농지를 경작한 것은 법인인 것으로 보여 양도소득세 감면 대상에 해당하지 않음

사 건 2015구단59399 양도소득세부과처분취소 원 고 임AA 피 고 YY세무서장 변 론 종 결

2016. 3. 15. 판 결 선 고

2016. 4. 1.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2014. 12. 1. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 양도소득세 ○○○원의 부과처분 중 ○○○원을 초과하는 부분을 취소한다.

• 가. 원고는 1998년 BB시 CC동 424-1 잡종지 104㎡, 같은 동 424-3 답 1,170㎡,같은 동 424-5 답 98㎡(이하 이 사건 CC동 3필지)를 취득하여 2013. 10. 2. DDDD영농조합법인(이하 소외 법인)에 양도하였고, 2013. 11. 18. 위 424-3 및 424-5 토지(이하 이 사건 농지)에 대하여 장기보유특별공제 및 조세특례제한법상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 피고는 원고가 이 사건 농지에 대한 자경요건을 충족하지 못하였다고 보아, 장기보유특별공제 및 자경농지에 대한 양도소득세감면 적용을 배제하고 2014. 12. 1. 원고에 대하여 2013년 귀속 양도소득세 ○○○원(가산세 ○○○원 포함)의 부과처분(이하 이 사건 처분)을 하였다.
• 다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 심사청구를 하였으나 2015. 6. 9. 기각되었다.

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 농지를 보유하는 기간 내내 이 사건 농지에서 직접 버섯농사를 하였으므로 조세특례제한법 제69조 에 따라 양도소득세를 감면받아야 한다. 따라서 양도소득세를 감면해주지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관련 법리 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항은 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것) 제66조 제13항은 위 ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’이란, 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다고 규정하고 있다. 한편 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건으로서 양도한 토지를 직접 경작한 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 1994. 10. 21. 선고 94누996 판결 등 참조).
• 다. 판단 1) 갑 7, 8, 9, 12, 13, 20호증의 각 기재에 의하면, 원고는 이 사건 CC동 3필지를 취득하기 전 EE에 거주하다가 1998. 6. 16. 이 사건 CC동 3필지 인근의 BB시 CC동 199에 전입신고한 이래 2013. 12. 4.까지 계속 위 주소지에 주민등록을 해왔던 사실, 원고가 본인 명의로 2000년부터 2006년까지 사이에 BB농협으로부터 수 차례영농자금 대출을 받았고, 2002년부터 2004년까지 표고버섯분말에 대한 시험성적서를 받았으며, 2002년부터 2008년까지 지속적으로 면세유를 구입한 사실, 2002년 한국식품공업협회장으로부터 식품제조가공업에 대한 위생교육 수료증을 받은 사실, 이 사건 농지의 인근에 거주하는 주민들 명의의 ‘원고가 이 사건 CC동 3필지에서 위 기간동안버섯농사를 자경하였다’는 취지의 사실확인서가 제출된 사실은 인정된다. 2) 그러나 갑 2호증, 을 2 내지 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음 사정들을 종합하면, 위 인정사실만으로는 원고가 이 사건 농지를 8년 이상 자경하였다는 사실을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

○ 원고가 이 사건 농지를 보유한 기간 동안의 소득내역은 다음과 같다.

○ 원고는 2001. 1. 2.부터 2006. 2. 23.까지 EE FF구 GG동에서 보일러업을 하는 HH기업사의 사업자로 등록하여 약 10억 원 상당의 사업소득을 얻었고, 2008. 4. 24.부터 2010. 12. 31.까지 같은 동에 위치한 가스검사대행업을 하는 주식회사 JJJJJ 대표이사였으며, 2000. 3. 1.부터 2013. 3. 31.까지 같은 동에 위치한 주식회사 KKKKK로부터 매 년 약 2,000만 원의 근로소득을 지급받아온 것으로 신고되었다.

○ 원고는 위 HH기업사는 자신의 처가 실질적인 운영자라고 주장하나, 원고의 처 박주옥은 위 기간동안 HH기업사에서 매 년 1,000만원 미만의 근로소득만을 얻었던 것으로 신고되었다.

○ 원고는 KKKKK로부터 지급받은 근로소득에 대해서, 자신의 자격증(건설기계기사 1급) 대여에 따른 소득이고, KKKKK의 대표 신LL 역시 자신이 월 30만원에 원고의 자격증을 빌린 것이라고 주장하나, 원고가 KKKKK로부터 받은 근로소득이 매년 일정하지 않고 2005년에는 소득이 없는 등 자격증 대여소득이라고 단정할 수 없다.

○ 원고 스스로도 이 사건 CC동 3필지 중 이 사건 농지에 대해서만 자경하였다고 주장하고 있음에도, 이 사건 농지의 인근에 거주하는 주민들 명의의 위 사실확인서에는 ‘원고가 이 사건 CC동 3필지 전부에서 버섯을 자경’하였다고 기재되어 있어 신빙성이 떨어진다.

○ 원고는 2001. 11. 17. DD버섯농원이라는 사업체를 만들어 버섯 농사를 하여오다가 세제 해택을 받기 위하여 2002. 5. 16. 동생 임MM 등과 함께 버섯 농사 등을 목적으로 하는 소외 법인(주사무소는 원고의 주소지였던 BB시 CC동 199였으나 2009. 1. 15. 이 사건 농지로 변경)을 설립하였다. 소외 법인은 실제로 조세특례제한법 제66조 (영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제)에 따라 상당한 액수의 법인세를 면제 받은 반면, 원고는 2002. 12. 31. DD버섯농원을 폐업하여 그 이후 버섯 농사로 인한 사업소득이 없다. 따라서 원고가 주장하는 자경활동들은 원고가 아니라 소외 법인의 경작이었다고 보인다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.