임원 확정기여형퇴직연금은 납입일이 속하는 사업연도에 손금산입 후 퇴직하는 사업연도에 한도초과액 손금불산입함

사 건 2014구합71481 법인세등부과처분취소 원고 AAA 주식회사 피고 △△세무서장, ▲▲지방국세청장 원 심 판 결 판 결 선 고

2015. 8. 28.

1. 피고 △△세무서장이 2013. 8. 1. 원고에 대하여 한 2010 사업년도 법인세 000원(가산세 000원 포함)의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분 및 피고 ▲▲지방국세청장이 2013. 8. 1. 원고에 대하여 한 2010 사업년도 귀속 소득자 BBB, 소득금액 0,000원의 소득금액변동통지 중 000원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 1999. 12. 설립되어 시스템통합업, 산업용 제어기기, 자동제어시스템 개발·제조업, 자동화시스템 및 유연생산시스템 개발·제조업 등의 사업을 영위하는 주식회 사이다.
• 나. 원고는 2010. 12. 15. 임시주주총회의 결의로 정관을 변경하여 임원퇴직금지급기 준조항을 신설한 다음 2010. 12. 30. 원고의 임직원에 대한 확정기여형 퇴직연금제도 도입을 결정하고 서울지방노동청 DD지청장에게 신고를 마쳤다.
• 다. 원고는 2010. 12. 30. 정관상 임원퇴직금 지급기준에 따라 산정한 대표이사 BBB에 대한 퇴직연금부담금 0,000원을 퇴직연금사업자인 중소기업은행에 납입 하였고, 이를 손금에 산입하여 2010 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.
• 라. 피고 서울지방국세청장은 원고가 BBB에 대한 퇴직연금부담금으로 납입한 0,000원(이하 '이 사건 퇴직연금부담금‘이라 한다)은 정당한 사유 없이 임원 중 대표이사에 대하여만 퇴직금 중간정산금액 000원을 초과하여 000원 (이하 위 000원을 ‘이 사건 금액’이라 한다)을 과다불입한 것이므로 손금불산입 및 상여처분을 하여야 한다고 보고, 2013. 4. 22. 원고에게 이 사건 금액 외 조사적출액이 포함된 세무조사결과통지를 하였다. 원고는 이에 불복하여 2013. 5. 21. 국세청장에게 과세전적부심사를 청구하였으나 2013. 7. 16. 불채택 결정을 받았다.
• 마. 피고 금천세무서장은 2013. 8. 1. 이 사건 금액 및 기타 조사적출액에 관한 부분 을 손금불산입하여 원고에게 2010 사업연도 법인세 000원(가산세 포함)을 경정.고지하였고(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다), 피고 ▲▲지방국세청장은 같은 날 원고에 대하여 2010 사업연도 귀속 소득자 BBB, 소득금액 0,000원 (이 사건 금액 외에도 가공인건비 000원, 가공퇴직급여 000원 포함)을 상여로 소득처분하는 소득금액변동통지를 하였다(이하 '이 사건 소득금액변동통지처분‘이라 하고, 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 소득금액변동통지처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이에 불복하여 2013. 8. 30. 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2014. 8. 11. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 16호증(해당 가지번호 포함), 을 제1, 3호 증의 각 기재, 증인 곽희필의 증언, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 피고가 주장하는 이 사건 각 처분의 근거

1. 임원의 퇴직급여를 지급하기 위하여 부담하는 부담금 등이 법인의 손금으로 인정받으려면 임원의 퇴직급여가 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제44조 제4항, 제5항에 따라 정관 또는 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 지급된 퇴직급여이어야 하는데, 2010. 12. 15. 변경된 원고의 정관에 규정된 임원 퇴직금지급기준(이하 ‘이 사건 임원 퇴직금지급기준’이라 한다)은 ① 임시주주총회 개최 없이 임의로 신설되었고, ② 대표이사에 대하여만 적용 되어 원고의 모든 임원들에게 일반적으로 적용되는 규정이 아니어서 구 법인세법 시행 령 제44조 제4항에 따른 정당한 임원 퇴직금지급기준이라고 할 수 없으므로 이 사건 퇴직연금부담금도 정당한 퇴직급여라고 할 수 없다. 따라서 구 법인세법 시행령 제44 조의2 제3항 단서 규정은 적용되지 아니한다.

2. 원고가 퇴직연금사업자에게 이 사건 퇴직연금부담금을 불입한 행위는, 원고가 특수관계자인 대표이사 BBB에게 원고의 이익을 분여하여 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우에 해당하므로 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항, 제2항 및 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호 에 따라 부당행위계산 부인의 대상이 된다. 손금불산입의 범위를 정하는 기준인 ‘시가’는 2010. 12. 30. 기준 BBB에 대한 퇴직금 중간정산금액인 000원(예비적으로 임원 퇴직급여지급규정이 없는 경우 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호 에 따른 퇴직급여 한도액인 229,087,100원)이므로, 이 사건 퇴직연금부담금 중 시가를 초과한 금액은 손금불산입의 대상이 되고, 이 사건 퇴직연금부담금은 실질적으로 원고의 대표이사인 BBB의 소유이므로 그 귀속자인 BBB에게 이 사건 금액을 상여 처분한 것은 정당하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 퇴직연금부담금의 손금산입 시기에 관하여

• 가) 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것) 제44조의2 제2항, 제3항에 의하면, 내국법인이 임원 또는 사용인의 퇴직을 보험금·신탁금 또는 연금의 지급사유로 하고 임원 또는 사용인을 피보험자·수익자 또는 수급자로 하는 보험·신탁 또는 연금의 보험료 등으로서 지출하는 금액 중 확정기여형 퇴직연금의 부담금은 임원 또는 사용인 중 누구에 대한 것인지를 구분하지 아니하고 당해 사업연도의 소득금액계산시 전액 손금에 산입할 수 있었다. 이후 2010. 2. 18. 개정된 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항 은 “제2항에 따라 지출하는 금액 중 확정기여형 퇴직연금등(근로자퇴직급여 보장법 제13조 에 따른 확정기여형 퇴직연금, 같은 법 제26조에 따른 개인퇴직계좌 및 과학기술인공제회법에 따른 퇴직연금 중 확정기여형 퇴직연금에 해당하는 것을 말한다. 이하 같다)의 보험료등은 전액 손금에 산입한다. 다만, 임원에 대한 보험료등은 법인이 퇴직 시까지 부담한 보험료등의 합계액을 퇴직급여로 보아 제44조 제4항을 적용하되, 손금산입한도 초과금액이 있는 경우에는 퇴직일이 속하는 사업연도의 보험료등 중 손금산입 한도 초과금액 상당액을 손금에 산입하지 아니하고, 손금산입 한도 초과금액이 퇴직일이 속하는 사업연도의 보험료등을 초과하는 경우 그 초과금액은 퇴직일이 속하는 사업연도의 익금에 산입한다.”라고 규정하고 있다.
• 나) 위와 같이 임원에 대한 확정기여형 퇴직연금 부담금의 손금산입 등에 관한 규정은 임원에 대한 확정기여형 퇴직연금 부담금에 대하여도 구 법인세법 제44조 제4항, 제5항에 따른 임원 퇴직급여 손금산입한도를 적용하기 위하여 개정되었다. 이러한 개정 취지 및 문언을 고려하면, 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항 은 원칙적으로 임원에 대한 확정기여형 퇴직연금 부담금의 납부일이 속한 사업연도에 그 부담금 전액을 손금으로 산입하되, ‘퇴직시까지 납부된 부담금의 합계액’을 임원에 대한 퇴직급여로 보아 ‘그 수급자의 퇴직일이 속하는 사업연도’에 손금산입한도를 초과하였는지 여부를 판단하여 손금한도초과액이 있는 경우 퇴직일이 속하는 사업연도에 납입된 확정기여형 퇴직연금 부담금 중 손금한도초과액 상당액을 손금불산입하고, 손금한도초과액이 퇴직일이 속하는 사업연도에 납입된 부담금을 넘는 부분이 있으면 추가로 익금산입하여야 한다고 해석된다.
• 다) 나아가 이처럼 법인이 임원에게 퇴직급여를 지급하기 위하여 확정기여형 퇴직연금에 가입하여 그 부담금을 지출하는 경우, 그 부담금에 관한 정관 내지 정관의 위임에 의한 퇴직급여지급기준이 정당하지 않다 하더라도 그 부담금은 그 납입일이 속한 사업연도에 전액 손금으로 산입한 후 임원이 실제 퇴직하는 날이 속하는 사업연도에 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호 에 따라 계산한 금액을 기준으로 임원이 실제 퇴직하는 날이 속하는 사업연도에 법인이 납입한 확정기여형 퇴직연금 부담금의 합계액이 손금산입한도를 넘는지 여부를 판단하여 그 사업연도에 확정기여형 퇴직연금 부담금 합계액 중 일부를 손금불산입 및 익금산입하도록 한 것이 확정기여형 퇴직연금 부담금 등에 관한 손금불산입을 규정한 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항 의 취지라 할 것이다. 따라서 이 사건 임원 퇴직금지급기준이 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호 에서 정하는 정관에 해당하지 아니하는 부당한 것이라는 이유로 이 사건 금액을 그 납입일인 2010. 12. 30.이 속하는 2010 사업연도의 손금에 산입하지 아니한 것은 위법하다.

2. 부당행위계산 해당 여부

• 가) 구 법인세법 제52조 제1항 은 “납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다”라고, 제2항은 “제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 ‘시가’라 한다)을 기준으로 한다”라고 각각 규정하고 있다. 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령은 제88조에서 ‘부당행위계산부인의 유형 등’을, 제89조에서 ‘시가의 범위 등’을 각각 규정하고 있는데, 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 에 의하면, 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따라 ‘시가’를 정한다. 한편, 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ‘시가’에 대한 주장·증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결 등 참조).
• 나) 위 법령 규정 및 법리에 비추어 보면, 아래와 같은 이유로 원고의 이 사건 퇴직연금부담금 납입은 부당행위계산에 해당한다고 보기 어렵다.

(1) ① 확정기여형 퇴직연금제도는 회사가 퇴직연금사업자에게 사전에 결정된 일정한 부담금을 납입하면 퇴직연금사업자가 수급자의 퇴직시까지 그 부담금을 운용한 다음 운용수익, 퇴직연금사업자가 취득할 수수료 등을 고려하여 정해지는 금액을 수급자에게 연금 또는 일시금의 형태로 지급하는 것인데, 회사의 상황에 따라 사업연도별로 납입금액을 달리 할 수 있는 점, ② 확정기여형 퇴직연금 부담금은 그 수급자인 임원이 퇴직하기 전까지는 퇴직연금사업자에게 적립될 뿐 실제로 임원에게 지급되지 아니하는 점, ③ 앞서 본 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항 단서의 입법취지 등을 고려하면, 특정 사업연도에 퇴직연금사업자에게 납입한 부담금의 액수만으로 ‘조세 부담을 부당히 감소시킨 경우’에 해당하는지 단정하기 어렵고, 수급자가 퇴직한 날이 속하는 사업연도에 그 때까지 법인이 납입한 부담금의 합계액에 대하여 부당성을 판단하여야 한다고 보아야 한다. 따라서 원고가 퇴직급여의 지급형태를 확정기여형 퇴직연금제도로 변경한 다음 최초로 납입한 이 사건 퇴직연금부담금의 액수만을 놓고 ‘조세 부담을 부당히 감소시킨 경우’에 해당하는지를 판단할 수 없다.

(2) 이 사건 퇴직연금부담금의 납입일인 2010. 12. 30.을 기준으로 산정된 원고의 대표이사 BBB의 퇴직금 중간정산금액과 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호 에 따라 산정된 퇴직급여한도액은 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 원고가 특수관계자인 BBB 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격’ 또는 ‘특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’에 해당하지 아니한다(구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호 는 정관에 퇴직급여 내지 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 정해지지 아니한 경우 또는 정관에서 위임한 퇴직급여지급규정이 없는 경우 손금산입되는 퇴직급여의 한도에 관한 계산 규정일 뿐 시가를 정하는 규정으로 볼 수 없다). 또한 피고는 위 두 가지 기준 외에 달리 원고가 2010 사업연도에 수급자를 BBB으로 하여 납부하여야 할 적정 퇴직연금부담금의 액수를 인정하는 데에 필요한 ‘시가’로 볼 수 있는 구체적.객관적인 기준에 관하여 주장.증명을 추가로 하지 아니하였다.

3. 취소의 범위 이 사건 각 처분 중 이 사건 금액에 관한 부분은 처분사유가 존재하지 아니하므로 취소되어야 한다. 이 사건 법인세 부과처분의 과세표준에서 이 사건 금액인 000원을 차감하여 세액을 다시 산정하면, 정당세액은 별지 정당세액 계산표 기재와 같이 000원 이므로 이 사건 법인세 부과처분 중 위 000원을 초과하는 부분은 위법하다. 그런데 원고는 2010 사업연도 법인세 000원 중 000원을 초과하는 부분에 대하여만 취소를 구하고 있으므로 이 사건 법인세 부과처분은 원고가 구하는 범위 내에서 취소되어야 한다. 이 사건 소득금액변동통지처분 중 이 사건 금액에 관한 부분을 제외하면, 대표자 상여처분의 대상은 000원(= 가공인건비 000원 + 가공퇴직급여 000원)이므로 이 사건 소득금액변동통지처분 중 000원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 따라서 이 사건 각 처분은 원고가 구하는 범위 내에서 취소되어야 한다.

그러므로 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.