구 조 세특례제한법 제99조의3 적용시 감면 부분 해석사항은 당연무효에 해당하지 아니함.

사 건 2015구단60559 양도소득세 부과처분 무효확인의 소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2016. 2. 24 판 결 선 고

2016. 4. 6.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2012. 5. 8. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 87,652,280원의 양도소득세 부과처 분은 무효임을 확인한다.

• 가. 원고는 1997. 7. 29. 서울 영등포구 00동 000-00 시범아파트 0동 000호(이하 ‘이 사건 종전주택’이라 한다)를 취득하였다가 이 사건 종전주택이 재건축되어 2002. 8.

28. 서울 영등포구 00동 000 0000아파트 000동 0000호(이하 ‘이 사건 신축주 택’이라 한다)를 취득하였다.

• 나. 원고는 2006. 4. 7. 이 사건 신축주택을 양도하였는데, 이 사건 종전주택을 취득 한 날부터 5년 이내의 양도라는 이유로 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762 호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항에 따라 양도소득세 전액을 감면세액으로 하여 2006년 귀속 양도소득세를 신고하였다.
• 다. 그런데 피고는 이 사건 종전주택의 취득일부터 이 사건 신축주택의 취득일 전날 까지 발생한 양도소득금액은 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감되는 금액이 아니 라고 보아, 2012. 5. 8. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 87,652,280원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 3, 4호증, 을 1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 신축주택 취득일부터 5년 이내의 양도의 경우 양도소득세 전액이 감면된다고 구 조 세특례제한법 제99조의3 제1항은 명확하게 규정하고 있음에도 불구하고 피고는 구 조 세특례제한법 제99조의3 제1항의 해석을 잘못하여 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사 건 처분은 무효이다.
• 나. 판단 하자 있는 행정처분이 당연무효가 되기 위해서는 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지 여부를 판별함에 있어서는 그 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동 시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요하는바, 행정청이 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법률의 규정을 적용하여 행정처분을 한 경우 에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명 백히 밝혀져 그 해석에 다툼의 여지가 없음에도 불구하고 행정청이 위 규정을 적용하 여 처분을 한 때에는 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사 실관계에 대하여 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하 여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 행정관청이 이를 잘못 해석하여 행정처분을 하였더라도 이는 그 처분 요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없는 것이다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2002다68485 판결 참조). 살피건대, 구 조세제한특례법 제99조의3 제1항 본문은 “거주자가 …… 신축주택 (……)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고(이하 ’전단‘이라 한다), 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일 부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다(이하 ’ 후단‘이라 한다)”고 규정하고 있는바, 이 사건 처분 당시 신축주택의 취득일로부터 5년 이내의 양도한 경우의 구 조세특례제한법의 해석에 있어서 양도소득의 발생 기산일이 ‘신축주택의 취득일’로 되어 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지 의 양도소득은 위 조항이 규정하고 있는 감면대상이 아니라는 견해와 구 조세제한특례 법 제99조의3 제1항이 전단에서 감면대상이 되는 양도소득의 발생기산일은 특별히 명 시하고 있지 않으며 후단과 달리 전단에서는 감면되는 세액을 안분하는 산식을 별도로 마련하지 아니한 점, 입법취지 등을 고려할 때 종전주택 취득일부터 신축주택을 양도 한 때까지의 전 기간에 발생한 소득 전액이 감면되어야 한다는 견해 등으로 나뉘어 감면대상이 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되 는 것인지 “종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득”으로 확대할 것인지 그 해석에 다툼의 여지가 있었으므로, 피고로서는 그러한 해 석에 다툼의 여지가 있어 이를 잘못 해석하여 이 사건 처분을 한 것이니 그 하자가 명 백하다고 할 수 없다. 따라서 이 사건 처분이 무효라는 원고의 주장은 이유 없다(이 사건 처분의 경우 법 적 구제수단이 갖추어져 있으므로 당연무효가 되기 위해서는 하자가 중대하여야 할 뿐 만 아니라 명백하여야 한다고 보더라도 원고의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당 하다고 볼 수 없으니 하자가 명백하지 않아도 예외적으로 당연히 무효라고 보아야 하 는 사안에 해당한다고 볼 수 없다).

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.