부가가치세법상 비과세사업과 공통매입세액의 안분계산

사 건 2012구합29080 부가가치세부과처분취소 원 고 한국가스안전공사 피 고 1.시흥세무서장 2.삼성세무서장 3.서대문세무서장 4.동작세무서장 5.동대문세무서장 6.동수원세무서장 7.이천세무서장 8.의정부세무서장 9.부천세무서장 10.인천세무서장 11.춘천세무서장 12.강릉세무서장 13.서대전세무서장 14.천안세무서장 15.청주세무서장 16.서광주세무서장 17.목포세무서장 18.여수세무서장 19.전주세무서장 20.남대구세무서장 21.포항세무서장 22.안동세무서장 23.부산진세무서장 24.금정세무서장 25.창원세무서장 26.진주세무서장 27.울산세무서장 28.제주세무서장 변 론 종 결

2013. 9. 12. 판 결 선 고

2013. 11. 14.

1. 피고들이 원고에게 한 별지 부과처분 내역 기재 부가가치세 합계 OOOO원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 가스로 인한 위해를 방지하고 가스안전 기술개발과 가스안전 관리사업을 체계적으로 추진하여 국민의 생명과 재산을 보호하기 위한 목적으로 설립된 비영리 법인이다.
• 나. 원고는 고압가스안전관리법 제29조 제2항 에 의하여 정부로부터 사업비와 운영비 보전 목적으로 수입예산을 초과하는 지출예산에 대하여 매년 출연금을 교부받고 있다. 원고의 2006년부터 2011년 1기까지의 과세·면세 수입금액 및 출연금(이하 ‘이 사건 출연금’이라 한다) 내역은 아래 표와 같다(단위: 천원). 과세기간 합계 사업수입금액 출연금 과세 면세 2006년 OOOO OOOO OOOO OOOO 2007년 OOOO OOOO OOOO OOOO 2008년 OOOO OOOO OOOO OOOO 2009년 OOOO OOOO OOOO OOOO 2010년 OOOO OOOO OOOO OOOO 2011년 OOOO OOOO OOOO OOOO 2012년 OOOO OOOO OOOO OOOO
• 다. 원고는 이 사건 출연금을 부가가치세 과세표준에서 제외하고, 과세사업과 면세사업에 공통되는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라 한다)을 과세사업과 면세사업의 공급가액에 의하여 안분하는 방식으로 매입세액 불공제액을 산정하여 부가가치세를 신고해 왔는바, 원고의 2006년 2기부터 2011년 1기까지 매입세액 신고 내역은 아래 표와 같다(단위: 천원). 매입세액 합계 공제 매입세액 불공제 매입세액 과세사업 관련 공통매입세액 (과세액) 공통매입세액 (면세분) 면세사업 관련 OOOO OOOO OOOO OOOO OOOO
• 라. 중부지방국세청장은 2011. 7.경 원고에 대한 세무조사를 실시하여 원고가 이 사건 출연금에 상당하는 공통매입세액을 불공제하지 아니하는 등으로 2006년 2기부터 2011년 1기까지 부가가치세 신고시 공통매입세액 안분계산을 잘못 적용하였다는 과세자료를 피고들에게 통보하였다.
• 마. 이에 피고들은 2011. 10. 4.부터 2011. 10. 17. 사이에 원고에 대하여 2006년 2기부터 2011년 1기까지 부가가치세 합계 OOOO원(신고불성실가산세 OOOO원 및 납부불성실가산세 OOOO원 포함)을 경정·고지하였다(이하 뒤에서 보는 바와 같이 감액되고 남은 부가가치세 합계 OOOO원의 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). 피고들이 계산한 매입세액 불공제액은 아래 표와 같다(단위: 천 원).

○ 출연금에 해당하는 매입세액 계산(1차 안분) 매입세액 합계(①) 면세사업 관련(불공제)(②) 출연금, 수익(과세·면세) 사업으로 안분 안분대상세액 (①-②) 출연금 관련(㉠) 수익(과세·면세) 사업 관련(④) OOOO OOOO OOOO OOOO OOOO

○ 수익사업 관련 매입세액 중 면세사업분 계산(2차 안분) 수익사업 관련 매입세액(ⓐ) 과세사업 관련(공제)(ⓑ) 수익사업 관련 공통매입세액 안분계산 안분대상세액 (ⓐ-ⓑ) 과세사업 관련(공제) 면세사업 관련(불공제)(㉡) OOOO OOOO 1) OOOO OOOO OOOO

○ 추징세액(가산세 제외) 불공제 대상세액 기 불공제 신고세액 추징세액 합계(㉠+㉡) 출연금 관련(㉠) 수익사업 안분세액(면세)(㉡) OOOO OOOO OOOO OOOO OOOO

• 바. 원고는 이에 불복하여 2011. 12. 30. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2012. 5. 31. ‘피고들이 원고에게 한 2006년 2기부터 2011년 1기까지 부가가치세 합계 OOOO원의 부과처분은 과세사업에 실지 귀속되는 매입세액을 공통 매입세액 안분대상에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 각 경정하고, 나머지 청구는 기각한다’는 내용의 결정을 하였다.
• 사. 이에 피고들은 조세심판원의 결정에 따라 이 사건 출연금을 원고의 비과세사업 공급가액으로 보고 아래 표와 같이 공통매입세액을 과세·면세·비과세사업의 공급가액을 기준으로 안분하여 불공제되는 매입세액을 산정하여 위 부가가치세 합계 OOOO원의 부과처분을 별지 부과처분 내역 기재와 같이 부가가치세 합계 OOOO원으로 감액 경정하였다. (단위: 천원) 매입세액 합계 공제 매입세액 불공제 매입세액 과세사업 관련 공통매입세액(과세분) 공통매입세액(비과세분) 공통매입세액(면세분) 면세사업 관련 OOOO OOOO OOOO OOOO OOOO OOOO [인정 근거] 갑 제1 대지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

1. 원고는 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자로서 별도의 비과세사업을 영위 하지 않았을 뿐만 아니라, 설령 원고가 비과세사업을 영위하였다 하더라도 이 사건 출연금은 비과세사업과 대가관계가 있다고 볼 수 없으므로, 공통매입세액 안분계산을 위해 이 사건 출연금이 비과세사업의 공급가액인 것을 전제로 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 을 유추 적용할 수 없다.

2. 원고가 기존에 신고한 방식에 대하여 비과세 관행이 성립되었으므로 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 반한다.

3. 원고의 신고의무 불이행에는 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분 중 가산세 부과처분 부분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 인정 사실

1. 원고의 정관 제4조에는 고압가스안전관리법 제28조 제2항 에서 정한 바와 같이 ① 가스안전에 관한 전문교육 및 홍보사업, ② 조사·연구사업, ③ 기술 및 기기의 개발·보급사업, ④ 정보 및 통계의 수집·제공사업, ⑤ 자율검사 및 다른 검사기관의 검사에 대한 지도·확인, ⑥ 용역사업, ⑦ 검사·교육·시공감리·점검·평가 등 행정관청이 위탁 하는 업무, ⑧ 국제기술협력사업, ⑨ 기기의 무료설치 및 시설의 개선사업, ⑩ 시범사업, ⑪ 인증사업 등을 행한다고 규정하고 있다.

2. 원고는 고압가스안전관리법 및 에너지및차원사업특별회계법에 의하여 정부의 에너지회계에서 매년 수지차(收支差) 보전방식에 따라 출연금을 지급받고 있다. 수지차 보전방식이란 매 사업연도 지출 예산액 총액에서 기관의 자체 수입액을 차감한 나머지 부분을 정부에서 출연금으로 보전하는 방식을 말하는데, 2007 사업연도의 경우 원고는 지출 예산액 OOOO원(인건비 OOOO원, 경상운영비 OOOO원, 가스안전 사업비 OOOO원, 퇴직급여충당금 OOOO원, 예비비 OOOO원), 자체 수입액 OOOO원으로 예산안을 마련하여 정부에서 OOOO원의 출연금을 지급받았다.

3. 원고의 2007 사업연도 결산 손익계산서상 수업 및 비용 내역은 아래 표와 같다 (단위: 억 원). 수입 OOOO 검사 수입 OOOO 기술컨설팅 수입 OOOO 연구개발 수입 OOOO 교육 수입 OOOO 부대 수입 OOOO 출연금 수입 OOOO 일반관리비 OOOO 경상운영비 OOOO 인건비 OOOO 사업비 OOOO 검사 사업비 OOOO 기술지도 사업비 OOOO 기술컨설팅 사업비 OOOO 안전점검 사업비 OOOO 연구개발 사업비 OOOO 정보전산화 사업비 OOOO 교육 사업비 OOOO 홍보 사업비 OOOO 사업이익 OOOO

4. 원고는 검사(가스시설 및 제품에 대한 법정검사), 기술컨설팅(대규모 플랜트 시 설에 대한 정밀진단 및 제품에 대한 성능인증), 연구개발(정책과제 또는 외부기관으로부터 수탁받은 연구용역), 교육(가스업계 종사자를 대상으로 한 양성교육, 전문교육 및 특별교육) 등을 통하여 자체수입을 얻고 있는바, 검사, 기술컨설팅으로 인한 수입은 과세 수입이고, 연구개발, 교육으로 인한 수입은 면세 수입이다.

5. 한편 원고의 위 결산 손익계산서상 기술지도(현장검사업무 및 민간검사기관에 대한 기술지도 및 확인), 안전점검(취약계층의 가스안전관리 및 사고조사·예방활동), 정보전산화(홈페이지, 각종 통계DB 및 전산망 유지·보수), 홍보(대국민 가스안전의식 고취를 위한 TV-라디오·신문 광고) 항목은 별도의 수입이 발생하지 않고 비용만 발생하는 항목으로, 지출의 세부내역을 살펴보면, 기술지도, 안전점검 항목은 일반운영비가 대부분이고, 정보전산화 항목은 시설유지비, 정보망운영비로 이루어져 있으며, 홍보 항목은 광고선전비가 대부분이다. [인정 근거] 갑 제5, 6, 7호증 을 제1, 5호증의 각 기재, 이 법원의 산업통상자원부 장관에 대한 사실조회 결과, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 관련 법리

• 가) 부가가치세법상 공통매입세액의 안분계산 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항 및 제2항은 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하나, 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 그러므로 동일한 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에는 납부세액의 계산 원리에 따라 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역의 매입세액만 이를 과세사업의 매출세액에서 공제하여 납부세액을 계산하여야 한다. 한편 구 부가가치세법 시행령(2011. 9. 29. 대통령령 제23162호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액) 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 있는 세액과 면세사업에 관련된 매입세액으로서 그 매출세액에서 공제받을 수 없는 세액을 안분계산 하는 방법(면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액/총공급가액)을 규정하고 있다.
• 나) 부가가치세법상 비과세사업과 공통매입세액의 안분계산

(1) 부가가치세법은 ‘재화 또는 용역의 공급’을 과세대상으로 규정하여 사업자가 재화나 용역을 공급하는 경우 부가가치세를 과세하는 한편(구 부가가치세법 제1조 제1항), 재화나 용역의 공급에는 해당하지만, 부가가치세법에서 면세로 정하고 있는 것에 대하여는 부가가치세를 면제하고 있다(구 부가가치세법 제12조 제1항).

(2) 한편 부가가치세법에서 비과세사업에 대하여 직접 규정하고 있지는 않지만, 부가가치세법상 비과세사업이란 그 문언상 부가가치세가 과세되지 않는 사업, 즉 부가가치세법에서 규정한 재화나 용역의 공급에 해당하지 않는 사업이라고 봄이 타당하다. 따라서 부가가치세법상 비과세사업에 해당하는 것은 부가가치세법에서 재화나 용역의 공급에 해당하지 않는다고 명시적으로 규정하고 있는 것(예를 들면 구 부가가치세법 제7조 제3항 은 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있는바 사업자가 제공하는 용역의 무상공급) 또는 부가가치세의 개념상 부가가치를 창출하는 것이 아니어서 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니함이 명백한 것(예를 들면 카지노시설물에 입장한 고객이 도박하기 위해 건 돈에서 고객이 받아간 돈올 제외한 도박수입) 등을 의미한다고 할 것이다.

(3) 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 사업자의 경우 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역에 대한 매입세액 역시 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 것으로서 면세사업에 관련된 매입세액과 다툴 바 없는 점에 비추어 공통매입세액의 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 적용된다고 보는 것이 타당하다(대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결 참조).

2. 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 사건 출연금이 원고의 비과세사업 공급가액에 해당함을 전제로 공통매입세액의 안분계산에 관한 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 규정을 적용하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

• 가) 피고들은 이 사건 소송에 이르러 결산 손익계산서상 별도의 수입이 발생하지 않고 비용만 발생하는 항목, 즉 기술지도, 안전점검, 정보전산화, 홍보 항목은 모두 수요자에게 무상으로 용역을 공급하는 것으로서 원고의 비과세사업이라고 주장하나, 어떠한 용역을 누구에게 어떻게 무상으로 공급하는지에 관하여 아무런 입증이 없다. 오히려 위 항목에 대한 지출의 세부내역을 살펴보면, 기술지도, 안전점검 항목은 일반 운영비가 대부분이고, 정보전산화 항목은 시설유지비, 정보망운영비로 이루어져 있으며, 홍보 항목은 광고선전비가 대부분이어서 이를 별도의 사업으로 보기 어려운데다가, 공급상대방, 공급내용, 공급시기 등의 구체적인 거래내용을 객관적으로 확인할 수 있는 자료가 전혀 없다. 특히 정보전산화 항목은 자체 홈페이지, 각종 통계DB 및 전산망 유지·보수에 관한 것이고, 홍보 항목은 TV·라디오·신문 광고에 관한 것이어서 단순한 내부 비용 항목으로 부가가치세법상 매입세액공제의 대상이 되는 거래일 뿐 이를 따로 재화나 용역의 공급이라고 볼 수는 없다.
• 나) 설령 피고들의 주장처럼 원고가 기술지도, 안전점검, 정보전산화, 홍보 등 비과세사업을 영위하고 있다고 보더라도, ① 이 사건 출연금은 특정사업에만 사용할 수 있게 제한된 성격의 출연금이 아니라 수지차 보전방식에 따라 원고의 운영 전반에 걸쳐 광범위하게 운영비를 보전받는 출연금인 점{원고의 2007 사업연도 지출 예산액 OOOO원 중 인건비성 경비가 OOOO(인건비 OOOO원, 경상운영비 OOOO원, 퇴직급여충당금 OOOO원, 성과급 등 예비비 OOOO원)에 이르러 이 사건 출연금은 주로 인건비성 경비를 보전하기 위하여 지급된 것으로 보인다}, ② 따라서 이 사건 출연금이 오로지 피고들이 비과세사업이라고 주장하는 위 항목의 사업에만 직접 관련되어 지급되었다고 볼 수는 없는 점, ③ 원고의 2007 사업연도 결산 손익계산서상 위 비과세사업에 직접 관련되어 발생한 비용은 OOOO원(기술지도 OOOO원, 안전점검 OOOO원, 정보전산화 OOOO원, 홍보 OOOO원)인데 반하여 2007년도 출연금은 OOOO원에 달하는 점, ④ 이 사건 출연금이 위 비과세사업에 따라 제공되는 무상용역의 가액, 수요자의 수 또는 투입 비용 등을 기초로 이에 비례하여 산정되었다고 불만한 자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 출연금은 위 비과세사업에 따른 용역 제공에 대한 대가가 아니므로 원고의 비과세사업 공급가액에 해당한다고 볼 수 없다.

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다. 1) 원고가 과세사업의 매입세액으로 신고한 OOOO원에서 출연금이 차지하는 비율에 상당하는 세액 OOOO원을 제외한 OOOO원을 과세사업 관련 매입세액으로 보아 공제함.