소멸시효 완성 예금이 이월결손금의 보전에 충당되었는지 여부

사 건 2015구합57499 법인세경정거부처분취소 원 고 주식회사 □□□□ 피 고 남대문세무서장 변 론 종 결

2016. 9. 21. 판 결 선 고

2016. 10. 21.

1. 피고가 2014. 2. 6. 원고에게 한 2008 사업연도 귀속 법인세 2,486,589,525원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2009. 3. 31. 피고에게 2008 사업연도 귀속 법인세 신고시 원고와 원고 고객간 예금거래에서 발생한 예금반환채무 중 최종거래일로부터 상사소멸시효 기간인 5년이 경과한 예금반환채무 상당액 22,435,332,954원(이하 ‘이 사건 돈’이라 한다)을 익금에 산입하여 법인세를 신고․납부하였다.
• 나. 원고는 2011. 12. 2. 피고에게, 이 사건 돈에 대응하는 고객의 채권이 소멸시효기간 경과로 소멸하였다고 하더라도 법인세법상 이를 수익으로 인식할 만큼 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙․확정되었다고 볼 수 없으므로 이 사건 돈을 익금에 산입한 것은 잘못이라는 등의 이유로 2008 사업연도 귀속 법인세 중 5,608,833,230원을 환급해달라는 취지의 감액경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 2. 6. 원고의 감액경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
• 다. 원고는 이에 불복하여 2014. 5. 9. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2014. 12. 17. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.
• 라. 한편 피고는 이 사건 소송계속 중이던 2016. 8. 23. 직권으로 원고의 2008 사업연도 귀속 법인세 중 1,631,132,471원을 감액경정 하였는데(이하 ‘피고의 당초 감액경정청구 거부처분 중 피고가 직권으로 취소한 부분을 제외한 나머지 감액경정청구 거부처분을 ’이 사건 처분‘이라 한다), 이는 이 사건 돈 중 원고가 고객에게 소멸시효기간 진행 중 이자를 지급함으로써 그 진행이 중단된 것으로 확인된 12,488,974,851원을 익금에서 제외하고, 여기에 세무조정 결과와 원고의 2007 사업연도 귀속 법인세 일부가 감액경정됨에 따라 후속 사업연도에 영향을 미친 부분을 반영한 것이다. [인정근거] 다툼이 없음, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지.

• 가. 원고의 주장 요지 이 사건 돈 중 피고가 시효의 진행이 중단되었다고 본 12,488,974,851원을 제외한 나머지 9,946,358,103원은 원고의 2007 사업연도까지 공제되지 아니한 이월결손금에 전액 충당되어 익금에 산입될 수 없으므로, 이 사건 처분 중 2008 사업연도 귀속 법인세 2,486,589,525원(= 9,946,538,103원 × 법인세율 25%)에 대한 경정청구 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지와 같다
• 다. 판단

1. 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제18조 제8호 및 같은 시행령 제18조 제1호는 채무의 소멸로 인한 부채의 감소액 중 각 사업연도의 과세표준 계산에 공제되지 아니한 이월결손금의 보전에 충당된 금액을 익금에 산입하지 않도록 규정하고 있다. 그런데 갑 제14, 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고에게는 1998 사업연도에 2,179,969,784,569원의 결손이 발생한 사실, 원고는 1999 사업연도부터 2003 사업연도까지 5년간 매해 각 사업연도의 소득금액에서 이월결손금을 공제하였고 당시까지 공제되지 아니하고 남아있는 이월결손금은 1,644,564,058,405원이었던 사실, 원고는 2007 사업연도에 자산수증이익 4,378,893,192원을 위 나머지 이월결손금의 보전에 충당한 사실, 한편 이 사건 돈 중 피고가 시효의 진행이 중단되었다고 확인한 12,488,974,851원을 제외한 나머지 9,946,358,103원에 해당하는 고객의 예금반환채권은 예금거래의 최종거래일로부터 5년이 경과한 사실을 인정할 수 있는바, 결국 원고의 2008 사업연도 현재 최종적으로 남아있는 이월결손금은 1,640,185,165,243원이라할 것인데, 이 사건 돈 중 9,946,358,103원은 상사소멸시효 기간 5년이 경과함으로써시효로 소멸한 부채의 감소액에 해당하므로 위 최종 이월결손금의 보전에 충당될 수 있다. 원고가 이 사건 제3회 변론기일에서 2015. 12. 17.자 준비서면의 진술을 통해 이 사건 돈 중 9,946,358,103원을 위 최종 이월결손금의 보전에 충당한다는 의사를 표시한 사실은 이 법원에 현저하므로, 결국 위 9,946,358,103원은 원고의 2008 사업연도 소득금액의 계산에 있어 익금에 산입되지 아니한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. 2)-가) 피고는 먼저, 원고가 감액경정청구 당시 이 사건 돈이 시효로 소멸하였다고만 주장하였을 뿐 ‘자본금과 적립금조정명세서’의 제출을 통해 위 9,946,358,103원을 이월결손금의 보전에 충당한다는 의사를 표시한 바 없으므로, 이 사건 처분은 적법하다는 취지로 주장한다. 살피건대, 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사·확인할 의무가 있으므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서도 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이다. 따라서 그 과세표준 및 세액의 인정이 위법이라고 내세우는 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과한 것이므로, 감액경정청구를 함에 있어 개개의 위법사유에 대하여 모두 주장하여야 하는 것은 아니고, 감액경정청구 당시 주장하지 아니하였던 사항도 그 거부처분 취소소송에서 새로이 주장할 수 있고(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조), 이러한 법리는 해당 세목의 확정방식이 신고납세방식이거나 부과과세방식이거나를 불문하고 적용된다 할 것이다(대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두13425 판결, 대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등의 사실관계 참조). 한편 법인세법 시행규칙 제82조 가 별표 서식으로 규정하고 있는 ‘자본금과 적립금조정명세서’는 납세자와 과세관청의 업무상 편의를 위해 미리 정해둔 서식에 불과할 뿐, 납세자가 위 서식에 의하여 의사표시를 하지 아니하였다고 하더라도, 그 의사표시의 효력이 없다고 할 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

• 나) 피고는 다음으로, 원고는 조세심판원에 심판청구를 하면서 위 9,946,358,103원이 위 최종 이월결손금의 보전에 충당되었다는 주장을 한 적이 없으므로 위 주장은 전심절차를 거친 적이 없고, 원고의 2008 사업연도 법인세에 대한 경정청구기간이 이미 경과하였거나 법인세 부과제척기간이 이미 도래하였으므로, 결국 원고의 위 주장은 각하되어야 한다고 주장한다. 행정소송법 제8조 제2항 이 준용하는 민사소송법에는 당사자가 고의 또는 중대한 과실로 공격방어방법을 뒤늦게 제출함으로써 소송의 완결을 지연시키려고 할 때 법원이 그 공격방어방법을 결정으로 각하할 수 있다는 규정(제149조)만이 존재할 뿐이고, 그 밖의 사유로 당사자가 제출한 소송상의 주장을 각하할 수 있는 근거규정은 존재하지 아니하므로, 법원은 피고가 주장하는 사정으로 원고의 위 주장을 각하할 수 없다. 피고의 위 주장을 본안 판단을 함에 있어서 원고의 위 주장을 이유 없는 것으로 판단해 달라는 취지로 선해하여 보건대, 행정소송이 전심절차를 거쳤는지 여부를 판단함에 있어서 전심절차에서의 주장과 행정소송에서의 주장이 전혀 별개의 것이 아닌 한 그 주장이 반드시 일치하여야 하는 것은 아니고, 당사자는 전심절차에서 미처 주장하지 아니한 사유를 공격방어방법으로 제출할 수 있고(대법원 1999. 11. 26. 선고 99두 9407 판결 등 참조), 한편 납세자가 경정청구 당시 주장하지 아니하였던 공격방어방법을 경정청구기간 내 또는 법인세 부과제척기간 내에 주장하여야 한다고 볼 만한 아무런 근거가 없으므로, 피고의 위 주장 역시 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.