장기보유특별공제

사 건 2012구단18236 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 강서세무서장 변 론 종 결

2014. 3. 28. 판 결 선 고

2014. 5. 9.

1, 피고가 2012. 1. 2. 원고에 대하여 한 2007년 귀속 양도소득세 81,173,510원(신고불 성실 가산세 5,144,283원, 납부불성실 가산세 21,586,783원 포함)의 부과처분을 취 소한다. 2, 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 1996. 12. 3, 서울 ○○구 ○○동 37-96 대 97.2 m 1(이하 ’이 사건 토지'라고 한다) 중 4분의 1 지분을 취득하였다.
• 나. 서울특별시 ○○구청장은 1997. 1. 22. 이 사건 토지를 포함하는 서울 ○○구 ○○동 일대 토지 73될지를 대상으로 하고, 사업시행기간은 1997. 1. 22.부터 2000. 12. 31.까지로 하는동자동구역 제8지구 재개발사업(이하 끼 사건 재개발사업비라고 한 다)의 시행을 인가하고(이하 이 사건 당초 사업시행인가먹고 한다), 1997. 12. 26. 관리처분계획을 인가하였다. 그러나 이 사건 재개발사업이 구체적인 사업 실시 없이 사업시 행기간이 종료되자 2001, 2. 9. 사업 시 행기 간을 2004. 12. 31.까지로 연장하는 내용의 사업시행변경인가(○○구고시 제2001-2호，1차 변경인가이다)를 하였으나, 재개 발사업이 시행되지 아니한 채 사업시행기간이 도과되었다.
• 다. 원고는 2007. 10. 15. 이 사건 토지 지분을 주식회사 ○○○○(이하 부노레스로 약칭한다)에 양도하였고，2007, 12. 28. 피고에게 이 사건 토지 소유권을 양도하였음을 전제로 장기보유특별공제를 적용하여 이 사건 토지 지분에 관한 양도소득세 104,097,340원을 예정신고，납부하였다. 라, 피고는 원고가 양도한 것은 이 사건 토지 소유권이 아니라 부동산을 취득할 수 있는 권리예 해당한다고 보고 장기보유특별공제를 배제하여 2012. 1. 2. 원고에게 양도소득세 81,173,510원(신고불성실 가산세 5,144,283원, 납부불성실 가산세 21,586,783 원 포함)을 경정, 고지하는 이 사건 처분을 하였다.
• 마. 원고는 2012. 4. 2. 이 사건 처분에 관하여 심사청구를 하였으나「이 사건 재개 발사업에 관한 관리처분계획이 인가됨으로써 이 사건 토지에 관한 소유권은 부동산을 취득할 수 있는 권리|로 전환되었고 그 이후 관리처분계획이 폐지된 바가 없으며, ○○ 구청장은 2010, 10. 1. 도시환경정비사업 시행 변경인가를 하면서 사업시행 기간을 1997. 1. 22.부터 2012. 12. 31,까지 연장하여 재개발사업이 계속 유지되고 있다 j 는 이유로 기각되었다. 【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑2, 4, 5, 7, 8, 9, 10, 11, 12호증의 각 기재, 변론 전체 의 취지

가, 이 사건 당초 사업시행인가는 2000. 12. 31. 사업시행기간이 만료됨으로써 실효 되었을 뿐만 아니라 1차 변경인가 이후에도 2차례에 걸쳐 사업시행계획이 변경인가되 면서 사업기간 뿐만 아니라 정비구역의 면적，사업시행자, 건축계획 등이 변경되어 당 초의 관리처분계획이 더 이상 유지될 수 없게 되었다, 이에 따라 이 사건 토지에 관한 권리도 더 이상 당초 관리처분계획 인가 당시의 1부 동산을 취득할 권리|와 동일하다고 할 수 없다. 또한 원고가 ○○○○와 체결한 매매계약서에도 매매 목적물을 "분양권(또는 입주 권)”이 아닌 "이 사건 토지 지분 소유권”임을 분명히 하였다. 따라서 원고는 이 사건 토지 소유권을 양도한 것일 뿐 1부동산을 취득할 수 있는 권리^를 양도한 것이 아니므로, 장기보유특별공제를 적용할 수 있다.

• 나. 설사 원고가 부동산을 취득할 권리별: 양도한 것이라고 하더라도, 그 양도차익을 산정하기 위한 소득세법 시행령 제166조 의 산식에서 "양도가액”이란 원고가 이 사건 토지 지분 매매 계약상의 양도가액(539,500,000원，갑11호증)이 아니라，관리처분계획 상 분양예정의 대지 또는 건축시설의 추산액(698,564,955원, 갑4호증)을 대입하여야 함 에도 이 사건 토지 지분의 양도가액을 그대로 대입하여 산정한 오류가 있다,
• 다. 원고는 이 사건 토지 지분을 양도한 후 양도소득세 자진예정신고 및 납부를 완 료하였으나, 이 사건 토지 지분의 양도가 부동산의 양도인지 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도인지 명확하게 구분할 수 없었을 뿐이므로，신고 및 납부 불성실 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

살피건대, 도시재개발사업인가가 있은 후 그 사업시행기간 내에 사업이 시행되지 못 하다가 사업시행기간 경과 후 사업시행기간을 연장하는 사업시행변경인가를 받은 경우 에는, 원래의 재개발 사업시행인가는 실효되고 그 후 실효된 사업시행인가를 변경인가 하여 그 사업시행기간을 연장하였다고 하여 실효된 사업시행인가가 효력을 회복하여 소급적으로 유효하게 될 수는 없고，다만 사업시행변경인가가 새로운 인가로서의 요건 을 갖춘 경우에는 그에 따른 효과가 있다고 할 것이다. 앞서 인정한 사실에 따르면, 이 사건 재개발사업은 당초 사업시행인가 후 사업이 시 행되지 아니하다가 사업시행기간이 만료되었고, 그 후 2001. 2. 9* 1차 변경인가로 그 사업시행기간이 2004. 12. 31.로 연장되었다가 다시 사업이 시행되지 아니한 채 연장된 사업시행기간도 만료되었으므로, 이러한 경우 최초 사업시행인가 및 새로운 사업시행 인가로 볼 수 있는 1차 변경인가 모두 그 효력을 상실하였다고 보아야 한다. 원고는 위와 같이 이 사건 당초 사업시행인가 및 1차 변경인가가 모두 실효된 후인 2007. 10. 15. 이 사건 토지 지분을 ○○○○에 양도하였으므로, 원고가 이 사건 토지 지분을 양 도할 당시에는 이 사건 재개발 사업에 관한 사업시행인가와 1차 변경인가 및 그에 따 른 관리처분 계획이 모두 실효된 상태에 있었다고 할 것이다. 피고가 지적하는 바와 같이 ○○구청장이 2008. 8. 22. 재개발사업 시행기간을 2012. 12. 31.까지로 하는 사업시행 변경인가(○○구고시 제2008-47호)를 하고, 2010. 10. 1. 다시 정비구역 면적, 사업시행자 성명 및 주소，건축계획(당초 주상복합 용도에 서 업무용빌딩으로 설계변경) 등을 변경하는 사업시행 변경인가(○○구고시 제2010-49 호)를 한 사실은 당사자 사이에 다꼼이 없지만, 이는 이 사건 당초 사업시행인가 및 1 차 변경인가가 실효된 후 새로운 재개발 사업시행인가 등으로서의 효력을 지니는 것이 지 실효된 당초의 사업시행인가 및 1차 변경인가가 소급하여 그 효력이 되살아나거나 계속 연장되는 것이 아니다. 결국 원고가 양도한 대상은 부동산을 취득할 권리 아니라 '부동산으로서 장기보유특별공제의 적용 대상에 해당한다. 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

그러므로 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용한다.