정비사업전문관리업자인 원고의 용역은 토지관련 매입세액에 해당하지 않음

사 건 2012구합24771 부가가치세부과처분취소 원 고 AAAA제1구역도시환경정비사업조합 피 고 성북세무서장 변 론 종 결

2013. 3. 8. 판 결 선 고

2013. 3. 29.

1. 피고가 2010. 9. 6. 원고에 대 하여 한 부가가치세 2007년 제1기분 000원， 2008년 제1기분 0000원， 2008년 제2기분 0000원， 2009년 제1기분 000원，2009년 제2기분 0000원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다(2009년 제1기분 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 부분의 0000원의 기재는 0000원의 오기로 보인다).

• 가. 원고는 2006. 4. 7. 성북구청장으로부터 조합설립추진위원회 승인을 받고， 2009. 8. 31. 조합설립인가를 받은 도시 및 주거환경정비법상 도시환경정비사업조합으로 서 울 성북구 월곡동 제1구역 일대를 사업시행구역으로 하여 도시환경정비사업(이하 ’이 사건 사업’이라 한다)을 진행하고 있다.
• 나. 원고는 이 사건 사업을 추진하기 위하여 한국BB개발 주식회사(이하 ’한국BB 개발’이라 한다)과 사이에 2007. 2. 23. 정비사업전문관리용역계약과 정비사업계획 및 구역지정업무계약을， 2008. 11. 12. 조합설립동의서 청구대행 용역계약을 각 체결하였 다. 또한 원고는 2008. 3. 24. 주식회사 CC(이하 ’CC’이라 한다)과 사이에 건축물 설계용역계약을 체결하였다(이하 위 정비사엽전문관리용역계약을 ’이 사건 제1용역계약' 으로，정비사업계획 및 구역지정업무계약을 ’이 사건 제2 용역계약’으로， 조합설립동 서 청구대행 용역계약을 ’이 사건 제3 용역계약’이라고 부르기로 한다).
• 다. 원고는 2007년 제1기분부터 2009년 제2기분까지 부가가치세 확정신고를 하면서 이 사건 제1， 2， 3 용역계약 및 CC과 사이의 건축물 설계용역계약과 관련된 매입세 액을 공통매입세액으로 보아 총 건물면적에 대한 조합원분양분 예정건물면적의 비율로 매입세액을 안분계산하여1) 공제되는 매입세액을 산정한 후 환급세액으로 신고하였는바， 원고가 신고한 2007년 제1기분부터 2007년 제2기분까지의 매입세액 내역은 다음과같다. (내역 생략)
• 라. 그러나 피고는 2007년 제2기분을 제외 한 2007년 제1기분，2008년 제1，2기분， 2009년 제1， 2기분 부가가치세 신고에 대하여 원고가 공통매입세액으로 신고한 이 사 건 제1， 2， 3 용역계약 대금에 대한 매입세액이 불공제되는 토지 관련 매입세액이라고 보아 다음과 같이 매입세액을 재산정한 후 가산세를 가산하여 납부세액을 결정한 후， 2010. 9. 6. 원고에게 부가가치세 2007년 제1기분 0000원， 2008년 제1기분 000원， 2008년 제2기분 000원， 2009년 제1기분 000원， 2009년 제2기분 000원의 부과처분을 하였다(이하 ’이 사건 당초 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 당초 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고， 조세심 판원은 2012. 4. 27. 이 사건 제1， 2， 3 용역계약과 관련된 매입세액은 토지 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하여 불공제대상이나， CC과 사이의 건축물 설계용역계약과 관련된 매입세액은 토지와 건물에 공통되는 매입세액으로 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 에 따라 안분계산하여 과세사업에 해당하는 부분은 공제하는 것이 타당하다는 이유로 ‘피고가 원고에게 한 부가가치세 2007년 제1기분 85，351，380원， 2008년 제1기분 000원， 2008년 제2기분 0000원， 2009년 제1기분 000원， 2009년 제2기분 0000원의 부과처분은，1. 원고가 CC으로부터 설계용역을 공급받은 세금계산서의 매입세액 000원을 토지와 건물의 공통매입세액으로 보아 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 에 의하여 안분계산하여 공제하는 것으로 세액을 경정하고， 2. 나머지 심판청구는 기각한다.’는 결정을 하였다.
• 바. 피고는 조세심판원의 결정에 따라 2008년 제1기분 부가가치세 000원 및 2009년 제1기분 부가가치세 000원에 대하여 환급결정을 하였다{이 사건 당초 처분에서 피고가 조세심판원의 결정에 따라 환급결정한 부분을 제외한 나머지，즉 부가가치세 2007년 제1기분 000원(가산세 000원 포함)， 2008년 제 1기분 000원(= 000원 - 000원， 가산세 0000원 포함)，2008년 제2기분 0000원(가산세 000원 포함)， 2009년 제1기분 0000원(= 0000원 - 0000원， 가산세 00000원 포함)， 2009년 제2기분 000원(가산세 0000원 포함)의 부과처분을 ’이 사건 처분‘이라 한다}. [인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1호증， 갑 제2호증의 1 내지 4， 갑 제3， 4， 5호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고가 정비사업전문관리업자인 한국BB개발로부터 제공받은 이 사건 제1，2，3 용역은 AAA 제1구역 도시환경정비사업과 관련하여 추진위원회의 설립·승인을 위한 행정업무， 조합 설립 후의 사업시행을 위한 전반적인 행정업무， 조합설립에 필요한 조 합설립동의서 청구업무， 도시환경정비구역 지정신청에 펼요한 행정용역 등이므로， 위 용역에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제60조 제6항의 ’토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액’으로서 ’토지의 취득 및 형질변경， 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’， ’건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액’，’토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’ 중 어느 하나에 해당한다고 볼 수 없으므로， 피고가 이 사건 제1， 2， 3 용역계약에 따른 지출을 ’토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액'으로 보아 이를 매입세액으로 공제하지 않고 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다. 또한 이 사건 처분 중 가산세 부분은 원고의 의무불이행에 정당한 이유가 있으므로 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지기재
• 다. 판단

1. 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 l부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액’ 을 들고 있고， 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 은 ”법 제17조 제2항 제4호에서 ’대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액’이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다"고 규정하면서， 그 제1호에서 ’토지의 취득 및 형질변경， 공장 부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’을， 그 제3호에서 ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’을 들고 있는바，이에 따르면 조세법률주의에서 파생하는 엄격해석의 원칙상 토지 관련 매입세액이라 하더라도 ’자본적 지출’이 아닌 ’수익적 지출’의 성격을 가지는 경우에는 공제되는 것으로 보아야 한다. 또한 통상 ‘자본적 지출’이라 함은 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위한 지출을 의미하는데， 토지의 특성상 내용연수를 연장시키는 자본적 지출은 상정하기 어려우므로， 결국 ’토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다고 보아야 한다 (대법원 2006. 7. 28. 선고 2004두13844 판결 참조).

2. 갑 제3， 4， 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면， 한국BB개발은 원고에게， 이 사건 제1 용역계약 중 ①-1 추진위원회의 승인과 관련하여，㉠ 추진위원 회의 조직 및 운영규정 등의 작성，㉡ 개략적인 사업계획의 수립，㉢ 도시환경정비구역 내에 있는 토지 및 건축물의 소유자를 파악하여 예비조합원명부 작성，㉣ 조합설립 추 진위원회의 승인절차 이행 등의 용역을，①-2 정비구역지정과 관련하여，㉠ 정비구역 내 지적현황 조사를 통한 지번 및 지적현황표 작성，㉡ 지적현황표에 의한 토지 및 건축물 소유자 현황명부 작성，㉢ 정비구역지정신청에 관한 토지 등 소유자의 동의현황 조서 작성，㉣ 정비구역지정신청서의 제출 등 용역을， ①-3 조합설립인가와 관련하여 ㉠ 조합의 정관작성，㉡ 조합설립 동의자 명부 작성，㉢ 조합원 명부 작성，㉣ 개략적인 사업계획서 작성 등 용역을 제공하였고，② 이 사건 제2 용역계약과 관련하여，㉠ 현황조사，㉡ 도시환경정비계획수립， 심의보고서 작성 및 도시환경정비계획수립에 따른 대관 협의，㉢ 도시환경정비사업구역지정에 따른 대관 협의 등 용역을 제공하였으며，③ 이 사건 제3 용역계약과 관련하여，㉠ 조합설립동의서 관리 대행，㉡ 조합설립 동의서 청구 관련 비용 지급업무，㉢ 청구요원 인건비 및 활동비 지급 등 용역을 제공한 사실을 인정할 수 있다.

3. 위 인정사실， 갑 제9， 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되 다음과 같은 사정， 즉 ① 도시 및 주거환경정비법 제1조 는 ‘이 법은 도시기능의 회 복이 필요하거나 주거환경이 불량한 지역을 계획적으로 정비하고 노후·불량건축물을 효율적으로 개량하기 위하여 필요한 사항을 규정함으로써 도시환경을 개선하고 주거생 활의 질을 높이는데 이바지함을 목적으로 한다’고 규정하고 있고， 같은 법 제2조 제2항 라.목은 ’도시환경정비사업’을 ’상업지역·공업지역 등으로서 토지의 효율적 이용과 도 심 또는 부도심 등 도시기능의 회복이나 상권활성화 등이 필요한 지역에서 도시환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업’이라고 규정하고 있는바， 위 규정에 비추어 볼 때 도시 환경정비사업의 주된 목적은 ’도시환경개선에 있는 것이지 정비구역 내에 있는 토지의 개발에 있다고 볼 수 없고， 정비구역의 지정 자체가 정비구역 내에 있는 토지의 가치를 현실적으로 증가시킨다고 볼 수는 없는 점，② 이 사건 제1， 2， 3 용역계약에 따라 제공된 용역은 이 사건 정비사업의 시행을 위한 정비사업전문관리업체에 의한 업무대행용역으로서，이 사건 정비구역이 사업시행을 위한 용도구역의 변경이나 균형발전촉진지구 지정이 필요하지 않은 관계로 위 용역의 내용에 용도구역의 변경이나 균형발전 촉진지구 지정과 관련된 내용은 포함되어 있지 않은 점，③ 토지 조성 등 토지의 형상에 관한 물리적인 변경을 계약내용으로 하지도 아니하는 이 사건 제1， 2， 3 용역계약 에 따른 용역의 제공만으로 정비구역 내에 있는 토지의 가치가 현실적으로 증가하였다 고 볼 수 없는 점 등을 종합하여 보면， 이 사건 제1， 2， 3 용역계약에 따른 매입세액은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에서 규정한 ‘대통령령이 정하는 토지 관련 매입 세액’에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

4. 따라서 이 사건 제1，2，3용역계약에 따른 매입세액이 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에서 규정한 ‘대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액’에 해당하여 매입세액 불공제 대상임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다

그렇다면， 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.