100분의 10의 양도소득세율을 적용받는 ‘중소기업’에 해당하는지 여부는 양도일 현재를 기준으로 하는 것임

사 건 2014구합75193 양도소득세부과처분취소 원 고 김〇〇 피 고 강동세무서장 변 론 종 결

2015. 6. 25. 판 결 선 고

2015. 8. 27.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2014. 4. 1. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 양도소득세 1,687,437,170원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 비상장법인인 주식회사 한국□□□□□□□□□□방송(상호를 ‘주식회사 AAA□□□□□□□□□□’로 변경하였으며, 이하 ‘이 사건 회사’라 한다) 발행주식 261,000주를 보유하고 있었는데, 그 중 171,100주(이하 ‘이 사건 제1주식’이라 한다)를 2009. 7. 21. 주식회사 BBBBBBB(이하 ‘BBBBBBB’이라 한다)에게 대금 412억 원에 양도한 후 2009. 11. 27. 양도소득세율 100분의 10을 적용하여 2009년 귀속 양도소득세를 신고‧납부하였다.
• 나. 이후 원고는 2012. 8. 24. 주식회사 AAA(이하 ‘AAA’이라 한다)에게 나머지 주식 90,000주(이하 ‘이 사건 제2주식’이라 하고, 이 사건 제1주식과 합쳐서 ‘이 사건 각 주식’이라 한다)를 대금 162억 900만 원에 양도한 후 2012. 11. 30. 양도소득세율 100분의 10을 적용하여 2012년 귀속 양도소득세를 신고‧납부하였다.
• 다. 피고는 이 사건 제2주식 양도일 현재 이 사건 회사가 ‘중소기업’에 해당하지 않는다고 보아 양도소득세율 100분의 20을 적용하여 2014. 4. 1. 원고에게 2012년 귀속 양도소득세 1,687,437,170원을 경정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고가 이 사건 처분에 불복하여 2014. 5. 8. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2014. 5. 8. 기각되자, 원고는 여기에 불복하여 2014. 12. 22. 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거: 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

• 가. 원고의 주장 이 사건 제1주식 양도와 이 사건 제2주식 양도의 각 매매계약서는 대금지급과 명의개서를 위한 부수적인 계약서에 불과하고, 이 사건 제1주식 양도시 작성한 매매계약서의 부속합의서가 원고가 보유하던 이 사건 회사 발행주식 전부를 매매하는 것을 내용으로 하는 실질적인 주된 계약서로서, 이 사건 제1주식 양도와 이 사건 제2주식 양도는 위 부속합의서에 의하여 연결된 하나의 양도계약에 따른 것이다. 그런데 100분의 10의 양도소득세율을 적용받는 ‘중소기업’에 해당하는지 여부는 주식매매계약 당시를 기준으로 판단해야 할 것인바, 그렇다면 이 사건 회사가 중소기업인지 여부는 이 사건 제1주식 양도시 매매계약서와 그 부속합의서가 작성된 2008. 12. 17.이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재를 기준으로 판단하여야 하고, 이러한 기준에 따를 때 이 사건 회사는 중소기업에 해당하므로, 이 사건 회사가 중소기업에 해당하지 않는다는 전제 하에 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지와 같다.
• 다. 판단 앞서 살펴본 인정사실 및 증거들에 갑 제4 내지 6호증의 각 기재와 증인 신☆☆의 증언 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, 이 사건 회사는 2003. 3. 20. 설립되었는데, 원고가 그 지분의 58%를, AAA이 그 지분의 19%를, AAA의 100% 자회사인 BBBBBBB이 그 지분의 23%를 보유해 온 사실, 원고와 AAA의 약정을 통하여 이 사건 회사 본점은 ○○도 ○○ 지역에서 원고가 독점적으로 영업을 하고, 그 지점은 AAA이 운영하되 ○○도 ○○ 지역 이외 ○○도 지역(○○시, ○○시, ○○○시, ○○군, ○○군, ○○군 등)에서는 ‘CC방송’과 같이 영업을 해 온 사실, 이후 원고와 AAA은 경영 합리화를 위하여 2007. 11.경부터 원고가 AAA에 자신이 보유한 이 사건 회사의 지분을 양도하기로 하는 협상을 하였고, 양자는 방송가입자 수와 회계법인에 의한 실사 등을 거쳐 매매가격을 515억 원으로 합의를 하였는데, AAA의 자금사정 등으로 인하여 AAA은 2008. 12. 17. 원고로부터 원고가 보유한 이 사건 각 주식 중 이 사건 제1주식만을 412억 원에 매수하되 자회사인 BBBBBBB의 명의로 매수하기로 한 사실(이하 ‘이 사건 제1매매’라 한다), 원고와 AAA은 이 사건 제1매매계약의 체결과 동시에 ‘부속합의서’를 작성하였는데(이하 ‘이 사건 부속합의서’라 한다), 그 부속합의서에 따르면 원고가 AAA에게 잔여주식인 이 사건 제2주식에 대한 우선매수권을 부여하기로 하고, 그 대금은 처음 합의에서 정한 515억원에서 제1매매계약의 대금 412억 원을 제외한 103억 원으로 하되, 이에 대하여 AAA이 잔여주식 매수에 대한 계약금을 지급할 때까지 연 6%에 해당하는 이자를 추가로 지급하기로 한 사실, 이 사건 부속합의서 상의 약정에 따라서 원고와 AAA은 2012. 8. 24. 이 사건 제2주식에 대한 매매계약을 체결하면서(이하 ‘이 사건 제2매매’라 한다) AAA이 원고에게 이 사건 제1매매계약 및 이 사건 부속합의서 작성 당시 정한 주식매매대금 103억 원과 위 약정에 따른 103억 원에 대한 연6%의 이자 19억 9백만 원 이외에, 정산금 명목으로 40억 원을 추가로 지급하기로 한 사실(따라서 이 사건 제2매매계약의 대금이 162억 9백만 원이 되었다), AAA은 원고에게 2012. 8. 24. 계약금명목으로 12,209,000,000원을, 2012. 11. 30. 잔금 명목으로 40억 원을 지급한 사실을 각 인정할 수 있는바, 위 인정사실들을 종합하여 보면, 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 제1매매계약과 제2매매계약은 이 사건 부속합의서에 따라서 전체적으로 AAA이 원고로부터 원고가 보유한 이 사건 각 주식 전체를 매수하기로 하는 계약의 일부이고, 이 사건 제1매매계약의 실제 매수인도 AAA으로 평가할 수 있으며, 다만 AAA의 자금사정에 따라서 주식의 명의이전과 대금지급이 시기적으로 나누어 진 것으로 볼 수 있고, 한편 앞서 살펴본 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 이 사건 회사는 이 사건 제1매매계약 당시에는 구 중소기업기본법(2011. 7. 25. 법률 제10952호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제1호, 구 중소기업기본법 시행령(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되기 전의 것) 제3조에 따른 중소기업에 해당하였으나, AAA이 이 사건 제1주식을 양수하였기 때문에 이 사건 제2매매계약 및 그에 따른 대금청산일 당시에는 구 중소기업기본법(2014. 1. 14. 법률 제112240호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제1호, 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제2호 나목에 따라서 중소기업에 해당하지 않게 된 사실을 인정할 수 있다. 한편, 구 소득세법(2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘소득세법’이라 한다) 제104조 제1항 제11호는 ‘대통령령으로 정하는 중소기업’의 주식에 대해서는 100분의 10의 양도소득세율을 적용하도록 하고 있고, 그 위임을 받은 소득세법 시행령 제167조의8 은 “법 제104조 제1항 제11호 가목에서 ’대통령령으로 정하는 중소기 업‘이란 주식등의 양도일 현재 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.”라고 규정하고 있으므로, 양도일 현재 중소기업인지 여부에 따라 양도소득세율이 달라지게 된다. 그런데 소득세법 제98조 는 ‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.’라고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 소득세법 시행령 제162조 제1항 은 “법 제98조 전단에서 ‘대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우’란 다음 각 호의 경우를 말한다.”라고 규정하면서, 제2호에서는 ‘대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등 록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일’이라고 규정하고 있는바, 이 사건 제2주식의 경우 그 대금청산이 이루어진 시점이 2012. 11. 30.이므로 그 양도일 역시 2012. 11. 30.이라고 보아야 한다(이 사건 제1, 2매매계약을 전체로 하나로 본다고 하더라도, 그 전체 대금청산이 이루어진 시점은 역시 2012. 11. 30.이므로 마찬가지이다). 따라서 앞서 살펴본 바와 같이 이 시점에는 이 사건 회사가 중소기업이 아니었으므로 이 사건 제2 주식의 양도에 100분의 20의 양도소득세율을 적용하여 이루어진 이 사건 처분은 적법하다고 보아야 한다(다만, 이 사건 제2주식매매계약서에 따르면 이 사건 제2주식에 대한 명의개서는 2012. 8. 24. 이루어진 것으로 볼 여지가 있는데, 이 시점을 기준으로 이 사건 회사가 중소기업인지 여부를 판단한다고 하더라도 결과적으로 차이가 없다). 결국 원고의 청구는 받아들일 수 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.