과세제척기간이 일단 만료되면 과세권자로서는 어떠한 처분도 할 수 없음

사 건 2015구단22656 양도소득세경정거부처분취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2016.5.11. 판 결 선 고 2016.6.17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2015. 3. 11. 원고에 대하여 한 양도소득세경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1983. 5. 17. 서울 CC구 DD동 00-000 지상 주택(이하 ‘이 사건 종전주택’이라 한다)을 취득하였다가 이 사건 종전주택이 재개발되어 2003. 6. 7. 서울 CC구 DD동 000 EEEEEE아파트 000동 000호(이하 ‘이 사건 신축주택’이라 한다)에 관하여 사용승인을 취득하였다.
• 나. 원고는 2007. 1. 19. 이 사건 신축주택을 양도하였는데, 2007. 3. 31. 이 사건 종전주택을 취득한 날부터 5년 이내의 양도라는 이유로 구 조세특례제한법(2002. 12.11.법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제99조의3 제1항에 따라 양도소득세 전액을 감면세액으로 하여 2007년 귀속 양도소득세를 신고하였다.
• 다. 그런데 피고는 이 사건 종전주택의 취득일부터 이 사건 신축주택의 취득일 전날까지 발생한 양도소득금액은 감면 대상이 아니라고 보아 2013. 4. 10. 원고에게 2007년 귀속 양도소득세 00,000,000원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 양도소득세부과처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 심판청구를 제기하였으나 2013. 6. 27. 기각되었다.
• 마. 구 조세특례제한법에 제99조의3 제1항 본문 전단의 신축주택의 취득일부터 5년이내의 양도의 경우에는 기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득과 신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득을 구분할 필요 없어 신축주택의 양도에따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다는 취지의 대법원 판결(2014. 12. 11. 선고2013두12690 판결, 이하 ‘이 사건 대법원판결’이라 한다)이 선고되자 원고는 피고가 이 사건 양도소득세부과처분 당시 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문 전단을 잘못 해석하여 적용한 위법이 있다는 이유로 2015. 1. 15. 피고에 대하여 2007년 귀속 양도소득세 00,000,000원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 바. 피고는 2015. 3. 11. 원고에 대하여 이 사건 신축주택은 2007. 1. 19. 양도한 물건이므로 국세부과제척기간이 경과하였다는 이유로 양도소득세 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 사. 원고는 이 사건 처분에 대하여 심판청구를 제기하였으나 2015. 10. 5. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 4호증, 을 1호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 (1) 국세기본법 제26조의2 제1항 은 국세부과권의 존속기간을 정한 것으로 국세의 부과처분 또는 기존의 국세부과처분에 대한 증액경정처분 등 납세자에게 불리하게 국세를 부과할 권한의 존속기간을 정한 것에 그칠 뿐 납세자에게 유리하게 기존의 국세부과처분의 전부 또는 일부를 취소하는 의미가 있는 감액경정처분의 권한까지 위 존속기간으로 제한한 취지라고 볼 수 없으므로, 감액경정처분의 경우 국세기본법 제26조의2 에서 규정한 기간의 제한을 받지 아니하고 언제든지 가능하다. 따라서 이 사건 양도소득세부과처분이 위법하다는 취지의 원고의 감액경정청구를 받은 피고로서는 감액경정을 할 것인지 여부에 관하여 실질적으로 판단하여야 함에도 국세기본법 제26조의2 규정을 잘못 해석하여 제척기간이 경과하였다고 보고 이 사건 처분을 하였으므로, 이사건 처분은 위법하다.

(2) 이 사건 대법원판결이 선고되면서 피고가 원고에게 이 사건 양도소득세부과처분 당시 근거로 한 구 조세특례제한법 제99조의3 의 효력과 관계되는 과세관청의 처분이 취소되거나 그에 준하는 사유가 있는 경우에 해당하게 되었으므로 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제1호, 제4호에서 정한 후발적 경정청구 사유에 해당한다. 피고는 국세기본법 제18조 제1항 에 따라 세법을 해석․적용함에 있어서 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 할 의무가 있음에도 이에 위반하여 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다고 보고 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 이 사건 대법원판결을 통하여 처분청의 해석 및 처분이 잘못되었음이 확정되었음에도 불구하고 단지 소송절차에 참가하지 않고 제척기간이 경과하였다는 이유로 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 한 것은 납세자의 재산을 과도하게 제한하는 것이고, 신의성실원칙에도 어긋나는 것이다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 판단

(1) 첫 번째 주장에 대한 판단 살피건대, 국세기본법 제26조의2 제1항 에서 정한 과세제척기간이 일단 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙이라고 할 것이므로(대법원 2002. 9. 24. 선고 2000두6657 판결 등 참조), 감액경정처분의 경우 국세기본법 제26조의2 에서 규정한 기간의 제한을 받지 아니하고 언제든지 가능하다는 전제의 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 대한 판단 피고가 세법을 해석․적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 하고(국세기본법 제18조 제1항), 이러한 세법 해석의 기준을 적용함에 있어 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 조세법률주의 원칙에 따른 한계를 따라야 할 것이다. 살피건대, 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제45조의2 제2항, 국세기본법 시행령 제25조의2 에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우에 준하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있는바, ① 이 사건에서 후발적 경정청구 사유를 폭넓게 인정하는 것이 원고의 재산권을 보호하는 것이라고 하더라도 조세법률주의의 원칙에 따라 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한 점, ② 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우에 준하는 사유는 양도소득세의 경우 자산의 양도의 효력, 소득의 실현 등에 변동이 생겨 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우로 해석되는바, 이 사건 대법원판결은 이 사건 양도소득세부과처분 당시 피고가 조세특례제한법에 제99조의3 제1항 본문 전단을 해석한 것과 다르게 해석한 것일 뿐 이 사건 양도소득세부과처분 당시의 과세표준 및 세액의 산정기초, 즉 이 사건 신축주택에 관한 매매계약의 효력, 소득의 실현 등에 변동이 생긴 경우에 해당한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 대법원판결이 있다고 하여 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제1호, 제4호에서 정한 후발적 경정청구사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 세 번째 주장에 대한 판단 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는데(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두12144 판결 등 참조), 이 사건에서 과세관청이 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하고 원고가 그 견해표명을 신뢰하 여 무엇인가 행위를 하였고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 원고의 이익이 침해되는 결과가 초래되었다고 볼 아무런 자료가 없으므로, 신의성실의 원칙이적용된다고 할 수 없다. 또한 이 사건 대법원판결을 통하여 이 사건 양도소득세부과처분의 전제인 처분청의 법률 해석이 잘못되었다는 것이 밝혀졌다고 하더라도 조세법률관계의 신속한 확정이라는 제척기간의 취지와 원고는 이 사건 양도소득세부과처분을 다툴 기회가 있었으나 이를 다투지 아니한 점 등을 고려하여 보면 제척기간을 경과하였다는 이유만으로 경정을 거부한 것이 재산권을 침해하였다고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.