특례부과제척기간을 적용함에 있어 ‘기타 필요한 처분’에 과세단위를 달리 하는 재처분이 포함된다고 보기는 어려움

사 건 2015구합50856 법인세부과처분취소 원 고 AAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2015. 6. 12. 판 결 선 고

2015. 7. 10.

1. 피고가 2013. 11. 8. 원고에 대하여 한 2007 사업연도 법인세 ○○○원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2006. 2. 24. 설립되어 전자부품 제조업, 무역업 등을 영위하는 법인이다.
• 나. 원고는 2006. 7. 8. 주식회사 △△△전자(이하 ‘△△△전자’라 한다)와 대금 ○○○○원(부가가치세 ○○○원 별도)으로 정하여 □□생산설비를 공급받기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였고, △△△전자는 2007. 5. 30. 위 설비를 이 사건 계약 내용에 따라 이란국 소재 원고의 공장에 운송함으로써 공급을 완료하고 원고로부터 설비공급대금으로 합계 ○○○○원을 지급받았다.
• 다. 원고는 2007. 5. 30. △△△전자로부터 공급가액 ○○○○원의 영세율 세금계산서(이하 '이 사건 당초 세금계산서‘라 한다)를 발급받아 2007년 제1기 부가가치세를 신고하였다가, 2007. 8. 20. △△△전자로부터 공급가액 ○○○○원 및 세액 ○○○원으로 기재된 수정세금계산서(이하 ’이 사건 수정세금계산서‘라 한다)를 교부받아 2007. 12. 12. ◇◇세무서장에게 2007년 제1기 부가가치세 ○○○원을 환급해달라는 경정청구를 하였다.
• 라. ◇◇세무서장은 2008. 1. 4. 원고의 위 경정청구를 거부하였고(이하 ‘이 사건 종전 처분’이라 한다), 원고는 이에 불복하여 심판청구를 거쳐 2008. 8. 20. 이 사건 종전처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다. 수원지방법원은 2009. 10. 14. ‘△△△전자의 직원이 이 사건 계약에 따른 거래가 영세율 적용대상에 해당하는 것으로 착오를 일으켜 이 사건 당초 세금계산서를 발행한 것으로 보이므로 이 사건 당초 세금계산서는 필요적 기재사항인 공급가액과 부가가치세액이 착오로 잘못 기재된 경우에 해당하고, 이 사건 당초 세금계산서가 조세포탈 등의 목적으로 사실과 다르게 기재된 세금계산서라고 할 수 없으며, 이 사건 수정세금계산서가 세무서장이 경정하여 통지하기 전 적법하게 발행되었으므로 이 사건 종전 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있다’고 보아 이 사건 종전 처분을 취소하는 판결을 선고하였고(수원지방법원 2008구합8032호), 이에 ◇◇세무서장이 항소하였으나 서울고등법원은 2010. 6. 3. 위 항소를 기각하는 판결을 선고하였으며(서울고등법원 2009누34787호), 이에 ◇◇세무서장이 상고 하였으나 대법원은 2013. 10. 17. 상고기각 판결을 선고하여(대법원 2010두12972호) 제1심판결은 같은 날 확정되었다(이하 위와 같이 확정된 제1심판결을 ‘이 사건 확정판결’이라 한다).
• 마. 2012. 5. 1. 이전된 원고의 본점 소재지를 관할하는 피고는 이 사건 확정판결에 따라 2007년 제1기 부가가치세 ○○○원 및 환급가산금 ○○○원을 환급결정하였다. 또한 피고는 2007 사업연도 법인세 소득금액 계산시 손금산입한 위 부가가치세액 상당 ○○○원을 손금불산입하여 2013. 11. 8. 원고에게 2007 사업연도 법인세 ○○○원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이에 불복하여 2014. 1. 22. 이의신청을 하였으나 ××지방국세청장은 2014. 2. 24. 원고에게 이를 기각하는 결정을 고지하였다. 원고는 이에 2014. 5. 20. 심판청구를 제기하였으나 조세심판원은 2014. 10. 14. 원고에게 이를 기각하는 결정을 고지하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(해당 가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 나. 판단

1. 부과제척기간 도과 여부 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제26조의2 제1항 제3호, 제4항, 구 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호에 의하면, 과세표준과 세액을 신고하는 국세는 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급 공제받은 경우 및 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 해당하지 아니하면 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날부터 5년이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 한편, 법인세는 신고납부 방식의 국세인데, 구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제60조 제1항에 의하면, 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 원고의 2007 사업연도(2007. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지인 것으로 보인다) 법인세의 부과제척기간은 신고기한의 다음 날인 2008. 4. 1.부터 2013. 3. 31.까지 5년간이다. 위 인정사실에 의하면, 피고는 위 2008. 4. 1.부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2013. 11. 8.에 이르러서야 원고에 대하여 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 부과제척기간이 경과한 후에 이루어진 것으로서 위법하다.

2. 특례제척기간 적용 여부

• 가) 피고의 주장 원고는 2007 사업연도에 매입한 이 사건 □□생산설비의 공급가액을 ○○○○원으로 산정하여 손금에 산입하였는데, 그 중 ○○○원이 이 사건 확정판결에 따라 부가가치세의 매입세액으로서 원고에게 환급되었으므로 이에 부수하여 위 부가가치세의 매입세액 상당액은 구 법인세법 제21조 제1호 에 따라 손금에 산입하지 아니하여야 한다. 이 사건 처분은 이 사건 확정판결에 따라 원고에 대한 당초의 2007 사업연도 법인세 부과처분의 잘못을 바로잡은 데 불과한 것이므로 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 가 규정한 ‘필요한 처분’에 해당한다. 피고는 이 사건 확정판결의 확정일부터 1년 이내에 이 사건 처분을 하였으므로 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 에 따라 특례제척기간이 경과되지 아니하였다.
• 나) 판단

(1) 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 에 의하면, 부과제척기간이 경과하였더라도 행정소송법에 의한 소송에 대한 판결 등이 확정된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 판결 등에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다. 위 조항의 문언상 과세권자로서는 당해 판결 등에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 등이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 판결 등에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니다(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 등 참조).

(2) 위 법리 및 아래와 같은 사정을 고려하면, 이 사건 종전 처분과 관련된 부가가치세와 세목이 다른 이 사건 처분에는 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 에서 규정한 특례제척기간이 적용되지 아니한다고 할 것이므로, 피고의 주장은 이유 없다. (가) 당초 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 에 따른 특례제척기간은 국세에 관한 부과처분이 있은 후에 그 처분에 대한 행정심판 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 경과되어 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 확정된 경우에 있어서 과세관청이 쟁송절차에서 유리한 결과를 이끌어 낸 납세자에 대하여 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사태가 발생하는 것을 방지하고 납세자에게 유리한 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있도록 하기 위한 목적으로 신설되었다. 특례제척기간에 관한 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위한 경우에만 적용된다고 할 것은 아니지만(대법원 1996. 5. 10. 선고 93누4885 판결 등 참조), 특례제척기간의 적용범위를 지나치게 확장하는 것은 이러한 입법취지에 반한다. (나) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 그 중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구된다. 그런데 ‘경정’은 본디 기존 과세처분의 세액을 증감시키는 것을 의미하므로, 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 에 규정된 ‘경정결정’도 문언상 동일한 과세단위를 전제하는 것으로 볼 여지가 많다. 같은 호에 규정된 ‘기타 필요한 처분’의 경우도 그 앞에 ‘경정결정’만 열거되어 있는 문맥과 앞서 본 엄격해석의 원칙 등에 비추어 경정결정과 유사한 성질의 것을 의미한다고 보아야 하므로, ‘기타 필요한 처분’에 과세단위를 달리 하는 재처분이 포함된다고 보기는 어렵다. (다) 조세소송에서 확정된 판결의 기속력이 미치는 범위는 그 심판의 대상인 과세단위로 제한될 뿐이고, 그 판결 이유 중에 별개의 과세단위에 관련된 판단이 이루어졌다 하더라도 이러한 판단에 기속력이 있다고 할 수 없다. 따라서 그러한 판단이 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 에 규정된 ‘해당 판결’에 해당하여 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분의 근거가 된다고 할 수 없다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결 등 참조). 이 사건 확정판결에서 원고의 2007년 제1기 부가가치세의 매출세액에서 공제되어야 할 매입세액이 ○○○원이라는 점에 관한 판단이 이루어졌고, 이러한 판단은 원고의 2007 사업연도 법인세의 소득금액 산정과 관련이 있으나, 2007 사업연도 법인세는 이 사건 확정판결의 심판대상인 2007년 제1기 부가가치세와는 별개의 과세단위이므로 이 사건 확정판결이 이 사건 처분의 근거가 된다고 할 수 없다. (라) 특례제척기간은 납세자의 신뢰보호와 조세 관련 자료의 일실로 인한 방어권 행사의 곤란 등을 고려하여 인정되는 부과제척기간의 예외로서 인정되는 것이므로, 납세자의 신뢰보호 필요성이나 자료 일실의 가능성이 적은 경우에 한정하여 적용된다고 보아야 한다. 그런데 이 사건 처분은 원고가 당초 불복하지 아니하였을 뿐만 아니라 이 사건 종전 처분과 관련된 부가가치세와 세목의 종류가 전혀 다른 2007 사업연도 법인세를 대상으로 한다. 따라서 동일한 과세단위를 대상으로 하는 재처분이나 세목이 달라지더라도 동일한 사실관계에 대한 법적 평가만이 달라지는 재처분의 경우 등과 비교할 때 이 사건 처분과 같은 재처분을 허용할 경우 원고의 신뢰를 침해하는 정도가 중하므로 부과제척기간 도과에 대한 원고의 신뢰는 보호되어야 한다.

그러므로 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.