2. 이 사건 처분의 적법 여부
(1) 원고 주장
- 가) 이 사건 쟁점 가수금이 이 사건 회사의 법인 계좌로 입금된 점, 이 사건 쟁점 가수금이 장부상 매출로 기재되지 않고 대표이사 가수금 항목에 기재되기는 하였으나 위 가수금 항목은 대표이사에 대한 반제를 예정하지 아니한 명목상의 것에 불과한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 쟁점 가수금이 사외로 유출되었다고 볼 수 없다.
- 나) 이 사건 쟁점 가수금이 일단 사외로 유출되었다고 하더라도 이 사건 회사가 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 사외유출된 이 사건 쟁점 가수금을 익금에 산입하여 수정신고하였으므로, 위 수정신고 당시 시행되던 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제4항 본문에 따라 이에 관한 소득처분은 상여가 아니라 사내유보로 하여야 한다.
(2) 피고 주장
- 가) 이 사건 가수금 계정이 명목상의 것이라고 볼 수는 없으므로, 이 사건 쟁점 가수금은 사외로 유출되었다.
- 나) 이 사건 회사가 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 이 사건 쟁점 가수금을 익금에 산입하여 신고하였으나, 이는 EE세무서장으로부터 과세자료 해명안내통지를 받은 이후에 이루어진 것이어서 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서에 따라 여전히 상여로 소득처분하여야 한다.
- 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
- 다. 이 사건의 쟁점
1. 이 사건 쟁점 가수금이 사외로 유출되었는지 여부
2. 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 본문의 적용 여부
- 라. 판단 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 그 매출액을 장부에 기재하지 아니한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 매출누락액 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 매출누락액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 하나(대법원 1986. 9. 9. 선고 85누556 판결, 대법원 1999. 5. 25. 선고 97누19151 판결 등 참조), 매출금액이 가수금으로 입금되어 가수금계정에 계상되어 있다면 단지 위 금원이 각 해당 사업연도의 손익계산서상의 수입금액에 계상되어 있지 아니하였다는 사실만으로 사외에 유출된 것으로 추정할 수는 없다 할 것이므로 이 경우 사외로 유출되었다는 사실은 과세관청이 입증하여야 한다(대법원 1987. 6. 9.선고 86누732 판결 참조). 다만 법인이 매출에 의하여 수령한 대금을 내용이 확정되지아니한 임시계정인 가수금 계정에 계상함으로써 그 상대계정인 현금이 일단 법인에 들어온 것으로 회계처리를 하였다고 하더라도, 만일 그 가수금 계정의 내용이 대표이사로부터의 단기 차입금 거래를 기장한 것으로서 장차 이를 대표이사에게 반제해야 할 채무라는 것이 밝혀진 경우에는 그 가수금 거래는 법인의 순자산의 변동 내지 증가를수반하지 아니하는 것으로서 법인의 수익이나 비용과는 무관한 것이므로, 그 가수금 채무가 애당초 반제를 예정하지 아니한 명목만의 가공채무라는 등의 특별한 사정이 없는 한, 장부에 법인의 수익으로서 기재되었어야 할 매출누락액은 이미 사외로 유출되어 위 가수금 거래의 상대방인 대표이사에게 귀속된 것으로 보아야 할 것이다(대법원1983. 7. 12. 선고 82누239 판결, 대법원 2002. 1. 11. 선고 2000두3726 판결). 한편 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누13894 판결 등). 이 사건으로 돌아와 보건대, 앞서 든 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 이 사건 회사의 계좌에서 2008년 과세연도에 ○○원, 2009년 과세연도에 ○○원을 출금하였는데 그 내역이 확인되지 아니하는 점, ② 원고는 2009년 과세연도에도 이 사건 회사의 계좌에 ○○원을 입금하기도 한 점, ③ 이 사건 가수금 계정의 기재 내역과 원고와 이 사건 회사와의 금융거래 내역이 상당 부분 일치하지 아니하는 점, ④ 원고는 이 사건 가수금 계정은 현금출납장의 잔고를 조정하기 위하여 이 사건 회사의 세무사 사무실에서 임의로 만든 계정일 뿐이라고 주장하나 이를 뒷받침할 만한 객관적인 증빙자료는 존재하지 않고, 원고의 세무사 사무소에서 그와 같이 회계 처리를 할 특별한 사정도 발견할 수 없으며, 이 사건 가수금 계정의 입출금액이 원고가 대표이사로 취임한 이후에 상당 부분 증가하고 있는데 원고의 대표이사 취임 이후에 비로소 잔고 조정의 필요성이 급증하였다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 가수금 계정이 대표이사로부터의 단기 차입금 거래를 기장한 것으로서 장차 이를 대표이사에게 반제해야 할 채무라는 것이 입증되었다고 봄이 타당하고(서울고등법원 2013. 11. 28. 선고 2013누11675 판결, 서울고등법원 2011. 1. 20. 선고 2010누20906 판결 등 참조), 이 사건 가수금이 이 사건 회사의 법인 계좌에 입금되었다는 사정만으로 이와 달리 보기 어려우며, 이 사건 가수금 계정에 계상된 가수금이 애당초 반제를 예정하지 아니한 명목만의 가공채무라는 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑 제9호증의 기재, 증인 조HH의 일부 증언은 믿지 아니한다. 이러한 사실관계를 앞서 든 법리에 비추어 보면, 이 사건 쟁점 가수금은 이 사건 가수금 계정에 가수금으로 계상될 당시 또는 아무리 늦어도 원고의 최초 법인세 신고 당시 이미 사외유출되었다고 봄이 타당하므로, 특별한 사정이 없는 한 이 사건 쟁점 가수금은 이를 대표이사 상여로 소득처분하여야 한다. 이에 대하여 원고는, 이 사건 쟁점 가수금이 사외로 유출되었더라도 이 사건 회사가 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 이 사건 쟁점 가수금을 익금에 산입하여 수정신고하였으므로, 위 수정신고 당시 시행되던 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 본문에 따라 이 사건 쟁점 가수금에 관하여 상여가 아니라 사내유보로 소득처분하여야 한다고 주장한다. 살피건대, 이 사건 회사가 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 이 사건 쟁점 가수금을 익금에 산입하여 수정신고한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 위 인정사실 및 증인 조HH의 증언을 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① EE세무서장이 2009. 5. 12. 이 사건 회사에 대하여 2008년도 귀속 세금계산서 합계를 검토한 결과 위 신고서에 ○○원 상당의 매출이 누락된 것으로 볼 여지가 있으니 과세자료를 해명하라고 요구한 점, ② 원고는 그 이후에 비로소 법인세 수정신고서를 제출한 점, ③ 이 사건 회사의 매출 누락 여부에 대한 해명이 이루어지지 아니하면 이 사건 회사에 대한 세무조사도 수반될 수밖에 없는 점, ④ 이 사건 회사의 세무사 사무실에서 법인세 부담을 줄이기 위하여 이 사건 가수금을 매출 장부에 기재하지 않고 이 사건 가수금 계정에 기재한 점 등에 비추어 보면, 위 법인세 수정신고는 과세자료 해명안내를 받은 이후에 법인세의 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 이 사건 쟁점 가수금을 익금산입하는 경우에 해당된다고 봄이 타당하다고 할 것이다(서울고등법원 2014. 1. 29. 선고 2013누24619 판결, 서울고등법원 2014. 4. 17. 선고 2013누23531 판결, 서울행정법원 2009. 7. 1. 선고 2008구합39417 판결 참조). 따라서 이 사건은 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서가 정한 경우에 해당한다고 할 것이어서 이 사건 쟁점 가수금을 같은 항 단서에 따라 사내유보로 소득처분할 수 없고, 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여야 한다. 이와 같은 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.