토지 실지취득가액을 확인할 수 있음에도 환산가액으로 산정하여 양도소득세 과세한 처분은 위법함

사 건 양도소득세부과처분취소 원 고 김○○ 피 고 금천세무서장 변 론 종 결

2014. 10. 07. 판 결 선 고

2014. 11. 28.

1. 피고가 2012. 12. 6. 원고에 대하여 한 2010년 귀속 양도소득세 84,501,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 망 서○○(2012. 1. 12. 사망)의 어머니로 서○○의 상속인이다.
• 나. 서○○은 2002. 11. 25. 서울 ○○구 ○○동 ○○○ 답 1,422㎡ 중 1757분의575.165(이하 이 사건 토지 또는 이 사건 토지 지분이라고 한다)를 취득하였고, 2010. 7. 21. 이 사건 토지 지분이 공공용지 협의취득으로 한국토지공사에 수용되었으나 양도소득세 신고는 하지 않았다.
• 다. 피고는 서○○에 대하여 양도소득세 조사를 하였으나 이 사건 토지 지분의 실지 취득가액을 확인할 수 없다는 이유로 이 사건 토지 지분의 취득가액을 환산가액으로 산정한 뒤 서○○이 사망하자 2012. 12. 6. 서○○의 상속인인 원고에게 2010년 귀속 양도소득세 84,501,000원(신고불성실 가산세 14,198,031원, 납부불성실 가산세 13,510,846원 포함)을 결정, 고지하는 이 사건 처분을 하였다.
• 라. 원고는 2013. 1. 31. 이 사건 처분에 대한 이의신청을 거쳐 2013. 7. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2014. 1. 6.이 사건 토지 지분에 대한 매매계약서와 전소유자인 김○의 양도가액, 서○○과 이 사건 토지를 공동매수한 박○○가 2013. 11. 11. ○○○○○교회 장로 안○○에게 양도한 지분에 대한 양도소득세 신고내역과 사실관계 등을 확인하여 이 사건 토지 지분에 대한 실지취득가액을 재조사하고, 그에 따라 과세표준과 세액을 경정한다고 결정하였다.
• 마. 피고는 위와 같은 재결 후 재조사를 거쳐 2014. 2. 18. 이 사건 처분을 유지하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑1-1, 1-2, 2-1, 2-2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

서○○은 소외 박○○와 함께 이 사건 토지를 3억 6,200만원에 매수하면서 매수대금을 1/2씩 분담하여 1/2씩 지분소유권 이전등기를 하기로 하되, 소외 박○○가 장로로 있는 ○○○○○교회의 공금으로 매수대금을 지급한 후 나중에 1억 8,100만원씩 분담하여 교회에 반환하기로 하였다. 그러나 ○○○○○교회가 2003. 8. 박○○의 공금 횡령 사실을 알게 되었고 서○○은 ○○○○○교회에 이 사건 토지 지분 매수대금에 해당하는 1억 8,100만원과 지연손해금 4,600만원을 합한 2억 2,700만원을 반환하였다. 따라서 이 사건 토지 지분의 실지취득가액은 1억 8,100만원임에도 불구하고 피고가 이와 다른 전제에서 실지취득가액을 알 수 없는 경우에 해당한다며 환산가액을 적용하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

• 가. 인정사실

1. 서○○과 박○○는 2002. 11. 25. 소외 김○로부터 이 사건 토지를 매수하여 각1757분의 575.165 지분에 관하여 소유권이전등기를 마쳤는데, 이 때 매수대금의 지급은 ○○○○○교회 장로로 있는 박○○를 통해 교회의 공금으로 지급하였다.

2. ○○○○○교회는 2003. 8.경 박○○의 공금 유용 사실을 알게 되어 박○○와 서○○에게 이 사건 토지 지분의 이전을 요구하였고, 이에 따라 박○○의 지분은 소외2003. 11. 11. 안○○ 장로에게 이전되었으나, 위 교회의 성도가 아닌 서○○은 2003. 9. 16. ○○○○○교회의 사무장인 권○○을 근저당권자로 하여 채권최고액 2억 4,000만원으로 된 근저당권을 설정하여 주고 매매대금을 반환하거나 지분이전등기를 하지않았다. ○○○○○교회는 2004. 12. 13. 권○○ 명의의 근저당권에 기한 임의경매개시결정을 받았고, 이어 2005. 9. 2. 이 사건 토지 지분에 관하여 소유권이전청구권가등기를 한 뒤 위 임의경매신청을 취하하였다. 결국 서○○은 ○○○○○교회에게 2006. 4. 27. 2,700만원, 2006. 8. 18. 7,000만원, 2006. 11. 24. 9,000만원, 2006. 11. 27. 4,000만원 합계 2억 2,700만원을 지급한 뒤 2006. 12. 4. 권○○ 명의의 가등기 및 근저당권설정등기를 말소하였다.

3. 서○○은 2006. 11. 22. 그 소유의 서울 ○○구 ○○동 ○○○-○○ 대 238.3㎡ 및 그 지상 연와조 세멘와즙 1층 주택 건물(1층 82.98㎡, 지하실 31.4㎡)에 관하여 근저당권자 주식회사 ○○은행에게 채권최고액 165,000,000원으로 된 근저당권설정등기를 마쳐주었다. 한편 원고 명의의 서울 ○○구 ○○○1가 ○○-○ 대 79㎡ 및 그 지상 목조와즙 평가건 주택(건평10평3홉)에 관하여 2006. 8. 17. 채권자 주식회사 ○○○○○상호저축은행, 채무자 서○○로 된 근저당권설정등기가 경료되었다.

4. 이 사건 토지 지분의 양도인인 김○는 이 사건 제3차 변론기일에 증인으로 출석하여 박○○와 서○○에게 이 사건 토지 지분 1,757분의 1,150.33(약 282.12평)을 평당 약 120만원에 양도하였다고 진술하였다. 한편 김○는 2003. 4. 30. 이 사건 토지의 양도가액을 기준시가로 적용하여 양도소득세 신고하였으나, 조세특례제한법 제69조 에 의해 양도소득세가 감면되었다.

5. 서○○의 동생인 서○○는 2013. 8.경 이 사건 처분 후 공동매수인이었던 박○○를 만나 이 사건 토지의 계약서, 영수증 등 관련 서류를 확인하였는데, 이에 따르면 2002. 8. 20. 계약금 2,500만원, 2002. 9. 17. 중도금 1억 5,000만원, 2002. 9. 23. 잔금 1억 8,700만원(이 중 7,000만원은 근저당권 채무 인수) 등 총 매매대금이 3억 6,200만원이었으나, 그 후 박○○는 이사 등의 이유로 관련 서류를 찾을 수 없다고 주장하였다.

6. 서○○이 이 사건 토지 지분을 취득할 당시 이 사건 토지 지분에 관하여 채권최고액 9,800만원, 근저당권자 ○○농업협동조합, 채무자 김○로 된 근저당권설정등기와 ○○농업협동조합을 지상권자로 하는 지상권설정등기가 되어 있었으나, 2007. 6. 19. 모두 말소되었다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑6, 7, 9-1, 9-2, 10-1, 10-2, 11호증, 을2-1, 2-2호증의 각 기재, 증인 김○, 박○○의 각 증언, 변론 전체의 취지

• 나. 판단 살피건대, 원고가 이 사건 토지 지분에 관한 계약서를 제출하지 못하였으나, 앞서 인정한 사실관계에서 알 수 있는 다음의 사정 즉, ① 양도인인 김○가 이 사건 토지를 평당 약 120만원에 매도하였다고 증언하였는데, 이는 원고가 주장하는 서○○과 박○○의 각 지분의 취득가액 3억 6,200만원(전체 매매면적 282.12평으로 나누면 평당 약 128만원)과 비슷한 점, ② 서○○이 이 사건 토지 지분 매수대금과 관련하여 ○○○○○교회에 반환한 돈이 2억 2,700만원으로 원고가 주장하는 이 사건 토지 지분의 취득가액 이상인 점, ③ 서○○의 동생인 서○○가 공동 매수인이었던 박○○를 만나 확인하였을 때 이 사건 토지 지분의 전체 취득가액은 3억 6,200만원으로 그 중 서○○의 지분에 해당하는 금액은 1억 8,100만원인 점, ④ 서○○은 2006. 4. 27.부터 11. 27.까지 ○○○○○교회에 2억 2,700만원을 반환하였는데, 그 무렵인 2006. 8. 17. 원고 명의의 ○○○1가 주택 및 부수토지에 채무자를 서○○로 한 근저당권설정등기가, 2006. 11. 22. 서○○ 명의의 ○○동 주택 및 부수토지에 채무자를 서○○로 한 근저당권설정등기가 경료되어 서○○이 그 무렵 금융기관으로부터 대출을 받아 그 중 일부를 ○○○○○교회에 반환하는데 사용하였을 가능성이 있는 점, ⑤ 이 사건 토지 지분을 취득할 당시 설정되어 있던 김○를 채무자로 한 근저당권설정등기 및 지상권설정등기의 채무자가 서○○이나 박○○로 변경등기 되지 아니하였으나, 서○○이 취득한 이후에 말소등기 된 사실에 비추어 보면 이 사건 토지 지분의 매수대금 중 일부는 근저당권채무를 인수하는 것으로 하여 지분 취득 이후 변제하였을 가능성도 있는 점 등을 종합하여 보면, 서○○이 지급한 이 사건 토지 지분 실지 취득가액은 1억 8,100만원으로 추단할 수 있고, 달리 반증이 없다. 따라서 이 사건 토지 지분의 취득가액을 확인할 수 없다는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

그러므로 원고의 청구는 이유 있어 인용한다.