공급시기가 속한 과세기간이 경과 후 소급작성된 세금계산서는 매입세액 공제 불가함

사 건 2012구합39339 경정청구기각처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고 역삼세무서장 변 론 종 결

2013. 6. 21 판 결 선 고

2013. 8. 23.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2011. 9. 28. 원고에 대하여 한 2008년 1기분 부가가치세에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다(원고는 소장에서 처분일자를 2011. 9. 27.로 기재하였으나， 이는 ‘2011. 9. 28.’의 오기로 보인다).

• 가. 1) 원고는 부동산 매매 및 임대업 등을 목적으로 설립된 법인으로， 2008. 3. 15. ‘BB주택’이라는 상호로 부동산 매매업을 영위하는 CCC과 OO시 OO구 OO동 837-36 소재 DDD 301호를 포함한 46호실(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 대금 OOOO원(토지분: OOOO원， 건물분: OOOO원)에 매수하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였는데， 그 주된 내용은 아래와 같다. 제1조(매매대금)

① CCC은 원고에게 이 사건 부동산을 OOOO원의 금액으로 매도하기로 한다. 토지분 매매대금은 OOOO원으로 하고， 건물분 매매대금은 OOOO원으로 한다.

② 본 계약은 임대사업의 포괄승계조건으로 한 매매계약이므로 부가가치세 지불을 생략한다. 제2조(매매계약금) 원고는 이 사건 부동산의 매매계약금으로 OOOO원을 2008. 3. 15. CCC에게 지급하고 CCC은 이를 영수한다. 제3조(매매잔금)

① 원고는 제1조 매매대금에서 제2조 계약금을 제외한 잔액 중 승계하는 임대보증금 OOOO원을 공제한 잔액 OOOO원을 2008. 5. 20. CCC에게 현금으로 지급한다.

2. 원고는 이 사건 계약에 따라 CCC에게 계약체결일인 2008. 3. 15. 계약금 OOOO원을， 2008. 5. 20. 잔금 OOOO원을 각 지급하였다.

• 나. 원고는 2008년 1기분 부가가치세 확정신고시 이 사건 계약이 사업의 포괄적 양 도에 해당하여 재화의 공급이 아니라고 판단하고 이를 제외하였다.
• 다. 이후 원고는 2011. 7. 25. 피고에게 이 사건 계약 중 건물분 OOOO원에 대한 부 분(이하 이에 관한 세금계산서를 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)이 부가가치세법상 재화의 공급에 해당된다고 주장하면서 매입세액 공제를 적용하여 부가가치세 상당액을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나， 피고는 2011. 9. 28. 이 사건 세금계산서가 과세 기간 내에 수수되지 않은 것으로 판단된다는 이유로 원고의 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2011. 11. 15. 이의신청을 거쳐 2012. 3. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였으나， 2012. 8. 24. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1， 2， 5， 6호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 CCC은 OO시 OO구 OO동 837-36 토지 지상에 분양을 목적으로 DDD를 신축하였으나， 부동산 경기의 불황으로 분양이 원활하게 진행되지 아니하자 DDD 중 미분양분을 임대하던 중 미분양분 전부와 BB주택의 사업상 모든 권리·의무를 원고에게 양도하기로 하였다. 그러나 원고는 세계적인 금융위기로 인하여 미분양 분 전부를 양수하는데 필요한 자금을 일시에 조달하는 것이 힘들게 되자 우선 미분양 중 일부인 이 사건 부동산을 매수하기로 하되 거래 방식은 당초 합의한 대로 사업양도의 방식을 따르기로 하였다. 그런데 이후 CCC이 ‘이 사건 계약은 사업양도가 아니라 재화의 공급에 해당하는 것으로 보인다’고 하기에 원고와 CCC은 부가가치세를 지급 하는 것으로 거래 방식을 변경하였다. 그러나 매수인인 원고로서는 부가가치세 상당액을 CCC에게 지급한 후 이를 매입세액으로 공제받기까지 금융비용이 발생하고， 과세 관청이 CCC과의 거래를 사업양도로 보아 매입세액 공제를 인정하지 않을 가능성을 배제할 수 없었으므로 이러한 사정을 들어 CCC을 설득하였고， 결국 원고와 CCC은 이 사건 계약을 체결하면서 위 계약이 사업양도에 해당함을 전제로 하여 부가가치세를 납부하지 않는 것으로 결정하였다. 그런데 CCC은 또다시 ‘이 사건 계약은 사업양도가 아니라 재화의 공급에 해당 하는 것으로 보인다’고 하면서 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 납부할 것을 주장하였고， 이에 원고는 이 사건 계약에 따라 CCC의 임대차보증금반환채무 등 CCC의 권리·의무를 양도받게 되므로 이 사건 계약을 사업양도로 볼 여지가 충분하고， 갑작스럽게 OOOO원에 이르는 부가가치세를 조달하는 것이 여의치 않다는 등의 사정을 들어 부가가치세를 납부할 수 없다는 강경한 입장을 표명하였다. 그 결과 원고와 CCC은 일단 CCC이 세금계산서를 발급하여 원고가 이를 수령하되 부가가치세는 납부하지 않기로 하고， 다만 이후 부가가치세 납부의무가 있다고 확인되는 때에는 부가가치세를 납부하기로 합의하였고， 이에 따라 CCC은 잔금 지급일인 2008. 5. 20. 원고에게 이 사건 세금계산서(갑 제3호증)를 교부하였다. 따라서 이 사건 세금계산서는 이 사건 계약 당시 작성되어 수수된 것으로서 매입세액 공제의 요건을 갖추었다고 할 것이므로， 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 서울지방국세청장은 원고에 대한 조사를 실시한 결과 이 사건 계약이 사업의 포괄적인 양도 • 양수에 해당하지 아니하고， 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당하며， 원고와 CCC 사이에 세금계산서가 수수된 내역이 없다고 보아 피고에게 과세자료를 통보하였고， 이에 피고는 2011. 6. 5. CCC에 대하여 세금계산서 미발급가산세를 적용하여 2008년 1기분 부가가치세 OOOO원을 경정·고지하였다.

2. CCC은 이에 불복하여 2011. 7. 7.경 피고에게 이의신청을 제기하면서 ‘자신과 원고는 이 사건 계약서를 통해 포괄적 사업 양도·양수에 합의하였으므로 이 사건 부동산 중 건물분 양도금액에 대해 세금계산서를 발행하거나 매입세액 공제를 신청한 사실이 없다’라고 주장하다가 2011. 7. 22.경 이의신청을 취하하였다.

3. 이 사건 세금계산서에는 작성일자가 2008. 5. 20.， 공급가액이 OOOO원， 세액이 OOOO원으로 기재되어 있다.

4. 원고는 2011. 7. 22. CCC에게 이 사건 세금계산서와 관련된 부가가치세 상당액인 OOOO원을 지급하였다.

5. 한편， 원고는 2009. 12. 2. CCC과 위 DDD의 미분양분 중 이 사건 부동산을 제외한 나머지 23호실을 대금 OOOO원(토지분: OOOO원， 건물분: OOOO원)에 매수하기로 하는 계약을 체결하였는데， 이에 관하여 CCC으로부터 세금계산서를 교부받고 부가가치세를 신고하였다.

6. 이 사건 계약 당시 이 사건 회사에서 감사로 재직하던 EEE는 이 법정에서 ‘이 사건 계약 당시 이 사건 세금계산서를 직접 본 적은 없고， 이후 다른 서류를 확인 하다가 이 사건 세금계산서를 본 적이 있다. 하지만 거래가 이루어지면 당연히 세금계산서를 발급받아야 한다고 생각하기 때문에 이 사건 계약 당시 이 사건 세금계산서가 발급되었을 것이라고 추측한다. 이 사건 계약 당시 이 사건 계약이 사업의 포괄적 양도·양수가 아니라고 생각하였다’라는 취지로 진술하였다.

7. CCC은 이 사건 계약 체결 이전인 2007. 6. 5.부터 현재까지 원고의 대표이사로 재직하고 있고， 원고의 또 다른 대표이사인 FFF의 아버지이다. [인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제3， 5， 7， 8호증의 각 기재， 증인 EEE의 증언， 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제17조 제2항 제1호의2는 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항인 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭， 공급받는 자의 등록번호， 공급가액과 부가가치세액， 작성년월일의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 한편， 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의2 소정의 ‘필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된’ 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니 된다(대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 참조).

2. 살피건대， 앞서 본 사실관계 및 갑 제10호증의 기재， 증인 EEE의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정， 즉 ① CCC은 이 사건 계약이 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당하고， 원고와의 사이에 세금계산서가 수수된 내역이 없다는 이유로 2011. 6. 5. 피고로부터 세금계산서 미발급가산세를 적용 한 2008년 1기분 부가가치세 OOOO원을 경정·고지받았는데， 이에 대해 피고에게 이의신청을 제기하면서 이 사건 세금계산서를 발행한 사실이 없다고 주장한 점，② 이후 CCC은 2011. 7. 22.경 위 이의신청을 취하하였고， 원고는 곧바로 CCC에게 부가가치세 OOOO원을 지급한 후 2011. 7. 25. 피고에게 이 사건 세금계산서를 잔금 지급일인 2008. 5. 20. 교부받았으므로 매입세액 공제 요건에 해당한다는 등으로 주장하면서 부가가치세 상당액을 환급하여 달라는 경정청구를 한 점，③ 원고는 2009. 12. 2. CCC과 DDD의 미분양분 중 이 사건 부동산을 제외한 나머지에 관하여 이 사건 계약과 동일 또는 유사한 계약을 체결하였는데， 이에 관하여는 CCC으로부터 세금계산서를 교부받고 부가가치세를 신고한 점，④ EEE의 진술에 의하더라도 EEE는 이 사건 계약 당시 이 사건 세금계산서를 보지 못한 점，⑤ 원고는 이 사건 계약 체결 당시 이 사건 계약이 재화의 공급이 아니라 사업의 포괄적 양도·양수에 해당하는 것으로 생각하였다고 주장하고 있으나， 그 당시 이 사건 회사의 감사로 재직하던 EEE는 이 사건 계약이 사업의 포괄적 양도·양수가 아니라고 생각하였다고 진술한 점，⑥ EEE는 피고 소송수행자로부터 ‘원고는 CCC과 사이에 일단 CCC이 세금 계산서를 발급하여 원고가 이를 수령하되 부가가치세는 납부하지 않기로 하고， 다만 이후 부가가치세 납부의무가 있다고 확인되는 때에는 부가가치세를 납부하기로 합의하였다고 주장하는데 이러한 내용에 관하여 아는 바가 있느냐’라는 질문을 받고 ‘모른다’라고 대답하였는바， 실제로 원고가 CCC과 사이에 위와 같이 합의하였다면 당시 이 사건 회사의 감사로 재직하면서 2008. 3. 10. 이 사건 계약과 관련된 기안용지에 서명까지 한 EEE로서는 이러한 사정을 충분히 알고 있었을 것으로 보이는 점 등을 고려하면， 이 사건 세금계산서는 이 사건 계약 당시 작성되지 않았고， 과세기간이 경과한 2011. 7.경 작성된 것으로 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 처분은 적법하고， 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면， 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.