비영리내국법인이 법인세 신고기한 내에 과세표준으로 신고하지 않은 이자소득은 경우는 분리과세로 과세절차가 종결됨

사 건 2014구합50972 법인세경정거부처분취소 원 고 AAA공제회 피 고 역삼세무서장 변 론 종 결

2014. 4. 18. 판 결 선 고

2014. 6. 13.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2013. 6. 5 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 OOOO원 및 2010년 사업연도 법인세 OOOO원의 각 경정청구거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 건설근로자의 고용안정과 복지증진을 위하여 건설근로자를 피공제자로 하여 퇴직공제금을 지급하는 등 공제사업을 실시할 목적으로 건설근로자의 고용개선 등에 관한 법률 제9조 에 의하여 1997. 12. 9 설립된 비영리내국법인이다.
• 나. 원고는 2012. 5. 25. 2010 사업연도 과세표준 신고시 OOOO원의 이자소득을 누락하여 구 법인세법(2010. 12. 30 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조에 의한 비영리내국법인의 고유목적사업준비금으로서 손금에 산입하지 못하였으므로 2010 사업연도 원천징수세액 OOOO원을 환급해달라는 내용의 경정청구를 하였다.
• 다. 이에 피고는 구 법인세법 제62조 제1항, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제99조 제2항에 근거하여 법인이 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득은 수정신고, 기한 후 신고, 성정 등에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없고, 원고는 2010 사업연도 법인세 신고시 위 이자소득 금액을 신고하지 않았으므로 이를 과세표준 및 손금에 산입시킬 수 없다는 이유로 2012. 5. 25.자 경정 청구를 거부하였다 나아가 피고는 원고가 2009 및 2010 사업연도 법인세를 신고할 때 이자소득에 대한 귀속연도를 잘못 적용하여 당해 연도 과세표준 및 고유목적사업준비금으로서의 손금산입대상에 포함시켰고, 그에 따라 미납부세액으로 과다 환급받았다고 판단하여, 2013. 3. 29. 원고에게 2009 사업연도 법인세 OOOO원(기납부세액 과다환급액 OOOO원 + 환급불성실 가산세 OOOO원), 2010 사업연도 법인세 OOOO원(기납부세액 과다환급액 OOOO원 + 환급불성실 가산세 OOOO원)의 각 부과처분(이하 '1차 처분')을 하였다.
• 라. 원고의 사업연도별 이자소득금액 및 원천징수세액은 다음과 같다. <표> 판결문 3쪽 참조
• 마. 원고는 2013. 3. 29. 해당 사업연도의 법인세 신교기한까지 금융기관으로부터 이자소득에 대한 원천징수영수증을 받지 못하여 이자소득을 신고하지 못하였다는 이유로, ① 2007 사업연도에 관하여, 2009 사업연도 과세표준 및 손금으로 산입하여 신고한 이자소득 OOOO원, 2010 사업연도 과세표준 및 손금으로 산입하여 신고한 이자소득 OOOO원의 합계 OOOO원을 2007 사업연도 법인세의 과세표준 및 손금에 산입하여야 하므로 OOOO원의 환급을 구하는 경정청구를, ② 2008 사업연도에 관하여, 2009 사업연도 과세표준 및 손금으로 산입하여 신고한 이자소득 OOOO원, 2010 사업연도 과세표준 및 손금으로 산입하여 신고한 이자소득 OOOO원 합계 OOOO원을 2008 사업연도 과세표준 및 손금으로 산입하여야 하므로 OOOO원의 환급을 구하는 경정청구를, ③ 2009 사업연도에 관하여, 2010 사업연도 과세표준 및 손금으로 산입하여 신고한 이자소득 OOOO원과 당초 신고에서 누락된 이자소득 OOOO원 합계 OOOO원을 2009 사업연도 과세표준 및 손금으로 산입하여야 하므로 OOOO원의 환급을 구하는 경정청구를, ④ 2010 사업연도에 관하여, 당초 신고에서 누락된 OOOO원의 이자소득을 추가로 2010 사업연도 과세표준 및 손금으로 산입하여야 하므로 OOOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 바. 이에 피고는 2013. 6. 5 비영리내국법인이 법인세 신고기한 내에 이자소득을 과세표준으로 신고하지 않은 경우에는 분리과세로 과세절차가 종결되어 경정청구 할 수 없다는 이유로 원고의 2013. 3. 29.자 경정청구를 거부하였다(그 중 원고가 구하는 2009. 2010 사업연도에 대한 경정거부처분을 '이 사건 처분'이라 한다).
• 사. 원고는 이에 불복하여 2013. 7. 10 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2013. 10. 25. 기각결정을 받았다 [인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 16호증(째 변호 모두 포함 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

원고는 2009 사업연도에 합계 OOOO원의 이자소득을 누락하였고 2010 사업연도에 합계 OOOO원의 이자소득을 누락하였으나, 2009년 사업연도 이자소득 OOOO원, 2010년 사업연도 이자소득 OOOO원을 신고하여 손금에 산입하였으므로, 신고가 누락된 이자소득은 과세표준으로 신고된 이자소득으로 보아 고유목적사업준비금으로 손금에 산입되어야 한다. 따라서 이에 반하여 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 피고의 본안전 항변에 관한 판단

1. 피고는, 원고가 주장하는 위법사유는 이 사건 처분에 관한 것이 아니라 1차 처분의 위법을 다투는 것인데, 원고는 1차 처분에 관하여 전심절차를 거치지 아니하였으므로 부적법하다고 주장한다. 앞서 채택한 증거들에 의하면, 원고는 1차 처분의 위법을 다투면서 이에 대한 취소를 구하는 대신, 해당 사업연도의 법인세 신고기한까지 금융기관으로부터 이자소득에 대한 원천징수영수증을 받지 못하여 신고하지 못하였다는 이유로 피고에게 2007 내지 2010 사업연도 귀속분 원천납부세액 OOOO원에 대한 환급을 청구하였고, 이를 거부한 이 사건 처분에 관하여 심판청구를 하였으나, 2013. 10. 25. 기각당한 사실, 원고의 이 사건 청구취지는 "2009 사업연도 법인세 OOOO원 및 2010 사업연도 법인세 OOOO원의 각 경정청구 거부처분을 취소해달라" 취지인 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 ① 국세기본법 제45조의2 제1항 은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액, 또는 과세관청의 결정에 대하여 경정청구 할 수 있다고 규정하는 한편, 제4항은 원천징수의무자 및 원천정수대상자에 대하여 일정한 범위 안에서 경정청구권을 부여하였는데, 납세의무자는 과세관청의 부과 및 징수처분에 관하여 그 처분 자체를 다투는 방법 외에 그 처분에 감액사유가 있음을 이유로 경정청구를 할 수 있는 점, ② 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 역부에 대하여 조사 확인할 의무가 있다 할 것이므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적·절차적 위법 사유를 취소 원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라 할 것인 점(대법원 2004. 8. 16 선고 2002두9F61 판결 등 참조) 등을 고려하여 보면, 원고는 이 사건 처분에 관하여 전심절차를 거쳤다 할 것이고, 이 사건 처분의 위법 사유를 다투는 것이 1차 처분을 감액하는 효과를 가져온다는 이유로 1차 처분으로만 다투어야 함을 전제로 하는 피고의 위 주장은 이유 없다.

2. 한편, 피고는, 원고가 조세심판청구시 이자소득 원천징수납부세액 OOOO원에 관한 경정청구 거부처분에 대한 심판청구를 하였고, OOOO원에 대하여는 심판절차를 거치지 아니하였으므로 이 부분은 부적법하다고 주장한다. 살피건대, 갑 제3, 15호증의 각 기재에 의하면, 원고는 조세심판청구서에 2009 사업연도 OOOO원의 경정청구 금액 중 OOOO원은 원고의 단순 착오로 인하여 기납부세액으로 공제받지 못한 것으로 확인되어 제외할 예정이라고 기재한 사실, 이후 조세심판원은 원고가 2009 사업연도에 관하여는 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)에 관하여만 다투는 것으로 판단한 사실을 인정할 수 있으나, 한편, 앞서 채택한 증거들에 의하면, 원고는 조세심판청구서의 청구취지에 "2007, 2008, 2009, 2010 사업연도에 대한 법인세 경정청구 금액 합계 OOOO원에 대한 거부처부를 취소하고, 기존의 경정청구 처리에 대한 결정을 구한다"고 기재하였고, 그 이유 중에 2009 사업연도 경정청구 금액 중 일부를 감액할 예정이라고만 기재하였을 뿐, 확정적으로 이를 감액하지는 않은 사실을 인정할 수 있다. 그렇다면, 원고는 2009, 20lO 사업연도 경쟁청구)금액 전부에 관하여 전심절차를 거쳤다고 봄이 상당하므로 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 가. 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 신고하여야 하는데(구 법인세법 제60조 제1항), 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득에 대하여 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있고, 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니함 이자소득은 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다고 규정하고 있다(제62조 제1항). 위 규정에 따르면 비영리내국법인이 법인세의 과세표준 신고를 하면서 원천징수된 이자소득을 당해 사업연도의 소득에 포함시켜 이자소득이 분리과세되지 아니하도록 할 수 있으나, 법인세법 제60조 제1항 소정의 법정신고기한 내에 그와 같은 신고를 하지 아니한 경우에는 원천징수된 이자소득에 대하여 법인세법 제60조 제1항 의 규정에 의한 분리과세방법을 선택한 것으로 되어 원천징수된 이자소득에 대한 과세절차는 분리 확정되고, 법정신고기한 후에 그와 같은 신고를 하였다고 하더라도 달리 볼 수는 없으므로 비영리 내국법인이 법정신고기한을 경과한 후에 원천징수된 이자소득에 대한 과세표준의 신고를 하였다고 하더라도 이미 확정된 이자소득에 대한 법인세의 환급을 구할 수는 없다(대법원 2004. 10. 15 선고 2004다4218 판결). 이와 같이 법인세법 제62조 제1항 이 비영리법인에게 과세상 우대조치의 적용을 받을지 여부를 스스로 선택할 수 있는 권한을 부여하면서 그 선택 기한을 과세표준 신고시까지로 제한한 취지는 납세의무자와 과세관청 사이의 조세법률관계를 조기에 확정하여 법적안정성을 부여하기 위함이다. 이러한 입법취지에 비추어 보면, 비영리법인이 과세표준 신고 당시 당해 사업연도의 과세표준에 포함시킬 수 없는 이전 사업연도의 이자소득을 과세표준에 포함시켰다고 하더라도, 그 이자소득은 당해 사업연도에 발생한 이자소득으로 볼 수는 없고, 당해 사업연도의 이자소득에 대하여 과세표준의 신고가 이루어지지 않은 이상 마찬가지로 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 과세 표준에 포함시킬 수 없다고 해석함이 타당하다. 이와1달리 과세표준 신고시 가상의 이자소득을 과세표준에 포함시켜두기만 하면 경정청구1기간 내에 언제든지 이자소득을 과세표준에 포함시킬지 여부를 선택할 수 있다고 해석하는 것은 조세법률관계를 조기에 확정하고자 하는 위 조항의 입법취지에 반하는 결과가 되어 부당하다.
• 나. 앞서 채택한 증거들에 의하면, 원고는 2009 사업연도 법인세 신고시 2007년도에 지급받은 이자소득금액 OOOO원 및 2008년도에 지급받은 이자소득금액 OOOO원 합계 OOOO원, 2010 사업연도 법인세 신고시 2007년도에 지급 받은 이자소득금액 OOOO원, 2008년도에 지급받은 이자소득 OOOO원, 2009년도에 지급받은 이자소득 OOOO원 합계 OOOO원을 각 신고하였으나, 원고 주장의 2009 사업연도 이자소득 OOOO원, 2010 사업연도 이자소득 OOOO원은 위 신고에서 아예 누락되었고, 2009 사업연도 이자소득 OOOO원은 2010 사업연도 과세표준 신고시에 비로소 신고한 사실이 인정된다. 위 인정사실에 의하면, 원고는 2009, 2010 사업연도 과세표준 신고 당시 당해 사업연도 과세표준에 포함시켜야 할 이자소득을 과세표준에 포함시켜 신고한 바 없고, 설령 당해 사업연도 과세표준 신고 당시 전년도 이자소득을 과세표준에 포함시켜 신고하였다 하더라도 이를 당해 사업연도 이자소득으로 볼 수는 없으므로, 신고를 하지 않은 당해 사업연도 이자소득은 더 이상 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어 포함시킬 수 없게 되고 원천징수에 의한 분리과세로 확정되어l 과세절차가 종료되었다 할 것이다. 원고는 당해 사업연도 과세표준에 포함시킬 수 없는 전년도 이자소득을 과세표준에 포함시켜 신고한 바 있으므로, 그 경우 경정청구를 통하여 당해 사업연도 이자소득을 과세표준에 포함시킬 수 있다고 주장하나, 원고의 이와 같은 주장은 앞서 본 법리에 비추어 받아들일 수 없다

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.