제2차 세무조사는 위법하여 이사건 세금계산서도 사실과 다른 세금계산서로 볼수 없다

사 건 2014구합65318 부가가치세부과처분등 취소 원 고 주식회사 OOOOOOOOOO 피 고 OO세무서장 변 론 종 결 2015.03.06 판 결 선 고 2015.04.03

1. 피고가 2013. 9. 2. 원고에 대하여 한 2011년 제2기 부가가치세 51,081,380원(가산세 포함), 2011 사업연도 법인세(지출증빙미수취가산세) 6,330,500원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 기계공구 도매업, 비철금속 도소매업 및 무역업을 영위하는 법인으로, 2011년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 주식회사 AAAAA(이하 ‘AAAAA’라 한다)와 지은(불순물이 섞여 있지 않은 순도 99.98% 이상의 은) 거래를 하였다며 다음과 같이 공급가액 합계 287,750,000원의 세금계산서 2매(이하 포괄하여 ‘이 사건 세금계산서’라 하고, 해당 거래를 포괄하여 ‘이 사건 거래’라 한다)를 발급받아 해당 금액을 매입세액으로 공제하고 손금에도 산입하여 부가가치세 및 법인세 신고를 마쳤다. < 세금계산서 수취내역 > (단위: g, 원) 작성일자 품목 수량 단가 공급가액

2011. 10. 21. 지은 100,000 1,124 112,400,000

2011. 11. 11. 지은 150,000 1,169 175,350,000 합계 250,000 287,750,000

• 나. 피고는 2012. 9. 20.부터 같은 해 10. 24.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하고(이하 ‘제1차 세무조사’라 한다) 이 사건 세금계산서에 관한 원고와 ㈜AAAAA(이하‘AAAAA’라 한다) 사이의 거래를 정상거래로 판단하였다.
• 다. 그러나 서울지방국세청장은 2012. 8. 24.부터 같은 해 12. 10.까지 AAAAA에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과 AAAAA가 2011년 2기 및 2012년 1기 과세기간 중 실물거래 없이 세금계산서를 수수한 자료상에 해당한다고 보아 AAAAA와 그 대표이사인 aaa을 수사기관에 고발하는 한편, 이 사건 세금계산서를 가공 세금계산서로 판단하고 2012. 12. 28. 피고에게 관련 과세자료를 통보하였다.
• 라. 이에 피고는 2013. 5. 30.부터 같은 해 8. 8.까지 원고에 대하여 다시 세무조사를 실시하였고(거래질서 관련 부분조사, 이하 ‘제2차 세무조사’라 한다), 그 결과 원고가 성명불상의 무자료 공급업체로부터 지은을 공급받았음에도 실제 공급자가 아닌 AAAAA로부터 이 사건 세금계산서를 발급받은 것으로 보아 관련 매입세액을 공제하지 아니하고 지출증빙서류를 허위로 수취한 것에 대한 가산세를 부과하여 2013. 9. 2. 원고에게 2011년 제2기 부가가치세 51,081,380원(가산세 포함) 및 2011 사업연도 귀속 법인세(지출증빙미수취가산세) 6,330,500원을 각 경정․고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 10호증, 을 제1 내지 7호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 피고는 이미 제1차 세무조사를 통하여 이 사건 세금계산서가 정상적으로 발행된 것임을 확인하였음에도 동일한 세목 및 과세기간에 대하여 제2차 세무조사를 실시하였다. 제2차 세무조사는 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 증거가 없는 상태에서 이루어진 것으로 국세기본법 제81조의4 에 반하는 위법한 재조사에 해당하고, 따라서 이를 토대로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 원고는 수시로 변동하는 은 시세에 대응하기 위하여 거래 당일 오전 AAAAA 와 납품단가를 조율하고 동시에 매출처인 주식회사 BBBBB 등에 매수의사를 타진하여 거래를 합의한 다음 원고의 사무실에서 AAAAA가 공급하는 지은을 수령하여 이를 당일 오후까지 매출처에 직접 배송하였다. 이 사건 세금계산서는 위와 같은 정상적인 실물거래과정에서 발급된 것으로 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법’이라 한다) 제17조 제2항 제2호 소정의 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다.
• 다. 설령 이 사건 세금계산서가 공급하는 사업자의 성명 또는 명칭 등에 있어서 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 하더라도, 원고는 AAAAA가 진정한 공급자가 아니라는 사실을 알지 못한 채 이 사건 세금계산서를 발급받았다. 뿐만 아니라 원고는 AAAAA와 거래하는 과정에서 사업자등록증, 법인등기부등본 등을 교부받아 확인하고 직접 사무실을 방문하여 현황을 점검하기까지 하였으므로, AAAAA가 실제 공급자가 아니라는 사실을 알지 못한 데 아무런 과실이 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

별지와 같다.

• 가. 제2차 세무조사가 위법한 재조사에 해당하는지 여부 구 국세기본법(2014. 1. 1. 법률 제12162호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국세기본법’이라 한다) 제81조의4 제2항은 “세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우” 등 각호에서 정한 예외적인 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다”고 규정하고 있다. 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 행하여져야 하고, 더욱이 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유 등 권익을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험마저 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 또한 납세자의 성실성 추정이 배제되어 우선적 세무조사의 대상이 되는 경우로서 구 국세기본법 시행령(1998. 2. 24. 대통령령 제15686호로 개정되기 전의 것) 제63조의4 제1항에서 규정하고 있는 ‘납세자에 대한 구체적인 탈세제보가 있는 경우’, ‘신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’ 등 보다는 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하여 해석하는 것이 규정체계상 합리적인 점, 재조사를 금지하는 입법취지에는 납세자의 실질적인 권익보호뿐만 아니라 세무조사 기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우로 엄격히 제한되어야 하며(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결 참조), 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 해석함이 상당하다고 할 것이다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결 참조). 이 사건에 관하여 보건대, 피고가 2012. 9. 20.부터 같은 해 10. 24.까지 원고에 대한 제1차 세무조사를 실시한 결과 이 사건 각 세금계산서가 정상적인 거래에 의하여 발행된 것으로 인정하고 세무조사를 종결하였음은 앞에서 본 바와 같다. 피고는, 서울지방국세청장이 AAAAA에 대한 세무조사를 실시한 결과, AAAAA의 2011년 2기 및 2012년 1기 과세기간 중 매출거래의 100%, 매입거래의 99.96%를 가공거래로 판단하고 피고에게 과세자료를 통보함으로써 피고의 원고에 대한 제2차 세무조사가 이루어졌으므로 이는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 기하여 이루어진 것으로서 적법하다고 주장한다. 그러나 앞에서 거시한 증거들, 갑 제3, 9호증, 을 제3, 4, 7, 18호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정들, 즉 ① 피고는 서울지방국세청이 AAAAA에 대한 세무조사결과 ‘AAAAA가 이 사건 거래에 대한 운송 관련 서류 등 실물거래가 있었음을 입증할 객관적인 증빙을 제출하지 못하였으며, 원고의 거래대금 지급보증 내역이 없는 상태에서 단지 신용만으로 고액의 거래를 하였고, 원고로부터 대가를 수취하면 1시간 이내 매입처에 매입대가를 이체하는 등 비정상적인 거래형태를 취하고 있다‘는 이유로 이 사건 거래를 가공거래로 확정하고 피고에게 이를 통보함에 따라 원고를 제2차 조사의 대상으로 선정하였으나, 위와 같은 내용은 원고에 대한 제1차 조사에서도 이미 드러난 사실이거나, 매일 시세가 변동되는 주요 금속의 거래 과정에서 나타날 수 있는 형태인 것으로 보이는 점, ② 서울지방국세청은 AAAAA에 대한 세무조사 결과에 따라 위 회사를 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)으로 고발하였으나, 서울중앙지방검찰청은 2013. 6. 7. 증거불충분을 이유로 혐의없음 처분을 하였고, 원고 및 원고의 대표이사인 ccc와 원고의 이사인 ddd의 조세범처벌법위반 혐의에 대하여도 서울서부지방검찰청이 2013. 5. 29. 증거불충분을 이유로 혐의없음 처분을 한 점, ③ AAAAA 및 그 대표이사인 aaa은 서울지방국세청이나 수사기관의 조사과정에서 자료상 혐의를 시인한바 없고, 이를 전제로 한 피고의 과세처분에 대해 행정심판을 청구하여 다투었으며, AAAAA에 대한 세무조사에서 무자료 공급업체의 실체나 그에 대한 자금 유입의 단서 등이 명확히 밝혀진바 없는 점 등에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 제2차 세무조사가 국세기본법 제81조의4 제2항 에 의하여 예외적으로 허용되는 재조사에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 제2차 세무조사는 위 조항에 위배되어 위법하고, 이 사건 처분은 위와 같은 위법한 재조사를 기초로 한 것으로서 역시 위법하다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
• 나. 가정적 판단 설령 제2차 세무조사가 적법한 재조사라고 하더라도, 다음과 같은 점에 비추어 볼 때 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보기 어려우므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 이 점에서도 위법하다.

1. 부가가치세법상 사실과 다른 세금계산서 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법’이라 한다) 제16조 제1항은 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급한 경우에는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액 및 작성 연월일(이하 통틀어 ‘필요적 기재사항’이라 한다) 등이 기재된 세금계산서를 공급받는 자에게 발급하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제17조 제2항 제2호는 발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 규정하고 있다. 여기서 부가가치세법상 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는, 과세의 대상이 되는 소득․수익․계산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어 볼 때, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이므로(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조), 재화 등을 공급하는 거래가 실제로 존재하더라도 그 공급 주체가 세금계산서 발행 명의자와 다른 소위 위장거래로 발급된 세금계산서도 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다고 볼 것이다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2012두959 판결 등 참조). 또 부가가치세의 과세에 있어, 어느 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 소정의 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담한다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결 등 참조).

2. 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부 앞에서 거시한 증거들, 갑 제7, 8, 11호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 지은을 비롯한 주요 금속 거래에 있어서는 매일 시세가 변동하고 그에 따라 대금이 결정되며, 원고는 이 사건 거래에서 중간 유통업체의 역할을 한 것으로 보이는바, 별도의 계약서 없이 세금계산서에 의해 계약을 체결하고, 최종 매수인에게 지은을 운송한 후 역순으로 매매대금을 순차 이체한 것이 특별히 비정상적이라고 보기는 어려운 점, ② 원고는 이 사건 세금계산서에 따른 매매대금을 AAAAA의 법인계좌로 송금하고, AAAAA는 이를 그 매입처인 EEEE(주)의 계좌로 송금하였는바, 피고측에서는 AAAAA는 자료상에 불과하고 실제로는 성명불상의 무자료 공급업체로부터 지은을 공급받은 것이라고 주장하나, 원고와 AAAAA는 모두 그 매입처의 법인계좌에 순차로 대금을 입금하였을 뿐, 그 매매대금이 법인계좌에서 즉시 현금으로 인출되어 자금의 흐름을 파악할 수 없게 되었다거나 달리 제3의 무자료 공급업체에게 유입되었다고 볼만한 자료가 없는점, ③ AAAAA의 대표이사인 aaa은 세무조사절차 및 수사절차에서 자신이 실제로 원고에게 지은을 공급하였다고 주장하였고, 이 법원에도 원고와의 거래사실에 대한 확인서를 제출한 점, ④ AAAAA에 대한 세무조사에서 뿐만 아니라, 원고에 대한 제2차 세무조사나 이들에 대한 수사절차에서도 무자료 공급업체의 실체나 그에 대한 자금 유입 사실이 밝혀지지 않았고, 그에 따라 위에서 본 바와 같이 AAAAA와 원고 모두 허위세금계산서 관련 혐의에 대하여 수사기관으로부터 혐의없음 처분을 받은 점,⑤ 이 사건 거래의 수량이 100kg, 150kg으로 비교적 많지 않으므로 AAAAA의 aaa으로부터 직접 수령한 뒤 이를 다시 원고의 매출처에 직접 운반하여 운송관련서류가 없고, 원고와 같은 유통업체가 아닌 원고의 매출처(지은 사용업체)에서 지은의 순도 및 중량을 확인하였다는 원고의 주장에 전혀 설득력이 없다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.