세무조사 사전통지서를 미리 수령하지 못한 절차적 하자가 처분의 위법성에 영향을 미칠 정도로 중대한 것이라고 볼 수는 없음

사 건 양도소득세부과처분취소 원 고 성○○ 피 고 역삼세무서장 변 론 종 결

2015. 8. 20. 판 결 선 고

2015. 10. 22.

1. 피고가 2012. 2. 1. 원고에 대하여 한,

• 가. 양도소득세 59,760,970원의 부과처분 중 가산세 22,111,239원 부분,
• 나. 농어촌특별세 10,554,720원의 부과처분 중 가산세 3,024,779원 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 2/3는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2012. 2. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 59,760,970원(가산세 22,111,239원 포함) 및 농어촌특별세 10,554,720원(가산세 3,024,779원 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 ○○ ○○구 ○○동 ○○○-13 지상 다세대주택(9세대)(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 1999. 6. 25. 임의경매로 소유권 취득하여 증축한 후 2007. 7. 30. 정○○에게 1,210,000,000원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였다.
• 나. 원고는 2007. 10. 1.경 이 사건 부동산 중 ○호(이하 ‘이 사건 비과세주택’이라 한다)를 비과세되는 1세대 1주택으로 보고 그 양도가액을 410,000,000원으로 보아 이사건 부동산의 양도가액을 800,000,000원, 취득가액을 413,463,000원으로 하여 양도소득 과세표준 예정신고를 하였다.
• 다. 피고는 2012. 2. 1. 원고에 대하여, 이 사건 비과세주택의 양도가액을 기준시가로 안분 계산한 220,844,889원으로 보고, 원고가 주장한 취득가액 중 명도비용 26,700,000원을 취득가액으로 인정하지 아니하여 산정한 2007년 귀속 양도소득세 59,760,970원(가산세 22,111,239원 포함) 및 농어촌특별세 10,554,720원(가산세 3,024,779원 포함)을 경정․고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2013. 4. 24. ‘이 사건 처분은 이 사건 비과세주택을 소득세법 시행령 제164조 제11항 에 따라 기준시가를 산정한 후 같은 시행령 제166조 제6항에 따라 자산별로 안분하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다’는 내용의 결정을 하였다.
• 마. 피고는 2013. 5. 15.경 원고에게, 위 조세심판결정 취지에 따라 과세표준 및 세액을 경정할 경우 원고에게 양도소득세를 추가 고지가 예상되므로 국세기본법 제79조 (불고불리, 불이익변경금지)에 따라 이 사건 처분에서 정한 금액을 그대로 유지하겠다는 내용의 심판결정에 따른 처리결과를 통보하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 3, 4, 6호증, 을 1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 이 사건 처분 중 본세 부분의 적법 여부

1. 원고의 주장

• 가) 절차상 하자 주장 피고는 이 사건 양도에 관한 세무조사를 함에 있어 원고에게 사전통지를 하지 아니하였다. 피고는 2010. 6. 1.경 원고에게 유선 상으로 이 사건 비과세주택의 양도가액이 과다하게 책정되었다는 내용을 통보였는바, 이는 2010. 5. 31.까지인 세무조사기간을 연장하여 조사한 것에 해당하므로 피고는 세무조사연장에 필요한 절차를 거쳐야 함에도 이를 지키지 아니하였다. 또한 피고는 세무조사기간에 이 사건 비과세주택의 양도가액이 과다하게 책정되었는지 여부에 관한 조사를 한 사실이 없음에도 이에 근거한 처분을 하였는바, 이는 국세기본법 제81조의9 규정 취지에 비추어 볼 때 부당하다. 따라서 이러한 절차상 하자 있는 세무조사를 토대로 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나) 실체상 하자 주장

(1) 이 사건 비과세주택의 실제 양도가액은 410,000,000원이므로 이를 전제로 이 사건 양도소득세가 산정되어야 한다.

(2) 원고는 이 사건 부동산을 취득한 후 이 사건 부동산의 기존 임차인들 중 대항력이 문제되는 임차인들에게 이사비용 등 명목의 명도비용을 지급하였는바, 경매절차를 통하여 소유권을 취득한 경우 대항력을 갖추지 못한 임차인들과 사이에 명도문제를 해결하기 위하여 이사비용 명목의 다소간 금원을 지급하는 것이 거래의 현실이라는 점, 소송을 통한 해결보다 당사자 간의 원만한 합의를 통한 해결이 분쟁을 조기에 종결하는 것으로서 합리적인 점, 실제로 원고는 대항력이 문제되는 임차인들에게 이사비용 등 명도비용 명목으로 26,700,000원을 지급하고 이 사건 부동산을 인도받은 점 등을 감안하면 원고가 이사비용 등 명목으로 지급한 26,700,000원은 이 사건 부동산을 취득하기 위하여 지출한 비용으로 취득가액에 포함되어야 한다.

2. 이 사건 처분에 앞선 세무조사 경과

• 가) 피고는 2010. 5.경 원고에게 이 사건 양도와 관련한 세무조사를 통보하였다.
• 나) 2010. 5. 17.부터 2010. 5. 31.까지 이 사건 양도와 관련한 세무조사가 이루어졌고, 원고의 남편 황○○은 2010. 5. 25. 세무서에서 이 사건 양도와 관련한 세무조사를 받았는바, 당시 조사공무원에게 ‘세무조사 (사전)통지서, 납세자권리헌장, 세무조사에 따른 안내말씀’의 서류를 수령하고 안내를 받았다는 내용의 납세자권리헌장 등 수령 및 확인서를 작성․교부하였다.
• 다) 피고는 2010. 6. 1.경 원고에게 유선 상으로 이 사건 비과세주택의 양도가액이 과다하게 책정되었다는 내용을 통보하였고, 2010. 6. 9.경 세무조사결과통지서를 발송하였다.
• 라) 원고는 2010. 8. 22.경 국민권익위원회에 세무공무원의 부당한 권한행사에 관한 조사를 요청하는 한편, 2010. 9. 16.경 피고에게 과세전적부심사를 청구하였다.
• 마) 2010. 10. 27.자 과세전적부심사 재조사결정에 따라 피고는 2011. 11. 8.경 다시 세무조사결과를 통지하였고, 이에 원고는 2011. 12. 12.경 과세전적부심사를 청구하였는바, 2012. 1. 17.자 과세전적부심사 불채택결정에 따라 피고는 2012. 2. 1. 이 사건 처분을 하였다. [인정 근거] 갑 4, 7호증, 을 6, 7, 8, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 판단

• 가) 절차상 하자 주장에 관한 판단 과세처분은 과세표준의 존재를 근거로 하는 것이기 때문에 그 적부는 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부에 의해 결정되어야 하는 것이고, 세무조사절차에 어떠한 위법이 있다고 하더라도 그것이 전혀 조사를 결한 경우나 사기나 강박 등의 방법으로 과세처분의 기준이 되는 자료를 수집하는 등 중대한 것이 아닌 한, 과세처분의 취소사유로는 되지 않는다 할 것이다. 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 사실에 의하면 원고는 이 사건 양도와 관련한 세무조사가 개시되기 전에 세무조사 사전통지서를 수령하지는 못하였던 것으로 보이기는 한다. 그러나 세무조사결정 자체는 처분성은 있지만 원고에게 직접적인 의무를 과하거나 권익을 제한하는 처분이라고 보기는 어려운 점, 세무공무원이 과세자료를 수집함에 있어 질문검사권을 행사하여 과세요건을 충족하는 사실의 조사·확인 및 과세에 필요한 직접·간접의 자료를 수집하는 일련의 행위는 납세자의 동의를 전제로 하여 시행되는 임의조사라는 점, 원고는 이 사건 양도와 관련하여 세무조사 사전통지서는 수령하지 못하였지만, 그 내용은 유선 상으로 통보받았던 것으로 보이는 점 등을 감안하면, 세무조사 사전통지서를 미리 수령하지 못한 절차적 하자가 이 사건 처분의 위법성에 영향을 미칠 정도로 중대한 것이라고 볼 수는 없다. 또한 피고가 세무조사기간이 지난 후에 원고에게 이 사건 비과세주택의 양도가액이 과다하게 책정되었다는 점을 통보하였다고 하더라도 이러한 사정만으로 세무조사기간이 연장되었다고 보기는 어렵고, 설령 원고의 주장과 같이 세무조사기간 연장절차 등의 위반사실이 있다고 하더라도 앞서 본 세무조사 경과 등에 비추어 볼 때 그러한 절차상 하자가 이 사건 처분의 위법성에 영향을 미친다고 보기도 어렵다. 그리고 가사 원고의 주장과 같이 피고가 정해진 세무조사기간에 이 사건 비과세주택의 양도가액이 과다하게 책정되었는지 여부에 관한 조사를 한 사실이 없다고 하더라도 이 사건 양도에 관한 세무조사 내용, 경과 등에 비추어 볼 때 원고가 주장하는 사정만으로 세무조사 범위가 확대되었다고 볼 수도 없다. 따라서 이 사건 양도와 관련한 세무조사에 절차상 하자가 있어 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 주장은 이유 없다.
• 나) 실체상 하자 주장에 관한 판단

(1) 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제100조 제2항(이하 ‘이 사건 안분계산조항’이라 한다)은 ‘양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우 이를 각각 구분하여 기장하되 그 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다’고 규정하고, 그 위임에 의한 소득세법 시행령 제166조 제6항 과 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1호, 구 소득세법 제99조 제1항 제1호 는, 토지의 경우 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가, 주택의 경우 같은 법률에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격, 주택 등 외 건물의 경우 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있다. 이 사건 안분계산조항은 공통의 취득가액이나 양도가액을 안분계산하기 위한 일반적이고도 합리적인 방법을 규정한 것으로서 그 내용과 취지에 비추어 과세대상 자산들 상호간에 적용됨은 물론이고, 과세대상 자산과 비과세대상 자산 상호간에도 유추적용된다 할 것이며, 과세대상 자산과 비과세대상 자산의 기준시가 상승률이 서로 다르다는 점만으로는 이 경우에 부합하는 다른 합리적인 방법을 상정하기 어려운 이상 그 유추적용을 원천적으로 배제할 만한 불합리한 사정이 있다고 하기 어렵다. 다만 헌법상의 실질적 조세법률주의와 과잉금지의 원칙, 그리고 일정한 범위내의 과세대상 자산들에 대하여 양도차손과 양도차익을 통산하도록 규정한 구 소득세법 제102조 제2항 의 입법 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 안분계산조항을 과세대상 자산과 비과세대상 자산 상호간에 유추적용하더라도 그에 따라 산정되는 과세대상 자산의 양도차익이 과세대상 자산과 비과세대상 자산의 전체 양도차익을 초과할 수는 없다고 할 것이다(대법원 2012. 1. 26. 선고 2010두21402 판결 등 참조). 이 사건에 관하여 살피건대, 갑 1, 2호증의 각 기재에 의하면 원고가 제출한 이 사건 부동산에 관한 매매계약서에는 이 사건 비과세주택의 양도가액이 410,000,000원으로 기재되어 있고, 다른 세대 주택의 양도가액도 특정되어 기재되어 있는 사실, 원고는 2007. 7. 30. 관할 구청으로부터 이 사건 비과세주택의 물건거래금액이 410,000,000원으로 기재된 부동산거래계약 신고필증을 교부받은 사실을 인정할 수 있다. 그러나 을 11호증의 기재 및 이 법원의 시가감정결과에 의하면, 매수인 정○○가 제출한 이 사건 부동산에 관한 매매계약서에는 이 사건 부동산의 양도가액만이 1,210,000,000원으로 기재되어 있을 뿐 이 사건 비과세주택을 비롯한 다른 세대 주택의 개별 양도가액은 특정되어 있지 않고, 특약사항에 각 세대별 매매가격은 잔금 청산 시에 소유권이전등기세무사 또는 법무사의 의견을 참작하여 매매총액 변경 없이 호별로 조정 확정한다고 기재되어 있는 사실, 이 사건 양도 당시 이 사건 비과세주택의 감정가액은 200,000,000원인 사실이 인정되는바, 이러한 인정사실에 비추어 볼 때 갑 1, 2호증의 각 기재만으로는 이 사건 양도 당시 원고와 정○○ 사이에 이 사건 비과세주택의 양도가액을 410,000,000원으로 정하는 합의가 있었다고 보기 어렵다. 오히려 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합해 볼 때 원고와 정○○는 개별 세대 주택의 양도가액은 정하지 아니한 채 이 사건 부동산 전체의 양도가액만을 합의하였고, 개별 세대 주택의 양도가액은 세금신고 등 편의 목적으로 임의로 정하여졌다고 보여진다. 따라서 이 사건 양도는 과세대상 자산과 비과세대상 자산을 함께 양도한 경우로서 그 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 할 것이므로 관련 조항에 따라 안분하여 계산하여야 함이 상당하고, 관련 조항에 따라 계산할 경우 비과세대상 자산인 이 사건 비과세주택의 양도가액은 220,844,889원에 미치지 못한다. 따라서 피고는 불이익변경금지원칙에 따라 이 사건 비과세주택의 양도가액을 220,844,889원으로 하여 양도소득세를 산정한 이 사건 처분을 유지하였는바, 관련 법령에 따라 적법하게 산정된 양도소득세액 이하의 금액을 부과한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 대항력 있는 임차권의 목적부동산의 경락인이 그 임차인에게 반환한 임대보증금은 실질적으로 그 부동산을 취득하는데 소요된 대가와 같이 볼 수 있어 이를 그 부동산의 취득가액으로 산정함이 상당하나(대법원 1992. 10. 27. 선고 92누11954 판결 참조), 대항력 없는 임차권의 목적부동산의 경락인이 그 임차인에게 반환한 임대보증금 등은 지급의무가 없는 상태에서 지급된 것이거나 목적부동산의 취득과는 다른 별개의 이유로 지급된 것으로서 양도소득세를 산정함에 있어 부동산의 취득가액이나 양도비로 양도가액에서 공제할 수 있는 돈이라고 하기 어렵다. 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 필요경비로서 추가로 공제되어야 한다고 주장하는 26,700,000원은 원고 스스로도 대항력이 문제되는 임차인들과 사이에 원만한 해결을 위하여 지급한 돈이고, 그 명목도 이사비용 등 명도비용이라고 하고 있는바, 이는 원고에게 지급의무가 없는 상태에서 이 사건 부동산의 취득과는 별개의 사유로 지급된 것으로 볼 것이어서 필요경비로 인정하여 양도가액에서 공제할 수는 없다 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

• 나. 이 사건 처분 중 가산세 부분의 적법 여부

1. 하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재하여야 하고, 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재하여야 하므로, 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 및 가산세 상호 간의 종류별 세액과 산출근거 등을 제대로 구분하여 기재하지 아니한 채 본세와 가산세의 합계액 등만을 기재하였다면 그 부과처분은 위법하다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 등 참조).

2. 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 이 사건 처분 중 가산세 부분에 관하여 종류별로 세액을 구분하여 기재하지 않고 그 산출근거도 기재하지 않아 가산세 납세고지는 위법하다고 주장하는데 대하여, 피고 역시 이 사건 처분 당시 납세고지서 상에 가산세 종류와 산출근거 등을 제대로 구분하여 기재하지 않은 사실을 인정하면서 가산세 부분의 납세고지에 대한 절차적 하자가 있음을 자인하고 있다. 따라서 이 사건 처분 중 가산세 부분은 납세고지의 절차적 하자가 존재하므로 더 나아가 살필 필요 없이 위법하여 취소되어야 한다.

• 다. 소결론 따라서 이 사건 처분 중 본세 부분은 적법하고, 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고의 청구 중 가산세 부분은 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.