조특법 상 창업벤처중소기업의 판단은 조특법 시행령 제2조 제1항에 따름

사 건 2015구합68574 법인세경정거부처분취소 원 고 주식회사 OOOOOO 피 고 OO세무서장 변 론 종 결 2016.01.15. 판 결 선 고 2016.02.05.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2014. 10. 31. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 0,000,000,000원(가산세 포함)의 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 소프트웨어 개발 및 판매업을 목적으로 2012. 10. 11. 설립된 회사이다.
• 나. 원고는 2012 사업연도 법인세 신고 당시 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제2항의 창업벤처중소기업 세액감면규정과 같은 법 제10조 제1항의 연구·인력개발비 세액공제 규정을 각 적용하여 법인세를 신고하였다. 이후 서울지방국세청장은 2014. 7. 1. 원고에게 중소기업기준을 초과하였으므로 중소기업 관련 세액공제를 적용할 수 없음에도 중소기업 관련 세액공제를 적용하여 법인세를 신고하였으므로 이를 검토한 후 과다 공제한 것으로 확인될 경우에는 수정신고를 하도록 안내하였다.
• 다. 원고는 2014. 7. 10. 피고에게 창업벤처중소기업 세액감면 및 연구·인력개발비 세액공제 규정을 적용하지 않은 금액으로 2012 사업연도 법인세를 수정신고하였고, 0,000,000,000원을 추가로 납부하였다. 이후 원고는 2014. 9. 1. 피고에게 2012 사업연도 법인세 중 0,000,000,000원을 과다하게 납부하였다고 주장하며 감액경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 10. 31. 위 감액경정청구에 대한 거부처분(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다)을 하였다. 이에 원고는 2015. 1. 27. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2015. 4. 16. 기각 결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장

1. 창업벤처중소기업 세액감면에 관하여 조세특례제한법 제6조 제2항, 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제4항 제1호에 의하면 ‘벤처기업육성 에 관한 특별조치법 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업이 창업 후 3년 이내에 벤처기업 으로 확인받은 경우에는 일정 기간 동안 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또 는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.’고 규정하고 있는바, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의2는 ‘ 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업일 것’만을 요구하고 있고, 중소기업기본법 제2조, 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항, [별표1]에 의하면 ‘출판, 영상, 방송통신 및 정보서비스업의 경우 상시 근로자 수가 300명 미만이면 중소기업에 해당한다’고 규정하고 있다. 원고는 2012년 당시 상시 근로자 수가 10명에 불과하였고 기술보증기금으로부터 벤처기업 확인까지 받았으므로 조세특례제한법 제6조 제2항 의 창업벤처중소기업에 해당함에도 불구하고 피고는 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 단서를 적용하여 원고가 창업벤처중소기업에 해당하지 않는다고 보았으므로 이 사건 거부처분은 위법하다.

2. 연구·인력개발비 세액공제에 관하여 가) 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 나목은 ‘중소기업이 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 100분의 25의 비율을 곱하여 계산한 금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제한다’고 하고 있고, 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제1호 에 의하면 ‘상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 [별표1]의 규정에 의한 규모기준 이내인 기업을 중소기업’이라고 하고 있으며, 중 소기업기본법 시행령 [별표1]에 의하면 ‘출판, 영상, 방송통신 및 정보서비스업의 경우 상시 근로자 수가 300명 미만이면 중소기업에 해당한다’고 규정하고 있다. 원고는 2012년 당시 상시 근로자 수가 10명에 불과하였으므로 조세특례제한법 제10조 제1항 의 공제대상인 중소기업에 해당함에도 불구하고 피고는 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 단서를 적용하여 원고가 중소기업에 해당하지 않는다고 보았으므로 이 사건 거부처분은 위법하다.

• 나) 설령 피고의 주장과 같이 중소기업 해당 여부를 판단함에 있어 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 단서가 적용된다고 하더라도 조세특례제한법 시행규칙(2012. 12. 31. 기획재정부령 제309호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제4항 단서는‘기업의 매출액을 산정함에 있어 창업의 경우 창업일이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액으로 한다’고 규정하고 있는바, 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제4항 단서에서 정하는 방법은 원고와 같이 매출이 제품 출시 초기에 집중되는 기업이나 매출이 계절마다 크게 변동되는 특성을 가진 기업 등의 매출액을 기계적으로 환산하여 실제 기업의 규모를 전혀 반영하지 못하고, 상위 법령에서 정한 감면 범위를 부당하게 축소하고 있으므로 무효인 규정에 해당한다. 피고는 무효인 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제4항 단서에 따라 매출액을 산정하여 원고를 중소기업에 해당하지 않는다고 보았으므로 이 사건 거부처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 창업벤처중소기업 세액감면에 대한 판단 아래와 같은 조세특례제한법의 체계상, 연혁상, 문언상의 사정들을 종합하면 창업벤처중소기업을 판단함에 있어 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 이 적용된다고 봄이 상당하다.

① 조세특례제한법은 제2장 제1절에서 ‘중소기업에 대한 조세특례’를 규정하면서 제5조부터 제8조의3까지의 조문을 두고 있고, 그 적용대상인 중소기업에 대한 정의 및 범위에 관한 규정을 따로 두고 있지 않다. 한편, 조세특례제한법 시행령은 제2장 제1절에서 ‘중소기업에 대한 조세특례’를 규정하면서 제2조에서 중소기업의 범위를 정하고 있고, 조세특례제한법 시행령 제3조 부터 제7조의2까지의 규정에서 조세특례제한법 제5조 부터 제8조의3까지의 규정의 위임에 따라 추가로 갖추어야 하는 사항을 규정해 놓았다. 위에서 본 바와 같이 조세특례제한법, 조세특례제한법 시행령의 체계상 조세특례제한법 시행령 제2조 는 중소기업의 기준을 정하는 일반규정에 해당한다.

② 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 규정은 아래와 같이 제정 및 개정되었다. 조 세 감 면 규 제 법(1997. 12. 13. 법률 제5417호로 개정된 것, 이하 같다) 제4조 (중소기업투자준비금의 손금산입)

① 대통령령이 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 내국인이 …… 손금에 산입한다. 제6조 (창업중소기업등에 대한 세액감면)

① 다음 각호의1에 해당하는 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다) 또는 중소기업창업지원법 제16조의2 의 규정에 의한 창업보육센터를 영위하는 자에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

3. 벤처기업육성에관한특별조치법에 의한 벤처기업전용단지 및 벤처기업집적시설에서 창업하는 중소기업으로서 대통령령이 정하는 벤처기업 구구 조세특례제한법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 제정된 것, 이하 같다) 제4조 (중소기업투자준비금의 손금산입)

① 대통령령이 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 내국인이 …… 산입한다. 제6조 (창업중소기업등에 대한 세액감면)

① 2003년 12월 31일이전에 다음 각호의 1에 해당하는 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)을 창업하거나 중소기업창업지원법 제16조의2 의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

3. 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 의한 벤처기업전용단지 및 벤처기업집적시설에서 창업하는 중소기업으로서 대통령령이 정하는 벤처기업 구 조세특례제한법(1999. 8. 31. 법률 제5996호로 개정된 것, 이하 같다) 제6조 (창업중소기업등에 대한 세액감면)

② 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업후 2년이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 5년이내에 종료하는 과세연도까지 당해사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외한다. 위 표에서 본 바와 같이 조세감면규제법이 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 규정을 제6조 제1항 제3호로 제정할 당시에는 창업벤처중소기업이 조세감면규제법 제4조에서 약칭하기로 한 ‘조세감면규제법 시행령에서 정하는 중소기업’이어야 함을 전제로 하고 있었고, 이후 조세감면규제법이 폐지되고 구구조세특례제한법이 제정되면서 위와 같은 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 규정을 그대로 두어 창업벤처중소기업은 조세 특례제한법 제4조에서 약칭하기로 한 ‘ 조세특례제한법 시행령에서 정하는 중소기업’이어야 함을 여전히 전제로 하고 있었다. 한편, 이후 개정된 구 조세특례제한법은 수도권의 경우 창업중소기업에 대한 세액감면을 받을 수 있는 벤처기업의 범위를 벤처기업전용단지 또는 벤처기업집적시설에서 창업하는 기업으로 한정하던 것을 폐지하면서 제6조 제2항을 신설하였는바, 위 신설 과정에서 창업벤처중소기업이 조세특례제한법 시행령에서 정하는 중소기업이어야 한다는 문구가 사라졌으나, 연혁상 이는 창업벤처중소기업이 당연히 조세특례제한법 시행령에서 정하는 중소기업에 해당한다는 점을 반영하여 이를 삭제한 것이라고 보인다(위 개정 당시 창업벤처중소기업이 조세특례제한법 시행령에서 정하는 중소기업이 아니어도 이를 인정해 줄만한 특별한 사정이 있었다고 보이지 않는다).

③ 조세특례제한법 제5조 제1항 은 ‘대통령령으로 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 경영하는 …… 법인세에서 공제한다.’고 규정하고 있고, 조세특례제한법 제6조 제3항 은 ‘창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.’고 규정하고 있는바, 위 규정들에 의하면 조세특례제한법 제6조 제2, 3항에서 정하는 창업벤처중소기업은 조세특례제한법 제5조 제1항 에서 약칭하기로 한 중소기업이어야 함을 전제로 하고 있다. 또한 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 은 ‘ 조세특례제한법 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, …… 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다.’고 규정하고 있고, 조세특례제한법 시행령 제5조 제4항 제1호 는‘법 제6조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 기업”이란 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.’고 규정하고 있는바, 위 규정들에 의하면 조세특례제한법 제6조 제2항, 같은 법 시행령 제5조 제4항 제1호에서 정하는 창업벤처중소기업은 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 에서 약칭하기로 한 중소기업이어야 함을 전제로 하고 있다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 연구·인력개발비 세액공제에 대한 판단

• 가) 첫 번째 주장에 대한 판단 살피건대, 앞에서 이미 본 바와 같이 조세특례제한법의 중소기업에 대한 특례대상이 되기 위해서는 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 의 요건을 갖추어야 한다. 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문 및 단서에 의하면 ‘ 조세특례제한법 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, …… 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호(1호는 상시 사용하는 종업원수․자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 [별표1]의 규정에 의한 규모기준 이내일 것, 3호는 생략)의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다. 다만 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억 원 이상, 매출액이 1천억 원 이상 또는 자산총액이 5천억 원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.’고 정하고 있는바, 원고의 주장과 같이 원고가 중소기업기본법 시행령 [별표1]의 규정에 의한 규모기준 이내의 기업이라고 하더라도 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 단서에서 정한 바와 같이 매출액이 1천억 원 이상인 경우라면 중소기업에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.
• 나) 두 번째 주장에 대한 판단 살피건대, 위 인정사실에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 은 중소기업의 범위를 정하면서 단서에서 ‘매출액이 1천억 원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.’고 규정하고 있고, 같은 조 제4항은 ‘매출액의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.’고 규정하고 있는바, 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제4항 단서는 위와 같은 위임에 따라 규정된 점, ② 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제4항 단서는 ‘기업의 매출액을 산정함에 있어 창업의 경우 창업일이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액으로 한다’고 규정하고 있는바, 만약 창업의 경우 매출액을 연간 매출액으로 환산하지 않고 원고의 주장과 같이 과세연도의 매출액을 그대로 인정하게 된다면 납세자가 임의로 과세연도의 매출액을 조절하여 중소기업 특례규정을 남용할 수 있게 되는 점, ③ 중소기업에게 법인세 감면의 혜택을 부여하는 규정을 적용하기 위하여는 중소기업의 범위를 한정하는 것이 필수적인 바, 이러한 시혜적인 입법의 경우에는 입법자에게 폭 넓은 재량이 인정된다고 보이는 점, ④ 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제4항 단서에서 규정한 바와 같이 창업한 기업의 매출액을 산정함에 있어 연간 매출액으로 환산하는 방법이 상반기에 창업한 기업과 하반기에 창업한 기업 사이에 또는 같은 날 창업한 기업들 사이에 서로 불공평하게 평가하는 방법이 아니므로 평등의 원칙에 반한다고 보이지도 않는 점 등을 종합하면 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제4항 단서를 무효라고 할 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.