원고가 특수관계자로부터 주식을 고가로 매입하였으므로 이는 부당행위계산부인 규정 적용대상에 해당함

사 건 2013구합14245 법인세부과처분취소등 원 고 주식회사 AAA 피 고 강남세무서장 변 론 종 결

2013. 9. 13. 판 결 선 고

2013. 11. 12.

1. 이 사건 소를 모두 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 주위적으로, 피고가 2011. 4. 1. 원고에 대하여 한 2006 사업연도 법인세 결정시 OOOO원의 익금산입 및 손금산입한 각 소득처분을 모두 취소한다. 예비적으로, 피고가 2011. 10. 11. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 2006 사업연도 법인세 결정시 한 OOOO원의 익금산입 및 손금산입한 각 소득처분과 관련된 법인세 OOOO원을 취소한다.

• 가. 원고는 2005. 1. 1.경 OO시 OO구 OO동 248-5에서 BBB 호텔을 운영하는 주식회사 CCC(이하 ‘CCC’이라 한다)과 사이에 BBB 호텔의 주차장 관리대행계약을 체결하고 주차장업을 영위하고 있는 법인이다.
• 나. 원고는 2006. 12. 13. 특수관계에 있는 CCC로부터 CCC 소유의 DD실업 주식회사(이하 ‘DD실업’이라 한다) 주식 251,720주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 1주당 OOOO원에 양수하였다(이하 ‘이 사건 주식 양수’라 한다).
• 다. 한편, 원고는 2009. 8. 10. 특수관계에 있는 EE산업 주식회사(이하 ‘EE산업’이라 한다)에게 원고 소유의 이 사건 주식을 포함한 DD실업 주식 314,720주를 1주당 OOOO원에 양도하였다(이하 ‘이 사건 주식 양도’라 한다).
• 라. 서울지방국세청장은 2010. 12. 7.부터 2011. 1. 17.까지 원고의 2006 ~ 2009 사업연도에 대한 법인세통합조사를 실시하였는데, 원고가 이 사건 주식을 CCC로부터 고가로 양수하였다고 보아 2006 사업연도 법인세 결정시 법인세법상 부당행위계산부인 규정에 따라 상속세 및 증여세법에 의한 보충적 평가액(1주당 OOOO원)과 원고의 취득가액(1주당 OOOO원)의 차액인 OOOO원{= (OOOO원 - OOOO원) × 251,720주}을 익금산입하고 기타사외유출로 소득처분함과 동시에 동액 상당액을 손금산입하고 △유보로 소득처분 하였고, 기타 적출내용을 포함하여 원고의 관할세무서인 피고에게 과세자료를 통보하였으며, 피고는 2011. 4. 1. 원고에 대하여 이와 같이 통보받은 내용을 기초로 2006 사업연도 법인세 OOOO원을 경정·고지하였다(이하 ‘2006 사업연도 법인세 부과처분’이라 한다).
• 마. 또한 서울지방국세청장은 원고가 특수관계자인 EE산업에게 이 사건 주식을 포함한 DD실업 주식 314,720주를 양도한 것과 관련하여, 이 사건 주식에 대한 기존의 손금산입(△유보)을 추인하는 절차로서 OOOO원의 익금산입(유보)하는 세무조정을 하고, 원고의 1주당 양도가액 OOOO원이 상속세 및 증여세법에 의하여 평가한 1주당 가액 OOOO원보다 낮아서 저가양도에 해당한다는 이유로 저가양도금액 OOOO원을 익금산입 하였으며, 기타 적출내용을 포함하여 원고의 관할세무서인 피고에게 과세자료를 통보하였다. 피고는 2011. 10. 11. 원고에 대하여 이와 같이 통보받은 내용을 기초로 하여 2009 사업연도 법인세 OOOO원을 경정·고지하였다(이하 ‘2009 사업연도 법인세 부과처분’이라고 한다).
• 바. 원고는 2011. 7. 15. 피고의 2006 사업연도 법인세 부과처분에 대하여 ‘원고가 2006. 12. 13. CCC로부터 이 사건 주식을 양수한 것이 부당행위계산부인 대상인 고가양수에 해당하지 않는다.’고 주장하면서 서울지방국세청에 이의신청을 하였으나, 서울지방국세청장은 2011. 9. 29. 원고의 위 부분 주장을 받아들이지 않고, 다른 주장을 받아들여 일부 인용결정을 하였다.
• 사. 이에 원고는 2012. 1. 4. 피고의 2006 사업연도 법인세 부과처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나(조심2012서662), 조세심판원은 2013. 3. 7. 다음과 같은 이유로 원고의 심판청구를 각하하였다.

○ 피고가 원고의 각 사업연도 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 이에 따라 과세표준을 결정하거나 익금산입 또는 손금불산입하면서 그에 따른 소득처분을 하는 것은 법인세 과세처분에 앞선 결정으로서 그로 인하여 바로 과세처분의 효력이 바로 발생하는 것이 아니므로 과세관청의 위와 같은 결정을 바로 불복청구의 대상이 되는 처분이라고 볼 수는 없다. 따라서 피고가 이 사건 주식의 시가와의 차액을 부당행위계산 부인규정을 적용하여 익금산입하고 기타사외유출로 소득처분한 것은 과세관청의 선행적 절차에 불과하여 그로 인하여 원고에게 어떠한 구체적인 납세의무를 발생시키는 것이 아니므로 이 사건 소득처분을 불복청구의 대상이 되는 처분이라고 보기는 어렵다 할 것이어서, 이 사건 심판청구는 심리대상에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

○ 한편, 원고의 대리인은 2013. 2. 14. 조세심판관회의에서 피고가 2011. 10. 20. 원고에게 한 2009 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 일부 세액의 감액을 구하는 청구취지를 추가 하겠다고 의견진술 하였으나, 원고가 위 법인세의 부과처분에 대하여 2011. 11. 29. 이미 심판청구를 제기하여 조세심판원이 조세심판결정을 통지(조심 2012서551, 2012. 11. 21.)한 바 있으므로 중복청구에 해당한다 할 것이어서 이 또한 부적법한 청구로 판단된다.

• 아. 한편, 원고는 2011. 12. 29. 피고의 2009 사업연도 법인세 부과처분 중 “이 사건 주식 양도와 관련된 법인세 OOOO원, 증권거래세 OOOO원”부분에 대해서만 이 사건 주식의 양도가액을 상속세 및 증여세법에 따라 산정함에 있어서 DD실업이 계약해지로 받은 계약금 OOOO원이 익금에서 제외되어야 한다고 주장하면서 조세심판원에 심판청구를 하였고(조심 2012서551), 조세심판원은 2011. 11. 21. 원고의 청구를 인용하는 결정 1) 을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 갑 제22호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

원고와 CCC이 이 사건 주식의 적정한 공정가치를 산정하기 위하여 많은 노력과 시간을 투자하였고 회계법인에서, 평가한 내용과 같이 이 사건 주식에 경제적 실질가치를 반영하기 위하여 부동산 가격에 적정시가를 반영하여 주식의 실질가치에 근접하기 위한 평가일 뿐 인위적인 고평가로 인하여 조세를 포탈하거나 감소시킬 의도가 없었으므로 이 사건 주식 양수가 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않음에도 불구하고, 피고가 이 사건 주식의 양수를 부당행위계산부인 대상에 해당한다고 보아 2006 사업연도 법인세 결정시 OOOO원의 익금산입 및 손금산입한 각 소득처분은 위법하여 취소되어야 하거나, 피고의 2011. 10. 11.자 2009 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 2006 사업연도 법인세 결정시 한 OOOO원의 익금산입 및 손금산입한 각 소득처분과 관련된 법인세 OOOO원 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

• 가. 이 사건 소 중 주위적 청구 부분의 적법 여부 원고는 이 사건 주위적 청구로 “피고가 2011. 4. 1. 원고에 대하여 한 2006 사업연도 법인세 결정시 OOOO원의 익금산입 및 손금산입한 각 소득처분의 취소”를 구하고 있음에 대하여, 피고는 원고가 취소를 구하는 소득처분은 행정소송의 대상이 되지 않으므로 부적법하다고 본안 전 항변을 한다. 조세소송의 소송물은 정당세액의 존부라 할 것이므로, 부당행위계산 부인으로 법인의 소득금액에 변동이 있어서 세액 또한 변동이 있으면 이를 다투는 것은 당연하다할 것이지만, 과세관청이 그 사업연도의 행위계산을 부당행위계산이라 하여 부인하였다 하여도 그 부인의 효과가 그 사업연도의 소득금액의 다과에는 영향을 미치지 않는 경우라면 그 사업연도에는 이를 다툴 수 없고 그 부인의 효과가 나타나는 사업연도에 이르러 다툴 수밖에 없고(대법원 1997. 11. 28. 선고 96누14333 판결 참조), 세무공무원이 법인의 각 사업연도의 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 이에 따라 과세표준을 결정하는 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니므로, 그 결정에 잘못이 있는 경우 그에 따라 이루어진 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 이를 주장할 수 있다(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결 참조). 이와 같은 법리에 비추어 이 사건을 살피건대, 위 인정사실에 의하면, 피고는 원고의 이 사건 주식 양수가 고가양수에 해당한다고 보아 2006 사업연도 법인세 결정시 법인세법상 부당행위계산부인 규정에 따라 상속세 및 증여세법에 의한 보충적 평가액과 원고의 취득가액의 차액인 OOOO원을 익금산입하고 기타사외유출로 소득처분함과 동시에 동액 상당액을 손금산입하고 △유보로 소득처분하였고, 원고가 EE산업에게 이 사건 주식을 양도한 2009 사업연도에는 이 사건 주식에 대한 기존의 손금산입(△유보)을 추인하는 절차로서 OOOO원의 익금산입(유보)하는 세무조정을 하였는바, 특수관계자로부터의 주식의 고가양수에 따른 부당행위계산부인의 효과가 원고의 2006 사업연도 소득금액의 다과에는 영향을 미치지 않으므로 원고로서는 2006 사업연도 법인세 부과처분을 이 사건 주식 양수가 고가양수가 아니라는 이유로 다툴 수 없고, 부인의 효과가 나타나는 2009 사업연도 법인세 부과처분에 대하여 비로소 이를 이유로 다툴 수 있을 뿐만 아니라, 피고가 원고의 2006 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어서 부당행위계산부인에 따른 OOOO원을 익금에 산입함과 동시에 같은 금액을 손금에 산입한 것은 법인세 과세처분에 앞선 결정으로서 그로 인하여 구체적인 납세의무를 부담하게 된다거나 현실적으로 어떤 권리침해 내지 불이익을 받는다고 할 수 없다 따라서 위 익금산입. 및 손금산입한 처분은 항고소송의 대상인 행정처분이라고 할 수 없으므로, 원고의 이 사건 소 중 주위적 청구 부분은 부적법하고, 이를 지적하는 피고의 본안 전 항변은 이유 있다.
• 나. 이 사건 소 중 예비적 청구 부분의 적법 여부 원고는 이 사건 예비적 청구로 “피고가 2011. 10. 11. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 2006 사업연도 법인세 결정시 한 OOOO원의 익금산입 및 손금산입한 각 소득처분과 관련된 법인세 OOOO원의 취소”를 구하고 있음에 대하여, 피고는 원고의 예비적 청구가 제소기간을 도과하였거나 전심절차를 거치지 않아 부적법하다고 본안 전 항변을 한다. 살피건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 2011. 12. 29. 피고의 2009 사업연도 법인세 부과처분 중 “이 사건 주식 양도와 관련된 법인세 OOOO원, 증권거래세 OOOO원”부분에 대하여만 조세심판원에 심판청구를 하였을 뿐이고, 이 사건 주식양수와 관련된 부분에 대하여는 심판청구를 하지 않았으므로(원고의 세무대리인은 2013. 2. 24.경 2006 사업연도 법인세 부과처분에 관한 조심 2012서662 사건에서 피고의 2009 사업연도 법인세 부과처분 중 이 사건 주식 양수와 관련된 부분의 법인세의 취소를 구하는 청구취지를 추가하겠다는 의견을 진술하였으나, 그 때는 이미 2009 사업연도의 법인세 부과처분에 관한 조세심판결정이 내려진 2012. 11. 21. 이후로서, 2009 사업연도 법인세 부과처분이 고지된 날로부터 90일의 불복기간이 이미 경과한 상태였다), 원고의 이 사건 소 중 예비적 청구 부분은 적법한 전심절차를 거치지 않아 부적법하고, 이를 지적하는 피고의 본안 전 항변은 이유 있다.

그렇다면 이 사건 각 소는 모두 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 위 조세심판 사건의 주문은 “피고가 2011. 10. 20. 원고에게 한 2009 사업연도 법인세 OOOO 원과 2009년도분 증권거래세 OOOO 원의 부과처분은 DD산업이 2008년 OO시 OO구 OO동 680-1 대 5,475.1㎡ 및 지상 건물의 매매계약 해지로 얻은 특별이익 OOOO 원을 익금에서 제외한 후 상속세 및 증여세법 시행령 제56조 제1항 제1호 산식에 의하여 계산한 순손익가치를 기준으로 DD실업의 주식 1주당 가액을 재계산하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.”이다.