이 사건 소는 취소의 대상이 되는 피고의 거부처분 자체가 존재하지 않으므로 부적법하다

사 건 2012구합31670 법인세경정청구거분취소 원 고 AAA카드 주식회사 피 고 중부세무서장 변 론 종 결

2013. 4. 30. 판 결 선 고

2013. 6. 14.

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2010. 2. 19. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 귀속 법인세 00000원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 신용카드업을 영위하는 법인으로서 2003 사업연도부터 2008 사업연도까지에 연구개발 전담부서를 보유한 주식회사 OOOOO 등 다수의 수탁업체들(이하 '이 사건 수탁업체들'이라 한다)과 사이에 전산시스템 구축 등을 위탁하는 내용의 계약을 체결하고 이 사건 수탁업체들에게 연구개발비로 0000원(이하 ‘이 사건 연구 개발비’라고 한다)을 지급하였다.
• 나. 원고는 2003 사업연도부터 2007 사업연도 귀속 법인세 신고시 이월결손금이 발생하여 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것， 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제10조 소정의 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용 하지 않았고) 2008 사업연도 귀속 법인세 신고시 위 연구·인력개발비에 대한 세액공제 신청을 누락하였다.
• 다. 그 후 원고는 2010. 1. 4. 이 사건 연구개발비에 대하여 연구·인력개발비 세액 공제를 적용하여 2008 사업연도 귀속 법인세 00000원을 공제감면세액에 가산 하여 위 법인세 상당액을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2010. 2. 19. 이 사건 연구개발비 0000원 중 0000원은 이 사건 수탁업체들이 제3자에게 재위탁하여 지출한 비용이어서 구 조세특례제한법 제10조 소정의 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다는 이유로， 2008 사업연도 귀속 법인세 0000원만을 공제감면세액에 가산하여 같은 금액을 환급 하되， 나머지 00000원에 대하여는 경정청구를 거부하였다.
• 마. 이에 원고가 이의신청을 거쳐 2010. 9. 14. 심판청구를 제기하였고， 조세심판원은 2012. 6. 22. ‘수탁업체가 다른 업체에 재위탁한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다l는 이유로， ll피고가 2010. 2. 25.1) 원고에게 한 2008 사업연도 귀속 법인세 0000원에 대한 경정청구 거부처분은 원고로부터 전산시스템의 연구개발 용역을 위탁받은 이 사건 수탁업체들이 제3자에게 재위탁한 비용(2003 사업연도 0000원， 2004 사업 연도 00000원， 2007 사업 연도 0000원， 2008 사업 연도 0000원 합계 0000원) 중 조세특례 제한법 시행령 제9조 제2항 에 따른 별표6 제2호 가목에서 규정한 전담부서를 보유한 업체에게 재위탁한 금액은 조세특례제한법 제10조 의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하되，이에 해당 하는 금액에 대하여는 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정한다“는 결정을 하였다.
• 바. 원고는 2012. 6. 25. 위 심판 결정문을 수령하였다.
• 사. 피고는 위 심판결정의 취지에 따라 2012. 7.경 전담부서가 있는 업체에게 재위탁된 연구개발비에 대한 세액공제를 인정하여 2009 사업연도2) 귀속 법인세 00000원을 추가로 환급하였다.
• 아. 원고는 2012. 9. 20. 당초 경정청구액 00000원에서 최초 환급액 0000원과 추가 환급액 0000원을 공제한 나머지 00000원에 대하여 청구취지 기재의 이 사건 소를 제기하였다.
• 자. 한편, 원고는 2008 사업연도 연구개발비 세액공제액이 2008 사업연도 귀속 법인세의 최저한세액을 초과하여 2008 사업연도 법인세에서 공제·환급받을 수 없게 되자，2012. 9. 24. 다시 2009 사업연도 귀속 법인세에서 000원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였고，피고는 2012. 9. 28. 원고의 위 경정청구를 거부하였으며, 원고는 2012. 10. 15. 전심절차를 거치지 않은 채 이 법원 2012구합34440호로 피고의 위 2012. 9. 28.자 거부처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제l 내지 4호증， 갑 제5호증의 1， 2의 각 기재， 변론 전체의 취지

직권으로 이 사건 소의 적법 여부를 살펴본다. 원고는 이 사건 소로써 ‘피고가 2010. 2. 19. 원고에 대하여 한 "2009 사업연도“ 속 법인세 0000원에 대한 경정청구 거부처분’의 취소를 구하고 있다. 그러나 위 인정사실에 의하면， 원고는 2010. 1. 4. "2008 사업연도” 귀속 법인세 0000원을 공제감면세액에 가산하여 위 법인세 상당액을 환급하여 달라는 경정청구를 하였고，피고는 2010. 2. 19. "2008 사업연도” 귀속 법인세 0000원을 환급하되，나머지 0000원에 대하여는 경정청구를 거부하였고，2012. 7.경 2008 사업연도 귀속 법인세가 최저한세액 규정의 적용으로 환급할 수 있는 세액이 더 이상 남아있지 않게 되자 "2009 사업 연도“ 귀속 법인세 0000원을 추가로 환급하였는바， 원고가 경정청구를 구하는 법인세는 "2008 사업연도" 귀속 법인세이고， 피고도 2010. 2. 19. 원고의 "2008 사업연도‘ 귀속 법인세에 대하여 거부처분을 한 것이므로，원고가 이 사건 소로써 취소를 구하는 피 고의 2010. 2. 19.자 "2009 사업 연도” 귀속 법인세에 대한 거부처분은 존재하지 않는다. 따라서 이 사건 소는 취소의 대상이 되는 피고의 거부처분 자체가 존재하지 않으므로 부적법하다(설령 원고가 "2008 사업 연도" 귀속 법인세에 대하여 경정청구를 구하는 것으로 보더라도，구 조세특례제한법 제132조 는 내국법인의 각 사업연도 소득을 계산함에 있어서 같은 법 제10조에 따른 세액공제 금액을 포함하여 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제132조 제l항의 규정에 따라 계산한 법인세 최저한세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다고 규정하고 있으므로，원고가 구하는 2008 사업연도 연구개발비 세액공제액이 2008 사업연도 귀속 법인세의 최저한세액을 초과하여 2008 사업연도 법인세에서 공제를 받을 수 없는 이상, "2008 사업연도" 귀속 법인세에 대한 경정청구가 받아들여질 수는 없다).

그렇다면 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.