양도소득세 신고서를 제출하였더라도, 종합소득세를 신고한 것으로 볼 수 없음

사 건 2012구합6506 종합소득세부과처분취소 원 고 장AA 피 고 서대문세무서장 변 론 종 결

2012. 5. 22. 판 결 선 고

2012. 6. 8.

1 원고의 청구를 기각한다. 2 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2011. 5. 1. 원고에게 한 2003년 귀속 종합소득세 000원의 부과처분을 취소한다(원고는 소장에서 처분일자를 ’2011. 5. 4.’로 기재하고 있으나 이는 오기로 보인다).

• 가. 원고는 2000. 12. 14. 수원시 장안구 OO동 000 대지 207.8㎡(이하 ’이 사건 토지’)의 분양권을 취득한 후，2003. 1. 20 자신의 명의로 소유권이전등기를 경료하였 다.
• 나. 원고는 2003. 2. 4 이 사건 토지 위에 다가구주택 8가구(연면적 380.84㎡，이하 ’이 사건 건물’)에 대한 건축허가를 받아 공사에 착수하였다.
• 다. 원고는 2003. 9. 8. 김DD에게 이 사건 토지를 000원에 매도하였고，이 사건 건물을 완공한 후 2003. 9. 27. 위 건물을 김DD에게 5억 8,000만원에 매도하였다(이후 원고는 김DD으로부터 이 사건 토지와 건물의 매매에 관하여 1개의 매매계약 서로 하여달라는 요청을 받고，이 사건 토지 및 건물 매매대금 합계 000원，작성일자 ’2003. 9. 6.’로 소급기재된 매매계약서를 김DD에게 작성하여 주었다).
• 라. 김DD은 이 사건 토지 및 건물의 매매대금을 모두 치르고 난 다음， 이 사건 토지에 관하여는 2003. 9. 29.자로 소유권이전등기를， 이 사건 건물에 관하여는 2003. 10. 23.자로 소유권보존등기를 각 마쳤다.
• 마. 원고는 이 사건 토지양도로 인한 소득(이하 ’쟁점 외 소득’)을 양도소득으로 보고，2003. 9. 30. 소득세법(2003.12.30.법률 제7006호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제105조 제1항 제1호에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하였으나 이 사건 건물 양도 로 인한 소득(양도가액에서 건물신축비용 등 취득비용을 공제한 금액，이하 ’쟁점 소득’)은 위 예정신고 대상에 포함하지 아니하였다.
• 바. 피고는 쟁점 소득 및 쟁점 외 소득은 소득세법 시행령(2010.2.18.대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제32조 제1항 제1호 소정의 주택신축판매업 으로 인한 사업소득에 해당한다고 판단하고，원고가 종합소득세 과세표준을 신고하지 아니한 경우로서 국세기본법(2011. 12. 31법률 저1111124호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제26조의 2 제1항 제2호 소정의 7년의 부과제척기간이 적용된다고 보아 2011. 5. 1. 원고에게 2003년 귀속 종합소득세 24，607，930원의 부과처분(이하 ’이 사건 원처 분’)을 하였다.
• 사. 원고는 이에 불복하여 2011. 7. 26. 피고에게 이의신청을 하였고，피고는 2011. 8. 19. ’원고가 쟁점 외 소득에 관하여는 소득구분을 잘못하였다고 하더라도 그 신고 의무는 이행한 것으로 보아 이 부분에 대한 부과제척기간은 국세기본법 제26조 의 2 제1항 제3호에 의하여 5년이나，쟁점 소득은 신고한 것으로 볼 수 없어 7년의 부과 제척기간이 적용되므로，이 사건 원처분 중 쟁점 외 소득에 대한 부분은 부과제척기 간 5년이 도과하여 위법하고，쟁점 소득에 대한 부분은 적법하다’는 이유로 일부인용 결정을 하였고，이에 따라 2011. 8. 24 쟁점 외 소득 부분을 2003년 귀속 종합소득 세 과세표준에서 제외함에 따라 원고에게 국세환급금 0000원(국세환급금 000원 + 환급가산금 000원)을 통지하는 감액경정처분을 하였다(이하 이 사건 원처분에서 감액된 000원을 뺀 나머지 000원의 부과처분을 ’이 사건 처분’이라 한다).
• 아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 11. 9. 국세청장에게 심사청구를 제기하 였으나，국세청장은 2011. 11. 28. 기각결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실，갑 제2 내지 12호증，을 제1(가지번호 포함)호증의 각 기재，변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 2003. 9. 30. 쟁점 외 소득에 대하여 양도소득과세표준 예정신고를 함으로써 소득세법 제110조 제4항 에 의하여 확정신고절차를 이행한 것으로 간주되므로，원고는 이 사건 토지 및 건물에 대한 전체적인 양도소득 중 일부 과세표준을 과소신고한 것일 뿐，무신고한 경우에 해당하지 않는다 나아가 ’납세자가 부동산을 양도한 후 양도소득세 과세표준신고서를 제출한 후 과세관청이 사업소득의 대상이 되는 부동산매매업으로 확인하여 종합소득세를 과세하는 경우 5년간의 부과제척기간이 적용된다’는 것이 국세청의 해석(정세과 1069， 2011. 10. 21.)인바， 이와 같은 실무해석에 반하는 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다
• 다. 판단

1. 2003년 귀속분 종합소득세의 부과제척 기 간은 소득세법 제10조 제1항 제1호의 신고납부기한인 2004. 5. 31 이 지난 2004. 6. 1.부터 기산되는바，쟁점 소득에 대한 부과제척기간이 국세기본법 제26조 의 2 제1항 제3호 소정의 5년이라면 2011. 5. 4 에 이루어진 이 사건 처분은 제척기간이 도과한 이후에 이루어진 것으로서 위법할 것이고，같은 항 제2호 소정의 7년이라면 2011. 5. 31.까지가 제척기간이라고 할 것이므로，2011. 5. 1. 이루어진 이 사건 처분은 적법하게 된다. 따라서 쟁점 소득에 대한 부과제척기간이 이 사건의 쟁점이라 할 것이다. 2) 국세기본법 제26조 의 2 제1항 제2호에 의하면， 납세자가 법정신고기한까지 ’과세 표준신고서’를 제출하지 아니한 경우에 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간 국세를 부과할 수 있다고 규정하고 있고， 같은 법 제2조 제14호， 제15호는 ’과세표준’이란 세법에 따라 직접적으로 세액산출의 기초가 되는 과세물건의 수량 또는 가액으로，’과세표준신고서’란 국세의 과세표준과 국세의 납부 또는 환급에 필요한 사항을 적은 신고서라고 각 정의하고 있다. 통상적으로 신고에 의하든，부과처분에 의하든 세액의 확정은 하나의 과세단위 내에서 이루어지므로， 여기서의 과세표준 또한 하나의 과세단위 내에서의 과세표준을 의미한다고 할 것이다. 하나의 과세단위란 같은 세목 내에서 기간과세에서는 과세연도로 특정되고，특히 소득세에 있어서는 개개의 원천을 구성하는 종합소득 • 양도소득·퇴직소득 등 구분소득별로 하나의 과세단위를 구성한다. 소득세법도 이와 같은 전제에서 제70조에서 종합소득 과세표준확정신고 제출의무를 규정 하는 것과 별도로 제110조에서 양도소득 과세표준확정신고 제출의무를 규정함으로써 과세단위별로 독립하여 과세표준 신고의무를 부여하고 있고， 과세표준신고시 제출하 여야 하는 서류 또한 상이하다2)， 따라서 국세기본법 제26조 의 제1항 제2호에서 규정하 는 ’과세표준신고서’란 해당 제척기간의 대상이 되는 국세의 통일한 과세단위에 해당하 는 과세표준신고서만을 의미하는 것으로 새겨야 할 것이다.

3. 그렇다면， 비록 원고가 과세단위를 달리하는 2003년 귀속 양도소득 과세표준예정신고서를 제출하였다고 하더라도， 이를 두고 2003년 귀속 종합소득세 과세표준신고 서를 제출한 것으로 볼 수는 없다. 한편 원고가 주장하는 바와 같은 과세관청의 실무 례가 인정된다고 하더라도 이는 법원의 법령해석을 기속하지 못할 뿐만 아니라，원고의 이 부분 주장을 국세기본법 제18조 제3항 에 의한 과세관청의 비과세관행이 성립되 었다는 주장으로 선해하더라도，위와 같은 실무례들은 납세자가 당초 토지나 건물을 양도함에 있어 대상 자체를 누락함이 없이 적볍하게 양도소득세 과세표준신고서를 제 출한 경우에 한하여 적용되는 것이라고 할 것인데，원고는 쟁점 소득에 대하여는 양도 소득세 과세표준 예정신고나 확정신고를 제출하지 않은 이상，위와 같은 실무례들과 적용 양상을 달리한다고 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 비과세관행 성립 유무에 관한 나머지 요건을 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.

그렇다면， 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여，주문과 같이 판결한 다.