근로소득만 있는 원고의 제척기간의 기산점은 다음해 6.1일로 보아야 함

사 건 2012구합8038 종합소득세부과처분취소 원 고 허AA 피 고 강서세무서장 변 론 종 결

2012. 7. 6. 판 결 선 고

2012. 8. 10.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2011. 5. 13. 원고에게 한 2005년 귀속 종합소득세 000원의 부과처분은 무효임을 확인한다.

• 가. 원고는 과천시 OO동 000 OO빌딩 0층 소재 BBBB예수교회(이하 ’이 사건 교회’)로부터 발급받은 000원의 기부금(이하 ’쟁점 기부금’) 영수증에 근거하여 2005년 귀속 근로소득세 연말정산 당시 기부금 소득공제를 받았다{원고는 근로소득만 있는 자로서 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제73조 제1항 제l호에 의하여 종합소득세 과세표준 확정신고가 면제되어 별도로 종합 소득세 신고 • 납부를 하지 않았다}
• 나. 동안양세무서장은 2011. 1. 21부터 2011. 5. 30.까지 이 사건 교회의 기부금영수 증 발행에 대한 세무조사를 실시한 결과， 이 사건 교회가 지정기부금 대상의 종교단체로서의 요건인 비영리법인으로서의 설립허가를 받지 아니하여 2005년부터 2009년까지 발행하였던 기부금 영수증(6，489명으로부터 233억원 상당임)은 기부금 소득공제의 대상이 되지 않는다고 판단하여， 원고를 포함한 영수증 수취자의 관할 세무서에 과세자료를 통보하였다.
• 다. 피고는 쟁점 기부금에 대한 소득공제가 부당하다고 보아 2011. 5. 13. 원고에게 2005년 귀속 종합소득세 000원을 부과하였다(이하 ’이 사건 처분’)
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나，조세심 판원은 2011. 11. 24. 원고의 청구를 기각하였다.
• 마. 원고는 조세심판원의 심판결정문을 2011. 11. 28. 수령한 후 90일이 지난 2012. 3. 7.에야 이 사건 소를 제기하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1호증， 을 제1， 2호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 소득세법상 종합소득 과세표준 확정신고 기한은 소득의 귀속연도의 다음해 5월 31 일까지이나，근로소득만 있는 근로자의 경우 원천징수의무자에 의한 원천정수 및 연말 정산에 따라 원천징수세액 신고·납부와 관련된 의무가 종결되므로，위 시점부터 종합 소득세 부과제척기간이 시작되는 것으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 처분의 부과제 척기간은 2005년 귀속 근로소득에 대한 원천정수세액의 납부기한 다음날인 2006. 2. 11.이 되는바， 이로부터 5년이 지난 2011. 5. 13. 이루어진 이 사건 처분은 제척기간이 도과한 것으로서 당연무효에 해당한다.
• 나. 관계 볍령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 1) 국세기본법 제26조 의 2 제1항은 납세자가 법정신고기간까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 7년(제2호)，그렇지 아니한 통상적인 경우는 5년으로 국세 부과의 제척기간으로 정하고 있다. 한편，소득세법은 제70조에서 종합소득금액이 있는 거주자에 대하여 종합소득과세표준 확정신고의무를 부과하고 있으나，근로소득만 있는 자에 대하여는 소득세법 제137조 제l항에 의하여 원천징수의무자로부터 해당 근로소득세를 원천징수하여 이를 납부하게 한 후 연말정산을 하는 방법으로 그 세액을 확정·징수하고 있으므로，같은 법 제20조 제l항 제1호， 제73조 제1항 제1호에 의하여 종합소득과세표준확정신고의무를 면제하여 납세의무자의 편의와 더불어 행정력의 절감 을 도모하고 있다 다만， 원천정수의무자가 소득세법 등 관계 법령에서 정한 원천징수 및 연말정산 절차를 모두 이행하였으나 원천징수 또는 연말정산 과정에서 원천징수의 대상이 되는 근로소득의 일부를 누락하였거나 과소 파악함으로써 실제로 징수한 세액 이 당해 근로자가 납부하여야 할 세액보다 적은 것으로 밝혀진 경우에는，종합소득금 액이 있는 거주자가 종합소득과세표준 확정신고를 하면서 일부 종합소득을 누락한 것 에 준하여 종합소득을 과소신고한 것으로 보아야 할 것이므로， 이 사건에 적용되는 부 과제척기간은 5년이라 할 것이다.

2. 결국 원고의 2005년 귀속 종합소득세의 부과제척기간의 기산점을 국세기본법 시 행령 제12조의 3 제1항 제1호에 의하여 종합소득세 신고기간의 다음 날인 2006. 6. 1. 로 보아야 할지， 아니면 소득세법 제137조 제1항 ， 같은 시행령 제198조 제1항에 의한 원고의 2005년 종합소득세 연말정산이 종료되는 2006년 2월분의 근로소득의 지급시점 (원고는 ’2006. 2. 11.’로 주장하고 있다)으로 보아야 할지가 이 사건의 쟁점이다. 살피 건대. ① 종합소득세는 선고납세 방식의 국세이므로 그 부과제척기간은 국세기본법 제12조의 3의 제1항 제1호의 적용을 받아야 하는 점. ② 근로소득만 있는 자에 대한 원천징수 및 연말정산이 완료될 경우，해당 근로자의 원천납세의무 과세표준 신고의무를 면제하는 것은 납세의무자의 편의를 도모하고 과세행정의 효울성을 추구하는 것일 뿐，해당 소득에 대한 국세부과 제척기간의 적용과는 무관한 점.® 원고는 국세기본법 제12조 의 3 제2항 제1호에 따라 원천징수세액의 납부기한의 다음 날이 제척기간의 기산점이라고 주장하나，위 규정은 원천납세의무자가 아닌 원천정수의무자에게 적용되는 규정에 불과한 점(엄밀히 표현하면 원천징수의무자에 대한 징수처분에 관한 제척기간 이다) 등에 비추어，원고의 2005년분 종합소득세의 부과 제척기간의 기산점은 2006. 6. 1.로 보아야 한다. 따라서 이 사건 처분이 제척기간인 2011. 5. 31. 이전에 이루어진 이상， 제척기간을 도과한 하자가 있다고 볼 수 없다.

3. 따라서 이 사건 처분은 적법하므로， 이 사건 처분이 당연무효라는 원고의 주장은 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.

그렇다면， 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여，주문과 같이 판결한 다.