토지와 건물들을 각각 구분하여 매매가액을 산정한 것이므로 불분명한 것으로 보아 과세한 처분은 위법함

사 건 2012구합4463 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 XX 피 고 서초세무서장 변 론 종 결

2012. 5. 25. 판 결 선 고

2012. 9. 14.

1. 피고가 2011. 7. 1. 원고에 대하여 한 2007사업연도 법인세 000원의 부과 처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2006. 12. 26. XX건설 주식회사(이하 ‘XX건설’이라 한다)와, 원고가 아래 나.항 기재 부동산들(이하 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 XX건설에게 000원에 매도하되, 그 매매대금을 수령함과 동시에 XX건설이 지정하는 신탁회사와 담보신탁계약을 체결하는 내용의 ‘부동산 매매약정’을 체결하고, 주식회사 OO부동산신탁에게 신탁을 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐주었다. 또한 같은 날 XX건설은 이에 관하여 ‘원고가 부담할 양도소득세 중 50% 상당인 000원을 매매가액에 추가하여 지급하겠다’는 확약서를 작성하여 주었다.
• 나. 원고는 다시 2007. 2. 14 XX건설과 아래와 같이 이 사건 부동산을 매도하는 내용의 부동산 매매계약서를 작성하였다.
• 다. 피고는 원고에 대한 법인세 조사를 실시하여, ① 원고가 XX건설에게 이 사건 부동산을 일괄하여 000원에 매도하고도 비사업용 토지인 이 사건 토지는 양도가액을 낮게, 사업용 토지인 공장용지는 양도가액을 높게 책정하는 등 필지별 양도가액을 임의로 산정하는 방법으로 법인세를 탈루하였다고 보아, 소득세법 제100조 제2항 을 준용하여 이 사건 부동산의 총 양도가액을 그 각 구성부동산의 공시지가별로 안분하는 방법으로 이 사건 토지의 양도가액을 재산정하고, ②XX동 토지 중 임야 부분을 비사업용토지로 보아, 2007사업연도 귀속분 토지등 양도소득에 대한 법인세를 재계산하여 2011. 7. 1. 원고에게 법인세 000원을 경정 • 고지하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2011. 8. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2011. 11. 15 위 ① 부분에 관한 청구는 기각하고, XX동 토지 중 임야부분이 비사업용 토지에 해당하지 않는다면서 위 ② 부분에 관한 청구는 인용하였다. 피고는 조세심판원의 결정에 따라 원고에 대한 2007사업연도 법인세 중 000원을 감액하는 결정을 하였다(이하 감액 후 남은 2007사업연도의 법인세 000원에 관한 경정 • 고지를 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제l(이하 가지번호 있는 것은 각 가지변호 포함), 2, 5호증, 을 제1. 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 주위적 주장 XX건설은 아파트를 건설하기 위하여 이 사건 부동산을 매입하였는데, 원고와 협의하여 이 사건 부동산의 매매시 토지부분을 이 사건 토지와 공장용지, XX동 토지로 구분하고 그 사용 용도와 주변시세 및 아파트 건설부지에 포함되는지 여부에 따라 가격을 각각 다르게 책정하였다. 따라서 이 사건 부동산의 매매는 소득세법 제100조 제2항 에서 말하는 ‘토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때’에 해당하지 않으므로, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 예비적 주장 피고의 주장대로 이 사건 토지의 시가를 ㎡당 000원으로 볼 경우 추가로 납부하여야 할 올바른 법인세액은 000원이므로, 이 사건 처분 중 이를 초과하는 부분은 위법하다.

• 나. 피고의 주장

1. 원고가 2006. 12. 26. XX건설과 부동산 매매약정을 체결하면서 이 사건 부동산의 매매가액을 000원으로만 기재하였던 점에 미루어 볼 때, 원고는 토지의 가액을 필지별로 구분하지 않고 일괄하여 매도한 것으로 보아야 한다.

2. 이 사건 토지의 경우 지목이 대지로서 공장용지보다 공시지가가 높고, 이 사건 토지 근방의 천안시 XX동 0000-0 토지가 원고가 매매한 가액보다 높은 ㎡당 000원에 매도되었으며, 공장용지 근방의 천안시 XX동 0000 토지가 원고가 매매한 공장용지의 가액보다 낮은 ㎡당 000원에 매도된 점에 비추어 원고가 정한 매매가격은 신빙성이 없는 점, 주변 공인중개사 등도 이 사건 토지의 사가가 ㎡당 약 000원이라고 확인하였던 점 등에 미루어 볼 때 원고가 이 사건 부동산을 구분하여 각각 다르게 산정한 매매가액은 정상적인 거래에 비추어 부적합한 것으로 보아야 한다.

• 다. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다
• 라. 인정사실

1. 이 사건 토지는 아파트 예정부지 밖에, 공장용지와 XX동 토지는 아파트 예정 부지 내에 위치하고 있는데, 같은 아파트 예정부지 밖의 토지로서 이 사건 토지 근방에 위치한 천안시 XX동 0000-0 대 419.9㎡ 토지는 2007. 3. 22. ㎡당 000원에, 같은 동 0000 대 438.2㎡ 토지는 2008. 9. 15. ㎡당 000원에 매매되었고, 아파트 예정부지에 포함되는 토지로서 공장용지 근방에 위치한 천안시 XX동 0000 공장용지 3,343㎡ 토지는 2006. 12. 26. ㎡당 000원에, 같은 동 0000 공장용지 토지는 같은 날 ㎡당 000원에 매매되었다.

2. 원고는 이 사건 토지에 관하여 감정평가법인에게 소급감정을 의뢰하였는데 감정평가법인이 2010. 4. 16.부터 2010. 4. 19.까지 평가한 결과에 의하면, 2007. 2. 14.을 기준으로 한 이 사건 토지의 ㎡당 감정가격은 000원이다.

3. XX건설은 2011. 2.경 박AA 외 6인에게 이 사건 토지를 000원에, CC프로젝트 주식회사에게 공장용지 및 XX동 토지를 포함한 아파트 건설부지 전체(57,482㎡)를 000원에 매도하였다.

4. XX건설의 대표이사인 차BB은 ‘2006. 12. 26. 작성된 매매약정서에 기재된 매매총금액 000원은, 아파트 건설용지는 평당 000원, 아파트 건설부지에 포함되지 않는 나대지(이 사건 토지)는 평당 250만원, 건축물은 부가가치세를 포함하여 000원에 거래하기로 합의하여, 아파트 용지 000원, 대지 000원, 건물 000원을 합계한 금액(총 000원이 산정되었으나,000원에 합의함)입니다. 아파트 건설 예정부지에 포함되지 않은 이 사건 토지는 당 법인의 사업목적에 필요하지 않은 나대지로서 원고의 요청으로 매수한 것이며, 시세인 평당 000원 정도보다 낮은 평당 000원에 합의하였다가 추가로 평당 000원(매매가액으로는 000원)을 더 주기로 합의하여 최종적으로는 평당 000원에 매수를 하게 된 것입니다’라고 진술하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 4호증, 갑 제6 내지 14호증의 각 기재, 증인 차BB의 증언, 변론 전체의 취지

• 마. 판단 1) 법인세법 제55조의2 제1항 제l호 및 제3호에 의하면, 내국법인이 지가상승율이 일정 비율을 초과하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도하거나 비사업용 토지 등을 양도한 경우 그 양도소득에 일정 비율을 곱하여 산출한 토지 등 양도소득에 대한 법인세액을 각 사업연도 소득에 대한 법인세액에 추가하여 납부 하여야 한다. 그런데 그 양도소득을 산출함에 있어 토지와 건물 또는 여러 필지의 토지 등을 함께 취득하거나 양도한 경우, 각 부동산의 실제거래가액을 구분하여 기장하였다면 각 부동산별로 양도소득을 계산하면 될 것이지만, 일괄하여 취득하거나 양도하여 각 부동산 가액의 구분이 불분명한 경우에 관하여는 법인세법이 특별히 규정하고 있지 않다. 다만, 소득세법 제100조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 제6항이 준용하는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 제1호 에서 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 그 구분이 불분명하다면 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있을 뿐이다. 그렇다면 이 사건의 경우 이 사건 부동산의 매매시 이를 일괄하여 매도한 것인 지, 아니면 그 계약서의 내용대로 이 사건 토지와 공장용지, XX동 토지 및 건물로 구분 하여 매도한 것인지가 우선적인 쟁점이 된다.

2. 살피건대, 앞서 본 인정사실들과 앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① XX건설은 아파트를 건설하기 위하여 이 사건 부동산을 매수하게 되었는데, 이 사건 토지는 아파트 예정부지 밖에 있는 반면, 공장용지 및 XX동 토지는 아파트 예정부지 내에 위치하고 있고 그 합계면적 역시 이 사건 토지의 약 12배를 초과하여, 이 사건 토지와 나머지 토지들의 매매가격을 달리할 합리적인 이유가 있어 보이는 점, ② 이 사건 부동산의 매매를 전후로 이 사건 토지와 같이 아파트 예정부지 밖에 위치한 토지들이 매매된 사례를 보면, 이 사건 토지보다 높게 혹은 낮게 매매되고 있어 이 사건 토지의 매매가액이 현저히 타당성을 잃어 시가로 보기 어렵다고 단정하기는 어려운 점, ③ 감정평가법인의 2007. 2. 14.을 기준으로 이 사건 토지에 관하여 한 소급감정 결과 역시 ㎡당 000원이어서 원고의 ㎡당 매매가액인 000원과 현저하게 차이가 있다고 보기는 어려운 점, ④ XX건설은 2011. 2경 이 사건 토지 및 공장용지와 XX동 토지를 제3자에게 매도하였는데, 이 사건 토지를 나머지 토지들보다 현저히 낮은 가액에 매도한 점(XX건설은 이 사건 토지를 ㎡당 000원에, 나머지 토지들을 ㎡당 000원에 매도하였다), ⑤ XX건설의 대표이사인 차BB은, 이 사건 토지는 아파트 예정부지 밖에 위치하고 있어 매수하지 않으려 하였으나 원고의 요청으로 시가보다 낮은 가격으로 매수하게 되었다고 진술하고 있는 점, ⑥ 피고가 기준시가로 안분하여 산정한 이 사건 토지의 양도가액은 000원인데, 이를 이 사건 토지의 면적으로 나누면 ㎡당 가액이 000원이 되어 피고가 주장하는 이 사건 토지의 ㎡당 시가인 000원을 현저하게 초과하는 점 등에 비추어 보면, 원고와 XX건설은 이 사건 부동산의 매매시 이 사건 토지 및 다른 토지들과 건물들을 각각 구분하여 매매가액을 달리 산정한 것으로 판단된다. 따라서 나머지 원고의 주장에 대하여는 더 나아가 살펴볼 필요 없이, 이 사건 부동산을 일괄하여 매도함으로써 이 사건 토지와 나머지 부동산 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 보아 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소를 면할 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.