신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액 계산시 양도소득세 감면액 산정 방식이 잘못됨

사 건 서울행정법원2013구단17834 원 고 신AA 피 고 성동세무서장 변 론 종 결

2013. 10. 31. 판 결 선 고

2013. 11. 14.

1. 피고가 2013. 6. 24. 원고에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOOO원의 부과처분을 취소한다.

청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 OO시 OO구 OO동 552 BB아파트 2동 508호(이하 '이 사건 구주택') 소유자로서, 주택재건축사업에 의하여 2002. 3. 27. OO동 549 CCC 101동 604호(이하 '이 사건 신축주택')를 취득하였다가 2006. 6. 30. 이를 OOOO원에 양도하고, 2007. 5. 31. 조세특례제한법(이하 '조세특례법') 제99조의3에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정을 적용하여 이 사건 구주택의 양도소득을 포함한 소득금액 전액을 감면하는 것으로 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. 피고는 2012. 5. 10. 조세특례법 소정의 양도소득세 감면은 신축 전 양도차익에 대하여는 적용되지 않는 것으로 보아 위 법 시행령 제40조 제1항에 의한 산식에 따라 감면세액을 산정해 2006년 귀속 양도소득세 OOOO원을 부과하였다.
• 다. 원고는 이 사건 신축주택이 건물과 그 부속 토지로 구분되어 있음에도 피고가 이를 합산하여 세액산출을 한 것은 위법하다고 주장하며, 2012. 8. 6. 이의신청을, 2012. 12. 5. 조세심판 청구를 각 하였는데, 2013. 6. 4. 조세심판원으로부터 이 사건 신축주택과 같은 공동주택의 경우 토지와 건물이 일괄양도 되므로 그 양도소득금액을 산출할 때 토지와 건물을 구분할 이유가 없고, 이 사건 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니나 원고가 납부한 청산금을 양도차익 산정에 반영하여 과세표준 및 세액을 경정하는 내용의 결정을 받았고, 피고는 위 결정에 따라 2013. 6. 24. 원고에게 양도소득세 OOOO원의 경정·고지결정(이하 '이 사건 처분')을 하였다. 【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제3호증, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 소득세법 제100조 제2항 은 토지와 건물을 동시에 양도하는 경우 토지와 건물의 양도차익을 각각 구분하여 계산하도록 규정하고 있는데, 이 사건 신축주택이 건물과 그 부속 토지로 구성되어 있고 각 취득한 일자 또한 다르므로 토지와 건물의 각 양도소득 금액과 감면세액도 구분하여 산정되어야 하고, 건물의 양도소득금액을 안분할 때 이 사건 신축주택이 존재하지도 않았던 구주택 토지 취득일부터 신축주택 건물 신축일까 지의 기간에 양도소득이 발생한 것처럼 배분한 것은 조세법률주의와 실질과세 원칙에 반하는 것이므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 양도차익 산정 방식에 관한 판단 우선 원고가 이 사건 처분을 다투는 사유로 주장하는 양도차익 산정 방식에 관하여 본다. 소득세법 제100조 제1항 에 의하면, 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래 가액에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따르며, 제2항에 의하면 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득 하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산 하도록 하고 있다. 또한 위 법 시행령 제166조에서는 위 조항에 따른 양도차익을 산정할 때 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존 건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 업주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익을 계산하는 산식을 규정하면서, 기존 건물과 그 부수토지의 평가액을 하나의 단위로 보고 있다. 그렇다면, 위 소득세법 제100조 제1항 문언상 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우가 아니라 기준시가에 따라 산정할 경우 당해 규정이 그대로 적용된다고 볼 수 없고, 주택재건축사업 등의 정비사업조합 조합원 지위의 양도차익 산정시 기존 건물과 그 부수토지의 평가액을 하나의 단위로 보고 있는 이상 조세특례 법 소정의 선축주택 취득자에 대한 과세특례 규정을 적용할 때 신축주택 및 그에 딸린 토지 양도를 단순히 위 소득세법 제100조 제2항 소정의 '토지와 건물 등을 함께 양도 한 경우라고 볼 아무런 근거가 없다. 이 부분 원고 주장은 이유 없다.
• 다. 양도소득세 감면액 산정 방식에 관한 판단 직권으로 이 사건 처분의 산정 근거 자체가 적법한 것인지에 대하여 나아가 본다. 조세특례법 제99조의3 제1항 은 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고 있고, 신축주택 취득일로부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득 금액에서 차감하는 방식으로 산정하도록 규정하고 있으므로, 신축주택을 취득한 날로 부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이후에 양도한 경우에 적용되는 '양도소득금액을 차감하는 방식'으로 계산할 수 없다(대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두3725 판결 참조). 한편 조세특례법 제99조의3 제4항 은 제1항 규정을 적용할 때 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제l항 에 의하면 '당해 선축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액'이란 조세특례법 제99조의3 제1항 후문, 즉 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감되는 양도소득금액으로서 '양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가)/(양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가)'의 산식에 의하여 계산한 금액을 의미한다. 그런데 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않는바(대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두8969 판결 등 참조), 우선 이 사건 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면되는 세액을 계산할 때 위 시행령 제40조 제1항의 산식 자체가 적용될 수 있는지에 대하여는 그와 같이 볼 아무런 법적 근거가 없고, 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 시행령 제40조 제1항의 계산식을 적용한다면 분모와 분자에서 차감하는 '취득당시의 기준시가'가 동일한 개념임에도 아무런 법령상의 근거 없이 피고가 계산식을 임의로 변경할 수 있도록 하는 결과가 되어 조세법률주의 및 조세법규의 엄격한 해석 원칙에 반하여 허용될 수 없다고 봄이 상당하다. 그렇다면, 피고가 조세특례법 제99조의3 제1항 의 규정에 의해 이 사건 신축주택 취득일로부터 5년 이내의 양도로 인한 양도소득금액 감면금액을 정하면서 위 산식을 적용하여 계산한 것 자체가 위법하므로, 결국 그에 따라 산출된 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

원고 청구는 이유 있어 이를 인용한다.