과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도 사실과 다른 세금계산서에 해당함

사 건 2015구합12397 부가가치세부과처분취소 원 고 황AA 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2016. 5. 11. 판 결 선 고

2016. 6. 24.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2015. 4. 21. 1) 원고에게 한 2014년 제2기 부가가치세 4,088,532원(가산세 포함) 부과처분을 취소한다.

• 가. 부동산임대업을 영위하는 원고는 2014. 9. 15. 주식회사 BBB(이하 ‘BBB’라 한다)에게 자신이 임대하는 건물인 서울 OO구 OO동 OO-OO OOO빌딩의 엘리베이터 승강로 공사를 공사대금 64,800,000원(부가가치세 포함), 공사기간 2014. 9. 15.부터 2014. 12. 5.까지로 정하여 도급을 주었다.
• 나. 원고는 2014. 11. 4. 5백만 원, 2014. 12. 9. 3,500만 원 합계 4,000만 원을 BBB에 공사대금으로 지급하고, 2015. 1. 16. BBB로부터 작성일자를 2014. 12. 30.으로 기재한 전자세금계산서(공급가액 36,363,637원, 세액 3,636,363원, 이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 발급받아, 2014년 제2기 부가가치세 신고시 매입세액을 공제받았다.
• 다. 피고는 이 사건 세금계산서는 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서이므로 매입세액 불공제 대상이라고 보아, 2015. 4. 21. 원고에게 부가가치세 4,088,530원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 2015. 6. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2015. 8. 24. 기각결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 세금계산서는 공급자인 BBB의 잘못으로 지연발급된 것인데, 피고는 원고가 정당한 거래를 통하여 공제받은 부가가치세 매입세액을 불공제하였다. 이 사건 처분은 실질과세 원칙에 위배되는 것으로서 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 부가가치세법(이하 ‘법’이라 한다) 제39조 제1항 제2호는 발급받은 세금계산서에 법 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액을 불공제 대상으로 규정하면서, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26983호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’이라 한다) 제75조 제2호는 ‘발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우’를, 제3호는 ‘재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(법 제34조 제3항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)’를 위 법 제39조 제1항 제2호 단서에 따라 공제받을 수 있는 매입세액으로 규정하고 있다. 한편 법 제34조 제3항은 재화 또는 용역의 공급시기 이후 세금계산서를 발급할 수 있는 경우를 규정하고 있는데, 위 규정을 적용받는 경우에는 부가가치세 과세기간이 종료된 이후더라도 종료일이 속하는 달의 다음 달 10일까지는 적법하게 세금계산서를 발급할 수 있다.

2. 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행․교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원 포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 원칙적으로 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이다. 법 제39조 제1항 제2호 본문의 해석상 매입세액의 공제가 부인되는 "세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 '작성연월일'이 사실과 다르게 기재된 경우"라 함은 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미한다. 그러나 그러한 경우에도 같은 구 시행령 제75조 제2호에 의하여 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하지만, 이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우(이러한 경우이면 세금계산서 상의 '작성연월일'이 실제작성일로 기재되든, 사실상의 거래시기 또는 어느 특정시기로 소급하여 기재되든 묻지 아니한다.) 또는 과세기간 종료 후 작성된 세금계산서라고 하더라도 법 제34조 제3항 각 호의 규정에 따라 적법한 세금계산서로 인정되는 경우에 한한다고 보아야 한다. 따라서 그 밖에 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도 법 제39조 제1항 제2호 본문 소정의 '필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된' 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니 된다(대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 참조).

3. 위 법리에 따라 보건대, 이 사건 세금계산서는 2014년 제2기 부가가치세 과세기간이 종료된 후인 2015. 1. 16.에 작성연월일을 소급하여 작성한 것으로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로, 원고는 원칙적으로 해당 매입세액을 공제받을 수 없다. 또한 이 사건 세금계산서는 과세기간 종료일로부터 10일이 경과한 후에 작성되었으므로 법 제34조 제3항에 따라 적법한 것으로 인정될 여지도 없다. 앞서 본 바와 같이 부가가치세법이 거래당사자 사이에 서로 세금계산서를 주고받고 위 세금계산서에 기재된 매입세액을 공제하도록 규정한 것은, 공급받는 자가 매입세액의 지출사실을 세금계산서로 증명하여 거래징수를 당한 매입세액을 환급하여 준다는 의미도 있지만, 거래당사자 사이에서 특정 과세기간에 상호 거래가 있었다는 사실이 노출되도록 함에도 중요한 의의가 있으므로(공급자로부터 수납한 매출세액을 공급받는 자에게 매입세액으로 환급하여 주는 것만으로는 정부는 세수를 확보하지 못한다), 적법한 세금계산서를 발급받지 못한 원고가 매입세액을 공제받지 못한다고 하여 이것이 실질과세 원칙에 위반된다고 할 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없어 기각하고 소송비용은 패소자인 원고가 부담하도록 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 원고는 소장 청구취지에서 처분일자를 2015. 4. 24.로 기재하였으나, 갑 제5호증에 의하면 오기임이 분명하다.