장외 거래 상장주식은 한국거래소 최종시세가액이 아닌 상증법상 평가액을 시가로 보아야 함

사 건 2012구합25033 경정청구거부처분취소 원 고 김AA 피 고 성북세무서장 변 론 종 결

2013. 4. 26. 판 결 선 고

2013. 6. 7.

1. 피고가 2011. 1. 18. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 종합소득세에 관한 경정청구 거부처분 중 과세표준 000원 및 결정세액 0000원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 90%는 원고가， 10%는 피고가 각 부담한다. 청구취지 피고가 2011. 1. 18. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 종합소득세에 관한 경정청구 거부 처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2009. 2. 16. 주식회사 BB건설， BB옐앤씨 주식회사， BB리조트 주식회사 및 BB테크엠 주식회사(이하 ’BB건설 등’이라 한다)에게 자신이 소유하고 있던 CC화재해상보험 주식회사(이하 ’CC화재’라고 한다)의 발행주식 6，327，245주(이하 ’이 사건 주식’이라 한다)를 주당 000원， 매매대금 000원에 장외에서 매도하였다.
• 나. BB건설 등은 2010. 3.경 2009 사업연도 법인세 신고를 하면서， 법인세법상 특 수관계자인 원고로부터 이 사건 주식을 시가보다 고가로 매입한 것으로 보아 법인세법 상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 사건 주식의 1주당 매매가격 000원과 2009. 2. 16. 한국거래소의 최종 시세가액인 1주당 000원의 차액인 주당 000원에 6，327，245주를 곱한 0000원[= 6，327，245주 x 0000원(= 000원 - 5，490 원)]을 익금산업한 후 같은 금액을 원고에 대한 기타소득으로 소득처분하고(이하 ’이 사건 기타소득’이라 한다)， 그 중 000원을 원천징수하여 납부하였다.
• 다. 원고는 2010. 5. 31. 이 사건 기타소득 0000원을 포함하여 종합소득세과세표준 000원 및 결정세액(기납부세액 차감 이전 금액) 0000원을 선고·납부하였다(이하 ’이 사건 종합소득세신고’라고 한다).
• 라. 또한 원고는 2009. 5. 23. 이 사건 주식의 양도가액인 주당 000원에서 위와 같이 기타소득으로 처분된 주당 000원을 차감한 주당 0000원을 주당 양도가액으로 하여 양도소득세 과세표준 000원 및 양도소득세 0000원을 신고·납부 하였다가， 2010. 7. 2. 이 사건 주식의 양도가액을 주당 0000원으로 하여 양도소득세 과세표준 및 세액을 수정신고한 후 2010. 11. 18. 수정신고에 따른 양도소득세 추가분 0000원을 납부하였다.
• 마. 원고는 2010. 7. 2. 피고에게 ① 주위적으로 BB건설 등이 원고로부터 이 사건 주식을 고가로 매입한 것이 아니라는 이유로 2009년 종합소득에 포함된 기타소득 전액을 감액경정해야 하고，② 예비적으로 이 사건 주식의 시가를 주당 0000원으로 보 아 기타소득 일부를 감액경정해야 한다는 취지의 과세표준 및 세액경정청구서를 제출 하였다.
• 바. 이에 피고는 원고에게 같은 귀속연도에 대하여 청구내용이 다른 경정청구서가 2 부(1안， 2안) 제출되어 검토가 불가능하므로， 귀속연도별로 경정청구서를 1부 작성하고， 과세표준과 세액이 감소되는 입증자료(소득별 계산내역)를 작성하여 제출할 것으로 보완 통보를 하였고， 이에 원고는 2010. 7. 13. 피고에게 ’이 사건 주식의 시가는 주당 0000원으로 BB건설 등이 이 사건 주식의 시가라고 판단한 주당 5，490원을 초과하므로 2009년 귀속 종합소득세액을 감액하여 달라’는 취지의 경정청구를 하였다(이하 ’1차 경정청구’라고 한다).
• 사. 그러나 피고는 2010. 9. 13. 'BB건설 등의 법인세 및 원천세 경정청구 처리결과와 소득금액변동자료가 2010. 9. 10.까지 확인되지 않았다.’는 이유로 원고의 감액경정 청구에 대하여 거부처분을 하였다(이하 ’1차 거부처분’이라 한다).
• 아. 이에 원고는 2010. 12. 24. 피고에게 다시 ① 주위적으로 BB건설 등이 원고로 부터 이 사건 주식을 고가로 매입한 것이 아니라는 이유로 2009년 종합소득에 포함된 기타소득 전액을 감액하여 과세표준을 0000원으로， 결정세액(기납부세액 차감 이전 금액)을 0000원으로 경정해야 하고，② 예비적으로 이 사건 주식의 시가를 주당 0000원으로 보아 2009년 종합소득에 포함된 기타소득 중 일부를 감액하여 과세 표준을 00000원으로， 결정세액(기납부세액 차감 이전 금액)을 000원으로 경정해야 한다는 취지의 과세표준 및 세액경정청구서를 제출하였다(이하 ’이 사건 경정청구’라고 한다). 그러나 피고는 2011. 1. 18. ’2011. 1. 18. 현재까지 BB건설 등의 법인세 및 원천세 경정청구(수정신고) 처리결과와 소득금액변동자료가 확인되지 않는다.’는 이유로 원고의 감액경정청구에 대하여 다시 거부처분을 하였다(이하 ’이 사 건 거부처분’이라 한다).
• 자. 원고는 2011. 1. 20. 이 사건 거부처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하 였으나， 조세심판원은 2012. 4. 30. ’이 사건 거부처분은 1차 거부처분과 동일한 내용 으로 이는 원고의 권리 또는 이익을 새로이 침해하는 것이 아닌 단순한 사실의 통지에 불과하여 처분성을 인정할 수 없고， 원고가 1차 거부처분을 통지받은 2010. 9. 14.로부터 90일이 경과한 2011. 1. 20. 심판청구를 하였다.’는 이유로 심판청구를 각하하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제6호증， 갑 제7호증의 1 내지 4， 갑 제9， 10， 11， 12， 13， 14， 15， 16호증， 갑 제17호증의 1， 2의 각 기재， 변론 전체의 취지

• 가. 피고의 주장 피고는 경정청구기간 내라고 하더라도 납세의무자가 과세관청에 경정청구를 하여 과세관청으로부터 그에 대한 경정청구거부처분을 받은 경우에는 당초의 경정청구와 동일한 취지의 경정청구를 다시 할 수 없고， 당초 경정청구거부처분에 대한 불복절차를 통해서만 그 과세표준과 세액을 다투어야 하므로， 1차 거부처분을 통지받은 2010. 9. 14.로부터 불복청구기간인 90일이 경과한 2011. 1. 20. 제기된 이 사건 거부처분에 대 한 심판청구는 청구기간을 도과하여 제기된 것으로 부적법하고， 따라서 이 사건 소는 적법한 전심절차를 거치지 않았으므로 부적법하다는 취지로 주장한다.
• 나. 판단 거부처분은 행정청이 국민의 처분신청에 대하여 그 거절의 의사표시를 함으로써 성립되고， 그 이후 통일한 내용의 신청에 대하여 다시 거절의 의사표시를 명백히 한 경우에는 새로운 처분이 있은 것으로 보아야 할 것이며， 이 경우 행정심판 및 행정소송의 제기기간은 각 처분을 기준으로 진행되고， 종전의 처분에 대한 쟁송기간이 도과 하였다고 하여 그 이후의 새로운 거부처분에 대하여 행정쟁송을 할 수 없게 되는 것은 아 라 할 것이다(대법원 1992. 12. 8. 선 고 92누7542 판결 등 참조). 따라서 이 사건 거부처분은 새로운 거부처분으로서 행정소송의 대상이 되는 행정 처분에 해당하고， 이 사건 거부처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내인 2011. 1. 20. 조세심판원에 심판청구를 하였으므로 원고의 심판청구는 적법하다. 결국 이 사건 소는 적법하게 전심절차를 거쳤으므로 적법하다.

• 가. 원고의 주장 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

1. 주위적으로， BB건설 등과 원고는 2008. 4. 29.경 이 사건 주식을 당시 이 사건 주식의 적정한 가치를 반영하고 있는 000원에 매매하기로 합의하였으므로 이 사건 주식의 시가는 2009. 2. 16.자 한국거래소 최종 시세가액인 주당 000원이 아니라 이 사건 주식의 매매가액인 주당 000원으로 보아야 하고， 이 사건 주식매매는 경제적 합리성을 갖춘 거래이므로 법인세법상 부당행위계산에 해당하지 않는다. 따라서 2009년 종합소득에 포함된 기타소득 전액이 감액되어야 함에도 이를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

2. 예비적으로， 이 사건 주식매매에 대하여 법인세법상 부당행위계산 부인규정이 적용된다고 하더라도 이 사건 주식의 시가는 주당 0000원이 아니라 주당 000원 으로 보아야 하므로， 이 사건 기타소득은 주당 0000원을 기준으로 다시 산정하여 일부 감액되어야 함에도 이를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 1. 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 원고의 주위 적 주장에 관한 판단 가)인정사실 갑 제1， 2호증， 갑 제3호증의 1， 2， 3， 갑 제4호증의 1， 2， 3， 갑 제5호증의 1， 2， 갑 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 원고는 2008년경 CC화재의 주식 5，537，245주(지분율 20.68%)를 보유한 최대주주였다.

(2) DD화재해상보험 주식회사(이하 ’DD화재’라고 한다)는 2008. 4. 17. CC화재에 대한 인수·합병을 결정하고， CC화재의 최대주주였던 원고에게 원고가 소유하고 있던 CC화재 주식 5，537，245주를 주당 0000원에 매도할 것을 제안하였다.

(3) 그러나 원고가 위와 같은 DD화재의 제안을 거절하자， DD화재는 2008. 4. 28. 원고에게 이 사건 주식 중 5，537，245주는 주당 000원에， 790，000주는 주당 000원에 매도할 것을 재차 제안하였고， 원고가 DD화재의 제안을 거절할 경우 CC화재의 주식을 공개매수하는 방법으로 CC화재를 인수할 의사를 표명하였다.

(4) 원고는 DD화재의 위와 같은 인수 제안을 다시 거절하고 2008. 4. 29. 경 BB건설에게 이 사건 주식과 관련된 의결권 행사를 위임하였다.

(5) BB그룹은 2008. 6. 2. CC화재를 계열회사로 추가하면서 그 변경 사유 를 ’지분취득’이라고 공시하였고， 2008. 6. 27. 금융위원회로부터 BB그룹의 CC화재에 대한 대주주 승인을 받았다.

(6) 원고는 2009. 2. 16. BB건설 등에게 이 사건 주식을 주당 000원， 매매 대금 000원에 장외에서 매도하였다.

(7) 원고는 BB그룹 회장인 김OO의 친족으로서 BB건설 등과는 특수관계자 관계에 있다.

• 나) 판단 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정， 즉 ① 원고는 원고와 BB건설 등 사이에 이 사건 주식에 관한 가격결정이 2008. 4. 29. 경 이루어졌다고 주장하나， 갑 제3호증의 2， 갑 제4， 5호증의 1， 2， 갑 제22 내지 26호증의 각 기재만으로는 원고와 BB건설 등 사이에 2008. 4. 29.경 이 사건 주식을 주당 000원의 가격에 매매하기로 하는 의사의 합치가 있었다고 보기 어려운 점，② 원고와 BB건설 등 사이에 이 사건 주식매매에 대한 매매계약서가 2009. 2. 16. 작성되었고， 그 당시 이 사건 주식의 한국거래소의 최종 시세가액이 1주당 000원이었던 점，③ 이 사건 주식매매가 경영권의 양도를 수반하여 이루어졌다고 하더라도 1주당 매매 가액인 000원은 매매당시 한국거래소의 최종 시세가액인 0000원의 약 3.45배에 이르고，뒤에서 살펴보는 바와 같이 이 사건 주식의 시가는 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제89조 제2항 제2호， 구 상속 세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제63조 제1항 제1호 가.목， 제3항에 따라 계산한 6，301원으로 보아야 하는데， 위와 같이 계산된 시가의 약 3배에 이르는 점，④ 이 사건 주식의 양수인인 BB건설 등은 스스로 2009 사업연도 법인세 신고를 하면서 법인세법상 특수관계자인 원고로부터 이 사건 주식을 시가보다 고가로 매입한 것으로 보아 법인세법상 부당행위계산 부인규정을 적용하여 이 사건 주식의 1주당 매매가격 000원과 2009. 2. 16. 당시 한국거래소의 최종 시세 가액인 1주당 000원의 차액에 대하여 익금산업하고 이를 원고에 대한 기타소득으로 소득처분까지 한 점 등을 종합하면， 원고의 주장대로 이 사건 주식매매가 DD화재 가 CC화재를 인수하는 것을 막고 CC화재를 BB손해보험과 합병하여 시너지 효과를 창출하려는 BB그룹의 전략적 판단에 기한 것이며 CC화재의 경영권 양도를 수반 하여 이루어진 것이라는 점을 감안한다고 하더라도， 이 사건 주식매매는 그 가격결정의 측면에서 건전한 사회통념이나 상관행 등에 비추어 경제적 합리성이 결여된 비정상 적인 거래로서， 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 ’자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우’에 해당하므로， 이 사건 주식매매가 법인세법상 부당행위계산 에 해당하지 않는다는 원고의 주위적 주장은 이유 없다.

2. 원고의 예비적 주장에 관한 판단 이 사건 부당행위계산 부인규정을 적용함에 있어서 적용될 이 사건 주식의 시가에 관하여 살피건대， 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 은 ’주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액에 따른다.’고 규정하고 있는바， 위 인정사실에 의하면， 이 사건 주식이 원고와 OO건설 등 사이에 한국거래소가 아닌 장외에서 거래되었으므로， 이 사건 주식의 시가를 2009. 2. 16.자 한국거래소 최종 시세가액인 주당 0000원이라고 볼 수는 없다. 따라서 이 사건은 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 의 ’시가가 불분명한 경우’에 해당하므로， 이 사건 주식의 시가는 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호 ， 구 상속 세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 가.목 및 같은 조 제3항을 준용하여 평가한 금액 에 의하여야 하는바， 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제20호증의 기재에 의하면， 이 사건 주식의 평가기준일인 2009. 2. 16. 이전·이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국증권선물거래소 최종 시세가액의 평균이 0000원이고， 여기에 100분의 20을 가산한 가액은 000원이므로， 이 사건 주식의 시가는 0000원으로 보아야 한다. 그렇다면 BB건설 등이 이 사건 주식의 시가가 5，490원이라는 전제에서 원고에게 00000원[= 6，327，245주 × 주당 000원(= 000원 - 0000원)]을 기타소득으로 소득처분한 것은 이 사건 주식의 정당한 시가인 0000원을 기초로 소득처분하여야 할 금액 0000원[= 6，327，245주 × 주당 0000원(= 000원 - 0000 원)]보다 000원(= 0000원 - 0000원)을 초과하여 이루어 진 것으로서， 이를 바로잡아 원고의 정당한 2009년 귀속 종합소득세 과세표준과 결정 세액(기납부세액 차감 이전 금액)을 계산해 보면 별지 2. 세액 계산표 기재와 같이 각 각 000원，0000원이 되므로， 원고의 예비적 주장은 이유있다.

• 라. 소결론 따라서 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위 정당한 과세표준과 결정세액의 범위 내에서 적법하고， 이를 초과하는 부분은 위법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고， 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.