매출누락에 대한 종합소득세가 판결에 의하여 감액된 경우 관련 부가가치세를 경정청구할 수 있음

사 건 2014구합57362 부가가치세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 서초세무서장 변 론 종 결

2014. 6. 13. 판 결 선 고

2014. 8. 22.

1. 피고가 2013. 8. 14. 원고에 대하여 한 부가가치세 과세표준 및 세액의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2001. 4. 4. 서울 OOO에서 ‘BBBB’라는 상호로 운수서비스업을 개업하여 영위하다가 2004. 12. 31. 폐업신고하였다.
• 나. 피고는 세금계산서 전산대사자료 일람표에 근거하여 원고가 2004년 2기 OOO원, 2005년 1기 OOO원, 2005년 2기 OOO원의 매출세금계산서(이하 ‘쟁점세금계산서’라 한다)를 신고 누락한 것을 확인하였는데, 그 내역은 아래<표> 기재와 같다.
• 다. 피고는 원고에 대하여 2009. 12. 1. 2004년 2기분 부가가치세 OOO원, 2005년 1기분 부가가치세 OOO을, 2009. 12. 15. 2005년 2기분 부가가치세 OOO원을 각 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분‘이라 한다).
• 라. 피고는 남양주세무서장에게 위 과세자료를 통보하였고, 남양주세무서장은 위 과세자료에 근거하여 원고의 소득금액을 추계한 다음 2010. 5. 11. 원고에 대하여 2004년 귀속 종합소득세 OOO원, 2005년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이에 불복하여 2010. 6. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2010. 9. 13. 이 사건 부가가치세 부과처분에 대한 심판청구를 각하하고, 이 사건 종합소득세 부과처분에 대한 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.
• 바. 1) 원고는 2010. 10. 1. 서울행정법원 2010구합37919호로 주위적으로는 이 사건 부가가치세 및 종합소득세 부과처분의 무효확인을 구하고, 예비적으로는 이 사건 부가가치세 및 종합소득세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다. 위 법원은 2011. 12. 16. 주위적 청구를 기각하고, 예비적 청구 중 이 사건 부가가치세 부과처분의 취소청구 부분은 원고가 이 사건 부가가치세 부과처분을 알게 된 날로부터 90일이 경과한 후에 심판청구를 제기하였으므로 적법한 전심절차를 거치지 않아 부적법하다는 이유로 각하하였으며, 예비적 청구 중 이 사건 종합소득세 부과처분의 취소 청구 부분은 기각하였다.

2. 원고는 이에 불복하여 서울고등법원 2012누3059호로 항소하였다. 위 법원은 2012. 12. 6. ‘원고의 직원인 CCC이 실제 거래 없이 BBBB의 명의를 도용하여 DD물산 주식회사(이하 ’DD물산‘이라 한다) 및 DD산업에 대한 세금계산서를 발행하고 그에 대한 대가로 세금계산서상의 금액 중 일부를 EEE(DD물산 및 DD산업의 대표자) 및 FFF(DD물산 및 DD산업의 직원)로부터 지급받은 것으로 보이므로, DD물산 및 DD산업에 대한 매출세금계산서상의 금액 합계 OOO원은 원고의 수입금액으로 산정할 수 없는바, DD물산 및 DD산업에 대한 매출금액 285,200,000원을 원고의 수입금액에서 공제하여 정당한 종합소득세액을 산정하면 OOO원이 된다’라고 판단하여 이 사건 종합소득세 부과처분 중 2004년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분을 취소하고, 원고의 나머지 항소를 기각하는 판결을 선고하였다.

3. 남양주세무서장은 이에 불복하여 대법원 2013두949호로 상고하였으나, 2013. 5. 9. 상고가 기각됨에 따라 위 판결은 그대로 확정되었다.

• 사. 원고는 위 소송에서 DD물산 및 DD산업에 대한 매출세금계산서상의 금액이 원고의 수입금액으로 산정될 수 없다고 인정되었다는 이유로 2013. 6. 25. 피고에게 2004년 2기분 부가가치세 OOO원의 부과처분 중 DD물산 및 DD산업에 대한 매출금액에 관한 부분의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2013. 8. 14. 위 부가가치세 부과처분에 대한 취소청구 부분이 부적법하여 각하되었다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 아. 원고는 이에 불복하여 2013. 10. 31. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 2014. 3. 24. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 기재(각 가지번호 포함), 변론전체의 취지

• 가. 원고의 주장 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 는 후발적 경정청구 사유의 하나로 ‘최초의 신고․결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’를 규정하고 있다. 그런데 당해 부과처분에 대한 취소소송에서 과세관청이 패소하여 확정된 경우에는 경정청구가 없더라도 부과처분이 취소될 것이기 때문에 위 규정에서의 판결을 당해 부과처분에 대한 조세행정소송에서의 판결만을 의미한다고 제한적으로 해석하는 것은 후발적 경정청구 제도를 무의미하게 만드는 것일 뿐만 아니라 실질과세의 원칙에도 반하고, 국민의 재산권을 침해하는 것이다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 1) 국세기본법 제45조의2 제2항 은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다’라고 규정하면서, 그 제1호에서 ‘최초의 신고․결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’를 규정하고 있다. 이처럼 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는바, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’는 최초의 신고․결정 또는 경정이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두7006 판결, 대법원 2008. 7. 24. 선고 2006두10023 판결, 대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조).

2. 살피건대, 앞서 본 바와 같이 피고는 원고가 2004년 2기에 DD물산 및 DD산업에 대하여 합계 OOO원의 매출액 등이 발생하였음에도 이에 대한 매출세금계산서 신고를 누락하였다는 이유로 2004년 2기분 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였고, 남양주세무서장은 피고로부터 통보받은 위 과세자료를 근거로 하여 원고의 소득금액을 추계한 후 2004년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정․고지하였는데, 이후 원고가 제기한 사건의 항소심 법원은 원고의 직원인 CCC이 실제 거래 없이 BBBB의 명의를 도용하여 DD물산 및 DD산업에 대한 세금계산서를 발행한 사실을 인정하고, 이를 이유로 DD물산 및 DD산업에 대한 매출세금계산서상의 금액을 원고의 소득금액으로 산정할 수 없다고 하여 2004년 귀속 종합소득세 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였으며, 위 판결은 그대로 확정되었다. 이에 의하면 피고의 2004년 2기분 부가가치세 부과처분의 근거가 된 거래 또는 행위인 원고의 DD물산 및 DD산업에 대한 매출은 위 판결에 의하여 존재하지 않는 것으로 확정되었다고 할 것이므로, 원고가 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에 따라 위 판결이 확정된 때로부터 2개월 이내에 2004년 2기분 부가가치세 부과처분 중 DD물산 및 DD산업에 대한 매출금액에 관한 부분의 환급을 구하는 경정청구를 한 것은 적법하다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.