주식매수선택권 보전액은 인건비로서 손금에 해당함

사 건 2011구합4503 경정청구거부처분취소 원 고 주식회사 □□은행 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2011. 5. 13. 판 결 선 고

2011. 6. 10.

1. 피고가 2009. 11. 10. 원고에 대하여 한 별지 경정청구거부처분 내역서 기재 각 경정청구거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 은행업을 영위하는 법인으로서 종래 상장법인이었는데, 2005. 12. 1. 주식의 포괄적 이전에 의하여 주식회사 BB금융지주(이하 ‘BB금융지주’라 한다)의 완전 자회사로 편입되었고, 2005. 12. 12. BB금융지주의 주권이 신규상장되면서 원고의 주권을 상장폐지되었다.
• 나. 원고는 임직원들에게 주식매수선택권을 부여하였는데, 원고의 주권이 상장폐지된 이후부터는 BB금융지주의 주식에 대한 매수선택권을 부여하였다.
• 다. 원고의 임직원들이 2006년부터 2008년에 걸쳐 주식매수선택권을 행사함에 따라, BB금융지주는 차액정산방식에 따라 이들에게 현금을 지급하였고, 원고는 BB금융지주에 2006 사업년도 12,807,106,040원, 2007 사업년도 6,306,741,140원, 2008 사업년도 5,126,881,626원(이하 ‘이 사건 보전액’이라 한다)을 보전해주었으나, 법인세 신고를 할 때는 이를 손금에 산입하지 아니하였다.
• 라. 원고는 2009. 9.28. 피고에 대하여 별지 경정청구거부처분 내역서 기재와 같이 이 사건 보전액을 손금에 산입하여 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고는 2009. 11. 10. 원고에게 이 사건 보전액은 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조의 규정에 의한 과세특례를 받을 수 없다는 이유로 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 3부터 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장 (1) 원고의 주장 이 사건 보전액은 원고가 임직원들에게 현물(주식) 상여를 지급하기 위해 소요된 일종의 ‘인건비’로서 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘신 시행령’이라 한다) 제19조 제3호, 제19호, 제20호에 해당하여 법인세 법상 손금으로 산입하여야 하고, 피고가 주장하는 구 조세특례제한법 제15조 는 부당행위계산후인규정의 적용여부에 관한 규정으로서 이 사건 보전액의 손금산입 여부와는 무관하다.

(2) 피고의 주장 신 시행령 제19조 제19호의 규정은 부칙 제6조에 의하여 2009. 2. 4. 이후 최초로 행사비용을 보전하는 분부터 적용하므로 그 이전에 지급된 이 사건 보전액은 위 규정을 적용할 수 없고, 당해 법인의 종업원이 지주회사로부터 부여받은 주식매수선택권에 대하여는 구 조세특례제한법 제15조 가 적용되지 않으므로 법인세법상 손금에 해당하지 않는다.

• 나. 관계법령 별지 관계법령의 가재와 같다.
• 다. 판단

(1) 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제19조는 제1, 2항에서 손금을 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로, 손비를 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이 거나 수익과 직접 관란된 것으로 한다고 하면서, 제3항에서 그 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있고, 이에 근거한 구 법인세 법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’이라 한다) 제19조는 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다고 하면서, 제3호에서 ‘인건비’를, 제18호에서 ‘그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액’을 들고 있다.

(2) 살피건대, ① 주식매수선택권은 회사 경영과 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사 임직원들에게 미리 정한 가액으로 신주를 인수하거나 자기 주식을 매수할 수 있도록 부여한 권리로서, 장래의 주식매수로 인한 이득을 유인으로 삼아 업무성과를 극대화하기 위해 마련된 제도인 점, ② 구 소득세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것) 제38조 제1항 제17호도 “법인의 임원 또는 종업원이 당해 법인 또는 당해 법인과 법인세법 시행령 제87조 의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인으로부터 부여 받은 주식매수선택권을 당해 법인 등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익”을 근로소득의 하나로 규정하고 있는바, 주식매수선택권 등은 그 임직원들에게 근로 제공에 대한 대가의 일환으로서 지급하는 것으로 보이는 점, ③ 이 사건 보전액의 지급에 따른 부담이 최종적으로 원고에게 귀속된 점, ④ 구 조세특례제한법 제15조 는 임직원에게 주식매수선택권을 부여한 법인에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 것인지를 규정한 것으로서 법인세법상 손금성 여부와는 직접적인 관련 이 없는 점, ⑤ 신 시행령 제19조 제19호에서 “임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금 액”을 손금으로 보는 맹문의 규정이 생겼으나, 이는 자회사가 업무와 관련하여 지출한 인건비 성격의 비용에 대하여 손비가 인정됨을 명확히 하기 위한 주의적 규정으로 볼 수 있는 점(을 제2호증의 기재에 의하면 기획재정부에서 발간한 ‘2008 간추린개정세법’도 위 규정의 개정이유를 손비가 인정됨을 명확화하기 위한 것이라고 설명하고 있는 사실이 인정된다) 등을 종합하면, 원고의 임직원들이 주식매수선택권을 행사함에 따라 원고가 부담하게 된 비용은 사업상 수익활동을 하기 위하여 업무와 관련하여 지출한 인건비로 볼 수 있고, 가사 그렇지 않더라도 최소한 구 시행령 제19조 제18호의 ‘그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액’으로 볼 수 있어 법인세법상 손금에 해당한다고 할 것이E로, 그와 반대되는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고가 부담하도록 한다.