원고의 인건비는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 종사하는 연구요원 등의 인건비에 해당하지 아니함

사 건 2014구합10202 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 AAA교육 피 고 성동세무서장 변 론 종 결

2015. 3. 17. 판 결 선 고

2015. 5. 1.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지

피고가 원고에게 한 2012. 2. 6.자 2006 사업연도 법인세 OOOO원, 2012. 4. 13.자 2007 사업연도 법인세 OOOO원, 2008 사업연도 법인세 OOOO원, 2009 사업연도 OOOO원, 2010 사업연도 OOOO원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 주식회사 BBB북스코리아(2012. 6. 4. 원고로 변경되었다. 이하 변경 전후를 구분하지 않고 ‘원고’라 한다)는 1999. 3. 9. BBB 교육공학연구소(이하 ‘이 사건 연구소’라한다)를 구 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호 의 기업부설연구소로 신고하여 1999. 4. 13. CCC협회장으로부터 인정을 받았다.
• 나. 서울지방국세청장은 2011. 10. 27.부터 2012. 1. 4.까지 원고의 2006 사업연도부터 2010 사업연도에 대한 법인사업자 통합조사를 한 후, 피고에게 원고가 2004 사업연도부터 2010 사업연도까지 이 사건 연구소에 근무하는 연구요원 인건비 등이라며 세액공제 대상으로 신고한 연구·인력개발비 OOOO원(이하 ‘이 사건 연구·인력개발비’라 한다)이 세액공제 요건을 충족하지 못하였고, 2007년부터 2009년까지 윤DD이 실제 근무하지 않았다고 보아 급여 OOOO원을 손금불산입하라는 취지의 통지를 했다.
• 다. 이에 피고는 전항과 같은 이유로 아래와 같이 법인세를 경정·고지하였다. 일시 사업연도 금액

2012. 2. 6. 2006 사업연도 OOOO 원

2012. 4. 13. 2007 사업연도 OOOO 원 2008 사업연도 OOOO 원 2009 사업연도 OOOO원 2010 사업연도 OOOO원

• 라. 그 후 피고는 원고가 구 조세특례제한법 제7조 가 정한 중소기업에 대한 특별세액감면대상에 해당하고, 윤DD이 2007년부터 2009년까지 원고의 직원으로 근무했다는 이의신청 결과에 따라 아래와 같이 각 세액을 감경하였다. 이에 따른 법인세 경정 과정은 아래와 같다(이하 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다) 사업연도 최초 경정 중소기업특별세액 윤DD 감액 남은 처분액 2006 사업연도 OOOO원 -OOOO원 OOOO원 2007 사업연도 OOOO원 -OOOO원 -OOOO원 OOOO원 2008 사업연도 OOOO원 -OOOO원 -OOOO원 OOOO원 2009 사업연도 OOOO원 -OOOO원 -OOOO원 OOOO원 2010 사업연도 OOOO원 -OOOO원 OOOO원
• 마. 조세심판원은 원고의 연구·인력개발비 부분에 대한 심판청구에 대하여 2014. 3. 4. 기각결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재(가지번호 포함, 이하 같다)

• 가. 원고의 주장 원고는 단기언어습득교재 및 컴퓨터프로그램 개발을 연구 분야로 하는 법인으로서 이 사건 연구소는 구 기술개발촉진법에 따라 기업부설연구소로 인정받았고, 실제 각 과세연도에 이 사건 연구소에서 연구원 등이 실제 연구업무에 종사하여 수차례 수상을 하는 등 실제 연구인력 등에 대한 인건비를 지출하였으므로 이 사건 연구소 연구원들에 대한 인건비는 구 조세특례제한법 제10조 에서 정하고 있는 연구·인력개발비 세액공제요건을 충족한다. 따라서 이를 전제로 하지 않는 이 사건 처분은 위법하다.

2. 원고는 2009. 8. 14. 서울지방국세청으로부터 2004 사업연도부터 2008 사업연도 법인세 감면에 대한 수정 권고를 받고, 그에 대한 수정 신고를 해서 법인세를 납부했으므로 적어도 2008년 사업연도까지의 연구·인력개발비에 대한 세액공제는 확정되었고, 그로부터 약 2년이 지난 후 통합조사를 실시해서 세액공제를 전면 부인한 것은 신의성실의 원칙에 어긋난다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 원고가 1999. 4. 13. 구 기술개발촉진법 상의 기업부설연구소로 인정받았는데 그 연구분야는 ‘정보서비스[(전기·전자) 단기언어습득교재 및 컴퓨터프로그램 개발]’이다. 한편 이 사건 연구소는 2013. 5. 19. 기업부설연구소 지정이 취소되었다.

2. 원고의 특허 및 등록상표 현황, CCC협회에 보고한 연구개발활동 내역, 수상내역은 아래와 같다. <특허 및 등록상표 현황> - 생략 <연구개발활동 내역> - 생략 <수상내역> - 생략

3. 이 사건 연구소는 매주 교재 개발 및 기존 교재 개정, 교육 동영상 촬영, 온라인 학습방 개선, 시험지 제작 등의 업무를 수행하였고, 그 연구원들은 신교재 활용수업, 강사 교육 및 강의, 교재 워크북 제반 작업, 인터넷 듣기 문제 출제 등의 업무를 수행하고 그에 따른 실적을 평가받았다. 한편 이 사건 연구소 연구원들 중 일부는 시험 감독을 하거나 디자인팀에 소속되어 달력 등의 제작 업무를 맡기도 했다.

4. 원고는 서울지방국세청의 수정권고에 따라 2004 사업연도부터 2008 사업연도 법인세 감면에 대해 수정 신고 및 납부를 했다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제 8 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 다. 판단

1. 구 조세특례제한법 제10조 제1항, 같은 법 시행령 제9조 제2항 별표 6 제1호 가목, 같은 법 시행규칙 제7조 제2항에 의하면, 구 기술개발촉진법에 따라 인정을 받은 기업부설연구소에 근무하면서 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자에 대한 인건비는 같은 법 소정의 세액공제대상이 된다. 이 사건 연구소가 위 기술개발촉진법령에 따라 인정받은 기업부설연구소임은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 각 과세연도에 그 인정이 취소되거나 위 법령이 요구하는 연수 인력이나 시설 등의 기준이 충족되지 못하였음을 입증할 자료가 부족한 이상 이 사건 연구소는 조세특례제한법상 세액공제 대상이 되는 연구소에 해당한다.

2. 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제9조 제5항은 손금산입 대상이 되는 연구원의 연구개발을 “과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동”으로 규정하고 있었으나 이후 2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정된 조세특례제한법 제9조 제5항 은 연구개발을 “과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”으로 규정하면서 그 적용범위를 확대하였다. 또 구 조세특례제한법 시행규칙(2011. 4. 7. 기획재정부령 제264호로 개정되기 전의 것) 제7조 제2항은 세액공제대상이 되는 범위를 “과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자”로 규정하고 있었으나 2012. 2. 28. 기획재정부령 제264호로 개정된 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제3항 은 그 범위를 “전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자”로 규정하면서 과학기술분야의 연구업무로 그 범위를 제한하지 않고 있다. 위 특례규정의 취지는 연구개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는 데 있는데(대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결 참조), 조세법률주의의 원칙상 조세감면요건의 해석도 함부로 확장해석하거나 유추 해석할 수 없으므로(대법원 2003. 1. 14. 선고 2002두9537 판결 참조) 위 특례 규정의 범위를 함부로 확대해석할 수는 없다. 위 특례규정의 연혁과 취지를 고려할 때, 위 특례규정에 따라 2006 사업연도부터 2010 사업연도까지 세액공제대상이 되는 범위에는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자만이 포함되고, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 종사하는 연구요원은 2012 사업연도에 이르러서야 세액공제대상이 된다고 해석해야 한다. 위 인정사실에 의하면, 이 사건 연구소는 정보서비스분야로 기업부설연구소 인정을 받았다. 그런데 원고는 1999년 3개의 프로그램을 EEE진흥원에 등록한 후 새로운 프로그램을 등록하지 않았고, 2006년 이후 CCC협회에 보고한 연구개발 활동내역에도 프로그램 개발은 제외되어 있다. 원고의 등록 상표 또는 특허를 보아도 원고는 문제된 과세기간 동안 새로운 교재 또는 교육방법을 개발하였다. 이 사건 연구소 연구원들의 업무도 주로 교재 개발 및 교재를 이용한 교육 방법 연구가 주를 이루고 있고, 연구원들 중 일부는 시험감독이나 달력 제작 등 교육 방법 연구와도 관계가 없어 보이는 업무를 수행했다. 원고의 수상 분야 역시 영어 학습 분야이다. 이와 같은 이 사건 연구소의 연구개발 활동 내역, 연구원들의 업무 내용, 원고의 등록 상표 및 특허의 내용, 수상 경력 등에 비추어 볼 때, 원고가 주장하는 프로그램 개발 내역, 등록 상표 및 수상 실적만으로는 이 사건 연구소 연구원들의 업무가 과학기술분야의 연구업무라고 인정하기 부족하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

3. 한편 원고가 서울지방국세청으로부터 수정권고를 받아 2004 사업연도부터 2008 사업연도 법인세 감면에 대한 수정 신고를 하고 그에 따라 법인세를 납부했다는 사정만으로 피고가 공적인 견해표명을 통해 원고에게 신뢰를 부여하였다고 보기 어려우므로(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 참조), 이 사건 처분이 신의성실의 원칙에 반한다는 원고의 주장은 더 나아가 살펴보지 않는다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하고, 주문과 같이 판결한다.