1. 처분의 경위
가 원고는 1999. 1. 15. 설립 이후 차량소유자를 대상으로 회원을 모집하여 가입비와 연회비를 징수하고 회원의 교통위반범칙금을 대납하여 주는 내용의 범칙금대납업을 영위하였는데, 대법원은 2001. 12. 24. 원고의 위와 같은 영업행위가 실질적으로 무허 가 보험사업으로서 유사수신행위 규제에 관한 법률 제2조 제4호 소정의 ’유사수신행위’ 에 해당한다고 판결(2001도205)하였고, 이에 따라 원고는 2002년 말경 위 사업을 중단하고 피고에게 휴업신고를 하였다.
- 나. 원고의 회원들은 위 대법원 판결을 근거로 2002년 말경부터 원고를 상대로 위 회원가입계약이 무효임을 이유로 이미 납부한 가입비의 반환을 구하는 부당이득금반환 청구 소송을 제기하였고, 서울동부지방법원은 위 부당이득금반환청구 사건에서 ’이 사 건 범칙금대납업은 법률이 금지하는 엽무에 해당되어 처음부터 이행이 불가능하였으므 로 결국 원고와 회원들 사이의 각 회원가입계약은 무효라 할 것이므로 원고는 회원들 에게 각 가입비를 부당이득으로 반환할 의무가 있고, 원고가 회원들로부터 거래징수하 여 납부한 부가가치세는 납세의무자인 원고가 과세관청으로부터 환급받을 수 있으므로 가입비 반환액에서 공제하지 아니한다’는 취지의 판결을 하였다(서울동부지방법원 2003. 3. 7. 선고 2002가합5147 판결, 같은 법원 2003. 7. 3. 선고 2002가합3035 판결, 같은 법원 2003. 7. 9. 선고 2002가단27225 판결 등 다수 이하 위 각 판결을 ’이 사건 선행판결’이라 한다).
- 다. 원고는 2003. 7. 25 이 사건 선행판결에 따라 국민고충처리위원회에 민원을 제기하여 원고가 1999년 제l기부터 2000년 제2기까지 납부한 부가가치세 약 000원을 환급하여 줄 것을 청구하였고, 국민고충처리위원회는 2003. 9. 26. 피고에게 위 부가가 치세를 환급하라고 권고하였으며, 피고는 2003. 11. 18. 위 권고를 받아들여 원고에게 위 부가가치세 약 000원을 환급하였다.
- 라. 이후 원고는 2007. 8. 22. 피고에게 이 사건 선행판결을 근거로 자신이 2001년 제1기부터 2002년 제2기까지 납부한 부가가치세 약 000억 원이 과오납금이므로 이를 환급하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 이를 거부하였다.
- 마. 이에 원고는 2007. 11. 13 국세심판원에 심판청구를 하였고, 국세심판원은 2008. 10. 15. 원고가 환급청구 한 부가가치세 중 2001년 제1기 예정분부터 2001년 제2기 예정분까지의 부가가치세는 소멸시효가 이미 완성되어 환급대상에서 제외하고, 나머지 2001년 제2기 확정분부터 2002년 제2기 확정분까지의 부가가치세는 환급하는 것이 타당하다고 결정하였으며, 이에 따라 피고는 원고가 2001년 제2기 확정분부터 2002년 2기 확정분까지 납부한 부가가치세를 원고에게 환급하였다.
- 바. 한편 원고의 회원 중 일부[158명, 그 중 92명이 2001. 1. 1.부터 2001. 9. 30 까 지 사이에 가입하였으며 1인당 가입비는 000원(그 중 부가가치세액은 000원)임] 가 2007. 2. 20. 원고를 상대로 부당이득반환청구 소송을 제기하였고, 서울중앙지방법원은 2008. 8. 14. ’원고의 영업행위는 법률이 금지하는 업무에 해당되어 처음부터 이 행이 불가능하여 원고와 회원들 사이의 각 회원가입계약은 무효이므로 원고는 각 회원으로부터 받은 가입비를 부당이득으로서 반환할 의무가 있고, 원고가 회원들로부터 거래징수하여 납부한 부가가치세의 납세의무자는 원고이므로 회원가입비에 포함된 부가가치세는 가입비 반환액에서 공제되지 아니한다’는 취지의 판결(서울중앙지방법원 2008. 8. 14. 선고 2007가단54274 판결, 이하 ’이 사건 쟁점판결’이라 한다)을 하였다. 사 원고는 이 사건 쟁점판결이 선고되자, 종전 심판청구에서 국세환급금의 소멸시효 가 완성되었다고 하여 환급받지 못한 2001년 제1기분 부가가치세 및 2002년 제2기 예 정분 부가가치세와 관련하여 후발적 경정청구사유가 발생했다는 이유로 2008. 9. 30. 피고에게 2001년 제1기 예정분 부가가치세 000원, 2001년 제1기 확정분 부가가치세 000원, 2001년 제2기 예정분 부가가치세 000원 합계 000원(이하 ’이 사건 부가가치세’라 한다)의 감액경정 및 환급을 구하는 이 사건 경정청구를 하였으나, 피고는 2008. 12. 15. 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.
- 아. 원고는 이에 불복하여 2009. 3. 17. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심 판원은 2011. 7. 19. 이 사건 쟁점판결과 관련하여 직접 소를 제기한 회원 중 이 사건 부가가치세 과세기간 동안 회원가입을 한 92명에 대한 부가가치세 000원(= 000원 x 92명)만 환급하는 것으로 과세표준 및 세액을 경정하고, 원고의 나머지 청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 갑 제1, 2, 3, 6 내지 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기 재, 변론 전체의 취지