사실과 다른 세금계산서로 봄이 상당하고 이와 같은 전제로 경정청구 거분처분은 적법함

사 건 2012구합29318 부가가치세경정청구거부처분취소 원 고 주식회사 AAA공약품 피 고 ㅇㅇ세무서장 변 론 종 결

2013. 7. 5. 판 결 선 고

2013. 9. 6.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2012. 1. 5.(소장 청구취지의 ‘2012. 1. 9.’은 ‘2012. 1. 5.’의 오기로 보인다) 원고에 대하여 한 2009년 제1기분 부가가치세 OOOO원 1) 및 2009년 제2기분 부가가치세 OOOO원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 OO시 OO구 OO동 410-13 BB상가 OO동 111호에서 화공약품 도·소매업 등을 영위하는 법인이다.
• 나. ☆☆세무서장이 2009. 10. 20. ~ 2009. 12. 7. 사이에 원고에 대한 2008년도 자료상 혐의자 조사를 실시한 결과, 원고가 2008년 중 CC과학, DD산업, EEE, FFF에게 발행한 세금계산서와 주식회사 GG산업(이하 ‘GG산업’이라 한다)으로부터 수취한 세금계산서가 사실과 다른 허위세금계산서임이 밝혀졌다.
• 다. 원고는 위와 같이 2008년에 GG산업으로부터 수취한 세금계산서가 허위임이 밝혀지자, 2009. 12. 7. GG산업으로부터 2009년에 수취한 세금계산서도 허위라는 이유로 다음과 같이 2009년 제1기 부가가치세 예정신고 및 확정신고, 2009년 제2기 부가가치세 예정신고에 대하여 수정신고를 하였다. 과세기간 매출액 매입액 당초 신고 수정 신고 차액 2)

2009. 1. 1. ~ 2009. 3. 31. OOOO원 OOOO원 OOOO원 OOOO원

2009. 4. 1. ~ 2009. 6. 30. OOOO원 OOOO원 OOOO원 OOOO원

2009. 7. 1. ~ 2009. 9. 30. OOOO원 OOOO원 OOOO원 OOOO원

• 라. 한편 ☆☆세무서장은 원고와 원고의 대표이사인 박HH을 조세범처벌법 위반 혐의로 고발하였는데, 수원지방검찰청 소속 검사는 2011. 6. 10. ‘원고가 2008년 중 CC과학, DD산업, EEE, FFF에게 발행한 세금계산서와 GG산업으로부터 수취한 세금계산서가 허위’라는 이유로 위 범죄사실에 대하여는 기소를 하였으나, ‘원고가 2009. 3. 31. ~ 2009. 9. 30. 사이에 GG산업으로부터 수취한 세금계산서가 허위라는 점을 인정하기에 증거가 불충분하다’는 이유로 위 부분에 대하여는 불기소결정을 하였다.
• 마. 원고는 2011. 7. 18. 피고에게 ‘원고가 GG산업으로부터 수취한, 2009. 1. 1. ~ 2009. 3. 31. 사이의 세금계산서 중 OOOO원의 세금계산서, 2009. 4. 1. ~ 2009. 6. 30. 사이의 OOOO원의 세금계산서, 2009. 7. 1. ~ 2009. 9. 30. 사이의 OOOO원의 세금계산서(이하 위 세금계산서를 통틀어 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)상의 거래가 허위거래가 아니라 실제거래이므로, 원고가 수정신고한 내용 중 2009년 제1기 예정신고분(2009. 1. 1. ~ 2009. 3. 31.) 부가가치세 OOOO원, 2009 년 제1기 확정신고분(2009. 4. 1. ~ 2009. 6. 30.) 부가가치세 OOOO원, 2009년 제2기 예정신고분(2009. 7. 1. ~ 2009. 9. 30.) 부가가치세 OOOO원을 환급해 달라’는 취지의 경정청구를 하였으나(이하 ‘이 사건 경정청구’라고 한다), 피고는 2012. 1. 5. 원고의 경정청구에 대하여 거부처분을 하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
• 바. 원고는 2012. 4. 9. 이 사건 거부처분에 불복하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2012. 5. 31. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(각 가지변호 있는 것은 가지변호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 원고가 2009년 3월부터 2009년 9월까지 GG산업으로부터 이 사건 세금계산서 기재와 같이 실제로 글루세린 등을 매입하였음에도 불구하고(원고가 주장하는 원고와 GG산업 사이의 2009년 3월부터 2009년 9월까지의 거래를 ‘이 사건 거래’라고 한다), 원고의 대표이사 박HH은 이 사건 거래가 허위가 아니라 실거래임을 주장할 경우 추가적인 세무조사가 나올 것을 우려하여 이 사건 세금계산서가 허위라고 수정신고 하였을 뿐이다. 따라서 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니므로 이와 다른 전제에서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 거부처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 ■ 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제16조(세금계산서)

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금 계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발샘한 경우에 는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항 제17조(납부세액)

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 판단 (가) 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항은 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 ‘과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다’고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이고(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조), 부가가치세법에 의하여 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부 받고 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 한다(대법원 2003. 1. 10. 선고 2002도4520 판결 등 참조). 또한, 부가가치세 납세의무자가 매입세액 공제의 근거로 제출한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다거나 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지매입인지 여부 또는 세금계산서의 기재내용의 진위가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 세금계산서에 기재된 공급자와의 거래가 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 세금계산서에 기재된 공급자와의 거래가 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조). (나) 이러한 법리에 비추어 이 사건을 살피건대, 원고가 이 사건 세금계산서에 대한 조세범처벌법위반 혐의에 대하여 ☆☆지방검찰청에서 불기소처분을 받은 사실은 앞에서 본 바와 같고, 갑 제8 내지 10호증(각 가지번호 포함)의 기재에 의하면, 원고가 2009. 1. 2.부터 2009. 12. 31.까지 GG산업 명의의 통장으로 물품대금을 송금하였고, GG산업이 2009. 1. 2.부터 2009. 9. 24.까지 원고에게 세척제, 글리세린 등에 관한 거래명세표를 교부하였으며, GG산업이 원고에게 2009년 1월부터 같은 해 9월까지 총 9매의 세금계산서를 발행한 사실을 인정할 수 있으며, GG산업의 대표자인 증인 박II는 이 법정에서 ‘GG산업이 2007년 5월 내지 6월부터 2010년까지 원고에게 글리세린 등을 실제로 판매하고 그에 대한 대금을 수령하였고, 실거래 공급보다 매출을 조금 부풀려 잡는 방법으로 일부 허위거래를 하였으며, 2008년부터 2009년까지 약 OOOO ~ OOOO원 정도의 허위거래가 있었다’는 취지로 증언하였으나, 위 인정사실 빛 을 제1 내지 6 호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 위와 같은 사정들만으로는 원고와 GG산업 사이에 이 사건 세금계산서 기재와 같이 실제거래가 있었다는 점을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

1. 원고는 GG산업과의 2008년 및 2009년의 거래가 가공거래임을 인정하여 GG산업에 대한 매입세액을 매출세액에서 불공제하는 것으로 스스로 수정신고를 하였는바, 아무리 추가적인 세무조사의 위험이 있다고 하더라도 실제거래를 허위거래라고 거짓으로 수정신고 한다는 것은 쉽사리 수긍할 수 없다.

2. 원고의 대표이사 박HH은 2009. 12. 18. ☆☆세무서에서 조세범처벌법위반 혐의로 조사를 받으면서 ‘GG산업으로부터 수취한 2008년 1기 귀속 OOOO원, 2008년 2기 귀속 OOOO원, 2009년 1기 OOOO원, 2009년 2기 귀속 OOOO원의 세금계산서상의 거래는 실제로는 이부장이라는 사람과 사이에 이루어진 것이고, 이부장이 물건을 싸게 준다고 하여 그가 알려준 GG산업 명의의 계좌로 돈을 송금하였으며, 이부장이 GG산업 명의의 세금계산서를 교부’해 준 사실을 인정하였고, 그 후 조세범처벌법위반 혐의로 경찰 및 검찰에서 조사를 받으면서도 계속하여 이와 같은 취지로 진술한 바 있다.

3. 또한 박HH은 2011. 1. 6. ☆☆지방검찰청에서 조세범처벌법위반 혐의로 조사를 받으면서 ‘원고가 GG산업과 실제로 거래를 하였다는 점을 뒷받침하는 원고와 GG산업 사이의 거래내역 자료는 원고의 세무기장 및 신고 업무를 담당한 윤JJ 세무사가 마련’해 준 사실을 인정하였다.

4. GG산업의 대표자 박II는 2010. 5. 28. ◇◇세무서에서 조세범처벌법위반 혐의로 조사를 받으면서 ‘GG산업이 원고에게 발행한 2009년 1기분 세금계산서 7매 OOOO원과 2009년 2기분 세금계산서 3매 OOOO원 등 10매 OOOO원은 가공 세금계산서’라는 사실을 인정하였다.

5. 증인 박II는 이 법정에서 ‘GG산업이 2007년 5월 내지 6월부터 2010년까지 원고에게 글리세린, 톨루엔 등을 실제로 판매하였다’는 취지로 증언하였으나, 원고 스스로도 GG산업과의 2008년부터 2009년 3월 이전의 거래에 대해서는 허위거래라는 점을 인정하고 있고, 박II 스스로도 조세범처벌법위반 혐의로 조사를 받으면서 GG산업이 원고에게 발행한 2009년도의 세금계산서 10매가 가공 세금계산서라는 사실을 인정한 점 등에 비추어 볼 때, 증인 박II의 증언은 믿을 수 없다.

6. 원고와 GG산업을 제외한 나머지 거래처 사이에서는 대부분 금융거래로 결제가 이루어졌고, 가계수표 및 어음거래 내역에 대하여도 매입처와 매출처의 대금수수 내역이 확인되나, 유독 GG산업과의 결제는 원고의 특정 농협계좌를 이용하여 이루어졌는바, 박HH은 ◇◇세무서에서 조사를 받으면서 ‘이부장으로부터 매입한 물건에 대해서는 별도의 관리가 필요하여 별도의 법인 통장을 만들어 GG산업 명의의 매입거래 만을 별도로 결제하였다’고 진술하였다.

7. 원고는 GG산업과의 2008년부터 2009년 3월 이전의 거래에 대해서는 허위거래라는 점을 인정하고 있고, 다만 2009년 3월부터 9월까지의 이 사건 거래가 허위거래가 아니라고 주장하고 있으나, 원고가 제출한 자료에 의하더라도 2009년 3월 이전의 거래와 그 이후의 거래가 구별되지 않는다.

8. 원고는 2011. 6. 10. ☆☆지방검찰청에서 이 사건 세금계산서에 대한 조세범처벌법위반 혐의에 대하여 불기소처분을 받은 이후에야 비로소 이 사건 경정청구를 하였다. (다) 따라서 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 봄이 타당하고, 피고가 이와 같은 전제에서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 거부처분은 적법하며, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 2009년 제1기 예정신고분 부가가치세 OOOO원과 2009년 제1기 확정신고분 부가가치세 OOOO원을 합한 금액이다. 2) 차액은 원고가 GG산업으로부터 수취한 세금계산서로만 구성되어 있다.