법원 판결문에 나타난 청구인의 주식 거래사실 등을 종합할 때, 청구인들의 이 사건 양도주식은 특정주식(기타자산)에 해당함

사 건 2013구합52018 양도소득세부과처분취소 원 고 1.김AA 2.박BB 피 고 1.역삼세무서장 2.강서세무서장 변 론 종 결

2013. 10. 18. 판 결 선 고

2013. 11. 1.

1. 이 사건 소를 모두 각하한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고 역삼세무서장이 2010. 5. 3. 원고 김AA에 대하여 한 양도소득세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분 및 피고 강서세무서장이 같은 날 원고 박BB에 대하여 한 양도소득세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고들은 신CC, 손DD과 함께 OO시 OO군 OO읍 OO리에서 아파트 분양사업을 추진하기 위해 2005. 4. 11. 자본금 OOOO원(총 발행주식 6만 주, 액면가액 OOOO원)으로 비상장법인인 주식회사 EE도시개발(이하 'EE개발'이라 한다)을 설립하였는데, 총 발행주식 중 29,400주(49%)는 원고 김AA가, 1,200주(2%)는 원고 박BB이, 29,400주(49%)는 손DD(단, 인수명의자는 박FF)이 각 인수하였다.
• 나. 원고 김AA는 2006. 7. 3. 자신의 명의로 보유하고 있던 EE개발의 주식 중 9천 주(이하 '반환주식'이라 한다)를 신CC에게 양도하였다. 또한 2006. 9. 4.에는 ① 원고 김AA가 주식회사 GG개발에 EE개발의 주식 20,400주를 OOOO원에, ② 원고 박BB이 주식회사 GG이엔지(이하 'GG이엔지'라 한다)에 EE개발 주식 1,200주를 OOOO원에, ③ 신CC이 GG이엔지에 반환주식을 OOOO원에 각 양도하였다(이하 원고들이 한 ①, ② 양도를 통틀어 '이 사건 주식양도'라 한다).
• 다. 원고들은 EE개발이 중소기업무로서 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 '소득세법'이라 하고, 그 시행령을 '시행령'이라 한다) 제94조 제1항 제3호 다목 소정의 비상장법인에 해당한다고 보아 소득세법 제104조 제1항 제4호 나목에 따라 10%의 세율을 적용하여 이 사건 주식양도에 대한 양도소득세를 신고·납부하였다.
• 라. 중부지방국세청장은 2009. 9. 24.부터 같은 해 11. 26.까지 EE개발의 주식변동을 조사한 결과 ① EE개발의 자산 중 부동산이 차지하는 비율이 50% 이상이고, ② EE개발의 설립 당시 원고 김AA가 49%의 주식을, 원고 박BB이 2%의 주식을 인수 하였는데, 원고 박BB은 원고 김AA의 조카로서 시행령 제157조 제4항 제1호 소정의 기타주주에 해당하므로 원고 김AA는 기타주주인 원고 박BB과 함께 EE개발의 주식 50% 이상을 보유하고 있었으며, ③ EE개발의 주주인 원고 김AA와 기타주주인 원고 박BB이 발행주식의 50% 이상을 제3자에게 양도하였으므로(이 사건 주식양도 + 원고 김AA의 신CC에 대한 반환주식 양도), 이 사건 주식양도에는 소득세법 제94조 제1항 제3호 다목이 아니라 같은 조 제4호 다목, 시행령 제158조 제1항 제1호를 적용하여야 하고, 그에 따라 양도소득세율도 소득세법 제104조 제1항 제1호 가 정한 세율 (OOOO원+OOOO원을 초과하는 금액의 100분의 36, 이하 '가중세율'이라 한다)에 따라야 한다고 보아 피고들에게 관련 과세자료를 통보하였다.
• 마. 이에 따라 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목, 제104조 제1항 제1호를 적용하여 피고 역삼세무서장은 2010. 5. 3. 원고 김AA에게 양도소득세 OOOO원(가산세 포함)을, 피고 강서세무서장은 같은 날 원고 박BB에게 양도소득세 OOOO원(가산세 포함)을 각 증액·경정하여 고지하였다(이하 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다).
• 바. 원고들은 2010. 6. 28. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하면서 반환주식은 본래 신CC의 소유인데 이를 원고 김AA에게 명의신탁 하여 둔 것일 뿐이므로, 이 사건 주식양도는 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목이 정한 기타자산의 양도가 아니라고 주장하였다. 이에 조세심판원은 2011. 8. 9. 이 사건 처분은 원고 김AA가 제출한 경위서의 진위와 원고 김AA가 신CC으로부터 차입한 돈의 내역 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다고 결정하였다(이하 '선행결정'이라 한다).
• 사. 조사관청은 선행결정에 따라 재조사를 실시한 후 2011. 9. 20. 원고들에게 신CC이 원고 김AA에게 반환주식을 명의신탁 한 것이 아니므로 이 사건 처분은 정당하다는 취지로 재조사 결과를 통보하였고, 이는 같은 달 26일경 원고들에게 송달되었다.
• 아. 원고들은 2011. 12. 23. 다시 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2012. 12. 6. 반환주식은 신CC이 원고 김AA에게 명의신탁 한 것으로 보이나, 원고 김AA가 2006. 5. 2. 손DD으로부터 EE개발 주식 29,400주(이하 '손DD 주식’이라 한다)를 양수하여 같은 달 12일 곽II에게 액면가에 저가양도 하였으므로(단, 양수인 명의는 곽II의 처남인 박JJ) 결국 이 사건 주식양도에 대해 가중세율을 적용한 이 사건 처분은 적법하다고 결정하였다(이하 '후행결정'이라 한다).
• 자. 한편, 곽II은 '2006년 3월경 곽II은 원고 김AA에게 손DD을 사업에서 배제하지 않으면 EE개발에 대한 자금 대여를 중단할 듯한 태세를 보였고, 이에 놀란 원고 김AA는 손DD 주식을 모두 양수한 다음, 2006. 5. 12.경 곽II에게 손DD 주식을 액면가로 양도할테니 자금 집행 등 EE개발에 편의를 봐주고 시행사업을 잘 도와달라는 취지로 청탁하면서 손DD 주식을 실제 가치보다 낮은 액면가에 따라 OOOO원에 양도하기로 하였고, 같은 날 곽II은 원고 김AA로부터 자신의 처남인 박JJ 명의로 손DD 주식을 이전받았다. 이로써 곽II은 원고 김AA로부터 그 임무에 관하여 부정한 청탁을 받고 금액을 알 수 없는 재산상 이익을 취득하였다'는 등의 범죄사실로 기소되어 2011. 12. 27. 서울고등법원에서 유죄판결을 선고받았고(2011노2282), 위 판결은 2012. 3. 29. 상고기각으로 확정되었다(2012도536, 이하 확정된 위 판결을 '형사판결’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제1호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 후행결정은 종래 다투어지던 반환주식의 명의신탁 여부에 관한 판단을 넘어서 손DD 주식의 양도에 관하여 새로이 판단하였으므로 이는 선행결정의 기속력 내지 불가변력에 반하거나 중복조사금지 원칙에 어긋나는 것으로서 위법하다. 따라서 이 사건 처분이 적법한지를 판단함에 있어서는 신CC이 원고 김AA에게 반환주식을 명의신탁 하였는지 만을 보아야 하고, 이에 관해서는 이미 후행결정이 명의신탁에 해당한다고 판단하였으므로 결국 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 이 사건 처분의 적법 여부를 따짐에 있어 손DD 주식을 고려하더라도 원고 김AA는 아파트 분양사업을 추진하는 과정에서 곽II의 요구로 어쩔 수 없이 손DD 주식을 담보로 제공한 것뿐이므로 이를 주식의 양도로 볼 수 없다. 가사 원고 김AA가 손DD 주식을 곽II에게 양도한 것이라고 하더라도, 곽II은 공탁한 매수대금을 2012. 8. 20. 회수해갔고, 이에 원고 김AA도 2013년 8월경 계약해제의 의사를 표시 하였으므로, 결국 해당 매매계약은 소급하여 소멸하였다고 할 것이다. 따라서 어느 모로 보나 이 사건 주식양도에 대하여 가중세율을 적용할 수는 없다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

• 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제94조 (양도소득의 범위) ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. [... ]

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 감안하며 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 "유가증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 증권거래법에 의한 코스닥상장법인(이하 "코스닥상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식등

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 [... ]

• 다. 주식등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 자산

② 제1항제3호 및 제4호의 규정에 모두 해당되는 경우에는 제4호의 규정을 적용한다. 제104조 (양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산 <양도소득과세표준> <세율> […] 8천만원 초과 1천710만원 + 8천만을 초과하는 금액의 100분의 36 [... ]

• 나. 중소기업의 주식등 양도소득과세표준의 100분의 10 [... ]

• 구 소득세법 시행령 (2008. 2. 22. 대통령령 저120618호로 개정되기 전의 것) 제157조 (대주주의 범위) […]

④ 법 제94조제1항저13호 가목에서 "대통령령이 정하는 대주주"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령 제20조 의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식등의 합계액의 100분의 3(코스닥상장법인의 주식등 및 증권거래법 시행령 제84조의27제5항 의 규정에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 5. 이하 이 조에서 같다)이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100 분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다. […] 제158조 (기타 자산의 범위) ① 법 제94조제1항제4호 다목에서 "대통령령이 정하는 자산" 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주주 1인 및 기타 주주가 그 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50이상을 주주 1인 및 기타 주주외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식 등

• 가. 당해 법인의 자산총액 중 법 제94조제1항제1호 및 저12호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인
• 나. 당해 법인의 주식등의 합계액 중 주주 1인과 기타 주주가 소유하고 있는 주식등의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 […]

② 제1항제1호의 경우 주주 1인과 기타 주주가 주식등을 수회에 걸쳐 양도하는 때에는 그들중 1 인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 3년 내에 그들이 양도한 주식등을 합산한다. 이 경우 동항 본문 및 각호에 해당하는 여부의 판정은 그들 중 1인이 주식 등을 양도하는 날부터 소급하여 그 합산하는 기간의 초일 현재의 당해 법인의 주 식등의 합계액 또는 자산총액을 기준으로 한다. […]

• 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제55조(불복)CD 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. […]

⑨ 동일한 처분에 대해서는 심사청구와 심판청구를 중복하여 제기할 수 없다. 제56조(다른 법률과의 관계) ① 제55조에 규정된 처분에 대해서는 행정심판법의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 심사청구 또는 심판청구에 관하여는 행정심판법 제15조, 제16조, 제20조부터 제22조까지, 제29조, 제39조, 제40조, 제42조 및 제51조를 준용하며, 이 경우 11위원회"는 "국세심사위원회", "조세심판관회의" 또는 "조세심판관합동회의"로 본다.

② 제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 행정소송법 제18조제1항 본문, 제2항 및 제3항에도 불구하고 이 법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다.

③ 제2항에 따른 행정소송은 행정소송법 제20조 에도 불구하고 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 다만, 제65조제2항 또는 제81조에 따른 결정기간에 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 지난 날부터 행정소송을 제기할 수 있다. […]

⑤ 제3항의 기간은 불변기간(不變期間)으로 한다.

• 가. 피고는 이 사건 소가 모두 제소기간을 도과하여 부적법하다고 주장하므로, 그에 관하여 본다.

1. 조세심판결정 중 재조사 결정은 당해 결정에서 지적한 사항에 관해서는 처분청의 재조사 결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 이의신청 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하고, 재조사 결정은 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 심판청구 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 할 것이므로, 재조사 결정에 따른 불복기간은 후속 처분의 통지를 받은 날로부터 기산된다고 봄이 타당하다(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 참조).

2. 원고들이 이 사건 처분에 불복하여 조세심판을 청구하자 조세심판원이 2011. 8. 9. 재조사 결정에 해당하는 선행결정을 한 사실 및 그에 따라 조사관청이 재조사를 실시한 후 이 사건 처분이 정당하다는 취지의 재조사 결과를 통보하였고, 위 통보가 2011. 9. 26.경 원고들에게 도달한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고들은 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국세기본법’이라 한다) 제56조 제3항에 따라 재조사 결과를 통보받은 날로부터 90일 이내에 행정소송을 제기했어야 하는데, 이 사건 소가 그로부터 1년 5개월 이상 지난 후에 비로소 제기된 사실은 기록상 분명하므로, 이 사건 소는 모두 부적법하다.

3. 이에 대해 원고들은 조세심판원의 재조사 결정과 그에 따른 과세관청의 후속 처분에 대해 납세자는 다시 조세심판을 청구할 수 있고 행정소송의 제소기간은 후행 심판결정의 통지일부터 기산해야 한다고 주장한다. 그러나 이는 하나의 처분에 대하여 전심절차의 중복을 금지하고 있는 국세기본법 제55조 제9항 의 취지에 반할 우려가 있고, 실질적으로 재조사에 따른 후속 처분을 당초 처분과 별개의 처분으로 취급하는 결과가 되어 경정결정에 관한 일반적인 법리나 원처분주의와도 맞지 않다. 또한 납세자는 새로운 심판청구를 제기함이 없이 행정소송을 제기하여 충분히 다툴 수 있으므로 중복된 심판청구를 제한하는 것이 납세자의 권리구제에 특별한 제약이 된다고 볼 수도 없다. 오히려 당초 재조사 결정이 있었다는 이유로 후속 처분이 내려졌음에도 불구하고 거듭 심판청구를 허용하고 행정소송의 제소기간도 그에 따라 다시 기산한다면 법률관계가 장기간 불안정한 상태에 놓이게 되어 조세법률관계를 신속히 확정하여 법적 안정성을 확보하고자 하는 국세기본법 제56조 제3항, 제5항의 취지에도 반하게 된다. 특히 원고들이 주장하는 바와 같이 조세심판결정의 불가변력이나 기속력 등을 끝까지 관철한다면 다시 조세심판을 하더라도 후속 처분에 의하여 내용이 완결된 재조사 결정과 다른 결정을 할 수 없으므로 굳이 조세심판을 새로 할 필요도 없다. 따라서 원고들의 위 주장은 이유 없다.

• 나. 가사 이 사건 소를 적법하다고 보더라도, 다음과 같이 원고들의 주장은 모두 이유없다.

1. 원고들은 이 사건 처분의 적법 여부를 판단함에 있어 반환주식의 명의신탁 여부만을 살펴야 하고 손DD 주식을 양도하였는지는 판단의 대상이 아니라는 취지로 주장한다. 그러나 과세처분이란 당해 과세요건의 충족으로 객관적, 추상적으로 이미 성립하고 있는 조세채권을 구체적으로 현실화하여 확정하는 절차이고, 과세처분의 취소소송은 위와 같은 과세처분의 실체적, 절차적 위법을 그 취소원인으로 하는 것으로 그 심리의 대상은 과세관청이 결정한 소득금액의 존부라고 할 것이다. 따라서 단일과세 단위에 있어서 부과처분금액이 정당하다는 사유를 뒷받침하는 개개의 사실관계에 관한 주장은 공격방어방법에 불과하고, 과세관청은 과세처분 취소소송의 변론종결 시까지 당해 과세처분에서 인정한 과세표준액 등이 객관적으로 존재함을 뒷받침할 수 있는 모든 자료를 제출하고 그에 대한 판단을 구할 수 있다(대법원 2002. 1. 25. 선고 2000두956 판결, 1999. 9. 3. 선고 98두4993 판결 등 참조). 이 사건 처분은 이 사건 주식양도에 대하여 가중세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 것이고, 반환주식이나 손DD 주식의 양도 여부 등은 모두 부과처분금액을 정당화하는 공격방어 방법에 불과한 것이므로 과세관청은 국세심판에서는 물론 행정소송에서도 그에 관한 새로운 자료를 제출할 수 있다.

2. 원고들은 원고 김AA가 곽II에게 손DD 주식을 담보로 제공한 것일 뿐 양도한 것이 아니라고 주장하나, 이는 형사판결에서 확정된 사실관계에 반하는 것으로서 갑 제10호증의 1 내지 29호증(상당수는 형사판결에 관련된 증거들이다) 등 원고들이 제출한 증거만으로는 이를 뒤집기에 부족하고 달리 인정할 증거가 없다.

3. 원고들은 손DD 주식에 대한 매매계약이 해제되었으므로 이 사건 주식양도에 가중세율을 적용해서는 안된다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 원고 김AA가 곽II에게 손DD 주식을 헐값에 이전하여 준 것은 EE개발을 통하여 추진하던 아파트 분양사업에 편의를 봐달라는 취지로 청탁하기 위한 것으로서 원고 김AA의 중재행위 및 계속된 사업의 추진을 통하여 급부의 교환이라는 계약의 이행은 완결되었다고 할 것이고, 그로부터는 물론 이 사건 처분이 이루어지고도 수년이 경과한 후 원고 김AA가 계약해제의 의사를 표시하였다는 사정만으로(곽II이 회수하였다는 공탁금은 액면가를 기준으로 산정한 것으로서 이 사건 주식양도에 비추어 보더라도 주식가치의 5% 정도에 불과한 수준이고, 손DD 주식이 원고 김AA에게 회수된 사실도 확인할 수 없다) 손DD 주식에 대한 매매계약이 해제되었다고 단정하거나, 시행령 제158조 제1항 제l호의 사유가 소급하여 소멸하였다고 보기는 어렵다.

이 사건 소는 부적법하므로 모두 각하하고, 소송비용은 패소자인 원고들이 부담하게하여 주문과 같이 판결한다.