정하고 이 사건 예금 관련 세액 1,134,800,186원을 원고에게 환급하였음은 앞서 본 바와 같다. 과세처분에 관한 불복절차로서 행정소송을 진행 중에 피고가 조정권고결정을 받고, 원고의 불복사유를 받아들여 이 사건 예금 관련 법인세 세액을 환급한 이상, 이를 번복하고 다시 이에 대한 법인세를 부과할 수 없다고 봄이 타당하다. 같은 취지에서 피고는 환급 의무가 있는 나머지 법인세 세액에 대하여 위 불복사유에 배치되는 종전과 같은 처분사유를 들어 환급을 거부할 수도 없다.

3. 따라서 총액주의를 전제로 이 사건 예금 관련 세액을 공제해야 한다는 취지의 피고의 주장은 받아들일 수 없고, 나머지 점에 관하여 더 나아가 살피지 아니한다.

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.