폐석회 처리비용은 침전지의 형상을 변경시켜 사실상 토지의 이용가치를 증진시키는 자본적 지출에 해당함

사 건 2014구합74831 법인세등부과처분취소 원 고 AA아이 주식회사 피 고 남대문세무서장 변 론 종 결

2016. 7. 1. 판 결 선 고

2016. 8. 26.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에 한, 2013. 3. 27.자 2007 사업연도 귀속 법인세 ○○○원(가산세포함) 및 농어촌특별세 ○○○원(가산세 포함)의 부과처분 및 2013. 11. 26.자 2010 사업연도 귀속 법인세 ○○○원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 ○○○원(가산세 포함), 2011 사업연도 귀속 법인세 ○○○원(가산세 포함)및 농어촌특별세 ○○○원(가산세 포함), 2012 사업연도 귀속 법인세 ○○○원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 ○○○원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고(원래 상호가 □□화학 주식회사였는데 2009. 4. 1.경 현재의 상호로 변경되었다)는 1959년경 소다회 등 각종 화학제품 제조, 판매 등을 목적으로 설립되었다. 원고는 1963. 6.경부터 1967. 2.경까지 인천 남구 ○○-○ 등 일대에 공장 건설허가 및 공유수면매립면허를 받고 공장용지, 폐석회 투기장(소다회를 생산하는 공정에서는 석회석 잔류물인 폐석회가 나오게 된다), 저수지 조성 목적으로 공유수면을 매립(공장용지는 해수면 + 10m, 폐석회 투기장은 해수면 + 6.5m)하고, 공장(이하 ‘인천공장’이라 한다)을 신축하여 1968. 4.경부터 1971. 6.경까지 준공인가를 받고, 인천공장을 가 동하기 시작하였다.
• 나. 1) 원고가 인천공장을 가동하면서 발생한 폐석회를 즉시 처리하지 못하고 적치함에 따라 2004. 3.경 인천공장의 소다회 생산을 중단할 때까지 침전지(폐석회를 투석하여 매립된 토지, 이하 ‘이 사건 침전지’라 한다)의 폐석회 적치 표고가 공유수면매립면허에서의 표고인 해수면 + 6.5m를 초과하였다(이하 공유수면매립면허의 표고를 초과하여 적치된 폐석회를 ‘상부폐석회’라 하고, 공유수면매립면허의 표고 이하에 매립된 폐석회를 ‘지하폐석회’라 한다). 한편, 1991. 9.경부터는 폐석회가 폐기물관리법상 폐기물로 분류됨에 따라 원고는 상부폐석회에 대한 처리의무를 부담하였다.

2. 그런데, 인천공장 주변 아파트 주민들이 폐석회로 인하여 피해를 입었다며 민원을 제기하기 시작하였고, 2002. 11.경 ‘□□화학 폐석회의 적정 처리방안 모색을 위한 시민위원회’(이하 ‘시민위원회’라 한다)가 구성되었다. 원고는 시민위원회가 2003. 4.경 작성한 ‘□□화학 폐석회 처리 방안 보고서’를 토대로 2003. 12. 31. 인천광역시, 인천광역시 남구, 시민위원회와 ‘폐석회 처리 협약서’를 작성하였다(이하 ‘이사건 협약’이라 한다). 그 주요내용에 ‘① 인천공장 내 해수저수지(원고가 공업용수로 사용하던 곳으로 인천 남구 ○○-○의 5필지 토지 합계 △△△㎡이다. 이하 ‘이 사건 유수지’라 한다)에 상부폐석회 전량을 매립하고, ② 위 폐석회 매립부지를 녹지 및 유원지로 조성한 후 인천시민들이 자유롭게 이용할 수 있도록 관리기간 종료시점에 인천광역시 남구에 지상권을 설정하여 줌으로써 영구적으로 개방하는 것‘이 포함되었다.

• 다. 원고는 이 사건 협약에 따른 폐석회 처리와 관련하여 2003 사업연도부터 2005 사업연도까지 총 ○○○억 ○○○만 원을 복구손실충당금으로 설정하였고, 이 사건 협약에 따른 폐석회 처리의무를 이행하기 위하여 2005. 12. 29. 인천광역시 남구청장으로부터 이 사건 유수지를 포함한 인천 남구 ○○-○ 외 9필지 토지에 관하여 폐기물처리시설인 관리형매립시설 설치승인(시설규격: ○○○㎥, 처리예상량: ○○○톤/년)을 받았다. 원고는 인천공장에 적치되어 있는 폐석회를 위 매립시설에 매립하기 위하여 2006. 9. 19. BB건설 주식회사(이하 ‘BB건설’이라 한다)와 폐석회 매립시설 조성공사에 관하여 매립용량을 ○○○㎥, 공사금액을 ○○○억 ○○○만 원(부가가치세 포 함)으로 하는 공사도급계약을 체결하였다.
• 라. 한편 원고는 2008. 5. 1. 인천공장의 화학제품제조 사업부문을 물적분할(이하 ‘이 사건 분할’이라 한다)하여 주식회사 CC알이(이하 ‘CC알이’라 한다)를 설립하고 2008. 5. 6. 분할등기를 마쳤다.
• 마. 1) 원고는 이 사건 분할시까지 BB건설에 공사대금으로 총 ○○○원(2007 사업연도: ○○○원, 2008 사업연도: ○○○원)을 지급하였는데, 2007 사업연도에 폐석회 처리비용으로 지급한 ○○○원을 복구손실충당금에서 차감한 후 세무조정을 통해 손금산입하여 2007 사업연도 법인세를 신고․납부하였다.

2. □□광역시장은 2009. 6. 15. □□광역시 고시 제2009-181호로 인천 남구 1블록 도시개발구역을 도시개발법에 따른 도시개발구역으로 지정하고, 2009. 12. 7. CC알이를 시행자로 지정하였다.

3. 이 사건 분할로 인천공장 부지 내 폐석회 처리 관련 비용 중 분할기일 현재 CC알이에 승계된 복구손실충당금을 초과하여 CC알이가 지출하는 비용 등은 원고가 이를 부담하기로 약정하였고, CC알이는 실제 원고로부터 미사용 복구손실충당금 ○○○원을 승계하여 2008 내지 2010 사업연도에 모두 지출하였다.

4. CC알이는 2010 내지 2012 사업연도에 승계한 미사용 복구손실충당금을 초과하여 총 ○○○원을 지출하였고, 위 약정에 따라 원고로부터 전액을 보전받았다.

• 바. 1) 피고는 2013. 3. 27. 원고에, 2007 사업연도에 폐석회 처리비용으로 사용한 복구손실충당금 ○○○원이 토지의 자본적 지출에 해당한다는 이유로, 이를 손금불산입하여 2007 사업연도 귀속 법인세 ○○○원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 ○○○원(가산세 포함)을 경정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 2007 법인세 부과처분’이라 한다).

2. 또한, 피고는 CC알이의 2010년 복구손실충당금 실제 사용액 ○○○원이 이 토지의 자본적 지출에 해당한다는 이유로, 이를 손금불산입하고, CC알이가 2010 내지 2012 사업연도에 원고로부터 보전받은 ○○○원 중 미계상액 ○○○원(2010 사업연도 ○○○원, 2011 사업연도 ○○○원, 2012사업연도 ○○○원)을 자산수증이익으로 보아 해당 사업연도의 각 익금에 산입하여 결손금을 감액하였다.

3. 피고는 2013. 11. 26. CC알이의 연결모법인인 원고에, 2010 내지 2012 사업연도 총 ○○○원(CC알이가 2010 사업연도에 사용한 복구손실충당금 ○○○원 및 위 미계상액 ○○○원)을 손금불산입하여, 2010 사업연도 귀속 법인세 ○○○원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 ○○○원(가산세포함), 2011 사업연도 귀속 법인세 ○○○원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 ○○○원(가산세 포함), 2012 사업연도 귀속 법인세 ○○○원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 ○○○원(가산세 포함)을 각 경정‧고지하였다(이하 이 사건 2007 법인세 부과처분과 위 각 처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함 한다, 이하 같다), 을 제1 내지 7, 13 내지 25호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 관계법령 기재와 같다.

• 가. 원고의 주장 원고와 CC알이는 폐석회가 발생할 때마다 폐기물관리법에 따라 이를 처리하였어야 함에도 야적상태로 방치해 오다가 이를 침전지에서 수거하여 이 사건 유수지에 매립한 것이므로, 폐석회 처리비용은 원고가 폐기물관리법에 따른 폐기물을 처리하는데 소요된 비용으로서 토지 자체의 객관적 가치를 증가시키는 토지에 대한 자본적 지출에 해당하지 않는다.
• 나. 인정사실

1. BB건설은 이 사건 유수지 등에 폐기물처리시설을 설치한 후 인천공장 내 침전지(인천 남구 ○○-○ 등 18필지 토지 합계 ○○○㎡)에 적치되어 있던 폐석회를 탈수 등의 과정을 거쳐 단계별로 매립하였는데, 2010. 6. 21.경 1단계 매립이 완료되었다.

2. 인천광역시 □□청장은 2010. 10. 27. 이 사건 유수지 중 1단계로 매립된 ○○○㎡를 유원지 시설로 이용할 수 있도록 결정하여 CC알이에 통보하였고, 2010.11. 10. 유원지 조성공사 착공신고가 이루어졌다. 이 사건 유수지 중 ○○○㎡가 도시개발구역에 편입되어 있다.

3. 한편, 원고는 이 사건 분할에 앞서 주식회사 □□감정평가법인(이하 ‘감정인’이라 한다)에 인천공장 부지 등에 대한 시가감정을 의뢰하였는데, 감정인은 원고의 요청에 따라 이 사건 침전지를 이 사건 협약에 따른 폐석회 처리의무의 이행이 완료되어 폐석회가 존재하지 않는 공업나지 상태임을 전제로 하여 ○○○원으로 평가하였고(가격시점: 2008. 2. 1.), CC알이는 위 금액으로 승계하였다. 피고들은 이 사건 침전지를 폐석회가 쌓인 상태로 평가할 경우 ○○○원이라고 하면서 ‘침전지 감정평가 금액 재조정’(을 제12호증)을 제출하였다. 이 사건 침전지 중 ○○○㎡가 도시개발구역에 편입되어 있다.

4. 이 사건 유수지 인근의 인천공장 부지 중 지목이 유지인데 이미 매립된 상태인 토지(이 사건 침전지 중 일부로서 인천 남구 ○○-○ 등 토지이다)의 ㎡당 감정평가금액은 ○○만 원 ~ ○○만 원이다. 이에 반해 이 사건 유수지 중 지목이 유지인 토지(인천 남구 ○○-○ 등 토지)의 ㎡당 감정평가금액은 ○○만 원 ~ ○○만 원이다(가격시점이 2008. 2. 1.이므로 매립이 완료되지 않은 상태로 평가된 금액이다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제10 내지 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 나. 판단 토지에 대한 자본적 지출이라 함은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다(대법원 2006. 7. 28. 선고 2004두13844 판결, 대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두5502 판결 참조). 앞서 본 사실 및 증거와 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 폐석회 적치량과 폐석회 처리 방식, 처리 결과 등에 비추어 보면, 이 사건 폐석회 처리는 폐기물의 처리보다는 이 사건 침전지의 형상을 변경시킴으로서 택지 조성 등 그 토지의 이용가치를 현실적으로 증가시키는 것으로서 인천공장 부지에 대한 자본적 지출에 해당한다고 봄이 타당하다. 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

① 이 사건 침전지는 당초부터 원고가 유수면매립면허를 받아 공유수면에 인천공장에서 배출된 폐석회를 매립하여 형성한 매립지이다. 이 사건 폐석회 처리 공사는 성토재인 폐석회를 모두 제거하여 기존의 공유수면의 형상으로 회복시키는 작업이 아니라 상부폐석회만을 제거하고 지하폐석회를 평탄하게 하는 것으로서 일반적으로 땅을 고르는 정지 작업과 유사한 측면이 있다.

② 이 사건 침전지 중 ○○○㎡가 도시개발구역에 편입되었는데, 도시개발사업을 위해서는 폐석회 처리가 필수적인 선행요건이었다. 상부폐석회 수거로 인하여 이 사건 침전지는 도시개발사업이 가능한 상태가 되었고, 그로 인해 가치가 대폭 상승한 것으로 보인다.

③ 원고는 이 사건 협약에서 침전지 위에 적치되어 있던 상부폐석회를 해수저수지인 이 사건 유수지에 매립하고, 이와 같이 매립된 부지 위에 녹지 및 유원지 시설을 조성하여 영구적으로 개방하기로 약정하였으므로, 이 사건 협약에 따라 녹지 및 유원지 시설을 조성하기 위해서는 부지조성을 위한 폐석회 수거, 운반 및 매립이 반드시 선행되어야 했다. 원고가 이 사건 유수지를 위와 같이 영구히 개방하기로 하여 사적 용도로 사용할 수 없게 되었다고 하더라도, 원고가 이 사건 협약 조건의 이행으로 이 사건 유수지를 활용할 수 있었던 이상, 이 사건 유수지 자체의 가치가 없다거나 원고에게 경제적인 이익이 없다고 볼 수는 없다. 이 사건 유수지는 실제 폐석회 수거, 운반 및 매립 과정을 통해 해수저수지에서 유원지를 조성할 수 있는 상태로 바뀌었고, 토지의 형질도 유지에서 잡종지로 변경되었다. 그 결과 가치가 대폭 상승한 것으로 보인다.

④ 원고가 소다회 생산 당시 발생한 폐석회를 그때그때마다 처리하였다면 그 처리비용이 제조원가로서 비용에 포함되어 손금으로 인정되었을 수 있었다고 하더라도, 발생 당시 소량씩 처리하는 폐석회 처리비용의 합계액과 대량으로 적치해둔 상태에서 이를 한꺼번에 처리하는 비용이 동일하다고 볼 근거가 없고, 그 적치된 양이 상당하여 토지의 형상을 이루게 된 이상 그 처리 공사를 소량의 폐기물의 처리와 동일하게 평가할 수는 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.