위탁연구개발의 경우 수탁업체가 전담부서를 보유하기만 하면 재수탁업체가 전담부서를 보유 하지 않더라도 세액공제비용에 해당하는 것으로 해석하는 것은 자체연구개발의 경우와의 조세형평에 반하는 것으로 재수탁업체가 전담부서를 보유하지 않은 경우 세액공제 대상 아님
위탁연구개발의 경우 수탁업체가 전담부서를 보유하기만 하면 재수탁업체가 전담부서를 보유 하지 않더라도 세액공제비용에 해당하는 것으로 해석하는 것은 자체연구개발의 경우와의 조세형평에 반하는 것으로 재수탁업체가 전담부서를 보유하지 않은 경우 세액공제 대상 아님
사 건 2012구합29509 법인세부과처분취소 2012구합31892(병합) 법인세부과처분취소 2012구합32369(병합) 법인세부과처분취소 2012구합32536(병합) 법인세부과처분취소 2012구합38428(병합) 법인세부과처분취소 2012구합40834(병합) 법인세부과처분취소 원 고 1.AAA 주식회사 2.BBB 주식회사 3.CCC 주식회사 4.DDD 주식회사 5.EEE은행 6.FFF 피 고 1.XXX세무서장 2.YYY세무서장 3.ZZ세무서장 변 론 종 결
2013. 5. 3. 판 결 선 고
2013. 7. 5.
1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청구취지 피고 XXX세무서장이 2011. 2. 11. 원고 AAA 주식회사(이하 ‘원고 AAA’이라 한다)에 대하여 한 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원， 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원의 각 부과처분을 취소한다. 피고 YYY세무서장이 2011. 3. 11. 원고 BBB 주식회사(이하 ‘원고 BBB’ 이라 한다)에 대하여 한 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원， 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원의 각 부과처분을 취소한다. 피고 ZZ세무서장이 2010. 12. 29. 원고 CCC 주식회사(이하 ‘원고 CCC’이라 한다)에 대하여 한 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다. 피고 YYY세무서장이 2011. 12. 1. 원고 DDD 주식회사(이하 ‘원고 DDD’이라 한다)에 대하여 한 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원， 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원의 각 부과처분을 취소한다. 피고 YYY세무서장이 원고 EEE은행에 대하여 2010. 12. 10. 한 2005 사업연도 법인세 OOOO원， 2007 사업연도 법인세 OOOO원의 각 부과처분과 2011. 3. 25. 한 2008 사업연도 법인세 OOOO원에 대한 경정청구 거부처분을 모두 취소한다. 피고 YYY세무서장이 2011. 12. 5. 원고 FFF(이하 ‘원고 FF’이라 한다)에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분을 취소한다.
1. 증권업을 영위하는 내국법인인 원고 AAA은 조세특례제한법 제10조 소정의 연구·인력개발비에 대한 세액공제 규정을 근거로 피고 XXX세무서장에게 2006. 4. 1. ~ 2007. 3. 31. 사업연도 및 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 합계 OOOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였고， 피고 XXX세무서장은 2009. 2. 20. 위 법인세 상당액의 환급결정을 하였다.
2. 원고 AAA은 2007. 12. 1. 기술개발을 위한 전담부서를 보유한 GGG 주식회사(이하 ‘GGG’라 한다)와 ‘차세대 IT시스템 개발’ 용역을 위탁하는 내용의 계약을 체결하였고， 위 계약에 따라 GGG에 연구개발비로 OOOO원을 지급하였다.
3. 원고 AAA은 피고 XXX세무서장이 위 1)항 기재와 같이 경정청구를 받아들이자 GGG에 지급한 연구개발비 OOOO원에 관하여도 구 조세특례제한법 (2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조에 따라 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도에 연구개발비 세액공제를 적용하고， 이를 이월공제 처리하여 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 신고시 납부할 세액에서 공제하였다.
4. 서울지방국세청장은 피고 XXX세무서장에 대한 정기 감사시 연구개발비 세액 공제의 경우 연구개발용역을 위탁받은 업체가 그 업무 중 일부를 재위탁한 부분에 관하여는 세액공제를 부인하는 것으로 시정하도록 지시하였다. 이에 따라 피고 XXX세무서장은 2011. 2. 11. 원고 AAA에 대하여 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원， 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원을 경정·고지하였다.
5. 원고 AAA은 이에 불복하여 2011. 5. 11. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2012. 6. 8. ‘수탁업체가 제3자에게 재위탁하여 지출한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 비용은 연구개발비 세액공제대상으로 인정하는 것이 타당하다’는 이유로 ‘피고 XXX세무서장이 연구 및 인력개발비 세액공 제 대상에서 제외한 금액 OOOO원(공급가액)에서 GGG로부터 재위탁받은 기업 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비 OOOO원(공급가액)은 세액공제대상으로 하여 해당 사업연도 세액을 경정하고， 나머지 청구는 기각한다’는 결정을 하였다.
6. 이에 따라 피고 XXX세무서장은 2012. 6. 19. 원고 AAA에 대하여， 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세에서 OOOO원을， 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세에서 OOOO원을 각 감액·경정하고， 법인세 환급금 OOOO원(환급가산금 OOOO원) 및 OOOO원(환급가산금 OOOO원) 을 통지하였다{이하 위와 같이 감액되고 남은 2011. 2. 11.자 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)과 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원) 의 각 부과처분을 통틀어 ‘제1처분’이라 한다}.
1. 보험업을 영위하는 내국법인인 원고 BBB은 2007. 4. 1. - 2008. 3. 31. 사업연도부터 2008. 4. 1. - 2009. 3. 31. 사업연도까지 전담부서를 보유한 주식회사 HHH 등 다수의 수탁업체들과 신보험시스템 및 퇴직연금 독자시스템 구축 등을 위탁하는 내용의 계약을 체결하였다.
2. 원고 BBB은 위 계약에 따라 수탁업체들에게 연구개발비로 합계 OOOO원(2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도: OOOO원， 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도: OOOO원)을 지급하였고， 이에 관하여 조세특례제한법{2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것)， 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)} 제10조 소정의 연구개발비 세액공제를 적용하여 합계 OOOO원(2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도: OOOO원， 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31.: OOOO원)을 납부할 세액에서 공제하여 법인세를 선고·납부하였다.
3. 피고 YYY세무서장은 연구개발비 OOOO원 중 수탁업체들이 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁하여 지출한 비용 OOOO원(2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도: OOOO원， 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도: OOOO원)은 연구개발비 세액공제대상에 해당하지 않는 것으로 보아 2011. 3. 11. 원고 BBB에 대하여 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원， 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원을 각 경정·고지하였다. 4)원고 BBB은 이에 불복하여 2011. 6. 2. 이의신청을 거쳐 2011. 9. 21I 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2012. 6. 25. ‘수탁업체가 제3자에게 재위탁하여 지출한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 비용은 연구개발비 세액공제대상으로 인정하는 것이 타당하다’는 이유로 ‘피고 YYY세무서장이 연구개발비 세액공제대상에서 제외한 금액에서 원고 BBB이 전산시스템 개발 용역을 위탁한 업체로부터 재위탁받은 기업 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비를 확인하여 이를 세액공제대상으로 하여 해당 사업연도 세액을 경정하고， 나머지 심판청구는 기각한다’는 결정을 하였다.
5. 이에 따라 피고 YYY세무서장은 2012. 8. 2. 원고 BBB에 대하여 2007. 4. 1. ~2008. 3. 31. 사업연도 법인세에서 OOOO원， 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세에서 OOOO원을 각 감액·경정하고， 법인세 OOOO원(환급가산금 OOOO원) 및 OOOO원(환급가산금 OOOO원)을 통지하였다{이하 이와 같이 감액되고 남은 2011. 3. 11.자 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)， 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)의 각 부과처분을 ‘제2처분’이라 한다}.
1. 보험업을 영위하는 내국법인인 원고 CCC(변경전 상호: DDD 주식회사)은 2008. 5. 30. 전담부서를 보유한 주식회사 III (이하 ‘III’라 한다)와 일반보험시스템 구축 등을 위탁하는 내용의 계약을 체결하고， III에 연구개발비로 OOOO원을 지급하였다.
2. 원고 CCC은 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도에 이월결손금이 발생함에 따라 납부할 세액이 없어 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 소정의 연구개발비에 대한 세액공제를 적용하지 않았고， 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 신고시 위 연구개발비에 대한 세액공제 신청을 누락하였다.
3. 원고 CCC은 2010. 10. 26. 피고 ZZ세무서장에게 위 연구개발비에 대해 연구개발비 세액공제를 적용하여 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원을 공제감면세액에 가산하여 위 법인세 상당액을 환급하여 달라는 경정 청구를 하였다.
4. 피고 ZZ세무서장은 2010. 12. 29. 원고 CCC에 대하여， 위 연구개발비 OOOO원 중 OOOO원은 III가 제3자에게 재위탁하여 지출한 비용에 해당하여 연구개발비 세액공제대상에 해당하지 않는다는 이유로， 법인세 OOOO원만을 공제감면세액에 가산하여 환급하고， 나머지 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)에 대하여는 경정청구를 거부하였다.
5. 원고 CCC은 이에 불복하여 2011. 3. 25. 이의신청을 거쳐 2011. 10. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2012. 6. 28. ‘수탁업체가 제3자에게 재위탁하여 지출한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 비용은 연구개발비 세액공제대상으로 인정하는 것이 타당하다’는 이유로 ‘피고 종로세무서 장이 2010. 12. 29. 원고 CCC에게 한 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원의 환급거부처분은 원고 CCC으로부터 전산시스템의 연구개발용역을 위탁받은 III가 제3자에게 재위탁한 비용 OOOO원을 연구개발비 세액공제대상에 포함하는 것으로 하여 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다’는 결정을 하였다.
6. 이에 따라 피고 ZZ세무서장은 2012. 7. 11. 원고 CCC에 대하여， 전담부서가 있는 업체에게 재위탁된 연구개발비 OOOO원에 대한 세액공제를 인정하여 2009. 4. 1. ~ 2010. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원을 감액 • 경정하고， 이를 환급하였다{이하 2010. 12. 29.자 경정청구 거부처분 중 이와 같이 환급되지 않고 남아 있는 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)에 대한 거부처분을 ‘제3처분’이라 한다}.
1. 보험업을 영위하는 내국법인인 원고 DDD은 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도부터 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도까지 전담부서를 보유한 JJJ 주식회사(이하 ‘JJJ’라 한다)와 메모리 증설， 네트워크 개선 등 전산시스템 연구개발을 위탁하는 내용의 계약을 체결하였다.
2. 원고 DDD은 위 계약에 따라 JJJ에 연구개발비로 합계 OOOO원(2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도: OOOO원， 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도: OOOO원)을 지급하였고， 조세특례제한법{2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827 호로 개정되기 전의 것)， 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도의 경우에는 구 조세특례 제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)} 제10조 제1항 제2호 나목에 따라 위 연구개발비 OOOO원 중 OOOO원(2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도: OOOO원， 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도: OOOO원)에 관하여 연구개발비 세액공제를 적용하여 법인세를 신고·납부하였다.
3. 피고 YYY세무서장은 위 연구개발비 중 JJJ가 직접 수행하지 않고 제3자에게 재 위탁하여 지출한 비용 OOOO원(2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도: OOOO원， 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도: OOOO원)은 연구개발비 세액공제대상에 해당하지 않는 것으로 보아 2011. 12. 1. 원고 DDD 에 대하여 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원， 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원을 각 경정·고지하였다.
4. 원고 DDD은 이에 불복하여 2012. 1. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2012. 6. 28. ‘수탁업체가 제3자에게 재위탁하여 지출한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 비용은 연구개발비 세액공제대상 으로 인정하는 것이 타당하다’는 이유로 ‘JJJ가 제3자에게 재위탁한 OOOO원 중 전담부서를 보유한 업체에게 재위탁한 금액은 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하되， 이에 해당하는 금액에 대하여는 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정한다’는 결정을 하였다.
5. 이에 따라 피고 YYY세무서장은 재조사를 수행한 후 2012. 8. 10. 원고 DDD에 대하여 위와 같이 경정·고지한 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 중 OOOO원， 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 중 OOOO원을 각 환급하였다{이 하 이와 같이 환급되고 남은 2011. 12. 1.자 2007. 4. 1. ~ 2008. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)， 2008. 4. 1. ~ 2009. 3. 31. 사업연도 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)의 각 부과처분을 ‘제4처분’이라 한다 1) }.
1. 금융업을 영위하는 내국법인인 원고 EEE은행은 2005， 2007， 2008 사업연도에 전담부서를 보유한 GGG 등 다수의 수탁업체들과 전산시스템 개발 등을 위탁 하는 내용의 계약을 체결하고， 위 수탁업체들에게 연구개발비를 지급하였다.
2. 원고 EEE은행은 위 연구개발비에 관하여 조세특례제한법{2005 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것)， 2007 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 저118827호로 개정되기 전의 것)， 2008 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)} 제10조 소정의 연구개발비 세액공제를 적용하여 2005 사업연도 법인세 OOOO원， 2007 사업연도 법인세 OOOO원， 2008 사업연도 법인세 OOOO원을 각 신고·납부하였다.
3. 서울지방국세청장은 원고 EEE은행에 대한 법인통합조사를 실시한 결과， 원고 EEE은행으로부터 연구개발용역을 위탁받은 업체가 그 업무 중 일부를 재위 탁한 부분은 세액공제대상에 해당하지 않는다고 판단하고 이러한 점 등을 피고 남대문 세무서장에게 통보하였다.
4. 이에 따라 피고 YYY세무서장은 2010. 12. 10. 원고 EEE은행에 대하여， 2005 사업연도 법인세 OOOO원(이 중 연구개발비에 관한 부분이 OOOO원)， 2007 사업연도 법인세 OOOO원(이 중 연구개발비에 관한 부분이 OOOO원)을 각 경정·고지하였다. 또한， 피고 YYY세무서장은 2008 사업연도 법인세 중 연구개발비 세액공제 배제액 OOOO원에 대하여 다른 경정사유로 인해 이를 원고 EEE은행에게 환급되는 세액에서 차감하는 것으로 경정하였고， 원고 EEE은행이 2011. 3. 9.경 위 OOOO원을 공제감면세액에 가산하여 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나 2011. 3. 25. 거부하였다.
5. 원고 EEE은행은 2005 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 OOOO원 부분， 2007 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 OOOO0원 부분에 불복하여 2011. 3. 9.， 위 경정청구 거부처분에 불복하여 2011. 4. 19. 조세심판원에 각 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2012. 6. 27. ‘수탁업체가 제 3자에게 재위탁하여 지출한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 비용은 연구개발비 세액공제대상으로 인정하는 것이 타당하다’는 이유로 ‘원고 EEE은행이 전산시스템 개발용역을 위탁한 GGG 등이 재위탁하고 지급한 OOOO원 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 업체에 지급한 금액은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 하여 해당 사업연도의 세액을 결정한다’는 결정을 하였다.
6. 이에 따라 피고 YYY세무서장은 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 연구개발비에 대하여 세액공제를 인정하여 2007 사업연도 법인세 중 OOOO원， 2008 사업연도 법인세 OOOO원을 각 감액 • 경정하고， 법인세 환급금 OOOO원(환급 가산금 OOOO원) 및 OOOO원(환급가산금 OOOO원)을 통지 하였다{이하 2010. 12. 10.자 2005 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 OOOO원 부분， 2010. 12. 10.자 2007 사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 OOOO원 부분에서 이와 같이 감액되고 남은 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원) 부분， 2011. 3. 25.자 경정청구 거부처분 중 이와 같이 환급되지 않고 남아 있는 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)에 대한 거부처분을 통틀어 ‘제5처분’이라 한다}.
1. 금융업， 농축산물 유통업을 영위하는 내국법인인 원고 FF은 2008. 1.경부터 2009. 12.경까지 전담부서를 보유한 GGG 등 다수의 수탁업체들과 전산시스템 구축 등을 위탁하는 내용의 계약을 체결하였다.
2. 원고 FF은 위 수탁업체들에게 연구개발비 OOOO원을 지급하였고， 이에 관하여 조세특례제한법{2008 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)， 2009 사업연도의 경우에는 구 조세특례제한법 (2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)} 제10조 소정의 연구개발비 세액공제를 적용하여 OOOO원을 납부할 세액에서 공제하여 법인세를 선고·납부하였다.
3. 피고 YYY세무서장은 위 연구개발비 OOOO원 중 위 수탁업체들이 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁하여 지출한 비용 OOOO원(2008 사업연도: OOOO원， 2009 사업연도: OOOO원)은 연구개발비 세액 공제 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 2011. 12. 5. 원고 FF에 대하여 2008 사업연도 법인세 OOOO원， 2009 사업연도 법인세 OOOO원을 각 경정 • 고지하였다.
4. 원고 FF은 이에 불복하여 2012. 3. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세 심판원은 2012. 9. 5. ‘수탁업체가 제3자에게 재위탁하여 지출한 연구개발비 중 연구기 관 또는 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 비용은 연구개발비 세액공제대상으로 인정 하는 것이 타당하다’는 이유로 ‘원고 FF이 위탁한 연구개발용역을 재위탁 받은 기업 (연구기관 또는 전담부서를 보유한 경우에 한한다)이 수행한 연구개발용역비를 확인하여 해당 사업연도의 세액을 경정하고，나머지 심판청구는 기각한다’는 결정을 하였다.
5. 이에 따라 피고 YYY세무서장은 2012. 10. 5. 원고 FF에 대하여 2008 사업연도 법인세 중 OOOO원을 감액·경정하고， 법인세 환급금 OOOO원(환급가산금 OOOO원)을 통지하였다{2009 사업연도 법인세OOOO원의 부과처분은 전부 취소되었고， 이하 이와 같이 감액되고 남은 2011. 12. 5.자 2008 사업연도 법인세 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)의 부과처분을 ‘제6처분’이라 하고， 제1 내지 6처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다}. [인정근거] 다툼 없는 사실， 갑가 제1 내지 30호증(각 가지번호 포함， 이하 같다)， 갑 나 제1， 2， 3， 5호증， 을가 제1호증， 을나 제1 내지 4호증， 을라 제1， 2호 증， 을마 제1， 2호증， 을바 제1， 2호증의 각 기재， 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
1. 원고들의 주장
① 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제10조， 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) [별 표6]은 연구개발비 중 ‘기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용’을 세액공제대상으로 규정하고 있을 뿐인바， 합리적인 근거 없이 납세자에게 이익이 되는 규정을 축소 해석하는 것은 허용되지 않는 점，② 연구개발비 세액공제에 관한 규정인 조세특례제한법 제10조 는 연구개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는 데 그 취지가 있는 점，③ 전담부서를 가진 기관에 기술개발용역을 맡기는 방법은 위탁으로서 위임의 일종인바， 수탁자는 기술개발이라는 위임인의 목적 달성을 위하여 업무처리방법을 스스로 결정할 수 있는 점, ④ 대규모 전산개발용역은 단일 기업의 인력 및 기술에 의존하여 수행하는 것이 불가능하므로 다른 기업에 용역의 일부를 재위탁하는 것이 불가피한 점, ⑤조세특례제한법에서 전담부서 요건을 규정하고 있는 취지는 전담부서를 가진 업체가 최종 연구개발 결과물을 관리하도록 함으로써 품질을 높이고자 하는 데 있으므로， 연구개발비에 대하여 세액공제를 인정할 것인지 여부는 그 비용이 전담부서 제도를 통하여 요구하는 일정 수준 이상의 결과물을 산출하는 데 도움이 된 비용이었는지에 따라 판단되어야 할 것인 점 등을 종합하면， 전담부서를 보유한 기업에 연구개발용역을 위탁한 경우에는 재위탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고 위탁에 따른 비용은 연구개발비 세액공제대상에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.
2. 피고들의 주장
1. 연구개발용역에 해당하는지 여부 살피건대， 조세특례제한법 제9조 제5항 은 연구개발에 관하여 ‘과학적 또는 기술 적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다’고 규정하고 있고， 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제9조 제5항은 연구개발에 관하여 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루 기 위한 활동을 말한다’고 규정하고 있는바， 앞서 본 바와 같이 원고 BBB， CCC이 위탁한 용역은 대형 보험업의 실현， 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고， 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축함으로써 기술적 진전을 이루기 위한 활동인 점， 국세청은 ‘금융보험업을 영위하는 내국법인이 연구개발 전담부서를 보유한 업체에 위탁한 전산시스템 개발용역은 연구개발용역에 해당한다’고 해석한 점(2010. 7. 14. 법인세과-675)， 피고 YYY세무서장， ZZ세무서장은 원고 BBB， CCC이 위탁한 용역이 연구개발용역에 해당함을 전제로 재수탁업체에 지급된 용역비를 세액공제대상에서 배제한 점 등에 비추어 보면， 원고 BBB， CCC이 위탁한 용역은 연구개발용역에 해당한 다고 봄이 상당하다. 따라서 피고 YYY세무서장， ZZ세무서장의 위 주장은 이유 없다(피고 YYY세무서장은， 조세특례제한법상 연구개발에 해당하기 위해서는 특허의 요건인 ‘신규성’과 ‘진보성’이 인정되어야 하는데， 원고 BBB이 신보험시스템 및 퇴직연금 독자시스템 등을 구축하는 것이 이러한 요건을 갖추었다고 볼 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 조세특례제한법 제9조 제5항 에 ‘진전’이나 ‘새로운’이라는 단어가 포함되어 있기는 하지만， 여기에서의 연구개발이 특허를 획득하기 위한 것은 아니므로， 피고 YYY세무서장의 주장과 같이 연구개발에 해당하기 위하여 특허의 요건인 ‘신규성’과 ‘진보성’까지 갖추어야 한다고 해석할 수 없다).
2. 연구개발용역이 재위탁된 경우 세액공제대상에 해당하는지 여부 살피건대， 위 인정사실 및 을가 제4， 5호증， 을나 제5호증， 을라 제5， 6호증， 을 바 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 을 종합하면， 연구개발용역을 재위탁함에 따른 비용은 세액공제대상에 해당하지 않는 다고 봄이 타당하다.
3. 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하지 않는 경우 세액공제대상에 해당하는지 여부 살피건대， 설령 연구개발용역을 재위탁함에 따른 비용이 세액공제대상에 해당된다고 하더라도， 앞서 본 바와 같이 조세감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라 고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 점， 그 밖에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면， 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있지 않은 경우에는 세액공제대상에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.
4. 소결론 따라서 이 사건 각 처분은 적법하고， 원고들의 주장은 모두 이유 없다.
그렇다면， 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문 과 같이 판결한다. 1) 원고 DDD은 소장에 2007. 4. l. ~ 2008. 3. 3l. 사업연도 법인세액을 OOOO원， 2008. 4. l. ~ 2009. 3. 3l. 사업연도법인세액을OOOO원으로 각 기재하였으나， 이는 ‘OOOO원’，‘OOOO원’의 오기로 보인다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.