구 법인세법이 규정하고 있는 이월결손금 승계요건을 모두 충족하지 아니한 경우에는 이월결손금을 승계할 수 없음

사 건 2014구합52671 법인세부과처분취소 원 고 AAA 주식회사 피 고 △△세무서장 변 론 종 결

2014. 4. 18. 판 결 선 고

2014. 6. 13.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2013. 5. 2. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 172,462,880원(가산세 포함), 2010 사업연도 법인세 265,766,410원(가산세 포함), 2011 사업연도 법인세 161,329,160원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고(변경 전 상호 주식회사 BBB, 이하 ‘합병법인’이라고 한다)는 2009. 6. 12. 완전자본잠식 상태에 있었던 AAA 주식회사(이하 ‘피합병법인’이라고 한다)의 주식 전부를 취득하였고, 2009. 7. 31. 합병대가를 책정하지 아니한 채 피합병법인의 주식 전부에 대하여 합병법인의 신주 1주(액면가 5,000원)를 배정하여 피합병법인을 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’이라고 한다)한 후, 상호를 ‘AAA 주식회사’로 변경하였다.
• 나. 그 후, 원고는 피합병법인의 이월결손금 2,320,752,301원 중 2,289,686,450원을 공제하여 2009 사업연도 내지 2011 사업연도 법인세 과세표준을 신고하였다.
• 다. 피고는 원고가 발행한 신주 1주(피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식)가 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라고 한다) 제45조 제2항 제3호에서 규정한 ‘합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상’에 해당하지 않아 이월결손금 승계요건을 충족하지 못했다는 이유로 원고가 공제한 피합병법인의 이월결손금을 모두 부인하고 2013. 5. 2. 원고에 대하여 2009 사업연도 법인세 172,462,880원, 2010 사업연도 법인세 265,766,410원, 2011 사업연도 법인세 161,329,160원을 경정․고지하였다(이하 ‘이사건 처분’이라고 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 2013. 8. 5. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 위 청구는 2013. 11. 21. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 법인세법이 적격 합병과 부적격 합병을 구분하여 적격 합병에 대하여 세제상 혜택 을 주는 이유는 적격 합병은 합병 전후의 경제적 실질이 동일하여 사실상 법인의 조직개편에 불과하기 때문인 점, 완전모자회사간의 합병은 모회사가 보유하던 자회사의 주식이 자회사가 보유하던 자산으로 변경되는 것에 불과하여 합병 전후의 경제적 실질이 동일한 점, 완전모자회사간의 합병에는 무의미한 형식적 절차를 피하기 위하여 무증자합병이 많이 이루어지는 점, 현행 법인세법도 이러한 현실을 고려하여 완전모자회사간의 합병을 무조건 적격 합병으로 보고 있는 점, 법인세법이 2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되어 완전모자회사간에 연결납세가 허용되었으므로 완전모자회사간의 합병에 대하여 이월결손금 승계를 제한할 이유가 없어진 점, 법인세법이 2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되어 합병법인과 피합병법인의 이월결손금은 합병 후 각각의 사업에서 발생한 소득금액의 범위 내에서 공제하도록 개정되었으므로 10% 이상 주식교부 요건은 그 존재의의를 상실한 점 등을 고려하면, 구 법인세법 하에서도 완전모자회사간의 합병은 10% 이상 주식교부 요건을 충족하지 못한 경우에도 적격 합병으로 보는 것이 타당하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조). 살피건대, 구 법인세법 제45조 제2항, 제44조 제1항에 의하면, 합병이 ① 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병이고, ② 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동 합병대가의 총 합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95 이상이며, ③ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위하고, ④ 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하며, ⑤ 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식 등이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상(이하 ‘10% 이상 주식교부 요건’이라고 한다)인 합병의 경우에는 합병등기일 현재 피합병법인의 이월결손금은 합병법인의 결손금으로 보아 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는바, 이 사건 합병은 10% 이상 주식교부 요건을 충족하지 못하였으므로, 원고는 피합병법인의 이월결손금을 원고의 결손금으로 보아 과세표준을 계산할 때 공제할 수 없다.

2. 이에 대하여 원고는 구 법인세법 하에서도 완전모자회사간의 합병은 10% 이상 주식교부 요건을 충족하지 못한 경우에도 적격 합병으로 보는 것이 타당하다는 취지로 주장한다. 살피건대, 앞서 거시한 증거와 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 구 법인세법 하에서는 완전모자회사간의 합병이라고 하더라도 10% 이상 주식교부 요건을 충족하지 못한 경우에는 적격 합병으로 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

• 가) 구 법인세법 제45조 제2항 은 이월결손금 승계요건을 명확하게 규정하고 있는바, 구 법인세법 제45조 제2항 이 명확하지 않다거나 다른 법률 규정들과 충돌한다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 구 법인세법 제45조 제2항 에서 10% 이상 주식교부 요건을 삭제하지 않은 것이 입법의 불비라고 볼 만한 사정도 없다.
• 나) 원고는, 완전모법인과 완전자법인은 연결납세방식을 적용하면 마치 하나의 법인처럼 완전모법인과 완전자법인의 이월결손금을 한도 없이 공제할 수 있는 반면, 완전모법인과 완전자법인이 합병하면 합병법인과 피합병법인의 이월결손금은 각 법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위 내에서만 공제할 수 있어, 이월결손금 승계 범위의 측면에서는 연결납세방식을 적용하는 것이 합병하는 것보다 납세의무자에게 더 유리하므로, 완전모자법인간에 연결납세가 허용되는 이상 완전모자법인간의 합병에 대하여 이월결손금 승계를 제한할 이유가 없다는 취지로 주장한다. 그러나 구 법인세법은 제76조의13 제1항 제1호에서 ‘연결법인의 이월결손금에는 연결법인의 연결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금이 포함된다’라고 규정하고 있는 한편, 같은 조 제3항 제1호에서 ‘연결법인의 연결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금은 각 연결사업연도의 소득 중 해당 연결법인에 귀속되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득금액을 한도로 공제한다’라고 규정하고 있으므로, 이월결손금 승계 범위의 측면에서도 연결납세방식을 적용하는 것이 합병하는 것보다 납세의무자에게 항상 유리하다고 단정할 수 없다. 따라서 연결납세 제도를 근거로 완전모자회사간의 합병에는 이월결손금이 항상 승계되어야 한다고 보기는 어렵다.
• 다) 또한 원고는, 구 법인세법이 10% 이상 주식교부 요건을 규정한 취지는 합병법인이 피합병법인의 결손금을 이용하여 법인세를 줄일 목적으로 결손금이 과다하게 누적된 법인을 합병하는 것을 방지하기 위함인데, 법인세법이 2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되어 합병법인과 피합병법인의 이월결손금은 합병 후 각각의 사업에서 발생한 소득금액의 범위 내에서 공제하도록 개정되었으므로, 10% 이상 주식교부 요건은 그 존재의의를 상실하였다는 취지로 주장한다. 그러나 2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 법인세법도 제45조 제1항에서 “합병등기일 현재 피합병법인의 이월결손금은 이를 합병법인의 결손금으로 보아 그 ‘승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위 안에서’ 대통령령이 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 이를 공제한다”라고 규정하고 있어, 2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정된 법인세법과 마찬가지로 피합병법인의 이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위 내에서 공제한다고 규정하고 있으므로, 법인세법이 2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되어 10% 이상 주식교부 요건의 존재의의가 상실되었다고 단정할 수 없다.
• 라) 원고는, 재정경제부도 ‘완전모회사(합병법인)가 자회사(피합병법인)를 합병할 때 합병법인이 피합병법인의 주주에게 합병신주를 발행하지 않은 경우에도 합병신주를 발행한 것으로 보아 피합병법인의 이월결손금을 승계할 수 있다’는 취지로 회신을 한 사실이 있으므로, 완전모자회사간의 합병은 합병신주를 발행하지 않은 경우에도 10%이상 주식교부 요건을 충족한 것으로 보아야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 재정경제부의 질의회신이나 국세청예규는 법적 효력이 없어 법원을 구속할 수 없을 뿐만 아니라(대법원 1980. 9. 9. 선고 80누47 판결 참조), 원고가 원용하는 재정경제부의 질의회신은 합병법인이 피합병법인의 주주에게 합병신주를 전혀 발행하지 않은 이른바 ‘무증자 합병’에 관한 것으로서, 피합병법인의 주식 전부에 대하여 합병법인의 신주 1주를 배정하여 피합병법인을 흡수합병한 이 사안에 그대로 적용할 수 없다.
• 마) 합병 전후의 경제적 실질이 동일한 적격 합병의 경우 여러 세제상 혜택을 부여하는 법인세법의 규정 취지에 비추어 완전모자회사간의 합병의 경우에도 이월결손금의 승계를 인정할 필요성이 있다고 하더라도 이는 입법적으로 해결하여야 할 문제로 보인다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 별지 관계 법령 ▣ 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제44조 (합병평가차익상당액의 손금산입)

① 다음 각 호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것

2. 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동 합병대가의 총 합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95이상일 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

② 제1항의 규정에 의하여 합병평가차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 손금에 산입한 금액을 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 합병법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병평가차익에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 승계받은 사업의 계속 또는 폐지에 관한 판정기준, 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제45조 (합병에 따른 이월결손금의 승계)

① 내국법인이 다른 내국법인을 합병하는 경우 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제113조 제3항 단서에 해당되어 구분경리하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다)의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 다음 각 호의 요건을 갖춘 합병의 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 결손금으로 보아 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

1. 제44조 제1항 각 호에 해당할 것

2. 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계할 것

3. 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식 등이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상일 것

③ 제2항에 따라 피합병법인의 결손금을 공제한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 공제한 결손금의 전액을 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산 및 공제받은 결손금의 익금산입 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.