관계회사 제도에 의해 비로소 중소기업에 해당되지 않을 때 중소기업에서 제외함이 타당하고 중소기업 유예중인 기업까지 새로 도입된 관계회사제도에 의해 중소기업에 해당하지 않는다고 하여 적용받고 있던 유예기간까지 실효시키는 것은 아님
관계회사 제도에 의해 비로소 중소기업에 해당되지 않을 때 중소기업에서 제외함이 타당하고 중소기업 유예중인 기업까지 새로 도입된 관계회사제도에 의해 중소기업에 해당하지 않는다고 하여 적용받고 있던 유예기간까지 실효시키는 것은 아님
사 건 2015구합58553 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 동AAAA 피 고 금천세무서장 변 론 종 결
2015. 9. 17. 판 결 선 고
2015. 12. 24.
1. 피고가 2013. 9. 30. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 341,545,460원(가산세포함)의 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.
1. 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제2조 제2항 단서 제3호를 포함한 단서조항은 중소기업이 중소기업에 해당하지 아니하게된 경우에만 적용될 뿐, 이미 ‘중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업’에는 적용되지 않는다. 그런데, 원고는 2009 사업연도에 이미 중소기업에 해당하지 아니하게 되어 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정된 것부터 2012.12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되어 2013. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제2조 제2항 본문에 따라 2009 사업연도와 2010 내지 2012 사업연도까지 유예기간 중에 있는 기업에 해당하게 되었으므로, 원고에게 이미 적용된 유예기간이 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 것부터 2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항 단서 제3호에 따라 실효된다고 볼 수 없다.
2. 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제2조 제2항 단서의 후단은 ‘제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업’에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있으므로, 그 문언의 표현대로 유예기간의 적용배제는 동항 제2호에 대해서만 적용되어야 하고, 제3호에 대해서까지 확장하여 적용할 수는 없다.
3. 중소기업과 중소기업이 관계기업이 되어 중소기업 판단기준을 초과하게 되는경우에는 양 중소기업이 모두 중소기업 합산기준을 적용받아 중소기업에 해당하게 되는 것이나, 이미 중소기업 판단기준을 초과하여 유예기간 중에 있는 기업과 중소기업이 관계기업이 된 경우에는 중소기업은 관계회사 규정의 적용으로 중소기업에 해당하지 않게 되나, 이미 중소기업 판단기준을 초과하였던 기업은 여전이 유예기간 중에 있는 것으로 중소기업으로서 취급되어야 한다.
1. ‘중소기업’의 해석 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항 및 같은 법 제26조 제1항에서 정하고 있는 ‘중소기업’에 관하여 특별한 규정이 없는 이상, 위 법률 제5조 제1항의 위임에 따라 중소기업의 범위를 구체화하고 있는 구 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되어 2013. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제2조에 따라 중소기업의 범위를 판단하는 것이 타당하므로, 위 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 ‘중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업’ 역시 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항 및 같은 법 제26조 제1항에서 정하고 있는 ‘중소기업’에 포함된다고 보는 것이 타당하다. 따라서 이하에서는 원고가 2012 사업연도에 위 규정에서 정하고 있는 ‘중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업’에 해당하는지 여부를 살펴보기로 한다.
2. ‘중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업’에 해당하는지 (유예기간 실효 여부) 다음과 같은 사정들을 고려하면, 구 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되어 2013. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고 한다)제2조 제2항 단서 전단의 기본적 성격을 ‘제2조 제2항 본문에 따라 이미 중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업에게 부여된 유예기간을 실효시키는 규정’으로 해석하기 보다는 ‘제2조 제2항 본문이 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업 중 제2조 제2항 단서 각 호의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업에게는 유예기간을 적용하지 아니함으로써, 유예기간을 부여하는 대상 기업의 범위를 제한하여 이를 축소하는 규정’으로 해석하는 것이 타당하고, 제2조 제2항 단서에서 말하는 중소기업에는 ‘중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는다고 해석함이 타당하다. 따라서 원고가 이미 2009사업연도부터 2012 사업연도까지 중소기업 유예기간의 적용을 받게 된 이상, 그 이후 관계회사 기준을 초과하게 되었다고 하더라도, 기존에 이미 원고에게 부여된 중소기업 유예기간은 실효되지 아니하여, 원고는 2012 사업연도에도 여전히 중소기업 유예기간의 적용을 받아 ‘중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업’(이하 ‘유예기간 중에 있는 기업’이라 한다)에 해당한다.
3. 소결 원고는 2012 사업연도까지 중소기업 유예기간의 적용을 받아 중소기업으로 간주되고, 그 유예기간은 실효되지 아니하였으므로, 원고의 2012 사업연도 일반연구․인력개발비 세액공제 및 고용창출투자세액공제는 원고가 중소기업이라는 점을 전제로 적용되어야 함에도 불구하고, 이 사건 처분은 원고가 중소기업이 아니라는 전제하에 이루어졌으므로, 결국 원고의 다른 주장에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 업이 위법하여 취소되어야 한다.
그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 조세특례제한법 시행령 부칙(대통령령 제21307호, 2009. 2. 4.) 제3조, 조세특례제한법 시행령 부칙(대통령령 제22037호, 2010. 2. 18.) 제1조 본문 참조 2) ‘관계회사’에 관해서는 중소기업기본법 시행령 제2조 제3호 등 참조 3) [별표 2]에서 정한 실질적 지배에 해당하므로, 원고와 나노바이오의 자기자본을 합산한다. 4) 규모의 확대 등으로 상시 사용하는 종업원 수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억 원 이상, 매출액이 1천억 원 이상 또는 자산총액이 5천억 원 이상인 경우(시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서)나 상시 사용하는 종업원 수․자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기준을 초과하는 경우(제2조 제1항 제1호)를 말한다. 5) 즉, 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 제1항 제1호 소정의 중소기업기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 6) 다만, 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 (나)목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유를 포함하며, 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 (다)목을 적용할 때 “제1호에 따른 기준을 초과하는”은 “ 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.