세금계산서가 공급자의 직권폐업일 이후에 발행되었다는 사정만으로는 사실과 다른 세금계산서라고 단정할 수 없음

사 건 2011구합30632 부가가치세부과처분취소 원 고 권AA 피 고 노원세무서장 변 론 종 결

2011. 12. 13. 판 결 선 고

2012. 2. 10.

1. 피고가 2011. 2. 1. 원고에게 한 2009년 제1기분 부가가치세 10,773,450원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2001. 5. 16.부터 서울 노원구 OO동 000-0에서 ’BB섬유’(이하 ’BB섬유’)를 운영하는 사업자로, 2009년 제1기 과세기간 중 CC상사로부터 합계 79,380,000 원의 매입세금계산서(이하 ’이 사건 세금계산서’)를 받아 이를 매입세액으로 하여 피고 에게 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 피고는 CC상사가 2007. 6. 30. 남양주세무서로부터 직권폐업된 사업자임을 확인 하여 원고가 CC상사로부터 받은 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서로 보 아 매입세액을 불공제하고, 2011. 2. 1. 원고에게 2009년 제1기 부가가치세 10,773,450 원을 경정·고지(이하 ’이 사건 처분’)하였다.
• 다. 원고는 2011. 4. 21. 국세청장에게 이 사건 처분에 대한 심사청구를 하였으나, 위 청구는 2011. 6. 20. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제10, 11호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 관계 법령 별지 기재와 같다. 나.인정사실

1. 원고는 2008. 12. 17. 주식회사 DDDDD와 주문자상표부착방식에 의한 의류공급계약을 체결한 후, 그 무렵 나염 생산을 전문으로 하는 CC상사와 나염을 공급 받기로 하는 계약을 체결하였다. CC상사는 2007. 6. 30. 남양주세무서로부터 직권폐업된 이후에도 원고와의 계약을 이행하는 동안 계속 영업을 하였다.

2. 원고는 CC상사와 거래를 위해 남양주시 와부읍 OO리 0000-0에 있는 CC상사 사업장에 방문하여 공장의 시설과 인력 및 업무현황 등을 파악하고, CC상사로부터 명함, 월 마감청구서, 세금계산서 및 사업자등록증 사본을 받았다.

3. CC상사 명의로 원고에게 발행된 이 사건 세금계산서의 내역은 다음과 같고, 원고는 위 내역에 기재된 돈을 CC상사 사업자등록증상 명의인 EEEE의 농협계좌에 보냈다.

4. 한편, 원고는 2011. 4. 28. 광진경찰서에 EEEE를 사기죄로 고소하였으나, 광진경 찰서는 원고의 고소장을 반려하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7, 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 다. 판단 민사소송법의 규정이 준용되는 행정소송에 있어서 증명책임은 원칙적으로 민사소송의 일반원칙에 따라 당사자 간에 분배되고 항고소송의 경우에는 그 특성에 따라 당해 처분의 적법을 주장하는 피고에게 그 적법사유에 대한 증명책임이 있다 할 것인바(대 법원 2000. 3. 23. 선고 98두2768 판결 등 참조), 이 사건 세금계산서가 부가가치세법 이 규정한 사실과 다른 세금계산서인지 여부에 관하여 본다. 부가가치세법(2010.1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제1호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조). 피고는 이 사건 세금계산서가 CC상사의 직권폐업일 이후에 발행된 것으로서 발행 당시 CC상사는 부가가치세법상 사업자로 볼 수 없으므로 사실과 다른 세금계산서라고 주장하나, 부가가치세법상 사업의 개시, 폐지 등은 법상의 등록, 신고 여부와는 관계없이 그 해당 사실의 실질에 의하여 결정되고(대법원 2003. 1. 10. 선고 2002두8800 판결 등 참조), 부가가치세법상의 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세의 납세의무자를 파악하고 그 과세자료를 확보하게 하려는 데 제도의 취지가 있는바, 이는 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 관할세무서장에게 소정의 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립하는 것이고, 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과한 것이다. 나아가 부가가치세법 제5조 제6항 에 의한 과세관청의 사업자등록 직권말소행위도 폐업사실의 기재일 뿐 그에 의하여 사업자로서의 지위에 변동을 가져오는 것이 아닌 점(대법원 2011. 1. 27. 선고 2008두2200 판결 등 참조), CC상사는 2007. 6. 30. 남양주세무서로부터 직권폐업된 이후에도 원고와의 계약을 이행하는 동안 계속 영업을 하였던 것으로 보이는 점에 비추어 보면, 이 사건 세금계산서가 CC상사의 직권폐업일 이후에 발행되었다는 사정만으로는 사실과 다른 세금계산서라고 단정할 수는 없다. 따라서, 이 사건 세금계산서가 명의위장이나 가공거래 등에 의하여 발행된 사실과 다른 세금계산서라고 볼만한 자료가 없는 이상, 이 사건 처분은 더 나아가 살필 필요 없이 위법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 언용하기로 하여, 주문과 같이 판결 한다.