토목공사가 실시되었다고 보기 어려우므로 필요경비로 인정할 수 없고, 중복조사에 해당하지 않음

사 건 2015구합70737 양도소득세부과처분취소 원 고 손AA 피 고 KK세무서장 변 론 종 결

2016. 6. 16. 판 결 선 고

2016. 8. 11.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2014. 11. 3. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 양도소득세 000원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2003. 4. 28. 00시 00동 37-1 대 000㎡, 같은 동 6-4 전 000㎡ 및 같은 동 6-7 전 000㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 임의경매절차에서 낙찰받아 소유권을 취득하였고, 이 사건 토지는 2012. 5. 30. 한국토지주택공사에 수용되었다.
• 나. 원고는 2012. 6. 27. 필요경비를 000원으로 하여 이 사건 토지에 관한 양도소득세 신고를 하였다가 2012. 11. 21. 필요경비를 과소신고하였다는 이유로 양도소득세 감액경정청구를 하였다. 피고는 2012. 12. 17.부터 2013. 1. 5.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 아래와 같이 양도소득세 경정을 하였다. (단위:원) 구분 양도가액 취득가액 필요경비 양도차익 결정세액 당초신고 000 000 000 000 000 경정청구 000 000 000 000 000 조사경정 000 000 000 000 000
• 다. 국세청장은 2014. 4. 7.부터 2014. 4. 24.까지 피고에 대한 종합감사를 실시하여이 사건 토지에 대하여 실제 공사한 사실이 확인되지 아니하는 토목공사비 000원과 금융기관으로부터 차입한 금액에 대한 지급이자 000원을 필요경비로 인정한 것은 잘못이라고 지적하였고, 피고는 이에 따라 위 비용을 필요경비에서 제외하여 2014. 11. 3. 원고에게 2012년 귀속 양도소득세를 000원(가산세 포함)으로 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 2. 12. 조세심판원에게 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015. 5. 13. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1 내지 3, 을 제1 내지 3호증, 을 제6호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 이 사건 토지의 용도변경이나 개량 등을 위하여 총 000원을 토목공사대금으로 지급하였고, 공사대금 조달을 위한 차입금의 이자로 000원을 지출하였다. 따라서 그 합계금 000원은 소득세법 제97조 제1항 제2호, 같은 법 시행령 제163조 제3항 제1호 내지 제3호에 해당하는 자본적 지출액에 해당하여 필요경비로 공제되어야 함에도 피고는 이를 필요경비로 인정하지 아니하였으므로, 이 사건처분은 위법하다.

2. 피고는 2012. 12. 17.부터 2013. 1. 5.까지 실지조사를 통하여 양도소득세를 경정한 바 있음에도, 2014. 4. 7.부터 2014. 4. 24.까지 국세청장의 피고에 대한 종합감사기간 중 및 감사기간 종료 후 국세청 소속 공무원이 원고와 공사업체인 주식회사 SB상사(이하 ‘SB상사’라 한다)에 대하여 질문조사권을 행사하고 거래 관련 자료 제출을명하였으며 이 사건 토지 인근을 방문하여 임차인과 주민들에게 질문조사를 하고 확인서를 징구하는 등 행위를 하는 등 중복하여 세무조사를 하였고, 이에 기초하여 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 국세기본법 제81조의4 에서 금지한 중복조사금지규정을 위반한 것으로서 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 필요경비 인정 여부 과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 증명책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의증명책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 증명의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조). 원고는 자신이 소유한 이 사건 토지의 토목공사를 위해 공사대금으로 지출한 비용과 공사대금 조달을 위한 차입금의 이자로 지출한 비용을 필요경비로서 공제하여 달라고 주장하고 있는바, 그와 같은 비용의 지출에 관한 자료는 원고의 지배영역 안에 있는 것이고 과세관청인 피고로서는 증명이 어렵다고 할 것이므로, 원고에게 증명책임이 있다고 봄이 상당하다. 원고는 필요경비에 대한 주된 증빙자료로 공사도급계약서와 금융거래내역을 제출하고 있다. 살피건대, 갑 제2호증의 2, 을 제4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고와 SB상사 사이에 이 사건 토지 지상에 공동주택을 신축하기로 하는 내용의 2003. 10. 27.자 공사도급계약서가 작성된 사실, ② 위 공사도급계약서에는 도급금액00억 원(부가가치세 별도), 계약금 00만 원, 공사기간 2004. 2. 24.부터라고 기재되어 있고, 현재 그린벨트 지역인 이 사건 토지 일대가 2004년 개발제한구역에서 해제된다는 정부 방침에 따라 이 사건 토지에 토목공사 및 신축빌라공사를 진행한다, 토목공사 완공 후 1차 부지 5개동, 2차 부지 5개동 합계 10개동의 빌라를 건축한다, 공사 진행시 관할관청으로부터 규제가 있는 때에는 모든 책임을 원고가 지기로 하며 SB상사에 지급된 공사비는 기성을 제한 후 반환하기로 한다, 도급대금은 준공검사 합격 후도급목적물을 인수하면 지불하기로 하되, 공사의 기성에 대하여는 기성부분 대가의100분의 90의 범위 내에서 분할 지급할 수 있다는 등의 계약조항이 포함되어 있는 사실, ③ SB상사 대표이사인 이SS의 국민은행 계좌에 2003. 10. 27. 배JJ 명의로 00만 원이 입금된 것을 비롯하여 2006. 12. 28.까지 26회에 걸쳐 원고, 배JJ, 양PP, 박YY, 김WW 등의 명의로 합계 000원이 입금되었고, SB상사 법인계좌에 2004. 2. 24. 양PP 명의로 000원이 입금된 사실, ④ 원고는 2004. 8. 9. 주식회사 농협은행에서 0억 원을 대출받아 2006. 11. 15. 원금을 상환하였고, 대출기간 동안 이자 합계 000원을 상환한 사실이 인정된다. 그러나 한편, 앞서 든 증거에 을 제8, 11, 12, 14, 15호증의 각 기재, 갑 제5호증의 1내지 4, 을 제7호증의 1 내지 4의 각 영상 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 2003. 10. 27. 당시 이 사건 토지가 개발제한구역으로 지정되어 있었고, 2006. 3. 24. 개발제한구역이 일부 해제되었는바, 2006. 3. 24. 이전에는 이 사건 토지의 형질변경을 수반하는 토목공사 등이 허용되지 않았던 점, ② 원고는 2004. 7. 8.부터 2011. 7. 28.까지 김KC에게 이 사건 토지를 임대하였고, 임차인 김KC은 위 기간 동안 이 사건 토지를 사업장으로 하여 TT창고라는 상호로 창고업을 영위하였는바, 위 기간 동안 원고가 이 사건 토지에 대하여 토목공사를 실시하는것은 사실상 불가능한 것으로 보이는 점, ③ 임차인 김KC은 2014. 4. 29. 현장출장을 나온 국세청 소속 공무원에게 임차 당시 이 사건 토지는 펜스만 쳐져 있는 편평한 전(田)이었고, 자신이 타일을 적재하기 위해 스스로의 비용으로 롤러로 땅을 다지고 배수구를 설치하였다고 진술한 점, ④ SB상사가 과세관청에 이 사건 토지 지상 공사에 관하여 매출신고를 한 바 없고, 원고 등이 입금한 계좌는 1회를 제외하고는 법인 계좌가 아니라 대표자인 이SS의 개인계좌인 점, ⑤ 김KC에게 이 사건 토지를 임대한 2004. 7. 8. 이후에는 토목공사를 실시하는 것이 사실상 불가능함에도 해당 일시 이후에도 입금된 내역이 다수 존재하는바, 위 입금이 토목공사의 기성고에 따라 지급된 공사대금이라고 보기 어려운 점, ⑥ 원고의 주장대로 배JJ, 양PP, 박YY 등이 위 공동주택신축공사에 투자자로 참여하였다고 인정할 만한 객관적인 자료가 없는 점, ⑦ 이 사건 토지에 대한 항공사진에 의하더라도, 토목공사 실시 여부를 확인하기 어려운점, ⑧ 이 사건 토지 인근 주민들이 인근 공사장에서 나오는 흙이 많아 공사업자들이 원하는 사람들의 토지에 무료로 객토를 하고 평탄화 작업까지 하여 주었다고 진술하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 토지에 대하여 토목공사가 실시되었고, 원고가 SB상사나 이SS에게 토목공사대금을 지급한 것이라고 인정하기에 부족하고, 원고가 금원을 대출받아 원리금을 상환한 것이 토목공사 대금지급을 위한 것이라고 인정하기도 부족하며, 달리 원고가 이 사건 토지에 대하여 필요경비를 지출하였다는 점을 인정할 증거가 없다. 따라서 원고가 주장하는 필요경비를 부인한 이 사건 처분에 어떠한 잘못이 있다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

2. 중복세무조사 해당 여부

• 가) 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제81조의4 제2항은, 세무공무원은 각 호에서 정하고 있는 사유가 없으면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 정하고 있다. 이와 같은 규정을 위반하여 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 중복하여 실시된 세무조사는 위법하고, 위법한 세무조사에 기초한 과세처분 역시 위법하다(대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두12070 판결 등 참조). 한편, ‘세무조사’라 함은 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 것(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사 포함)을 의미한다(구 국세기본법 제81조의2 제2항 제1호). 구 조사사무처리규정(2015. 6. 30. 국세청훈령 제2105호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조사사무처리규정’이라 한다) 제3조 제1호 및 제2호, 제12조 제1항 단서의 규정은,재조사(중복조사) 금지규정 위반이 문제되는 ‘세무조사’라 함은 ‘각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권 및 조세범처벌법, 조세범처벌절차법에 따라 조사공무원이 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고, 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하는 행위로서 조사계획에 의해 실시하는 것’을 말하고, 세원관리, 단순 과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집 등을 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 현지확인 계획에 의하여 현지출장하여 사실관계를 확인하는 행위, 즉 ‘현장확인’은 조사로 보지 아니한다고 정하고 있다.
• 나) 살피건대, 을 제8 내지 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 국세청 소속 공무원들이 2014. 4. 29., 2014. 5. 21. 및 2014. 5. 22. 각 출장명령을 받고 한국토지주택공사, QQ시청을 방문하거나 이 사건 토지 인근에서 임차인 김KC, 이 사건 토지 인근 주민들을 상대로 사실관계를 확인한 사실, 위 각 출장명령서에는 출장 목적이 ‘현지확인’으로 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있다. 한편, 국세청 소속 공무원들이 원고나 거래상대방인 SB상사를 상대로 질문조사권을 행사하였다는 원고의 주장을 뒷받침할 만한 증거는 없다. 위 인정사실 등에 의하면, 국세청 소속 공무원들이 한 현장확인은 국세청이 과세관청인 피고에 대하여 실시한 종합감사의 일환으로 행해진 것으로 보이고, 이는 세무공무원이 납세의무자 또는 관계인에 대하여 하는 질문조사권 등의 행사인 세무조사와는 구별된다고 할 것이므로, 이를 원고에 대한 중복세무조사에 해당한다고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 아니한다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.