2. 처분의 적법 여부
1. 원고의 주장 구 법인세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’이라고 한다) 제122조 제1항 제2호 나목의 요건의 충족 여부는 피합병법인의 주주별로 판단하여야 하는데, FFFF투자조합은 피합병법인의 주식 656,938주(이하 ‘쟁점주식’이라고 한다)를 합병법인에게 양도한 후 7일 이내에 그 양도금액 전액을 합병법인의 주식(합병법인이 새로이 발행한 주식을 말한다)으로 취득하였으므로 구 시행 령 제122조 제1항 제2호 나목의 요건을 충족하였으므로 FFFF투자조합이 취득한 합 병법인의 주식의 액면가액을 합병대가의 총 합계액에 합산하여야 한다.
2. 피고의 주장 구 시행령 제122조 제1항 제2호 나목의 요건의 충족 여부는 피합병법인의 주주별로 판단할 것이 아니라 포합주식을 양도한 주주 전체를 기준으로 판단하여야 하는데, 쟁점주식을 포함하여 피합병법인의 주식을 원고에게 양도한 주주 전체가 이 사건 포합주식을 합병법인에게 양도한 후 7일 이내에 취득한 합병법인의 주식이 양도금액의 100 분의 95 이상에 미달하는 56.9%에 불과하여 구 시행령 제122조 제1항 제2호 나목의 요건을 충족하였다고 볼 수 없으므로 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제80조 제2항에 의하여 쟁점주식을 포함하여 이 사건 포합주식 전체의 취득가액을 합병대가의 총 합계액에 합산하여야 한다.
- 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
- 다. 판단 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법’이라고 한다) 제80조 제1항은 “내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득의 금액은 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총 합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다”라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식등이 있는 경우로서 그 포합주식 등에 대하여 합병법인의 주식 등을 교부하지 아니한 경우 합병대가의 총 합계액은 당해 포합주식 등의 취득가액을 가산한 금액으로 한다. 이 경우 주식 등을 교부한 경우에는 당해 포합주식 등의 취득가액에서 교부한 주식 등의 가액을 공제한 금액을 가산한 금액으로 한다”라고 규정하고 있다. 같은 조 제4항의 위임에 따른 구 시행령 제122조 제1항 제2호는 이 때의 ‘포합주식 등의 취득가액’을 구 법 제80조 제2항의 규정에 의하여 가산하는 금액으로 하되, 다만, ① 합병법인이 구 법 제80조 제2항의 규정에 의한 포합주식 등을 피합병법인의 주주 등으로부터 취득할 당시 합병법인과 피합병법인이 특수관계자가 아닐 것(같은 호 가목), ② 피합병법인의 주주가 포합주식 등을 합병법인에게 양도한 후 7일 이내에 포합주식 등의 양도금액의 100분의 95 이상에 상당하는 합병법인주식(합병법인이 새로이 발행한 주식을 말한다)을 취득할 것(같은 호 나목), ③ 구 법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건, 즉 ㉮ 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병이고(구 법 제44조 제1항 제1호), ㉯ 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동 합병대가의 총 합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95 이상일 것(구 법 제44조 제1항 제2호)의 요건(같은 호 다목)을 모두 충족하는 경우에는, 그 취득가액을 나목의 규정에 의하여 피합병법인의 주주가 취득한 합병법인의 주식가액(취득가액이 액면가액보다 큰 경우에는 액면가액)에 포합주식 양도금액 중 합병법인 주식 취득에 사용되지 아니한 금액을 더한 금액으로 하도록 되어 있다. 그런데, ① 이와 같은 특례를 둔 취지는 특수관계 없는 법인간 합병시 합병법인이 먼저 피합병법인 주식을 취득하여 경영권을 획득한 후 합병이 이루어지는 현실을 감안 하고, 포합주식에 대한 청산소득 과세제도가 합병에 걸림돌이 되지 않도록 하며, 피합병법인의 주주가 합병 전 주식 양도의 대가로 합병법인이 새로 발행한 주식을 취득(주 식교환)하는 경우에는, 합병시점에서 피합병법인 주주가 합병대가로 합병법인 주식을 교부받은 것과 사실상 차이가 없으므로, 합병 시 청산소득 계산 방식과 동일하게 합병 법인 주식가액을 액면가액으로 계산하도록 하는 것이 과세형평상 타당하고, 다만 현행 상법상 자회사 주식을 100% 취득하는 경우에만 인수기업과 피인수기업간 주식의 직접 교환이 인정되는 것을 감안하여 피합병법인 주식의 매매 및 합병법인 주식의 신주 발행이라는 형식을 통하여 사실상 주식교환과 동일한 결과가 발생하는 경우에는 세제지원요건을 갖춘 합병과 동일하게 지원한다는 것인 점, ② 청산소득금액이 되는 합병대 가는 ‘피합병법인의 주주등이’ ‘합병법인으로부터’ 받은 주식 등의 가액과 금전 기타 재산가액인 점(구 법 제80조 제1항, 법인세법 제16조 제l항 제5호), ③ 포합주식 조항의 입법목적은 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식을 미리 취득하여 청산소득에 대한 법인세 부담을 부당하게 회피하는 것을 방지하기 위한 것인 점(헌법재판소 2009. 12. 29. 선고 2007헌바78 결정 참조), ④ 구 법 제80조 제2항은 합병법인이 포합주식 을 취득하는 경우에 그 취득가액으로 피합병법인의 주주 등에게 지급된 금원 중 합병법인의 주식 취득가액으로 사용되지 않은 부분, 즉 피합병법인의 주주가 그대로 보유하고 있는 포합주식 양도대금은 이를 합병대가에 가산한다는 취지인 점 등에 비추어 보면, 구 시행령 제122조 제1항 제2호 나목의 요건 충족 여부는 피합병법인의 주주별로 판단할 것이 아니라 포합주식을 양도한 주주 전체를 기준으로 판단하여야 할 것이다. 따라서, 앞서 본 바와 같이 쟁점주식을 포함하여 피합병법인의 주식을 원고에게 양도한 주주 전체가 이 사건 포합주식을 합병법인에게 양도한 후 7일 이내에 취득한 합병법인의 주식이 양도금액의 100분의 95 이상에 미달하는 56.9%에 불과하여 구 시행령 제122조 제1항 제2호 나목의 요건을 충족하였다고 볼 수 없으므로 구 법 제80조 제2항에 의하여 쟁점주식을 포함하여 이 사건 포합주식 전체의 취득가액을 합병대가의 총 합계액에 합산하여야 할 것이어서 구 법 제80조 제2항에 의하여 쟁점주식을 포함하여 이 사건 포합주식 전체의 취득가액을 합병대가의 총 합계액에 합산하여 계산하여야 함을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.