당해 법인의 당초 신고에서 누락된 수입금을 발견한 경우에 이에 대응하는 매입원가 등의 손금이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상 이는 총수입금에 대응하는 총손금에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이고, 이 경우 동 비용의 공제를 받고자 한다면 납세의무자가 스스로 그 누락사실을 주장・입증하여야 한다
당해 법인의 당초 신고에서 누락된 수입금을 발견한 경우에 이에 대응하는 매입원가 등의 손금이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상 이는 총수입금에 대응하는 총손금에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이고, 이 경우 동 비용의 공제를 받고자 한다면 납세의무자가 스스로 그 누락사실을 주장・입증하여야 한다
사 건 2012구합1792 법인세등부과처분취소 원 고 AAAA운수 주식회사 피 고 강서세무서장 외1명 변 론 종 결
2013. 4. 19. 판 결 선 고
2013. 7. 5.
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고 강서세무서장이 2010. 2. 3. 원고에 대하여 한 2005년 법인세 000원, 2006년 법인세 000원, 2007년 법인세 000원, 2008년 법인세 000원, 2004년 2기분 부가가치세 000원, 2005년 1기분 부가가치세 000원, 2006년 1기분 부가가치세 000원, 2006년 2기분 부가가치세 000원, 2007년 1기분 부가가치세 000원, 2007년 2기분 부가가치세 000원, 2008년 1기분 부가가치세 000원의 부과 처분을 취소하고, 피고 서울지방국세청장이 2010. 2. 3. 원고에 대하여 한 정BB에 대한 2006년 귀속 000원, 2007년 귀속 000원, 2008년 귀속 000원의 소득금액 변동통지 처분을 취소한다.
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
1. 피고들은 이 사건 서류에 기재되어 있는 ‘실입금액’과 ‘미수금액’의 합계액인 7,854,285,858원(부가가치세 제외)을 운송수입금액으로 보고 ‘신고금액’ 7,159,282,829원과의 차액인 695,003,029원을 익금에 산입하였으나, ‘실입금액’인 7,307,033,320원(부가가치세 제외)을 운송수입금액으로 보아야 하므로 ‘실입금액’과 ‘신고금액’의 차액인 0000원만을 익금에 산입하여야 한다. 또한 원고는 정부로부터 지급받은 유가보조금 전액을 잡이익으로 계상하였는바, 그 중 원고가 기사들에게 지급하여야 하는 유가보조금(이하 ‘기사분 유가보조금’이라고 한다)은 운송수입에서 공제되어야 한다.
2. 원고는 CC프라임산업 등에게 적정한 이율로 자금을 대여하였으므로 이 사건 대여는 부당행위계산 부인의 대상이 될 수 없다. 또한 ① 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라고 한다) 제89조 제3항, 구 법인세법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제547호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행규칙’이라고 한다) 제43조 제1항은 개별 기업의 특성을 고려하지 아니한 채 모든 기업에 대하여 획일적으로 국세청장이 정하는 이자율을 적용하여 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라고 한다) 제52조의 입법 취지를 실현하지 못하고 있는 점, 부당행위계산의 부인시 적용할 당좌대월이자율 변경고시(국세청고시 제2001-31호, 이하 ‘이 사건 고시’라고 한다)는 당좌거래라는 특수한 거래에서 적용되는 초단기 금리를 시가로 정의하여 구 법인세법 제52조 의 위임 범위를 일탈한 점, ② 구 법인세법 시행규칙 제43조 제1항 은 시행령에서 위임받은 사항에 대하여 전혀 규정하지 아니하고 국세청고시에 그대로 재위임하여 위임금지의 원칙에 반하는 점, ③ 구 법인세법 시행령 제89조 제3항, 구 법인세법 시행규칙 제43조 제1항 및 이 사건 고시(이하 ‘이 사건 규정들’이라고 한다)는 최소침해의 원칙, 법익균형의 원칙에 반하여 과잉금지의 원칙에 반하는 점 등을 고려하면 이 사건 규정들은 위헌․위법의 규정으로 효력이 없다고 할 것이다.
3. CC프라임산업은 가스 충전소를 운영하는 회사로서 원고의 직원인 기사들은 이 사건 대여의 대가로 위 회사로부터 ℓ당 25원의 할인을 받는 점, 나머지 회사들은 택시 운송사업 등을 영위하는 회사로서 서로 자금이 부족한 경우 일시적으로 자금을 대여하거나 차용하기도 하는 점 등을 고려하면 이 사건 대여가 업무와 관련이 없다고 볼 수 없다.
4. 원고는 실제로 JJ이엔씨로부터 공사용역을 공급받았으므로 이 사건 가공세금계산서는 정상적으로 수취한 세금계산서이다. EE교통이 위 세금계산서에 대한 어음을 지급제시한 이유는 원고가 용역대금을 운송수입금으로 지급한 다음 위 어음을 회수하였기 때문이다.
5. 원고는 실제로 JJ이엔씨로부터 공사용역을 공급받았으므로 이 사건 위장세금계산서는 정상적으로 수취한 세금계산서이다. KKKK 사내이사인 라LL이 용역대금을 수령한 이유는 KKKK이 JJ이엔씨 대신 JJ이엔씨의 하도급업체에 공사대금을 지급하였기 때문이다.
1. CC프라임산업 등의 주주 현황은 다음과 같다. (생략)
2. 원고의 경리 업무를 담당하던 배MM은 세무조사 과정에서 아래와 같은 취지로 진술하였다. (생략)
3. 정BB은 세무조사 과정에서 ‘2006년, 2007년 수입금액 신고와 관련하여 아래와 같이 운송수입금액을 과소신고 하였음을 확인한다’는 취지의 확인서를 작성하였다. 또한 정BB은 세무조사 과정에서 ‘2004년부터 2005년까지 JJ이엔씨로부터 000원의 매입을 신고하였으나 아래와 같이 위장․가공 거래가 있었음을 확인한다’는 취지의 확인서를 작성하였다. (생략)
4. 원고는 이 사건 가공세금계산서의 공급가액인 000원(= 2004. 11. 8.자 세금계산서의 공급가액인 0000원 + 2004. 11. 30.자 세금계산서의 공급가액인 0000원 + 2004. 12. 11.자 세금계산서의 공급가액인 000원)을 매입세액으로 공제하였는바, ① 2004. 11. 8.자 세금계산서에 대한 어음(액면가 000원)은 EE교통 주식회사(이하 ‘EE교통’이라고 한다)가 2008. 4. 29. 이를 지급제시하여 원고 명의의 계좌에서 EE교통 명의의 계좌로 000원이 이체되었다가 같은 날 다시 EE교통 명의의 계좌에서 원고 명의의 계좌로 000원이 이체되었고, ② 2004. 11. 30.자 세금계산서에 대한 어음(액면가 000원)은 EE교통이 2008. 4. 21. 이를 지급제시하여 원고 명의의 계좌에서 EE교통 명의의 계좌로 000원이 이체되었다가 같은 날 EE교통 명의의 계좌에서 원고 명의의 계좌로 000원이 이체되었으며, ③ 2004. 12. 11.자 세금계산서에 대한 어음(액면가 000원)은 EE교통이 2008. 3. 31. 이를 지급제시하여 원고 명의의 계좌에서 EE교통 명의의 계좌로 000원이 이체되었는데, 원고와 EE교통은 이를 다음과 같이 회계처리 하였다.
5. 원고는 이 사건 위장세금계산서의 공급가액인 000원(= 2004. 10. 10.자 세금계산서의 공급가액 중 000원 + 2004. 10. 27.자 세금계산서의 공급가액 중 000원 + 2004. 12. 27.자 세금계산서의 공급가액 중 000원 + 2005. 1. 10.자 세금계산서의 공급가액 중 000원)을 매입세액으로 공제하였는바, ① 2004. 10. 10.자 세금계산서에 대한 용역대금 000원은 2004. 10. 12. 원고 명의의 계좌에서 라LL 명의의 계좌로 이체되었고, ② 2004. 10. 27.자 세금계산서에 대한 용역대금 000원은 2004. 11. 29. 원고 명의의 계좌에서 라LL 명의의 계좌로 이체되었으며, ③ 2004. 12. 27.자 세금계산서에 대한 용역대금 000원은 2005. 1. 13. 원고 명의의 계좌에서 라LL 명의의 계좌로 이체되었고 ④ 2005. 1. 10.자 세금계산서에 대한 용역대금 000원 중 000원은 2005. 2. 25., 000원은 2005. 3. 21. 각 원고 명의의 계좌에서 라LL 명의의 계좌로 이체되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 을 제14 내지 27호증, 30 내지 33호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
1. 첫 번째 주장에 대한 판단 납세의무자의 과세표준과 세액 등 신고 내용에 오류나 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이지만 다른 자료에 의하여 그 신고 내용에 오류나 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 경우에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있다. 또한 과세관청이 실지조사 방법에 의하여 법인의 소득에 대한 과세표준과 세액을 결정하면서 당해 법인의 당초 신고에서 누락된 수입금을 발견한 경우에 이에 대응하는 매입원가 등의 손금이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상 이는 총수입금에 대응하는 총손금에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이고, 이 경우 누락 수입에 대응하는 비용에 관한 신고를 누락하였다고 하여 그 공제를 받고자 한다면 그 비용의 손금 산입을 구하는 납세의무자가 스스로 그 누락사실을 주장․입증하여야 한다(대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두2673 판결 참조). 살피건대, 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 서류에는 기사별로 근무 유형, 근무 일수, 합산요금, 유량금액, 실입금액, 미수금액 등이 구체적으로 기재되어 있는 점, ② 이 사건 서류는 원고의 직원인 배MM이 기사들과 월말에 정산하기 위하여 작성한 자료로서 그 작성 경위, 내용에 비추어 신빙성이 높다고 판단되는 점, ③ 배MM이 세무조사 과정에서 ‘원고의 운송수입금액은 합산요금과 유량금액의 합계액(이는 실입금액과 미수금액의 합계액이기도 하다)’이라는 취지로 진술한 점, ④ 원고의 노조위원장인 백NN는 이 법정에서 ‘원고가 차령과 차종에 따라 차등적으로 사납금을 지급받았다’는 취지로 진술하였으며, 이와 유사한 취지의 확인서(갑 제3호증의 2)를 작성하였으나, 이 사건 서류에 기재되어 있는 합산요금도 기사별로 상이하고, 원고가 기사들로부터 이 사건 서류에 기재되어 있는 합산요금보다 적은 합산요금을 지급받았다고 인정할 증거가 없어 위와 같은 사정만으로는 이 사건 서류에 기재되어 있는 합산요금이 실제로 지급받은 합산요금과 다르다고 볼 수 없는 점, ⑤ 원고의 대주주(69%)이자 대표이사인 정BB이 세무조사 과정에서 ‘2006년부터 2008년까지 합계 0000원의 운송수입금을 과소신고 하였다’는 취지의 확인서를 작성한 점, ⑥ 위 확인서가 정BB의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 내용이 미비하여 구체적 사실에 대한 증명 자료로 삼기 어렵다고 보이지 않는 점 등을 종합하면, 원고의 실제 운송수입금액은 이 사건 서류에 기재되어 있는 실입금액과 미수금액의 합계액이라고 봄이 상당하다. 한편 원고는, ‘미수금액’은 기사들로부터 아직 지급받지 못하였고 추후에도 지급받지 못할 수 있으므로 원고의 운송수입금액에서 공제되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 기사들에 대한 미수금 채권을 가지게 된 이상 채권의 회수 여부와 무관하게 원고의 수익이 발생하였다고 보아야 하고, 추후에 미수금 채권을 회수할 수 없다는 것이 확정된다면 이를 대손처리하여 손금에 산입할 수 있으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 또한 원고는, ‘기사분 유가보조금’은 종국적으로 기사들에게 지급하여야 하므로 원고의 운송수입에서 공제되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 운송수입금에서 누락시킨 ‘유량금액’을 재원으로 기사분 유가보조금을 지급하였다고 인정할 증거가 없을 뿐만 아니라, 원고가 실제로 기사분 유가보조금을 지급하였다면 이를 손금에 산입할 수 있다고 할 것이나 원고가 회사의 자금으로 기사분 유가보조금을 지급하였다고 인정할 증거도 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
2. 두 번째 주장에 대한 판단
3. 세 번째 주장에 대한 판단 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목은, 법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등의 자산을 취득․보유하고 있는 때에는 그 법인이 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)을 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있는바, 위 규정의 입법 목적은 차입금을 보유하고 있는 법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 가지급금 등을 지급한 경우 이에 상당하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하도록 하는 조세상의 불이익을 주어 차입금을 생산적인 부분에 사용하지 아니하고 계열사 등 특수관계자에게 대여하는 비정상적인 행위를 제한함으로써 타인자본에 의존한 무리한 기업 확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하는 데 있으며, 한편 법인세법상 지급이자 손금불산입의 대상이 되는 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에는 순수한 의미의 대여금은 물론 구상금채권 등과 같이 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고 업무와 관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다(대법원 2007. 10. 25. 선고 2006두11125 판결 등 참조). 살피건대, 갑 제6호증의 기재만으로는 원고와 CC프라임산업 사이의 매출할인 약정과 이 사건 대여가 필연적 대가관계에 있다고 보기 어려운 점, 위 매출할인 약정은 CC프라임산업 외의 나머지 특수관계인들에 대한 대여와는 무관한 점, 그 밖에 택시 운송사업 등을 영위하는 원고의 목적사업 및 영업내용 등에 비추어 볼 때, 이 사건 대여가 원고의 사업과 직접적인 관련성이 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
4. 네 번째 주장에 대한 판단 원고는, JJ이엔씨에게 공사대금을 어음으로 주었으나 JJ이엔씨가 현금으로 줄 것을 요청하여 운송수입금으로 공사대금을 지급한 다음 어음을 회수하였다고 주장한다. 그러나 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 운송수입금으로 공사대금을 지급한 다음 어음을 회수하였다고 인정할 만한 객관적 증거가 없는 점, ② 원고는 위 어음이 지급제시된 날이나 그 다음날 JJ이엔씨에게 공사대금을 지급한 것으로 회계처리 하였는데, 원고의 주장과 같이 운송수입금으로 공사대금을 지급한 다음 어음을 회수하였다면 위와 같이 회계처리할 이유가 없는 점, ③ 을 제34, 35호증의 각 기재에 의하면 정BB은 세무조사 과정에서 ‘하자보수 담보를 위하여 어음을 보관하고 있었는데, 하자보수 포기에 따라 마이너스 세금계산서를 받아야 하나 자금 사정이 어려워져서 EE교통을 통하여 어음을 교환하였다’는 취지로 진술하였으나, 위 어음의 액면가는 합계 000원인 반면 원고와 JJ이엔씨 사이에 체결된 용약계약의 총 용역금액은 000원이고 하자보수 보증금율은 1%에 불과하여 하자보수 담보를 위하여 위 어음을 보관하고 있었다는 주장은 선뜻 받아들이기 어려운 점, ④ 정BB은 세무조사 과정에서 ‘하자보수 담보를 위하여 위 어음을 보관하고 있었다’는 취지로 진술하였고, 정OO은 검찰조사 과정에서 ‘JJ이엔씨가 공사대금을 현금으로 줄 것을 요청하여 다른 곳에서 빌려서 공사대금을 지급하였다’는 취지로 진술하였으며, 원고는 처음에 ‘JJ이엔씨가 공사대금을 현금으로 줄 것을 요청하여 운송수입금으로 공사대금을 지급한 다음 어음을 회수하였다’고 주장하였다가 ‘JJ이엔씨가 어음할인 업체를 소개시켜 달라고 요청하여 원고가 운송수입금 등 유동자금이 있어 할인을 해 주고 어음을 회수하였다’는 취지로 주장하는 등 EE교통이 위 어음을 지급제시한 경위에 대하여 당사자들의 진술이 불일치하고, 원고의 주장도 수차례 변화하고 있는 점, ⑤ 정BB이 세무조사 과정에서 ‘JJ이엔씨로부터 공사용역을 공급받지 않았음에도 이 사건 가공세금계산서를 수취하였다’는 취지의 확인서를 작성한 점, ⑥ 위 확인서가 정BB의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 내용이 미비하여 구체적 사실에 대한 증명 자료로 삼기 어렵다고 보이지 않는 점 등을 종합하면, 이 사건 가공세금계산서는 원고가 공사용역을 공급받지 않았음에도 가공으로 수취한 세금계산서라고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
5. 다섯 번째 주장에 대한 판단 원고는, JJ이엔씨가 하도급업체에 공사대금을 지급하지 못하게 되자 위 공사의 건설사업관리자였던 KKKK 사내이사인 라LL이 JJ이엔씨 대신 JJ이엔씨의 하도급업체에 공사대금을 지급하고자 원고로부터 공사대금을 송금받았다고 주장한다. 그러나 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 라LL이 JJ이엔씨 대신 JJ이엔씨의 하도급업체에 공사대금을 지급하였다고 인정할 만한 객관적 증거가 없는 점, ② JJ이엔씨가 하도급업체에 공사대금을 지급하지 못하게 되었다고 하더라도, 원고가 직접 하도급업체에 공사대금을 지급할 수 있음에도 굳이 라LL에게 공사대금을 송금하여 라LL으로 하여금 JJ이엔씨의 하도급업체에 공사대금을 지급하게 할 만한 특별한 사정을 찾아볼 수 없는 점, ③ 정BB이 세무조사 과정에서 ‘현금 결제에 해당하는 공사는 PP가 공사한 것이므로 대금 결제도 라LL 개인 계좌로 송금한 것이고, 세무 상식이 부족해서 세금계산서만 받으면 되는 것으로 알았다’는 취지로 진술한 점, ④ 정BB이 세무조사 과정에서 ‘KKKK으로부터 공사용역의 일부를 공급받았음에도 JJ이엔씨로부터 이 사건 위장세금계산서를 수취하였다’는 취지의 확인서를 작성한 점, ⑤ 위 확인서가 정BB의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 내용이 미비하여 구체적 사실에 대한 증명 자료로 삼기 어렵다고 보이지 않는 점 등을 종합하면, 이 사건 위장세금계산서는 원고가 KKKK으로부터 공사용역의 일부를 공급받았음에도 JJ이엔씨로부터 수취한 세금계산서라고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.