병원 직영주차장 관련 공통매입세액은 병원의 면세사업인 의료사업과 과세사업인 주차장업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하므로, 면세사업에 관련된 불공제매입세액은 주차장업의 공급가액과 의료사업 수입금액의 합계액 중 의료사업 수입금액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산함
병원 직영주차장 관련 공통매입세액은 병원의 면세사업인 의료사업과 과세사업인 주차장업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하므로, 면세사업에 관련된 불공제매입세액은 주차장업의 공급가액과 의료사업 수입금액의 합계액 중 의료사업 수입금액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산함
사 건 2012구합18936 부가가치세부과처분취소 원 고 재단법인 AAAA복지재단 피 고 송파세무서장 변 론 종 결
2012. 11. 23. 판 결 선 고
2012. 12. 14.
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2010. 6. 8. 원고에 게 한 2007년 제 1이 부가가치세 000원(가산세 포함， 이하 같다)，2007년 제2기 부가가치세 000원， 2008년 제2기 부가가치세 000원， 2009년 제1기 부가가치세 000원의 각 부과처분 및 2009년 제1기 부가가치세 000원의 환급신청에 대한 거부처분을 모두 취소한다.
1. 원고가 이 사건 신관건물 전용사용면적을 기준으로 안분한 신관건물 신축관련 공 통매입세액에 대하여 신관건물은 별도의 독립된 건물로서 건축된 것이라기보다는 기존 병원을 증축·확장하여 병원전체 중 일부로서 운영되고 있는 것으로 판단하여， 2007년 제1기와 2007년 제2기는 사용면적이 확정되지 않아 사용면적에 의하여 실지귀속이 구분되지 않으므로 신축관련 공통매입세액을 당해 과세기간의 병원전체 공급가액을 기준으로 하여 안분하고， 2008년 제1기에는 사용면적이 확정되어 실지귀속이 구분 가능하므로 공통매입세액을 면세， 과세， 공통부분의 면적에 따라 안분한 후 공통부분의 매입 세액은 다시 병원전체의 과세·면세 공급가액의 비율에 따라 안분하는 2단계 절차를 거쳐 각 과세기간 매입세액 불공제액을 아래와 같이 재계산 하였다. (재계산내역 생략)
2. 피고는 의료업을 주업으로 하고 있는 원고의 주차장업은 의료업 등 여타 부분과 공간적으로 별도로 구분되지 않고， 환자와 응급실 내원차량에게 소정시간 주차료를 받지 아니한 것은 원고가 주차장을 의료업에 제공하기 때문이라고 볼 수 있는 것이므로，주차장업도 의료업 등의 원활한 운영을 위한 것으로 보아야지 의료업 등과 별도로 운영하는 주차장업으로만 보기는 어렵다고 판단하여 직영주차장 공통매입세액을 아래와 같이 병원전체의 과세·면세 공급가액의 비율에 따라 재계산 하였다. (재계산내역 생략)
3. 피고는 원고의 신관주차장에 관한 과세사업 전환에 따른 매입세액 공제신청에 대 하여， 원고가 신관지하주차장을 외형상 임대하였다고 하나 실질상 과세사업과 면세사 업에 공통으로 사용하고 있다고 판단하고，납부세액 재계산 대상(연세비율의 변동 5% 이상)에 해당하지 않는다고 보았다.
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
1. 원고의 주장 이 사건 신관건물에는 공급가액이 없었고， 과세사업과 면세사업에 사용할 예정사용 면적이 명확히 구분되고 있었으므로 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 에서 정하고 있는 바에 따라 신축공사비 매입세액 불공제액은 예정사업면적 비율이 적용되어야 함에도 이를 배척하고 공급가액 비율을 적용하여 부가가치세 불공제매입세액을 계산한 피고의 계산은 위법하다.
2. 판단 우선 2007년 제1기， 2007년 제2기에는 이 사건 신관건물이 신축되었다고 할 수 없고， 2008. 4. 17 이 사건 신관건물이 완공된 후 원고가 영위한 의료사업은 기존의 서 관，동관건물에서 영위한 의료사업과 완전히 분리된 별개의 의료사업이 아니라(특히 면세사업 매출과 관련하여) AAAA병원 전체의 의료사업에 포함되는 것이라고 봄이 타당하다 따라서 원고의 주장과 같이 이 사건 신관건물과 관련된 공통매입세액에 대하여 부가가치세법 시행령 제161조 제4항 은 적용될 여지가 없고， 같은 조 제1항에서 규정 한 바와 같이 실지귀속을 구분할 수 없는 2007년 제1기， 2007년 제2기에 대하여는 당 해 과세기간의 병원전체 공급가액을 기준으로 하여 안분하고，사용면적이 확정되어 실지귀속이 구분 가능한 2008년 제1기에는 공통매입세액을 이 사건 신관건물의 면세， 과세， 공통부분의 면적에 따라 안분한 후， 공통부분의 매입세액은 다시 병원전체의 과세·면세 공급가액의 비율에 따라 안분하여 불공제매입세액을 계산함이 타당하다. 피고는 이 사건 신관건물이 기존건물을 확장하여 증축된 것이므로 귀속이 불분명한 공통매입세액은 병원 전체의 과세·연세 공급가액의 비율에 따라 안분해야 한다고 보았는바， 공통매입세액의 안분은 신관건물의 독립성 여부가 아니라 영위하는 사업의 독립성 여부로 판단해야 하는 문제로서 처분의 경위에 잘못된 점이 있긴 하지만， 앞서 본 정당한 불공제매입세액 계산과 결론에 있어 동일하므로， 이 사건 각 처분 중 이와 관련된 부분이 위법하다고 할 수는 없다 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다
1. 원고의 주장 원고의 직영주차장은 병원의 다른 사업과는 명백하게 구분되는 사업으로서 ’실지귀속을 구분할 수 있는 경우’에 해당되고， 설령 이와 관련된 매입세액을 공통매입세액으로 보더라도 부가가치세법 시행령에 의하면 직영주차장의 유료주차분 공급가액과 무료주차분 주차요금의 환산금액을 적용하여 안분된 금액으로 불공제매입세액이 산정되어야 하는바，피고가 이러한 방법을 적용하지 않고 불공제매입세액을 산정한 것은 위법하다
2. 인정사실 직영주차장의 요금 체계는 다음과 같다(갑 제2호증， 을 제4호증). (요금체계 생략)
3. 판단 위 인정사실에 의하면， 직영주차장은 원고가 의료사업과 전혀 관련없이 주차장업만 을 영위하기 위하여 설치하였다고 할 수 없고， 원고의 주차장관리규정에 따라 서울아 산병원에서 면세사업인 의료사업에 관련된 것으로 확인된 경우에는 일정한 시간 무료 로 주차를 허용하나， 위 확인이 없는 경우에는 주차요금을 징수하여 과세사업에 제공 하고 있음을 알 수 있다. 따라서 직영주차장 관련 공통매입세액은 원고의 면세사업인 의료사업과 과세사업인 주차장업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하므로， 그 중 면세사업에 관련된 불공제매업세액은 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 에 규정된 산식에 따라 주차장업에 대한 공급가액과 의료사업에 대한 수입금액의 합계액 중 의료사업에 대한 수입금액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산함이 타당하다(대법원 2001. 7. 13. 선고 99두11615 판결 참조). 공통매입세액으로 본다고 하더라도 유료주차분의 공급가액과 무료주차분의 주차요 금 환산금액 비울로 안분하여 불공제매입세액을 계산해야 한다는 원고 주장의 방법은， 주차장 영업이 의료사업과 독립된 별개의 사업으로서 과세사업과 면세사업을 동시에 하는 경우에 적용될 뿐이고， 앞서 본 운영형태에 비추어 원고의 직영주차장에는 적용 할 만한 법적 근거가 없다. 결국 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
1. 원고의 주장 신관주차장은 GG산업에게 실질적으로 임대되어 운영되고 있으므로 신관주차장의 과세전환(과세사업인 부동산업대업)에 따른 부가가치세 매입세액 환급은 인정되어야 하고， 2009년 제1기 부가가치세 환급을 인정하지 않는 것을 전제로 이루어진 부과처분 은 취소되어야 하며， 원고의 환급신청에 대한 거부처분 또한 취소되어야 한다.
2. 인정사실
3. 판단
그렇다면， 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결 한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.