원고의 임대주택 사업은 국가·지방자치단체가 공급하는 부동산임대업으로, 이에 대한 사업장은 그 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소라고 봄

사 건 2015구합70652 부가가치세경정청구거부처분취소 원 고 AAA 피 고 YY세무서장 변 론 종 결

2016. 06. 23. 판 결 선 고

2016. 08. 11.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 201X. X. XX. 원고에 대하여 한 201X년도 1기 부가가치세 OOO원 및 201X년 2기 부가가치세 OOO원의, 201X. X. XX. 원고에 대하여 한 201X년 1기 부가가치세 OOO원의 각 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고의 지위 원고는 BBB처장(구 CCC장관)의 위탁을 받아 DDD 및 그 유족의 생활안정과 복리 향상에 이바지함을 목적으로 설립된 법인으로 급여의 지급, 기여금․부담금․그 밖의 비용의 징수, DDD연금기금을 불리기 위한 사업, DDD 후생복지사업, 주택의 건설ㆍ공급ㆍ임대 또는 택지의 취득 등의 사업을 한다(DDD연금법 제1조, 제16조).
• 나. 과세․면세․비과세사업 겸영 및 사업자단위 과세사업자

1. 원고는 DDD 급여의 지급, 비용의 징수 등 비과세사업과 사무실 임대, 스포츠 시설 운영 등 과세사업 및 무주택 DDD의 주거안정을 위하여 전국에 DDD임대아파트를 운영하는 면세사업을 겸영하고 있고, 201X. X. X.부터 사업자단위 과세사업자로 주사업장과 OO개 종된 사업장의 과세자료를 본점에서 총괄하여 신고․납부하고 있다.

2. 한편, 원고의 사업장 중 EE지부, FF지부, GG지부, HH지부(이하 이를 합하여 ‘이 사건 4개 지부’라 한다)는 원고 소유의 OO OO구 소재 OO회관(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 위치한 사업장이고, OO․OO․OO 지역의 임대아파트 사업은 원고의 EE지부, OO․OO 지역의 임대아파트사업은 원고의 FF지부, OO․OO지역의 임대아파트사업은 원고의 GG지부, OO지역의 임대아파트사업은 원고의 HH지부에서 업무를 담당하고 있다(이하 이 사건 4개 지부의 위 각 임대아파트를 ‘이 사건 임대아파트’라 하고, 이와 관련된 사업 및 사업장을 ‘이 사건 임대아파트 사업’, ‘이 사건 임대아파트 사업장’이라 한다).

• 다. 원고의 부가가치세 신고 원고는 201X년 1기부터 201X년 1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 면세사업인 이 사건 임대아파트 사업에 대하여 각 아파트를 관리하는 이 사건 4개 지부 사업장에 합산하여 부가가치세를 신고․납부하였다.
• 라. 이 사건 경정청구 및 이 사건 처분 원고는 이 사건 임대아파트 사업과 이 사건 4개 지부의 사업은 서로 독립된 사업인데 원고의 착오로 이 사건 4개 지부 사업장의 부가가치세를 산정함에 있어 이 사건 임대아파트에 대한 과세자료(이하 ‘이 사건 과세자료’라 한다)를 합산하여 부가가치세를 과다하게 신고․납부하였으므로 공통매입세액 안분계산시 이 사건 과세자료를 이 사건 4개 지부의 총매입가액과 면세매입가액에서 제외하여야 하고, 이 사건 4개 지부 사업장의 공통매입세액은 과세 또는 비과세 사용면적비율에 따라 안분하는 것이 합리적이라고 주장하면서 201X. X. XX. 201X년 1기분 부가가치세 OOO원, 201X. X. XX. 201X년 2기분 부가가치세 OOO원, 201X. X. X. 201X년 1기분 부가가치세 OOO원을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였다. 이에 대하여 피고는 201X. X. XX. 201X년 1기분 및 2기분 부가가치세에 대하여, 201X. X. XX. 201X년 1기분 부가가치세에 대하여 ‘원고가 경정청구시 이 사건 건물에 적용한 공통매입세액 안분계산 방법은 부가가치세법 및 같은 법 시행령에서 규정한 정상적인 안분계산으로 볼 수 없어 경정청구 내용대로 처리할 수 없다’는 이유로 원고의 경정청구를 각 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 전심절차 원고는 이에 불복하여 이 사건 처분 중 201X년 1기분 및 2기분 경정청구 거부처분에 대하여는 201X. X. XX.에, 201X년 X기분 경정청구 거부처분에 대하여는 201X. XX. XX.에 각 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 201X. X. X. 및 201X. X. XX. 위 각 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 임대아파트 사업장은 원고의 이 사건 임대아파트 사업에 관한 업무 총괄 장소가 아니라 이 사건 임대아파트의 소재지로 보아야 하고, 설령 원고의 이 사건 임대아파트 사업에 관한 업무 총괄 장소를 위 사업의 사업장으로 보아야 한다고 하더라도, 위 업무 총괄 장소는 이 사건 4개 지부가 아닌 원고 본부(JJ사업실)로 보아야 한다. 따라서 이 사건 임대아파트 사업은 이 사건 4개 지부 사업과 별개의 독립된 사업이므로 이 사건 과세자료는 이 사건 4개 지부 사업장의 부가가치세 산정에 합산되어서는 아니 됨에도 불구하고, 원고는 착오로 이 사건 과세자료를 이 사건 4개 지부의 부가가치세의 공통매입세액 산정시에 합산하여 이 사건 4개 지부의 부가가치세를 과다하게 신고․납부하였다. 따라서 이 사건 4개 지부의 공통매입세액 안분계산시 이 사건 과세자료를 총매입가액과 면세매입가액에서 제외하여야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 임대아파트 사업장이 어디인지 여부 우선, 이 사건 임대아파트 사업장을 부동산 소재지로 보아야 하는지 아니면 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소로 보아야 하는지 여부에 관하여 본다. 살피건대, 원고는 DDD연금법 제16조 제5호에 따라 주택의 임대 등 사업을 수행하고 있고, DDD연금법 제16조의2는 ‘원고는 주택법, 택지개발촉진법 또는 민간임대주택에 관한 특별법 또는 공공주택 특별법에서 정하는 바에 따라 DDD을 위하여 주택을 건설․공급․임대하거나 택지를 취득할 수 있다. 이 경우 원고는 국가나 지방자치단체로 본다’고 규정하고 있다. 또한, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’이라 한다) 제4조 제1항 제13호는 ‘국가․지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 시행령 제38조 제3호에 따른 사업(부동산임대업 등)에 있어서는 그 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소’를‘사업장’으로 한다고 규정하고 있다. 위 규정들을 종합하여 보면, 원고가 DDD에게 주택의 임대용역을 제공하는 이 사건 임대아파트 사업은 국가․지방자치단체가 공급하는 부동산임대업으로, 이에 대한 사업장은 그 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소라고 봄이 상당하다.

2. 업무를 총괄하는 장소가 어디인지 여부 다음으로 이 사건 임대아파트 사업의 업무를 총괄하는 장소를 원고의 본부(JJ사업실)로 보아야 하는지 아니면 이 사건 4개 지부로 보아야 하는지 여부에 관하여 본다. 살피건대, 앞서 본 인정사실 및 각 증거에다가 갑 제6 내지 8호증, 을 제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 여러 사정을 종합하여 보면, 이 사건 임대아파트 사업의 업무를 총괄하는 장소는 원고 본부(JJ사업실)가 아닌 이 사건 4개 지부라고 봄이 상당하다.

① 원고 내부의 직제규정 시행규칙 별표 5에 의하면, 원고 본부의 JJ사업실의 분장 업무는 ‘임대주택 운영관리, 주택사업 성과관리, 임대주택 부동산 및 재산관리, 안전관리’ 등이고, 이 사건 4개 지부가 본부로부터 위탁받은 기타 업무는 ‘임대주택 입주자 및 상가 등 시설물관리, 지원, 임대주택 보증금 환불 및 연체자, 이주업무, 용역업체 관리’ 등이다(갑 제6 내지 8호증). 위 규정에 의하면, 원고 본부의 JJ사업실에서는 임대주택 운영관리 등의 기획업무를 수행하고, 이 사건 4개 지부를 포함한 각 지부는 본부로부터 위탁받은 임대주택 입주자 관리 등 실질적인 임대주택 운영업무를 수행하는 것이므로 이 사건 4개 지부가 이 사건 임대아파트 사업을 주로 담당하고 있는 것으로 보인다.

② 구 부가가치세법 제4조 제1항 은 ‘부가가치세는 사업장마다 신고․납부하여야 한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제5조 제1항은 ‘사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다’고 규정하고 있는데, 원고는 이 사건 임대아파트의 부동산 소재지에 대하여 별도의 사업장으로 사업자등록을 한 바 없고 2010. 1. 1.부터 사업자단위과세가 적용되는 OO개의 종된 사업장 명세에도 종된 사업장으로 되어 있지 않았는바, 원고 스스로도 이 사건 임대아파트 사업장들이 각각 별개의 독립된 사업장이라고는 보지 않았던 것으로 판단된다.

③ 원고의 위임 전결규정에서는 연금관리 및 징수, 급여 지급 등 거의 모든 업무에 서 지부장이 전결권자로 지정되어 있고, 임대주택과 관련하여, 임대주택 배정 및 관리, 입주자 관리, 명도소송제기, 입주자 부담금 관리, 임대시설물 관리 등에서 지부장이 전결권자로 되어 있는바(을 제7호증), 이에 비추어 보더라도 이 사건 4개 지부가 이 사건 임대아파트 사업에 관한 업무를 총괄해서 수행한다고 볼 수 있다{DDD 임대주택의 면세 매입 거래에 관하여도, 이 사건 4개 지부는 각 지역에 소재하는 공사업체, 광고업체 등과 별도로 이 사건 임대아파트 관련 거래를 하였는바(갑 제2호증의 3), 원고는 원고 본부가 아니라 이 사건 4개 지부의 각 지부별로 DDD 임대아파트 사업을 관리하고 이에 대한 매입세금계산서를 별도로 받으면서 제반 업무를 처리하여 온 것으로 보인다}.

3. 소결 따라서 이 사건 임대아파트 사업은 각 부동산 소재지가 아니라 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소를 그 사업장으로 보아야 하고, 위 업무 총괄 장소는 이 사건 4개 지부라고 봄이 상당하므로 이와 같은 전제에 선 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.