종전주택을 멸실하고 신축한 경우 1세대 1주택 부수토지 장기보유특별공제액 산정시 종전주택 보유기간을 통산해야함

사 건 서울행정법원2013구단9154 원 고 신AA 피 고 강남세무서장 변 론 종 결

2013. 8. 16. 판 결 선 고

2013. 9. 13.

1. 피고가 2012. 5. 7. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같은 판결.

• 가. 원고는 2008. 7. 9. OO시 OO구 OO동 55-11(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다) 및 그 지상 지하1층, 지상3층의 다가구 주택(이하 ‘이 사건 신축주택’이라고 한다)을 대한주택공사에 양도하였는데, 이 사건 신축주택은 원고가 1985. 1. 1. 전에 취득하여 보유하고 있던 이 사건 토지 지상 BB주택 8단지 68호 1) (이하 이 사건 종전주택이라고 한다)를 1996. 3. 27. 철거한 뒤 1996. 9. 30. 신축한 것이다.
• 나. 원고는 2009. 5. 6. 구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항 [표1](이하 ‘쟁점표 1’ 이라고 한다)에서 규정하고 있는 장기보유특별공제율 30/100(10년 이상)을 적용하여 양도소득세 OOOO원을 신고, 납부하였다가, 2012. 3. 5. 비거주자에게도 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제 조항이 적용된다는 대법원 판례(대법원 2011. 7. 14. 선고 2009두21147 판결)에 따라 구 소득세법 제2항 [표2](이하 ‘쟁점표 2’라고 한다)에서 규정하는 장기보유특별공제율 중에서 이 사건 신축 주택의 보유기간을11년 이상, 12년 미만으로 공제율 44/100, 이 사건 토지의 보유기간은20년 이상으로 공제율 80/100을 각 적용하여 이미 납부한 양도소득세 중 OOOO원을 공제하여야 한다며 양도소득세 경정청구를 하였다.
• 다. 이에 대하여 피고는 비거주자의 경우 1세대 1주택에 대한 장기보유 특별공제 조항을 적용할 수 없다는 이유로 2012. 5. 7. 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였고, 이에 대하여 원고가 2012. 7. 30. 감사원에 심사청구를 하였으며, 감사원이 비거주자의 경우도 거주자와 동일한 방법으로 과세하도록 규정되어 있으므로 이 사건 신축주택이 1세대 1주택에 해당하는지를 재조사하여 그 경정여부를 다시 결정하여야 한다는 취지로 결정함에 따라 피고는 2013. 1. 29. 이 사건 신축주택과 그 부속토지인 이 사건 토지의 장기보유 특별공제율을 쟁점표 2에 따라 44/100으로 적용하고 나머지 이 사건 토지가 종전주택의 부수토지이었던 기간에 대하여는 여전히 쟁점표 1에 따라 공제율을 30/100으로 유지한 채 OOOO원만을 환급, 결정하였고, 나머지 부분에 대하여는 경정을 거부한 결정을 유지하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑1-2, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 장기보유 특별공제율을 적용함에 있어 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 하는바, 이 사건 토지는 이 사건 신축주택의 부지이었던 기간뿐만 아니라, 이 사건 종전주택의 부지이었던 기간에도 1세대 1주택의 부수토지에 해당하였으므로, 종전주택 보유기간을 통산하여 쟁점표 2에 따라 장기보유 특별공제율을 산정하여야 한다.
• 나. 피고의 주장 이 사건과 같이 토지와 그 지상 주택의 보유기간이 다른 경우에도 전체 토지의 보유기간에 대하여 1세대 1주택에 해당하는 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지에 관하여 법과 시행령에 명문의 규정이 없고, 이 사건 토지가 1세대 1주택의 부수토지로 취급되려면 그 지상에 주택이 존재하여야만 하는 것이므로, 이 사건 토지의 보유기간이 20년 이상이라고 하더라도 양도대상인 이 사건 신축주택이 존재하는 기간만이 1세대 1주택의 부수토지에 해당하고, 나머지 기간은 일반 대지로서 보유하고 있었던 것으로 해석하여야 하며, 그렇지 않을 경우 주택이 존재하고 있지 않은 기간까지 1세대 1주택을 보유하고 있는 것으로 적용됨으로써, 장기보유특별공제액을 과다 공제하는 모순이 발생한다.

• 가. 구 소득세법 제95조 제2항, 소득세법 시행령(이하 ‘시행령’이라고 한다) 제159조의 2에서는 1세대 1주택의 경우 장기보유특별공제액은 쟁점표 1에 규정된 보유기간별 공제율(최대 30%)이 아닌 쟁점표 2에 규정된 보유기간별 공제율(최대 80%)에 의하도록 하면서 그 요건으로 “1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택 즉 1세대 1주택에 해당하는 자산으로서 보유기간이 3년 이상일 것”을 규정하고 있으나, 이 사건과 같이 1세대 1주택에 해당하는 종전주택을 철거하고 신축주택을 지어 다시 1세대 1주택의 요건을 갖춘 채 양도된 경우 2) 그 토지의 양도차익 전체에 관하여 1세대 1주택에 적용되는 쟁점표 2에 의할 수 있는지 여부에 관하여는 법과 시행령에 명문의 규정을 두고 있지 않으므로, 원고 주장의 당부는 법과 시행령의 전반적인 체계와 취지·목적, 관계 조항의 규정형식과 내용 및 관련 법령을 종합적으로 고려하여 해석함으로써 판단하여야 할 것이다.
• 나. 살피건대, ① 소득세법 제95조 의 장기보유특별공제는 자산의 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산에 대한 양도소득금액 산정 시 일정액의 공제를 통하여 부동산의 건전한 투자 내지 소유형태를 유도하고, 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주는 것이 합당하다는 취지에서 마련된 것이고, 더불어 같은 조 제2항 단서에서 1세대 1주택의 양도차익에 대한 장기보유특별공제로 10년 이상 보유 시에는 최대 80%까지 허용하고 있는 것의 입법취지는 1세대 1주택이 국민의 주거생활안정에 필수적인 요건임을 감안하여 1세대 1주택 장기보유자에 대한 양도소득세 부담을 해소해 줄 필요가 있다는 데 있는 것으로 보이는 점, ② 이러한 입법취지를 고려하여 소득세법 시행령 제154조 제8항 제1호 는 같은 조 제1항에 따른 비과세 대상인 1세대 1주택의 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 “거주하거나 보유하는 중에 소실·도괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산한다”고 규정하고 있으나, 비과세 요건을 충족하지 못하여 장기보유특별공제를 받는 1가구 1주택의 경우에도 그 보유기간을 통산한다고 해석하는 것이 위와 같은 입법취지에 반하지 않는 점, ③ 도시재개발사업에 의하여 재개발 조합원이 종전 주택과 그 부수토지를 제공하여 재개발사업의 일환으로 주택이 철거된 후 취득하는 대지 및 신건축물을 양도하는 경우나 잔존하는 부수토지를 재개발사업 시행자에게 양도하면서 장차 신건축물을 분양받을 수 있는 조합원으로서의 지위를 포기한 경우에도 양도 당시 종전 건축물은 존재하지 않지만 그 보유기간을 모두 통산하는 점, ④ 토지와 건물은 별개의 부동산으로서 각각 양도소득세 부과처분의 대상이 되고, 토지와 건물을 함께 취득하거나 양도하더라도 각각 별개의 방법에 의하여 그 양도차익을 산정할 수 있는 것으로 반드시 동일한 기준에 의하여 그 양도차익을 산정하여야 하는 것은 아니라고 할 것이므로(대법원 1997. 12. 26. 선고 97누11829 판결 참조), 그 보유기간이 다른 경우 장기보유 특별공제율을 산정할 때 각각 별개의 보유기간을 적용하는 것이 상당한 점, ⑤ 이와 같은 종류의 사건에서 조세심판원도 도시 및 주거환경 정비법에 의한 재개발, 재건축이 아닌 노후로 인해 임의재건축을 한 경우에도 주택의 부수토지에 대하여는 멸실된 구주택의 보유기간과 신축주택의 보유기간을 통산하여야 한다는 입장을 취하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 토지가 이 사건 종전주택의 부수토지이었던 기간까지 통산하여 1세대 1주택의 부수토지로 보아 장기보유특별공제액을 산정하여야 할 것이다.
• 다. 소결론 따라서 이 사건 토지에 관하여 쟁점표 1을 적용하여 장기보유특별공제액을 산정한 이 사건 처분은 위법하고 이를 지적하는 원고의 주장은 이유있다.

그러므로 원고의 청구는 이유 있어 인용한다. 1) 스라브 연와조 세멘철골조 주택, 1층 66.12㎡, 2층 66.12㎡ 2) 이 사건 종전주택은 철거되기 전까지 1세대 1주택의 요건을 충족하였고, 이 사건 신축주택도 양도 당시 1세대 1주택 요건을 충족하였다는 점에 대하여는 당사자간에 다툼이 없다.